View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3710_low_8 (Length: 572)

Name: NF3710_low_8
Description: NF3710
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3710_low_8
NF3710_low_8
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (8-554)||(55663375-55663921)
chr4 (254-529)||(55657390-55657665)
chr4 (254-529)||(55619041-55619315)
chr4 (254-529)||(55626345-55626619)
chr4 (190-554)||(52982847-52983217)
chr4 (254-554)||(54860816-54861116)
chr4 (254-513)||(3671087-3671346)
chr4 (338-529)||(54630119-54630310)
chr4 (259-529)||(55637123-55637393)
chr4 (254-434)||(54630322-54630502)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (254-529)||(13403530-13403805)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (254-554)||(9891396-9891696)
chr8 (328-427)||(17220158-17220257)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 554
Target Start/End: Original strand, 55663375 - 55663921
Alignment:
8 catcacagaaaatgtggtgtttaaaatgcaaaaacatgtttgagaaacccaataacggagcttattcacatttcacatgattccaccgcttccacgaaga 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
55663375 catcacagaaaatgaggtgtttaaaacgcaaaaacatgtttgagaaacccaataacggagcttatttacatttcacatgattccaccgcttccacaaaga 55663474  T
108 tttttcgcggctatcctgaccacggccaataaattttgatttcgaccatacaggagcacaccaaggagtgcatagaccatagaagcgtaggattttacgt 207  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
55663475 tttttcgcagctatcctgaccacggccaataaattttgatttcgaccatacaggagcacaccaaggggtgcatagaccatagaagcgtaggattttacat 55663574  T
208 ttcagatcccgatcttgtctaccatggcctcgagttagggtctcaccttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
55663575 ttcagatcccgatcttgtctaccatggcctcgagttagggtctcaccttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgt 55663674  T
308 ggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatcatctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctc 407  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
55663675 ggttgtgactctgcaagttttcaatcttttccaatccctcaacatcatctatcatctgagcatacaagttgacatctccggtgttacaaaagtttttctc 55663774  T
408 cgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
55663775 cgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaa 55663874  T
508 ccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagtt 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
55663875 ccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagtt 55663921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 254 - 529
Target Start/End: Original strand, 55657390 - 55657665
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
55657390 cttccaaccaatatgtctcaagaattttaacagccttctcataaatttcattgttgtcatgactctgcaagttttcgatcttttccaatccctcaacatc 55657489  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagaca 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
55657490 atctatcatctgagcatacaagttgacatctcccgtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctttagaaaattctcaagaccatctaaacagaca 55657589  T
454 gcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttg 529  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
55657590 gaaacaatttttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccatggctcaccaagtaccttg 55657665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 254 - 529
Target Start/End: Original strand, 55619041 - 55619315
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||  |||||| |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||    
55619041 cttccaaccaatatgtctcgagaattttaacagccttctcataaatttctttgttgtcatgactctgcaagttttcgatttttcc-aatccctcagcatc 55619139  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagaca 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
55619140 atctatcatctgagcatacaagttgacatctcccgtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctttagaaaattctcaagaccatctaaacagaca 55619239  T
454 gcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttg 529  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
55619240 gaaacaatttttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccatggctcaccaagtaccttg 55619315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 254 - 529
Target Start/End: Original strand, 55626345 - 55626619
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||  |||||| |||||||||| || ||||| ||||||||| ||||    
55626345 cttccaaccaatatgtctcgagaattttaacagccttctcataaatttctttgttgtcatgactctgcaagttttcgatttttcc-aatccctcagcatc 55626443  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagaca 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
55626444 atctatcatctgagcatacaagttgacatctcccgtgttacaaaagcttttctccgcttctccaacctttagaaaattctcaagaccatctaaacagaca 55626543  T
454 gcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttg 529  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
55626544 gaaacaatttttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccatggctcaccaagtaccttg 55626619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 190 - 554
Target Start/End: Original strand, 52982847 - 52983217
Alignment:
190 aagcgtaggattttacgtttcagatcccgatcttgtctaccatggcctcgagttagggtctcaccttc------caaccaatatgtctcgacgattctaa 283  Q
    ||||||| ||| ||| |||||||||| || ||||||| |||||||| | ||| ||| |||||| ||||      |||||||||||||||||  |||||||    
52982847 aagcgtacgatcttatgtttcagatcacggtcttgtcgaccatggcttggaggtagtgtctcatcttcatcttccaaccaatatgtctcgagaattctaa 52982946  T
284 cagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatcatctatcatctgagcatacaagttgacatc 383  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
52982947 cagcattctcataaatttcattgttgtcatgactctgcaagttttcaatcttttccaatccctcagcatcctctatcatctgagcatacaaattgacatc 52983046  T
384 gccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggcaaacaagc 483  Q
     |  |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
52983047 tctcgtgttacaaaaccttttctccgcttctccaaccttcagaatattctcaagacattctaaacagacaataataatttttggatcagggcaaacaagc 52983146  T
484 aaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagtt 554  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | | | ||||||||||||||| |||  |||| | ||||||| ||||    
52983147 aaatcacacagaggcttaatgcaatcatagctcaccaagtaccttgtaataacaacaacatttggtgagtt 52983217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 254 - 554
Target Start/End: Original strand, 54860816 - 54861116
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||  || ||  ||| || ||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
54860816 cttccaaccaatatgtctcaagaattttaacagccttctcataaatttcatagttgtcatgattctgcatgttatcaatcttttccaatccctcagcatc 54860915  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagaca 453  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||    
