View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3715_low_2 (Length: 459)

Name: NF3715_low_2
Description: NF3715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3715_low_2
NF3715_low_2
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (174-444)||(45644907-45645190)
chr4 (98-364)||(1389917-1390191)
chr4 (83-147)||(45644842-45644906)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (94-437)||(34645632-34645987)
chr5 (94-431)||(34665326-34665675)
chr5 (96-437)||(19649558-19649911)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (94-409)||(14182577-14182898)
chr8 (94-409)||(40717336-40717657)
chr8 (94-429)||(14191517-14191864)
chr8 (120-376)||(14200557-14200819)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (95-408)||(34302291-34302610)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (324-409)||(45396705-45396790)
chr2 (324-409)||(28402695-28402780)
chr2 (324-409)||(44491559-44491644)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 174 - 444
Target Start/End: Original strand, 45644907 - 45645190
Alignment:
Q  174 ttgtcaatgcagcacatcgttccatcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttc 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45644907 ttgtcaatgcagcacatcgttccatcattcgtgtcaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttc 45645006  T
Q  274 ttatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagtttatatggt-------atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaa 366  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45645007 ttatctcatgaactattgagttggtaccccaccatttaagtttatatggtattatcgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaa 45645106  T
Q  367 acaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaatccatcaaa------aagttacaaaaacattccttgttcttctatcctatg 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45645107 acaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaatccatcaaaatcatcaagttacataaacattccttgttcttctatcctatg 45645190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 98 - 364
Target Start/End: Original strand, 1389917 - 1390191
Alignment:
Q  98 tttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgttcca 197  Q
    |||||||||||||| || ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||    ||||||||||    
T  1389917 tttagtgttgaactcatccaccgtgactcttcaaaatcaccactctaccaacctacacaaaataaataccaacgtg-tgtcaatgccatgcatcgttcca 1390015  T
Q  198 tcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcagttgg 297  Q
    |   ||||| | ||||||||||  || |||| ||  | |  | |||| |||| ||||||||||||  || ||||   | ||| |||||||||||||| ||    
T  1390016 ttgatcgtgtcgatcatttctactaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaaggtgagtttcttatgacctattcagtcgg 1390115  T
Q  298 taccccaccatttaagt--ttatatggt-------atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgt 364  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  1390116 taccccaccattaaagttattatatggtattgttgatacaggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgt 1390191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 83 - 147
Target Start/End: Original strand, 45644842 - 45644906
Alignment:
Q  83 ccatgctgtggtggttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45644842 ccatgctgtggtggttttagtgttgaacttattcaccgcgactcctcaaaatcaccactctacaa 45644906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 7e-90; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 94 - 437
Target Start/End: Original strand, 34645632 - 34645987
Alignment:
Q  94 tggttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgt 193  Q
    |||||||||||||||||| || ||| | |||||| |||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  34645632 tggttttagtgttgaactcatccaccgtgactccccaaaatcaccatactacaaacctaccgaaaataaataccaacactttgtcgatgcagcacgtcgt 34645731  T
Q  194 tccatcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcag 293  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  | |||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||  ||||||||||||||||||||    
T  34645732 tccatcaatcgtgccaatcatttctttaaagattctgacacaagtacacctgaatcaactgtaatccccgataggggtggttatctcatgacctattcag 34645831  T
Q  294 ttggtaccccaccatttaagtttatatggt-------atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaacca 386  Q
    |||||||||| |||  ||||  ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34645832 ttggtacccctccaactaag-atatatggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaacaatgttacaaccaaacca 34645930  T
Q  387 ctcctaagtttaatccatcaaaa------agttacaaaaacattccttgttcttcta 437  Q
    |||| |  |||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34645931 ctcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaacattccttgttcgtcta 34645987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 94 - 431
Target Start/End: Original strand, 34665326 - 34665675
Alignment:
Q  94 tggttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgt 193  Q
