View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3679_low_9 (Length: 278)

Name: NF3679_low_9
Description: NF3679
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3679_low_9
NF3679_low_9
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (20-266)||(5146440-5146684)
chr4 (20-266)||(9225711-9225957)
chr4 (20-266)||(16625300-16625546)
chr4 (20-81)||(18860306-18860367)
chr4 (42-240)||(15313695-15313893)
chr4 (128-240)||(4559582-4559694)
chr4 (128-240)||(16633867-16633979)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (20-266)||(18412192-18412438)
chr7 (20-266)||(21644571-21644817)
chr7 (20-266)||(21987454-21987700)
chr7 (20-266)||(49090222-49090468)
chr7 (22-266)||(9186452-9186696)
chr7 (20-266)||(16883461-16883707)
chr7 (20-266)||(24262630-24262876)
chr7 (20-255)||(5818503-5818738)
chr7 (18-240)||(7071428-7071650)
chr7 (128-240)||(44013222-44013334)
chr7 (128-243)||(3323479-3323594)
chr7 (42-240)||(25352729-25352927)
chr7 (128-240)||(25406791-25406903)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (20-266)||(1042-1287)
scaffold0006 (20-201)||(9198-9378)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (20-266)||(18866977-18867223)
chr8 (20-266)||(35743923-35744169)
chr8 (22-266)||(26299886-26300130)
chr8 (20-266)||(10685571-10685817)
chr8 (20-266)||(18856582-18856828)
chr8 (18-240)||(21038807-21039029)
chr8 (18-240)||(28892141-28892363)
chr8 (128-240)||(15946040-15946152)
chr8 (128-240)||(16755952-16756064)
chr8 (18-240)||(33034018-33034240)
chr8 (147-240)||(28329285-28329378)
chr8 (129-221)||(454276-454368)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (20-266)||(33332383-33332629)
chr6 (20-266)||(14738879-14739125)
chr6 (23-253)||(24432641-24432871)
chr6 (64-266)||(29485165-29485367)
chr6 (23-253)||(24077462-24077697)
chr6 (18-240)||(17693437-17693659)
chr6 (18-240)||(25943046-25943268)
chr6 (18-240)||(13880116-13880338)
chr6 (128-237)||(22349663-22349772)
chr6 (16-167)||(35204643-35204794)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (20-266)||(1309405-1309651)
chr3 (23-266)||(16262899-16263142)
chr3 (20-266)||(2673527-2673773)
chr3 (20-266)||(3324843-3325089)
chr3 (20-266)||(32478874-32479120)
chr3 (20-257)||(28490489-28490726)
chr3 (20-255)||(8515628-8515863)
chr3 (55-251)||(9603169-9603365)
chr3 (18-240)||(10898382-10898604)
chr3 (18-240)||(29912537-29912759)
chr3 (18-240)||(22624561-22624783)
chr3 (18-240)||(54189885-54190107)
chr3 (18-240)||(16458842-16459064)
chr3 (18-240)||(10097388-10097610)
chr3 (18-240)||(10204273-10204495)
chr3 (128-240)||(6304688-6304800)
chr3 (122-237)||(10611463-10611578)
chr3 (18-240)||(47881470-47881692)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (20-266)||(15616-15862)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (20-266)||(27448356-27448602)
chr5 (20-266)||(28836826-28837072)
chr5 (20-266)||(24556891-24557137)
chr5 (20-266)||(24597923-24598169)
chr5 (20-266)||(37557931-37558177)
chr5 (20-266)||(43595655-43595901)
chr5 (20-266)||(43628449-43628695)
chr5 (20-266)||(31398299-31398545)
chr5 (119-266)||(33789948-33790095)
chr5 (20-81)||(33789890-33789951)
chr5 (18-240)||(25446864-25447086)
chr5 (128-240)||(10628736-10628848)
chr5 (128-240)||(31781151-31781263)
chr5 (159-218)||(34841293-34841352)
chr5 (18-85)||(10628891-10628958)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (20-266)||(19347812-19348058)
chr2 (20-180)||(25394420-25394580)
chr2 (18-221)||(17933517-17933720)
chr2 (18-240)||(2737582-2737804)
chr2 (128-240)||(20053452-20053564)
chr2 (128-240)||(39683625-39683737)
chr2 (18-240)||(22715815-22716037)
chr2 (18-181)||(45568826-45568989)
chr2 (128-240)||(28456194-28456306)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (20-252)||(47100139-47100371)
chr1 (22-266)||(41396775-41397019)
chr1 (21-266)||(9025105-9025350)
chr1 (18-240)||(2399806-2400028)
chr1 (18-240)||(9523105-9523327)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (20-253)||(35544-35777)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (18-240)||(17702-17924)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (128-240)||(49898-50010)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 5146440 - 5146684
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5146440 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccct--aaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 5146537  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  5146538 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagtgcgggaaccaacctcacatcccttaaaag 5146637  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5146638 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 5146684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9225957 - 9225711
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  9225957 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 9225858  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9225857 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 9225758  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  9225757 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 9225711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 16625546 - 16625300
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  || ||||||||    
T  16625546 accgttgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtatagaccattcattttagactctttaatcgtaatcaatgcaccatgcgaaactttacaaa 16625447  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||     
T  16625446 cctcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcaaatcccttaaaat 16625347  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
     | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  16625346 aaattcacggtcatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 16625300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 81
Target Start/End: Original strand, 18860306 - 18860367
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccc 81  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18860306 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccc 18860367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 15313893 - 15313695
Alignment:
Q  42 tggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaaccccatgctcaattctagtgca 141  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |    || ||| | ||||||||||||||    
T  15313893 tggaaccttctaaaatatataagccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgca 15313794  T
Q  142 ataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||||||  |||||| ||||||||||    
T  15313793 atagcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcacggtcatcaaacat 15313695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4559694 - 4559582
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||  ||||    
T  4559694 tcaattctagtacaataccctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcac 4559595  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    || ||||||||||    