54860916 ctctatcatctgagcatacaagttgacatctcccgtgttaccaaagcttttctccacttctccaaccttcagaatattctcaagaccttctagacagaca 54861015  T
454 gcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagt 553  Q
    | ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  |||| | |||||||||||    
54861016 gtaacaattcttggatcagggcaaaccatcaaatcacacagaggcttaatgcaaccctggctaaccaagtaccttgtaataacaacaacatttggtaagt 54861115  T
554 t 554  Q
    |    
54861116 t 54861116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 254 - 513
Target Start/End: Original strand, 3671087 - 3671346
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||| | |||||||||||||||||||||  || ||  |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  | ||    
3671087 cttccaaccaatatgtctcaagaattttgacagccttctcataaatttcatagttgtcatgactctgcaagtttccaatcttttccaatccctccgcgtc 3671186  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagaca 453  Q
      |||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || ||||||    
3671187 ccctatcatcagagcatacaagttgacatctcccgtgtaaccggggtttttctccgcttctccaaccttcagaaaattctcaagacattgcaaacagaca 3671286  T
454 gcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgg 513  Q
    | ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
3671287 gtaacaatttttggatcagagcaaacgagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccctgg 3671346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 338 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 54630310 - 54630119
Alignment:
338 ccaatccctcaacatcatctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaag 437  Q
    |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | | ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
54630310 ccaatccctcaacatcctttatcgtctgagcatacaagttgacatctccggtgttacttatgcttttctctgcttctccaacctttagaaaattctcaag 54630211  T
438 accttctaagcagacagcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttg 529  Q
    ||||||||  || |||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
54630210 accttctagacaaacagtaactattcttggatcagggcaaactagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccctggctcaccaagtaccttg 54630119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 259 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 55637393 - 55637123
Alignment:
259 aaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatcatcta 358  Q
    ||||||||||| || |  ||| ||||||||||||||  ||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||||||| | || | || ||| | |||  ||    
55637393 aaccaatatgtttcaagaattttaacagccttctcacgaatttcattgttgtcatgactctgcaagttttcaatctctacccaaccgtcagcgtcaggta 55637294  T
359 tcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagacagcaac 458  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || ||||| | | || |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||| |||    
55637293 tcatctgaacatacaagttgacatctcccgtgtttccatagcttttatcggcttctccaaccttcagaaaattctcaagaccttctagacaaacagtaac 55637194  T
459 aattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttg 529  Q
    |||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||    
55637193 aattcttggatcatggatagcaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccttggctctccaagtaccttg 55637123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 254 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 54630502 - 54630322
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||| || |||||||||||||||||||  |||  |  |||||   |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
54630502 cttccaaccaatatctctcgagaattttagcagccttctcataaatttctctgtcttcatgactatccaagttttcaatcttttccaatcccttaacatc 54630403  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctc 434  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||  ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
54630402 ctctatcatctgagcatacaaattgacatctcccgtgttaccaaatcttttctctgcttctccaaccttcagaaatttctc 54630322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 254 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 13403805 - 13403530
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||  |||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||  | ||    
13403805 cttccaaccaatatgtctcgagaattttaacagccttctcgtaaatttcattgttgtcatgactctgcaggttctcaatcttttccaatccctccgcctc 13403706  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagaca 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||| ||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||     
13403705 atctatcatctgagcatacaagttgacatctcccgcgttaccaaagcttttctctgcttctccaatcttcagaatattctcaagaccttctaaacagacg 13403606  T
454 gcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttg 529  Q
    | ||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
13403605 gtaacaattcttggatcggggcaaacaagaagatcacacagaggcttaatgcaaccctggctcaccaagtaccttg 13403530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 4e-64; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 254 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 9891696 - 9891396
Alignment:
254 cttccaaccaatatgtctcgacgattctaacagccttctcataaatttcaatgtggttgtgactccgcaagttttcaatctttcccaatccctcaacatc 353  Q
    ||||||||||||||||||| |  ||| | ||||||||| |||||||||||  || ||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||    
9891696 cttccaaccaatatgtctcaagaattttgacagccttcccataaatttcatagttgtcatgactctgcaagttttcaatcttttccaatccctcagcgtc 9891597  T
354 atctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaaaattctcaagaccttctaagcagaca 453  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||    ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| ||||||    
9891596 ctctatcatcagagcatacaagttgacatctcctgtgtaaccggggtttttccccgcttctccaaccttcagaaaatcctcaagacattgtaaacagaca 9891497  T
454 gcaacaattgttggatcagggcaaacaagcaaatcacacagaggtttaatgcaaccctgggtcaccaagtaccttggaatggcaacgaaatttggtaagt 553  Q
    | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| || |||| ||   |||| | |||||||||||    
9891496 gtaacaatttttggatcagagcaaacaagcaaatcacacagaggcttaatgcaaccctggctcgccaaataacttgtaacaacaacaacatttggtaagt 9891397  T
554 t 554  Q
    |    
9891396 t 9891396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 328 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 17220257 - 17220158
Alignment:
328 tcaatctttcccaatccctcaacatcatctatcatctgagcatacaagttgacatcgccggtgttacaaaagtttttctccgcttctccaacctccagaa 427  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
17220257 tcaatcttttccaatccctcagcatcttctatcatttgagcatacaagttgacatctcccgtgttaccaaagcttttctccgcttctccaaccttcagaa 17220158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University