View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3702_low_1 (Length: 674)

Name: NF3702_low_1
Description: NF3702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3702_low_1
NF3702_low_1
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (10-655)||(38299510-38300155)
chr8 (244-649)||(38305663-38306068)
chr8 (230-654)||(38320475-38320899)
chr8 (285-647)||(38313023-38313388)
chr8 (232-649)||(38316379-38316799)
chr8 (259-654)||(38325251-38325649)
chr8 (233-649)||(38308385-38308796)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (232-649)||(38850546-38850966)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 655
Target Start/End: Original strand, 38299510 - 38300155
Alignment:
Q  10 aagaaaatatggaatccgattgcgcggtagatttactggactctgataacgagacaatggagcaaaagatatcacggttagtaaaaacttgtgcatccat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299510 aagaaaatatggaatccgattgcgaggtagatttactggactctgatgacgagacaatggagcaaaaggaatcacggttagtaaaaacttgtgcatccat 38299609  T
Q  110 gatcctttcatctgattattcctttcgtcattgcgagtacgactcaatgaagaacatcatggagtggttatgtcaagatattgttttgcctcctcctgac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299610 gatcctttcatctgattattcctttcgtcattgcgagtacgactcaatgaagaacatcatggaatggttaagtcaagatattgttttgcctcctcctgac 38299709  T
Q  210 gttgtcgagctttattttgaggatttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299710 gttgtcgagctttattttgaggatttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatc 38299809  T
Q  310 tgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299810 tgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgt 38299909  T
Q  410 tttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcattt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299910 tttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcattt 38300009  T
Q  510 aagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38300010 aagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgacggggagttctttcacgggcattgttttgcacgca 38300109  T
Q  610 ttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatgt 655  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300110 ttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatgt 38300155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 244 - 649
Target Start/End: Original strand, 38305663 - 38306068
Alignment:
Q  244 aagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctg 343  Q
    |||||||||| ||  |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305663 aagagaaactgaagcttaaacaagaattggctaccattcctaataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaacactgctgagacttatatctg 38305762  T
Q  344 tttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatg 443  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38305763 tttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtagccgagatgtgtgagagaatg 38305862  T
Q  444 gttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatc 543  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| | || |||||||||||| | ||  ||  ||    
T  38305863 gttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaaggacaacattttgcaagaacagttgaaatctc 38305962  T
Q  544 aacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaact 643  Q
    | |||| |||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38305963 atcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttaaaact 38306062  T
Q  644 agttag 649  Q
    ||||||    
T  38306063 agttag 38306068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 230 - 654
Target Start/End: Original strand, 38320475 - 38320899
Alignment:
Q  230 ggatttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgct 329  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||| |     
T  38320475 ggatttgtacacgaaagcgaaactcaagcttaaacaggatttggctaccattcctaataggatatctttaactgttgatctgtgggaatcatgcactacc 38320574  T
Q  330 gagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgaga 429  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  ||||   ||||||| | ||||||    
T  38320575 gagacttatatttgtttgaccgctcattttgctgacgcgaattggaaattaaagagtaaggttctcaccttctgtactgttgatcccactggagctgaga 38320674  T
Q  430 tgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaaga 529  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||    
T  38320675 tgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagatcttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaaga 38320774  T
Q  530 aaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaa 629  Q
    |  |||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  38320775 actattgaaaactcaacttggtttgcaaaatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttatgcacgtgttttaaaattgattgttgaa 38320874  T
Q  630 gaggggttgaaactagttagggatg 654  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  38320875 gaggggttgaaactagttagtgatg 38320899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 285 - 647
Target Start/End: Original strand, 38313023 - 38313388
Alignment:
Q  285 aataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaata 384  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  38313023 aataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaatactactgagacttatatttgtttgactgctcatttcgttgatgcgaattggaagttaaata 38313122  T
Q  385 gtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc----actgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaaga 480  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||| ||||    |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  38313123 gtaaagttctcaacttctgtcttgttt-accctcctactggagctgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaaga 38313221  T
Q  481 ttttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatgggga 580  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||  |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  38313222 ttttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaagaacaattaaaaaatcaactttgtttgcaaaatgggttgttatgtgatggaga 38313321  T