T  4559594 ggtcatcaaacat 4559582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 16633979 - 16633867
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  || ||||| |||  ||||| || | ||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  16633979 tcaattctagtacaatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaattttctcttaactttatgaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 16633880  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
     | ||||||||||    
T  16633879 agtcatcaaacat 16633867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 18412192 - 18412438
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  18412192 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 18412291  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18412292 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagaccatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 18412391  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  18412392 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 18412438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 21644571 - 21644817
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  21644571 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagacccctcaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 21644670  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21644671 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 21644770  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  21644771 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 21644817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 21987454 - 21987700
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  21987454 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagatcctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 21987553  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21987554 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacattcttagggaaattaaatttcgtttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 21987653  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  21987654 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 21987700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 49090222 - 49090468
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  49090222 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 49090321  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49090322 ccccatgcttaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttaaggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 49090421  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  49090422 gaattcacagccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 49090468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 22 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9186696 - 9186452
Alignment:
Q  22 cgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaacc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  9186696 cgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaacc 9186597  T
Q  122 ccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaagga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  9186596 ccatgctcaattctagtgcaataacctatactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacttcacatcctttaaaagga 9186497  T
Q  222 tttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||    
T  9186496 attcacggccatcaaacatctttagacgaacgatgcccatgcctt 9186452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 16883461 - 16883707
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  16883461 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 16883560  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  16883561 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaag 16883660  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  16883661 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 16883707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 24262876 - 24262630
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  24262876 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 24262777  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  24262776 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaag 24262677  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  24262676 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 24262630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 5818738 - 5818503
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||| |||||    
T  5818738 accgatgcattaccaattactatgaaatcatctaaaatgtataaaccattcatcttagaccctttaactgtaatgaatgcatcatgcaaaatttgacaaa 5818639  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| | | |||||| ||||||||| |||||||| ||| |||    
T  5818638 ctccatgctcaattttagtgcaataacctatactatctaacatgcttaggaaaattaaatttcgttcaagttcgggaacaaacgtcacatccgttagaag 5818539  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgtt 255  Q
    || |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  5818538 gaattcacgaccatcaaacatctttagacgaacgtt 5818503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 7071650 - 7071428
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||||  | |||||  | ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  7071650 caaccgatgcatttgctattacggtagaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcat 7071551  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||| | |||    
T  7071550 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctctcatccttcaaa 7071451  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  7071450 aggaaatcacgatcatcaaacat 7071428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 44013222 - 44013334
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||  ||||    
T  44013222 tcaattctagtacaatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttatcttaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcac 44013321  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    || ||||||||||    
T  44013322 ggtcatcaaacat 44013334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 243
Target Start/End: Original strand, 3323479 - 3323594
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  3323479 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 3323578  T
Q  228 ggccatcaaacatctt 243  Q
    |  |||||||||||||    
T  3323579 gatcatcaaacatctt 3323594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 42 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 25352927 - 25352729
Alignment:
Q  42 tggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaaccccatgctcaattctagtgca 141  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||| |||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |    || ||| | ||||||||||||||    
T  25352927 tggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccttttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcatcacaccacgttcaattctagtgca 25352828  T
