View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3683_high_14 (Length: 446)

Name: NF3683_high_14
Description: NF3683
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3683_high_14
NF3683_high_14
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-432)||(14553323-14553751)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (18-432)||(37533313-37533729)
chr5 (18-432)||(37824108-37824524)
chr5 (19-432)||(37702881-37703296)
chr5 (18-432)||(37711837-37712253)
chr5 (19-432)||(37640085-37640500)
chr5 (19-432)||(37594537-37594952)
chr5 (28-432)||(37435920-37436326)
chr5 (19-352)||(37400344-37400679)
chr5 (79-432)||(37392484-37392839)
chr5 (19-352)||(37697080-37697415)
chr5 (279-432)||(37400672-37400825)
chr5 (279-432)||(37696934-37697087)
chr5 (191-426)||(37412962-37413197)
chr5 (213-432)||(37428945-37429164)
chr5 (205-432)||(37382055-37382282)
chr5 (68-118)||(37429261-37429311)
chr5 (205-254)||(37343272-37343321)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-432)||(16842408-16842823)
chr4 (205-265)||(24217460-24217520)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (203-245)||(23496081-23496123)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 14553751 - 14553323
Alignment:
Q  6 ggagcagcacagatgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatct 105  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553751 ggagcatcccagatgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatct 14553652  T
Q  106 acctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  14553651 acctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtggatttaagt 14553552  T
Q  204 tataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtg 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553551 tataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtg 14553452  T
Q  304 agttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgactt 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553451 agttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgactt 14553352  T
Q  404 atatttgtcatccacaaacttgagtggtg 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553351 atatttgtcatccacaaacttgagtggtg 14553323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 18 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37533729 - 37533313
Alignment:
Q  18 atgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttc 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  37533729 atgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttc 37533630  T
Q  118 ttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgtta 215  Q
    | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||| |||||||||||    
T  37533629 tattttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgataacatgtta 37533530  T
Q  216 aatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37533529 aatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttacacctcagcaacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacat 37533430  T
Q  316 attctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatc 415  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533429 attctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatc 37533330  T
Q  416 cacaaacttgagtggtg 432  Q
    ||||||||| |||||||    
T  37533329 cacaaacttaagtggtg 37533313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37824524 - 37824108
Alignment:
Q  18 atgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttc 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  37824524 atgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttc 37824425  T
Q  118 ttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagc--tgtggatttaagttataacatgtta 215  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||    
T  37824424 ttatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagtattgtggatttaagctttaacatgtta 37824325  T
Q  216 aatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37824324 aatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgggcctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacat 37824225  T
Q  316 attctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatc 415  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  37824224 attctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacgaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttaccgagttaattttgtcatc 37824125  T
Q  416 cacaaacttgagtggtg 432  Q
     ||||||||||||||||    
T  37824124 aacaaacttgagtggtg 37824108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37703296 - 37702881
Alignment:
Q  19 tgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttct 118  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  37703296 tgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttatcactttcctctaacaagctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcaccttttt 37703197  T
Q  119 tttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaa 216  Q
     ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||  ||||||||||||    
T  37703196 attttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaa 37703097  T
Q  217 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  37703096 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagggttggtcctcggcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacata 37702997  T
Q  317 ttctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatcc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||     
T  37702996 ttctttgcaatctttggatctctctagtaacaacctacatggtcattttccaaattcaatatatgaactccaaaatcttaccaacttagatttgtcgtca 37702897  T
Q  417 acaaacttgagtggtg 432  Q
    ||||||||||||||||    
T  37702896 acaaacttgagtggtg 37702881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37712253 - 37711837
Alignment:
Q  18 atgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttc 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  37712253 atgtttatggaaatttaatcaaattgaaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttc 37712154  T
Q  118 ttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctgtggatttaag--ttataacatgtta 215  Q
    |  ||||| |||| ||  ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||  |  | |||||||||||    
T  37712153 tcatttatatttagcagataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgtttttggatgataacatgtta 37712054  T
Q  216 aatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactt 315  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  37712053 aatggaacaattccacagtggtgttattctttgccttcattgttagagttgggcctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacat 37711954  T
Q  316 attctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  37711953 attctttgcaatctttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttacttacttatatttgtcatc 37711854  T
Q  416 cacaaacttgagtggtg 432  Q
     ||||||||||||||||    
T  37711853 aacaaacttgagtggtg 37711837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37640500 - 37640085
