View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3686_low_2 (Length: 943)

Name: NF3686_low_2
Description: NF3686
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3686_low_2
NF3686_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-929)||(16009524-16010434)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 834; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 834; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 929
Target Start/End: Original strand, 16009524 - 16010434
Alignment:
Q  19 atgactgccataacagcagtacatttctcccattcagttactcatatcaaatgttgtgcaatggtgcagattgtagattagttttactgcattaagagga 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16009524 atgaatgccataacagcagtacatttctcccattcagttactcatatcaaatgttgtgcaatggtgcagattgtagattagtgttactgcattaagagga 16009623  T
Q  119 acggaataatgtaaaagttcaattatagtaaatgaaatagtgagacatagtgtaacagtcaaaagggatagagaaaatggtgagtattattatgtattga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16009624 acggaataatgtaaaagttcaattatagtaaatgaaatagtgagacatagtgtaacagtcaaaagggatagagaaaatggtgagtattattatgtattga 16009723  T
Q  219 gaaaaggtgaatgtcaataagagatgtggtataagagtggttagaggcattttggggagggacacattgaaatattccttatgtggcaagaaacgagatg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  16009724 gaaaaggtgaatgtcaataagagatgtgggataagagtggttagaggcattttggggagggacacattgaaatattccttatgttgcaagaaacaagatg 16009823  T
Q  319 acatgacaaaaaatagacgagtgtcgacgatcaagttcaagtggctgttttaataaactataaataaatacataaataagtagatgaataatacatcgtc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  16009824 acatgacaaaaaatagacgagtgtcgacgatcaagttc-agtggcggttttaataaactataaataaatacataaataagtagatggataaaacatcgtc 16009922  T
Q  419 tgaacataaatactacaaatttatttctagaaatttgtatttaatgtcacaagattacagcctatagtcgacaatttttagggtacaacataaatttgat 518  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16009923 tgaacataaatattacaaatttatttctagaaatttgtatttaatgtcacaagattacagcctatagtcgacaa-ttttagggtacaacataaatttgat 16010021  T
Q  519 taaaattgtaagaacaatgataatatcataaattgtgttactgtatgtaaattaatcatacaatatgtacaaatggatgatacaacagaaacag--gaga 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  16010022 taaaattgtaagaacaatgataatatcataaattgtgttactgtatgtaaattaatcgtacaatatgtacaaatggatgatacaacagaaacagaagaga 16010121  T
Q  617 aaactacccagcaagttcacttattggaggccgatccatgacatcataagcagcccttgcattcttttgcaacaatggatcaatatctggcaatttagga 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16010122 aaactacccagcaagttcacttattggaggccgatccatgacatcacaagcagcccttgcattcttttgcaacaatggatcaatatctggcaaattagga 16010221  T
Q  717 atctgagctaatagatcaatggtccttcgaaggagacgagctagatcaccatcatccattgcacagtccatcattatttctctccatgtcaacccagaag 816  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16010222 atctgagctaatagatcaattgtccttcgaaggagacgagctagatcaccatcatccattgcacagtccatcattatttctctccatgtcaacccagaag 16010321  T
Q  817 cccaagcttcaaccataccgcaaaactggctatccaaacagcaagatattgtcaccccatgtttctcctgaattgtcaatagagcatttctttgctcatc 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16010322 cccaagcttcaaccataccgcaaaactggctatccaaacagcaagatattgtcaccccatgtttctcctgaattgtcaatagagcatttctttgctcatc 16010421  T
Q  917 caataaccctatg 929  Q
    |||||||||||||    
T  16010422 caataaccctatg 16010434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University