    |||||||||||||||||| || ||| | |||||| |||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  34665326 tggttttagtgttgaactcatccaccgtgactccccaaaatcaccatactacaaacctaccgaaaataaataccaacactttgtcgatgcagcacgtcgt 34665425  T
Q  194 tccatcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcag 293  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  | |||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||  ||||||||||||||||||||    
T  34665426 tccatcaatcgtgccaatcatttctttaaagattctgacacaagtacacctgaatcaactgtaatccccgataggggtggttatctcatgacctattcag 34665525  T
Q  294 ttggtaccccaccatttaagtttatatggt-------atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaacca 386  Q
    |||||||||| |||  ||||  |||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34665526 ttggtacccctccaactaag-atatacggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtgagccttgtgaacaatgttacaaccaaacca 34665624  T
Q  387 ctcctaagtttaatccatcaaaa------agttacaaaaacattccttgtt 431  Q
    |||| |  |||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||    
T  34665625 ctcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaacattccttgtt 34665675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 96 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 19649911 - 19649558
Alignment:
Q  96 gttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgttc 195  Q
    |||||||| ||||||| || ||| |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| || ||||||||||| |||| ||| ||    
T  19649911 gttttagttttgaactcatccaccgcgattcttcaaaatcaccactctacaaacctgcacaaaacaaattccagcatgttgtcaatgctgcacgtcggtc 19649812  T
Q  196 catcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcagtt 295  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | |||| |||| ||| | | ||||||||||||||| ||      ||||  ||||   ||| | ||||| ||||| |||    
T  19649811 catcaatcgtgccaatcgtttatttaaagattccctctccaatacacctgaatcaaccgtatatgtcaatggaggtgagtatttgatgacttattcggtt 19649712  T
Q  296 ggtaccccaccatttaagtttatatggt-------atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaaccact 388  Q
    ||||| || || ||||| | ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  19649711 ggtacacctccgtttaa-tgtatatggtgttgttgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtaagccttgtgaacaatgctacaagcaaaccact 19649613  T
Q  389 cctaagtttaatccatcaaa------aagttacaaaaacattccttgttcttcta 437  Q
    ||||  |||||||| |||||      |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  19649612 cctatatttaatccttcaaaatcatcaagttacaaaaatattccttgctcttcta 19649558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 94 - 409
Target Start/End: Original strand, 14182577 - 14182898
Alignment:
Q  94 tggttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgt 193  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||  |||    
T  14182577 tggttttagtgttgaactcatccaccgcgactcctcaaaatcaccactataccaacctacacaaaacaaataccaacatattgtcaatgccgcacgccgt 14182676  T
Q  194 tccatcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcag 293  Q
    || |||| |||||||||||||||||| |||| | | ||| |||  |||||| |||||||||| |||||| ||   ||    |||||||||||||||||||    
T  14182677 tctatcaatcgtgccaatcatttctacaaaactgccctcacaaacacacctcaatcaactgtaatccccgatcatggcgagtatctcatgacctattcag 14182776  T
Q  294 ttggtaccccaccatttaagtttatatgg-------tatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaacca 386  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |    
T  14182777 ttggtaccccaccatttaag-ttatatggcattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgcaaagaatgttacaatcaaacaa 14182875  T
Q  387 ctcctaagtttaatccatcaaaa 409  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  14182876 ctcctaagtttaaaccatcaaaa 14182898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 94 - 409
Target Start/End: Original strand, 40717336 - 40717657
Alignment:
Q  94 tggttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgt 193  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||| |||| ||||    
T  40717336 tggttttagcgttgaacttatccaccgcgactcttcaaaatcaccattctaccaacctacacaaaacaagtaccaaaaagttgtgaatgccgcacgtcgt 40717435  T
Q  194 tccatcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcag 293  Q
    || ||||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||| |||||||||||| ||| |||||  |||  |||   ||||| ||||||||||||     
T  40717436 tctatcaaccgtgctaatcatttctacaaaaattcacttacaagttcacctgaatcaaatgtaatccctgataatggtgagtatctgatgacctattcaa 40717535  T
Q  294 ttggtaccccaccatttaagtttatatggtat-------acaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaacca 386  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40717536 ttggtagcccaccatttaag-ttatatggcattgttgacacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaacaatgttacaaccaaacca 40717634  T
Q  387 ctcctaagtttaatccatcaaaa 409  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  40717635 ctcctaagtttaaaccatcaaaa 40717657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 94 - 429
Target Start/End: Original strand, 14191517 - 14191864