Alignment:
Q  19 tgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttct 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  37640500 tgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttactttaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttct 37640401  T
Q  119 tttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaa 216  Q
      ||||| |||| ||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| |  |||| |||   | ||||||||||||    
T  37640400 catttatatttagcatataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcgcaaaacgttccaaattgagatatgtgggtttggatgataacatgttaa 37640301  T
Q  217 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  37640300 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagtgacaacaatctcacagggttcattggtgagttctcaacata 37640201  T
Q  317 ttctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatcc 416  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||     
T  37640200 ttctttgcaatctttgtatctctttaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcttacttacttagatttgtcatca 37640101  T
Q  417 acaaacttgagtggtg 432  Q
    ||||||||||||||||    
T  37640100 acaaacttgagtggtg 37640085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37594952 - 37594537
Alignment:
Q  19 tgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttct 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  37594952 tgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctttaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcacctttct 37594853  T
Q  119 tttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaa 216  Q
     ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||  ||||||||||||    
T  37594852 attttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgggtttgagggataacatgttaa 37594753  T
Q  217 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactta 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37594752 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagaattgtacctcagcaacaacaatcttacagggttcattggtgagttttcaacata 37594653  T
Q  317 ttctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatcc 416  Q
    ||||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||||  |||||||||     
T  37594652 ttctttgcaatatttgtttctctctaataacagcctacatggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatctatcttacttaactttgtcatca 37594553  T
Q  417 acaaacttgagtggtg 432  Q
    || |||||||||||||    
T  37594552 accaacttgagtggtg 37594537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 28 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37436326 - 37435920
Alignment:
Q  28 aaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgt 127  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  |||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||  ||||  |    
T  37436326 aaatttaaccaaattggaatatttatcactttcctccaacagcctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccccacctttctcatttagat 37436227  T
Q  128 ttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaaatggaacaa 225  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||| | ||   ||||||||||||||||||||||    
T  37436226 ttatcatttaacaaactagttggcccaattccaattgaaattacaaaacgtttaaaattgagctatgtgggtctagaatataacatgttaaatggaacaa 37436127  T
Q  226 ttccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgca 325  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  37436126 ttccacagtggtgttattatttgccttcattgttagagttgtacctccattacaaccatctcacagggttcattggtgagttttcaacatattcttttca 37436027  T
Q  326 atctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttg 425  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||    
T  37436026 atctttgactctctcaaataacaacctagaaggtcatttttcaaattcaatatttcaactccaaaatcttactgaattagatttgtcatcaacaaacttg 37435927  T
Q  426 agtggtg 432  Q
    |||||||    
T  37435926 agtggtg 37435920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 352
Target Start/End: Original strand, 37400344 - 37400679
Alignment:
Q  19 tgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttct 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  37400344 tgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctacctcatctttct 37400443  T
Q  119 tttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaa 216  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||  || ||||||||||||    
T  37400444 catttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagctatgtgtttttgggtgataacatgttaa 37400543  T
Q  217 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  37400544 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagcaacaacaatctcacagggttcattggtgagttctcaacata 37400643  T
Q  317 ttctttgcaatctttggatctctcaaataacaacct 352  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  37400644 ttctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37400679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 79 - 432
Target Start/End: Original strand, 37392484 - 37392839
Alignment:
Q  79 ccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgt 178  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || ||| || || |||||||||||||     
T  37392484 ccaagttccatcatcactttttcatctacccaacctttcttttttagatttatcatctaacaaactagttggcccaattccagttcaaatcacaaaacgc 37392583  T
Q  179 tcaaaattgagc--tgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcg 276  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||||||   |||||  |    
T  37392584 tcaaaattgagcattgtgaatttaggttctaacatgtttaatggtacaattccgcagtggtgttattctttgccttcattaatagagttggacctcaatg 37392683  T
Q  277 acaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaat 376  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37392684 acaaccatctcacagggttcattgatgagttttcaacttattctttgcaatctttgtatctctcaaataacaacctacatggtcattttccaaattcaat 37392783  T
Q  377 atttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtg 432  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  37392784 atttgaactccaaaatcttaccaacttagatttgtcttcaacaaacttaagtggtg 37392839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 19 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37697415 - 37697080
Alignment:
Q  19 tgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttct 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  37697415 tgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccccacctttct 37697316  T
Q  119 tttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgag--ctgtggatttaagttataacatgttaa 216  Q
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||  |||   | ||||||||||||    
T  37697315 catttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttccaaattgagttatgtgtttttggatgataacatgttaa 37697216  T
Q  217 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactta 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |   |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  37697215 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttatacctggacctcagcagcaaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacata 37697116  T