Q  142 ataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  |||||  ||||||||||    
T  25352827 atagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 25352729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 25406903 - 25406791
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  25406903 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 25406804  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    |  ||||||||||    
T  25406803 gatcatcaaacat 25406791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 1042 - 1287
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||     
T  1042 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaa- 1140  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1141 ccgcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 1240  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || |||| | |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  1241 gaattcaagaccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 1287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 201
Target Start/End: Original strand, 9198 - 9378
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||    
T  9198 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttac-aa 9296  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaa 201  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  9297 ccgcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaa 9378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 18867223 - 18866977
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  18867223 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatatataaaccattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 18867124  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18867123 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 18867024  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  18867023 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 18866977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 35743923 - 35744169
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  35743923 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaatcgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 35744022  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35744023 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 35744122  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  35744123 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 35744169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 266
Target Start/End: Original strand, 26299886 - 26300130
Alignment:
Q  22 cgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaacc 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||    
T  26299886 cgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatacgaaattttacaaacc 26299985  T
Q  122 ccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaagga 221  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299986 ccatgttcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatggttatggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaagga 26300085  T
Q  222 tttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  26300086 attcacggccatcaaacatctttacacgaacgttgcccatgcctt 26300130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 10685817 - 10685571
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  10685817 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 10685718  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  10685717 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaag 10685618  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  10685617 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 10685571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 18856828 - 18856582
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  18856828 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatatataaaccattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcaaaattttacaaa 18856729  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18856728 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagattatcaaacatacatagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 18856629  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  18856628 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 18856582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 21039029 - 21038807
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  |||  |||||| ||||   |||| |       
T  21039029 caaccgatgcatgagctattacagtggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataactaatgcaccatgagaaattctcat 21038930  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     |  ||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  21038929 cataccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaattttgcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 21038830  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  ||| || ||||||||||    
T  21038829 aggaaatcatggtcatcaaacat 21038807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 28892363 - 28892141
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  | ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  28892363 caaccgatgcatgagctattacggtagaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcat 28892264  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  28892263 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 28892164  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  28892163 aggaaatcacgatcatcaaacat 28892141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 15946152 - 15946040
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  15946152 tcaattctagtacaataacctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagtttaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 15946053  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    || ||||||||||    
T  15946052 ggtcatcaaacat 15946040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 16755952 - 16756064
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  16755952 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 16756051  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    |  ||||||||||    
T  16756052 gatcatcaaacat 16756064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 33034240 - 33034018
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  |||  |||||| ||||   |||| |       
T  33034240 caaccgatgcatgagctattacagtggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataactaatgcaccatgaaaaattctcat 33034141  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     |  ||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  |||||||||||||| | |||||||| || | |||    
T  33034140 cataccacgttcaattctagtgcaaaatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacacccttcaaa 33034041  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||| ||| ||||||    
T  33034040 aggaaatcacggtcattaaacat 33034018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 28329378 - 28329285