Q  581 gttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagtt 647  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  38313322 gttctttcatgtgcattgttttgcccgcgttttaaacctgattgttgatgaagggttaaaactagtt 38313388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 232 - 649
Target Start/End: Original strand, 38316379 - 38316799
Alignment:
Q  232 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 331  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||  |||||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  38316379 atttgtacacgaaagagaaactaaagcttaaacaagaattggctagcattcctaataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaacaccactga 38316478  T
Q  332 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccac----tgtatctga 427  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| |||| |    || | | ||    
T  38316479 gacttatatttgtttgacagctcattttgttgacgcgaattggaagttgaatagtaaggttctcaactttcgtcttgttt-accctcctattgcagcgga 38316577  T
Q  428 gatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaa 527  Q
    ||| |  ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  || ||| |    
T  38316578 gatttcggagagaatgattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatttgagaataatgttatgcta 38316677  T
Q  528 gaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttg 627  Q
    ||| ||||  |||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  38316678 gaacaattgaaaaatcaactttgtttgcgaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcatgcgttttaaaactgattgctg 38316777  T
Q  628 aagaggggttgaaactagttag 649  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  38316778 aagaggggttaaaactagttag 38316799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 259 - 654
Target Start/End: Original strand, 38325251 - 38325649
Alignment:
Q  259 ttaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattt 358  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||  | |||| || ||| |||||||||||||    
T  38325251 ttaaacaacaattggctaccattcctaatagggtatctttaacttttgatttgtgggaatcttgcactactatgccttacatttgtctgaccgctcattt 38325350  T
Q  359 tgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacc---cactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttg 455  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||| |  ||   |||||    |||||||||||| |||||| |||| || |||    
T  38325351 tgttgacgcgaattggaaggtaaatagtaaggttctcaatttctgtagtgtctaccctgacactggtggtgagatgtgtgaaagaatgattgaattgttg 38325450  T
Q  456 aatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgc 555  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||| |  |||||||  || | |||||| ||||  ||  ||| |||| |||||    
T  38325451 aatgattggggaatagagaaaaagattttttctcttactttagatgattcagtcgagaataatgttctacaagaacaattgaaatctcatcttggtttgc 38325550  T
Q  556 ataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatg 654  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38325551 aaaatgggttgttgtgtgatggagagttctttcacgggcactgttttgcacgtgttttaaatctgattgttgaagacgggttgaaactagttagtgatg 38325649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 233 - 649
Target Start/End: Original strand, 38308385 - 38308796
Alignment:
Q  233 tttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgag 332  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||  | |||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||  |||||||||||   ||| |||      
T  38308385 tttgtacacggaagagaaacataagctcaaacaacaactggctaccattccttataagatatctttaacctttgagttgtgggaatcttgtactactggc 38308484  T
Q  333 acttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc---actgtatctgaga 429  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||    |||| | |  | |    
T  38308485 acttatatttgtttatccgctcattttgttggcgcggattggaagttaaatagtaagcttttcaatttctgtcttgttttccctcctactggagcctata 38308584  T
Q  430 tgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaaga 529  Q
    |||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||| |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||||  || ||||| |    
T  38308585 tgtgtgagagaatggttga--------atgattggggagtagagaaaaagattttttcatttactttagatgattcatttgagaataatgttctgcaaca 38308676  T
Q  530 aaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaa 629  Q
    | ||||  | | |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  38308677 acaattgaagactcaacttggtttggaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcacatgttttaaaactgattgttgaa 38308776  T
Q  630 gaggggttgaaactagttag 649  Q
    |||||||  |||||||||||    
T  38308777 gaggggtgtaaactagttag 38308796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 232 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 38850966 - 38850546
Alignment:
Q  232 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 331  Q
    ||||||||||  |||||||||  ||  ||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38850966 atttgtacacgaaagagaaacctaagcttaaacaacaattaactaccattcctaataggatatctttatcttttgatttgtgggaatctaacactactga 38850867  T
Q  332 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctg---ag 428  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||  ||  ||     ||   ||    
T  38850866 gacttatatttgtttgactgctcattttgttgacgcgaattggaagttaaatagtaaggttatcaatttccgtcttgtttatcctcctactagtggggag 38850767  T
Q  429 atgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaag 528  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||| | ||||||||||    
T  38850766 atttgtgagagaatggttgagttgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactattgatgattcatctgagaatgagattttgcaag 38850667  T
Q  529 aaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttga 628  Q
    || ||||  ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||| |||||    
T  38850666 aacaattgaaaactcaacttgttttgcaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcatgtgaattgttttgcacgcgttttaaatcagatagttga 38850567  T
Q  629 agaggggttgaaactagttag 649  Q
    ||| | ||| |||||||||||    
T  38850566 agaagcgttaaaactagttag 38850546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University