Q  317 ttctttgcaatctttggatctctcaaataacaacct 352  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  37697115 ttctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37697080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 279 - 432
Target Start/End: Original strand, 37400672 - 37400825
Alignment:
Q  279 aaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400672 aaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttgcttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 37400771  T
Q  379 ttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtg 432  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  37400772 ttgaactccaaaatcttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtg 37400825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 279 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37697087 - 37696934
Alignment:
Q  279 aaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697087 aaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttgcatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 37696988  T
Q  379 ttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtg 432  Q
    || |||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  37696987 ttcaactccaaaaccttaccgagttatatttgtcatcaaccaacttgagtggtg 37696934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 191 - 426
Target Start/End: Original strand, 37412962 - 37413197
Alignment:
Q  191 tgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcaca 290  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||| || |||||||| | |||||| ||||||||||||| |    
T  37412962 tgtggatttaaataataaaatgttaaatggaacaaatcctcattggtgttattatttgttttctttattagagttgtacctcagtgacaaccacctcaga 37413061  T
Q  291 gggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaa 390  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||   |||  |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  37413062 gggtccattggagagttctcaacttattcgttgcaaaaattgcttctctctaataacaagttacatggtcattttccaaattcaatatttaaattccaaa 37413161  T
Q  391 atcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttga 426  Q
    |||||||  |||||  ||||||||| ||||||||||    
T  37413162 atcttacttacttaggtttgtcatcaacaaacttga 37413197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 213 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37429164 - 37428945
Alignment:
Q  213 ttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaa 312  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  ||| |  ||||  || ||||| ||||||||||  ||||||||||| || |    
T  37429164 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataaccaactcacagggtcaattggtgagttctcta 37429065  T
Q  313 cttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtc 412  Q
    ||  ||| ||| | | | |    ||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||  ||||||    
T  37429064 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 37428965  T
Q  413 atccacaaacttgagtggtg 432  Q
    ||| || |||||||| ||||    
T  37428964 atcaaccaacttgagaggtg 37428945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 205 - 432
Target Start/End: Original strand, 37382055 - 37382282
Alignment:
Q  205 ataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtga 304  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| |||| ||| |||| ||    || |  |||||||| || ||||| |  ||||||||    
T  37382055 ataatatgttaaatggagcaattccaccctggtgttattccttgacttcattggtagaattggatcttaatgacaaccaactaacaggttcgattggtga 37382154  T
Q  305 gttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgactta 404  Q
     || || |||||||| |||  || | |   |||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | || | |||||||||   ||||||    
T  37382155 attctcgacttattccttgatatatctatttctctctaataacaacataaaaggtgattttccaaattcaatatataaattacaaaatctttttgactta 37382254  T
Q  405 tatttgtcatccacaaacttgagtggtg 432  Q
       |||||||| || |||||||||||||    
T  37382255 ggattgtcatcaaccaacttgagtggtg 37382282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 68 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 37429311 - 37429261
Alignment:
Q  68 aacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttct 118  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||    
T  37429311 aacctaacaggccaagttccatcatcattgtttcatctaactcagctttct 37429261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 37343321 - 37343272
Alignment:
Q  205 ataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcg 254  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | |||||||||||    
T  37343321 ataacatgttaaatggaaaaattctaaattggtgttttactttgccttcg 37343272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 432
Target Start/End: Original strand, 16842408 - 16842823
Alignment:
Q  19 tgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcatcactttttaatctacctcagctttct 118  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||  |||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  16842408 tgtttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctctaacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatctaccttatctttct 16842507  T
Q  119 tttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaattgagct--gtggatttaagttataacatgttaa 216  Q
      ||||| |||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||| ||| ||| | ||||||||||    
T  16842508 aatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaattgagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaa 16842607  T
Q  217 atggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccacctcacagggttcattggtgagttttcaactta 316  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  16842608 atggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctcaacata 16842707  T
Q  317 ttctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgacttatatttgtcatcc 416  Q
    ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||     
T  16842708 ttctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttaccgccctagatttatcatca 16842807  T
Q  417 acaaacttgagtggtg 432  Q
    ||||||||||||||||    
T  16842808 acaaacttgagtggtg 16842823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 205 - 265
Target Start/End: Original strand, 24217460 - 24217520
Alignment:
Q  205 ataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagtt 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24217460 ataacatgttaaatggaacaattccgcaatggtgttattccttgccttcgttgttagagtt 24217520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 203 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 23496123 - 23496081
Alignment:
Q  203 ttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattct 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  23496123 ttataacatgttaaatggaacaattccacgttggtgtttttct 23496081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University