Alignment:
Q  147 ctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  |||||  ||||||||||    
T  28329378 ctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcacgatcatcaaacat 28329285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 129 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 454368 - 454276
Alignment:
Q  129 caattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaagga 221  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| | | || ||||  ||||||| || |||||||| || |  |||||| |||||||||||    
T  454368 caattttagtgcaataacttagattatcaaacatgttaatgggaattgcattttgcataggttcaggatcatatgtcacatgccttaaaagga 454276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 33332629 - 33332383
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  33332629 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 33332530  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33332529 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 33332430  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  33332429 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccgtgcctt 33332383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 14739125 - 14738879
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  14739125 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 14739026  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14739025 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 14738926  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  14738925 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 14738879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 23 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24432871 - 24432641
Alignment:
Q  23 gatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaaccc 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  24432871 gatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccaatcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaaccc 24432772  T
Q  123 catgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggat 222  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  24432771 catgctcaattctagtacaataacctagactatcaaatatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaa 24432672  T
Q  223 ttcacggccatcaaacatctttatacgaacg 253  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24432671 ttcacggccatcaaacatctttagacgaacg 24432641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 64 - 266
Target Start/End: Original strand, 29485165 - 29485367
Alignment:
Q  64 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatg 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29485165 accattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccctgcgaaattttacaaacctcatgctcaattctagtgcaataacctagactattaaacatg 29485264  T
Q  164 cttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgc 263  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||    
T  29485265 cttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaattcacggccatcaaacatctttagacgaatgttgcccatgc 29485364  T
Q  264 ctt 266  Q
    |||    
T  29485365 ctt 29485367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 253
Target Start/End: Original strand, 24077462 - 24077697
Alignment:
Q  23 gatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagacccttta----accgtaatcaatgcatcatgctcaat-tttaca 117  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    | | |||| |||| | |||||  ||  ||||||    
T  24077462 gatgcatgaccaattacaatggaaccatctaaaatgtataaaccattcatcttagaccttttacaataacctaattaatgtaccatgcaaaaaatttaca 24077561  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||  | ||||||||||||| |    
T  24077562 aacctcatgctcaatcctagtacaataacctagactatcaaacatgcttatggaaattaaagttcgcttatgttcaagaacctatctcacatcccttaga 24077661  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacatctttatacgaacg 253  Q
    | || |||| ||  ||||||||| |||| |||||||    
T  24077662 atgaattcatggatatcaaacatatttaaacgaacg 24077697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 17693437 - 17693659
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  17693437 caaccgatgcatgagctattacggtggaaccttctaaaatatataagccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcat 17693536  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  17693537 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 17693636  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  17693637 aggaaatcacgatcatcaaacat 17693659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 25943268 - 25943046
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  | ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||  |       
T  25943268 caaccgatgcatgagctattacggtagaaccttctaaaatatataaaccatatattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaatcctcat 25943169  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  25943168 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 25943069  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  25943068 aggaaatcacgatcatcaaacat 25943046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 13880338 - 13880116
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||||  | |||||  | ||||| |||||||| |||| ||| |  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  13880338 caaccgatgcatttgctattacggtagaaccttctaaaatatatagaccttgtattttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcat 13880239  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||    
T  13880238 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaa 13880139  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  13880138 aggaaatcacgatcatcaaacat 13880116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 237
Target Start/End: Original strand, 22349663 - 22349772
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||||||  ||||    
T  22349663 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttaacctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcac 22349762  T
Q  228 ggccatcaaa 237  Q
    || |||||||    
T  22349763 ggtcatcaaa 22349772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 167
Target Start/End: Original strand, 35204643 - 35204794
Alignment:
Q  16 atcaaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaatttta 115  Q
    |||||||||||||||  | |||||  | ||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||   |||| |     
T  35204643 atcaaccgatgcatttgctattacggtagaaccttctaaaatatataaaccctgtattttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctc 35204742  T
Q  116 caaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgctta 167  Q
       || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  35204743 atcacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgctta 35204794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 1309405 - 1309651