Alignment:
Q  94 tggttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgt 193  Q
    |||||||||||||||||| || ||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |  ||||| |||| |||| ||||    
T  14191517 tggttttagtgttgaactcatccaccgcgactctttaaaatcaccactctataaacctactcaaaataaataccaatattttgtcgatgccgcacgtcgt 14191616  T
Q  194 tccatcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcag 293  Q
    |||||||  |||||||||||||| || ||| |||| || |||| || |||| |||||||||| |||||| |||  ||    ||||| |||||||||||||    
T  14191617 tccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaatccccgatatcggcgagtatctaatgacctattcag 14191716  T
Q  294 ttggtaccccaccatttaagtttatatggt-------atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaacca 386  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||       |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  14191717 ttggtacaccaccatttaag-ttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaacca 14191815  T
Q  387 ctcctaagtttaatccatcaaa------aagttacaaaaacattccttg 429  Q
    |||||| ||||||||| || ||      |||||||||||||||||||||    
T  14191816 ctcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaacattccttg 14191864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 120 - 376
Target Start/End: Original strand, 14200557 - 14200819
Alignment:
Q  120 gcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgttccatcattcgtgccaatcatttcta 219  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||| | ||| |||||| |  | |||||||||||  |||| ||| ||||||||    
T  14200557 gcgactcttcaaaatcaccattctaccaacctacacaaaacaaatacgaacgcattgccaatgcggtgcgtcgttccatcaaccgtgtcaaccatttcta 14200656  T
Q  220 taaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcagttggtaccccaccatttaagtttata 319  Q
     ||| |||||||| | ||||||||| |||||||||| | | |  ||| ||||   ||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||  |||     
T  14200657 caaatattctctcactagtacacctcaatcaactgtaaactctgataaaggtgagtatctcatgagttattcaattggtactccaccatttaag-gtatt 14200755  T
Q  320 tgg-------tatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttac 376  Q
    |||        |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14200756 tggctttgttgatacaggtagtgaccttgtttggcttcaatgtgagccttgtaaacaatgttac 14200819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 95 - 408
Target Start/End: Original strand, 34302291 - 34302610
Alignment:
Q  95 ggttttagtgttgaacttattcactgcgactcctcaaaatcaccactctacaaacctacacaaaataaataccaacacgttgtcaatgcagcacatcgtt 194  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  34302291 ggttttagtattgaacttatacaccgtgactcctcaaaatcacctttctacaaacctacacaaaacaaataccaacatgttgtcgatgcagtacatcgtt 34302390  T
Q  195 ccatcattcgtgccaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgacctattcagt 294  Q
    | |||| ||||| |||||| |   | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |  ||   |||  |||| |||||| |||||||||    
T  34302391 cgatcaatcgtgtcaatcactctaacaaaaattctcttgcaagtacacctgaatcaactgtaatctcttatgagggtgattatatcatgagctattcagt 34302490  T
Q  295 tggtaccccaccatttaagtttatatggt-------atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaaccac 387  Q
    ||| ||||||||| ||||| | |||||||       ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  34302491 tggcaccccaccaattaag-tcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgttacaatcaaaccac 34302589  T
Q  388 tcctaagtttaatccatcaaa 408  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  34302590 tcctaagtttaatccatcaaa 34302610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 324 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 45396790 - 45396705
Alignment:
Q  324 atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaatccatcaaaa 409  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||   ||||| ||| |||||| ||||||  |||||||| ||||||    
T  45396790 atacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagccttgtaatacatgtttcaatcaaacctctcctatatttaatccttcaaaa 45396705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 324 - 409
Target Start/End: Original strand, 28402695 - 28402780
Alignment:
Q  324 atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaatccatcaaaa 409  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |   ||||| ||| |||||| ||||||  |||||||| ||||||    
T  28402695 atacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagccttgtcatacatgtttcaatcaaacctctcctatatttaatccttcaaaa 28402780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 324 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 44491644 - 44491559
Alignment:
Q  324 atacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaaccaaaccactcctaagtttaatccatcaaaa 409  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||   ||||||||| |||||| | ||||  |||||||| ||||||    
T  44491644 atacaggtagtgacttagtttggcttcaatgcaagccttgcaatatatgttacaagcaaacctcgcctatatttaatccttcaaaa 44491559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University