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  1309405 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagatcccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 1309504  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1309505 tcccatgctcaattctagtgcaataacctaggctatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 1309604  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  1309605 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 1309651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 23 - 266
Target Start/End: Original strand, 16262899 - 16263142
Alignment:
Q  23 gatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaaccc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |  ||||||||||||||    
T  16262899 gatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaatcgttatcaatgcaccattcgaaattttacaaaccc 16262998  T
Q  123 catgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggat 222  Q
    |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  16262999 catgccaaattttagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaaggaa 16263098  T
Q  223 ttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  16263099 ttcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 16263142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 2673773 - 2673527
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  2673773 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 2673674  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  2673673 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaaaaaacctcacatcccttaaaag 2673574  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  2673573 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 2673527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 3325089 - 3324843
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    ||||||||||    
T  3325089 accgatgcattaccaattactatagaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgtgagattttacaaa 3324990  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  3324989 ccccatgctcaattctagtacaataacctatactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaaaag 3324890  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||    
T  3324889 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgcctt 3324843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 32478874 - 32479120
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  32478874 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 32478973  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  32478974 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaag 32479073  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  32479074 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 32479120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 28490726 - 28490489
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  28490726 accgatgcattaccaattactaaggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 28490627  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  28490626 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaaaaaacctcacatcccttaaaag 28490527  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgc 257  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28490526 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgc 28490489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 20 - 255
Target Start/End: Original strand, 8515628 - 8515863
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  8515628 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 8515727  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  8515728 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaag 8515827  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgtt 255  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8515828 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgtt 8515863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 55 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9603365 - 9603169
Alignment:
Q  55 aatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagacta 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9603365 aatgtataaaccattcattttagaccatttaaccataatcaatgcaccatgtgaaattttacaaaccccatgctcaattctagtgcaataacctagacta 9603266  T
Q  155 tcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcacggccatcaaacatctttatacgaa 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  9603265 tcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagtttgggagcaaacctcacatcctttaaaaggaattcacggccatcaaacatctatagacgaa 9603169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 10898604 - 10898382
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  10898604 caaccgatgcatgagctattacgatggaaccttctaaaatatataaaccatatattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcat 10898505  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  10898504 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 10898405  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  10898404 aggaaatcacgatcatcaaacat 10898382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 29912537 - 29912759
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||   |||| |       
T  29912537 caaccgatgcatcagctattacggtggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataatcaatgcaccatgagaaattctcat 29912636  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||| ||||| | ||||||||||| | |||    
T  29912637 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagtttaggaatatacctcacatccttcaaa 29912736  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  29912737 aggaaatcacgatcatcaaacat 29912759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 22624561 - 22624783
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  | ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  22624561 caaccgatgcatgagctattacggtagaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcat 22624660  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  22624661 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 22624760  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  22624761 aggaaatcacgatcatcaaacat 22624783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 54190107 - 54189885
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  54190107 caaccgatgcatgagctattacggtggaaccttctaaaatatataagccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcat 54190008  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  54190007 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 54189908  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  54189907 aggaaatcacgatcatcaaacat 54189885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 16459064 - 16458842
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  16459064 caaccgatgcatgagctattacggtggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcat 16458965  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | || |||||||| | |||    
T  16458964 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagatcatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacttcacatccttcaaa 16458865  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  16458864 aggaaatcacgatcatcaaacat 16458842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 10097388 - 10097610
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||||  | |||||  | ||||| |||||||| |||| ||| |  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  10097388 caaccgatgcatttgctattacggtagaaccttctaaaatatatagaccttgtattttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcat 10097487  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||    
T  10097488 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaa 10097587  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  10097588 aggaaatcacgatcatcaaacat 10097610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 10204273 - 10204495
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||||  | |||||  | ||||| |||||||| |||| ||| |  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  10204273 caaccgatgcatttgctattacggtagaaccttctaaaatatatagaccttgtattttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcat 10204372  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||    
T  10204373 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaa 10204472  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  10204473 aggaaatcacgatcatcaaacat 10204495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 6304800 - 6304688
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  6304800 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 6304701  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    |  ||||||||||    
T  6304700 gatcatcaaacat 6304688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 237
Target Start/End: Original strand, 10611463 - 10611578
Alignment:
Q  122 ccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaagga 221  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  ||| |||||||||| | |||||| |||| | |||||||    
T  10611463 ccatgttcaattctagtgcaatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttcagttcaggaatatacctcatatccttcaaaagga 10611562  T
Q  222 tttcacggccatcaaa 237  Q
      |||||| |||||||    
T  10611563 aatcacgggcatcaaa 10611578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 47881470 - 47881692
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  47881470 caaccgatgcatgagctattacagtggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagttataaccaatgcaccatgagaaattctcat 47881569  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     |  ||| | ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||   ||||||||||||| | ||||| ||||| | |||    
T  47881570 cataccacgttcaattctagtacaatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttcttttaagttcaggaatatacctcgcatccttcaaa 47881669  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    || |  ||| || ||||||||||    
T  47881670 agcaaatcaaggtcatcaaacat 47881692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 15862 - 15616
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  15862 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 15763  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15762 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 15663  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  15662 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 15616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 27448356 - 27448602
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  27448356 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctataccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 27448455  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27448456 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 27448555  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  27448556 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 27448602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 28836826 - 28837072
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  28836826 accggtgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 28836925  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  28836926 cctcatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaatctcacatcctttaaaag 28837025  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| | ||||||    
T  28837026 gaattcacggccatcaaacatctttagacaaacggtgcccatgcctt 28837072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 24557137 - 24556891
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  24557137 accgatgcattaccaattactatggaaccatctgaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 24557038  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  24557037 ccccatgctcaattctagtgcaatatcctaaactatcaaacatgctaagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaaaag 24556938  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||    
T  24556937 gaattcacggctatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgcctt 24556891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 24598169 - 24597923
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  24598169 accgatgcattaccaattactatggaaccatctgaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 24598070  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  24598069 ccccatgctcaattctagtgcaatatcctaaactatcaaacatgctaagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaaaag 24597970  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||    
T  24597969 gaattcacggctatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgcctt 24597923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 37558177 - 37557931
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  37558177 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaatagtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 37558078  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37558077 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 37557978  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  37557977 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 37557931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 43595655 - 43595901
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||    
T  43595655 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaaccgtaatcagtgcaccatgcgaaattttacaaa 43595754  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  43595755 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaaccttacatcccttaaaag 43595854  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||    
T  43595855 gaattcacggccatcaaacatatttagacgaacgttgcccatgcctt 43595901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 43628449 - 43628695
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||    
T  43628449 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaaccgtaatcagtgcaccatgcgaaattttacaaa 43628548  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  43628549 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttagggaaattaaattacgcttaagttcgggaacaaaccttacatcccttaaaag 43628648  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||    
T  43628649 gaattcacggccatcaaacatatttagacgaacgttgcccatgcctt 43628695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31398545 - 31398299
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  31398545 accgatgcattaccaattactatagaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 31398446  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  31398445 ccccatgctctattctactgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacatacctcacatcccttaaaag 31398346  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  31398345 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 31398299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 119 - 266
Target Start/End: Original strand, 33789948 - 33790095
Alignment:
Q  119 accccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaa 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33789948 accccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaa 33790047  T
Q  219 ggatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||    
T  33790048 ggaattcacggccatcaaacatctttagatgaacgttgcccatgcctt 33790095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 81
Target Start/End: Original strand, 33789890 - 33789951
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccc 81  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33789890 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccc 33789951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 25447086 - 25446864
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  | ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||  |       
T  25447086 caaccgatgcatgagctattacggtagaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaatcctcat 25446987  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||  | |||    
T  25446986 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatcattcaaa 25446887  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  25446886 aggaaatcacgatcatcaaacat 25446864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 10628848 - 10628736
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||| | | |||| ||  ||||    
T  10628848 tcaattctagtacaatatcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaagaaatcac 10628749  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    || ||||||||||    
T  10628748 ggtcatcaaacat 10628736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 31781151 - 31781263
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||  || |||||||||  |||||||||||||| | || |||||| | | |||||||  ||||    
T  31781151 tcaattctagtacaatatcctagaccattaaacatgcttatagatattaaatttctcttaagttcaggaatatacatcacattcttcaaaaggaaatcac 31781250  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    || ||| ||||||    
T  31781251 ggtcattaaacat 31781263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 218
Target Start/End: Original strand, 34841293 - 34841352
Alignment:
Q  159 acatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaa 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||| || ||||||||||||||||||    
T  34841293 acatgcttatggaaattaaattttgctaaattttaggagcatacctcacatcccttaaaa 34841352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 10628958 - 10628891
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagacccttta 85  Q
    |||||||||||| | | || || |||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  10628958 caaccgatgcatgagctataacaatggaaccgtctaaaatatataaaccatgtattttagacccttta 10628891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 266
Target Start/End: Original strand, 19347812 - 19348058
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  19347812 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattctagaccccttaatcgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaa 19347911  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19347912 ccccatgctctattctagtgcaataacctagattatcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaag 19348011  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  19348012 gaattcacggccatcaaacatctttagacgaacgttgcccatgcctt 19348058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 25394420 - 25394580
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  25394420 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcatttaagaccccttaaccgtaatcaatgcaccatgcaaaattttacaaa 25394519  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatt 180  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25394520 ccccgtgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatt 25394580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 17933720 - 17933517
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  17933720 caaccgatgcatgagctattacggtggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataaccaatgcaccatgagaaattctcat 17933621  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | |||| |||||| | |||    
T  17933620 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctaacatccttcaaa 17933521  T
Q  218 agga 221  Q
    ||||    
T  17933520 agga 17933517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2737804 - 2737582
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||||  | |||||  | ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  2737804 caaccgatgcatttgctattacggtagaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcat 2737705  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||| ||||| | ||||||||| | | |||    
T  2737704 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttacggatattaaatttctcctaagtttaggaatatacctcacattcttcaaa 2737605  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  2737604 aggaaatcacgatcatcaaacat 2737582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 20053452 - 20053564
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||||| | |||||||  ||||    
T  20053452 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatagatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacatccttcaaaaggaaatcac 20053551  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    || ||||||||||    
T  20053552 ggtcatcaaacat 20053564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 39683737 - 39683625
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  39683737 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 39683638  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    |  ||||||||||    
T  39683637 gatcatcaaacat 39683625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 22715815 - 22716037
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| |||||| |||  |||||||||||||||    ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  22715815 caaccgatgcatgagctattacggtggaaccttctaaaatatataaaacatgtattttagaccctttagatataaccaatgcaccatgagaaattctcat 22715914  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | || |||||||| | |||    
T  22715915 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaacatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacttcacatccttcaaa 22716014  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  22716015 aggaaatcacgatcatcaaacat 22716037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 45568989 - 45568826
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||||  | |||||  | ||||| |||||||| |||| ||| |  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  45568989 caaccgatgcattttctattacggtagaaccttctaaaatatatagaccttgtattttagaccctttagccataaccaatgcaccatgagaaattctcat 45568890  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattt 181  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  45568889 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaattt 45568826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 28456194 - 28456306
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||  || |||||||||  || |||||| | || | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  28456194 tcaattctagtacaatatcctagaccatcaaatatgcttatagatattaaatttctctcaagttcggaaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 28456293  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    || ||||||||||    
T  28456294 ggtcatcaaacat 28456306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 20 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 47100371 - 47100139
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||  |||||||||||    
T  47100371 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaatcgtaatcaatacaccatgcgaaattttacaaa 47100272  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||    
T  47100271 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcctttaatag 47100172  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaac 252  Q
    || ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  47100171 gaattcacggtcatcaaacatctttagacgaac 47100139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 22 - 266
Target Start/End: Original strand, 41396775 - 41397019
Alignment:
Q  22 cgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaacc 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  41396775 cgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccgttcattctagacccctttaccgtaatcaatgcaccatgcgaaattttacaaacc 41396874  T
Q  122 ccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaagga 221  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396875 ccatgctctattctagtgcaataacctagattgtcaaacatgcttatggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatcccttaaaagga 41396974  T
Q  222 tttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
     ||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||    
T  41396975 attcacggccatcaaacatctttagacaaacgttgcccatgcctt 41397019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 9025350 - 9025105
Alignment:
Q  21 ccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaac 120  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||| |||||  ||||| | ||||    
T  9025350 ccgatacattaccaattactatagaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaagagtaattaaagcaccatgcgaaatttcataaac 9025251  T
Q  121 cccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaagg 220  Q
    |||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  9025250 cccatattcaattctaatgcaataatctagactatcaaacatgtttagggaaattaaatttcgcataagttcgggaacaaacctcacataccttagaagg 9025151  T
Q  221 atttcacggccatcaaacatctttatacgaacgttgctcgtgcctt 266  Q
    | |||||  | |||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||    
T  9025150 aattcacaacaatcaaacatctttagacgaacggtgcccatgcctt 9025105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Original strand, 2399806 - 2400028
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||||||| |  |||  |||||| ||||   |||| |       
T  2399806 caaccgatgcatgagctattacagtggaaccttctaaaatatataaatcatgtattttagaccctttagctataactaatgcaccatgagaaattctcat 2399905  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||   | |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||| | |||    
T  2399906 cacaccacgttcaattctagtgcaatatcctagaccatcaaacatgcttataaatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacatccttcaaa 2400005  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||| ||||||||||    
T  2400006 aggaaatcacggtcatcaaacat 2400028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 9523327 - 9523105
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| |||||| |||  |||||||||||||||    ||| ||||||| ||||   |||| |       
T  9523327 caaccgatgcatgagctattacggtggaaccttctaaaatatataaagcatgtattttagaccctttagatataaccaatgcaccatgagaaattctcat 9523228  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | |||||| |||  | |||    
T  9523227 cacaccacgttcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcaaatcattcaaa 9523128  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||  ||||||||||    
T  9523127 aggaaatcacgatcatcaaacat 9523105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 253
Target Start/End: Original strand, 35544 - 35777
Alignment:
Q  20 accgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||  |||||||||||    
T  35544 accgatgcattaccaattactatggaaccatttaaaatatataaaccattaattttagaccttataactgtaattaatgcaccatgcaaaattttacaaa 35643  T
Q  120 ccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaag 219  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||    
T  35644 ccccatgctcaattatagtgcaataacctagcctataaaacatgcttctggaaattaaatttcgcttaagttcgggaacaaacctcacatctcttagaag 35743  T
Q  220 gatttcacggccatcaaacatctttatacgaacg 253  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  35744 gaattcacggccatcaaagatctttagacgaacg 35777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 17924 - 17702
Alignment:
Q  18 caaccgatgcattaccaattactatggaaccatctaaaatgtataaaccattcattttagaccctttaaccgtaatcaatgcatcatgctcaattttaca 117  Q
    |||||||||||| | | |||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |  |||  |||||| ||||    ||| |       
T  17924 caaccgatgcatgagctattacagtggaaccttctaaaatatataaaccatgtattttagaccctttagctataactaatgcaccatgagagattctcat 17825  T
Q  118 aaccccatgctcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaa 217  Q
     || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||  | | |    
T  17824 cactccacgttcaattctagtgcaatatcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcttaagttcaggaatatacctcacatctttcaca 17725  T
Q  218 aggatttcacggccatcaaacat 240  Q
    ||||  |||||| ||||||||||    
T  17724 aggaaatcacggtcatcaaacat 17702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 128 - 240
Target Start/End: Original strand, 49898 - 50010
Alignment:
Q  128 tcaattctagtgcaataacctagactatcaaacatgcttagggaaattaaattttgcttaagttcaggaacaaacctcacatcccttaaaaggatttcac 227  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||||| | ||||||||| | | |||||||  ||||    
T  49898 tcaattctagtgcaatagcctagaccatcaaacatgcttatggatattaaatttctcctaagttcaggaatatacctcacattcttcaaaaggaaatcac 49997  T
Q  228 ggccatcaaacat 240  Q
    |  ||||||||||    
T  49998 gatcatcaaacat 50010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University