View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3721_high_1 (Length: 473)

Name: NF3721_high_1
Description: NF3721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3721_high_1
NF3721_high_1
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (2-451)||(36196595-36197047)
chr8 (2-451)||(36188278-36188726)
chr8 (2-451)||(36209719-36210159)
chr8 (2-292)||(36202310-36202600)
chr8 (2-385)||(36207688-36208072)
chr8 (2-385)||(36184500-36184888)
chr8 (1-232)||(36198962-36199194)
chr8 (2-285)||(36213218-36213501)
chr8 (2-360)||(36200857-36201215)
chr8 (267-348)||(36198878-36198958)
chr8 (247-359)||(36214722-36214833)
chr8 (2-45)||(36183441-36183484)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 36197047 - 36196595
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||| |||||  || |||||||    
36197047 cagaaagagctcatcttttgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcgtgggagactcgatttaggtgagattgg 36196948  T
102 tatcccc---tttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgata 198  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36196947 tatccccccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgata 36196848  T
199 caattgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacac 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36196847 caattgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacac 36196748  T
299 catgttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatatccgagac 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36196747 catgttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatatccgagac 36196648  T
399 atgtatccattatggtaagatttcccctgtttcttgcagtaatttcgtctgtg 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36196647 atgtatccattatggtaagatttcccctgtttcttgcagtaatttcgtctgtg 36196595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 36188726 - 36188278
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||  |  |||||||    
36188726 cagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattgg 36188627  T
102 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36188626 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 36188527  T
202 ttgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacaccat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36188526 ttgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacaccat 36188427  T
302 gttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatatccgagacatg 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36188426 gttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatatccgagacatg 36188327  T
402 tatccattatggtaagatttcccctgtttcttgcagtaatttcgtctgtg 451  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
36188326 tatccattatggtaagattt-ccctttttcttgcagtaatttcctctgtg 36188278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 2 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 36210159 - 36209719
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||  |  |||||||    
36210159 cagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattgg 36210060  T
102 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||       
36210059 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgata--- 36209963  T
202 ttgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacaccat 301  Q
         ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
36209962 -----agagacatggcatgattttcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgcacatcgtttggaaaacaccat 36209868  T
302 gttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatatccgagacatg 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
36209867 gttggagagattagaggttgagaagtgc-tttgcagttatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatgtccgatacatg 36209769  T
402 tatccattatggtaagatttcccctgtttcttgcagtaatttcgtctgtg 451  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
36209768 tatccattatggtaagatttcccttgtttcttgcagtaatttcctctgtg 36209719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 36202600 - 36202310
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||| | |||||    
36202600 cagaaagagctcttctactgtgtgctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtaatgtatgatctccatggtagacttgatttaagtgaaattgg 36202501  T
102 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||    
36202500 tatgccctttggtgaagatcataagggttgcaagatattgctgacatctacaaatttggaggttttatccaaagaaatgaaggttcataaattgatacaa 36202401  T
202 ttgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttgga 292  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||| |||||||    
36202400 ttgtcagagacatgaaatgaatctcttcttactagagcgtttgaagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgaacatagtttgga 36202310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 36208072 - 36207688
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||    
36208072 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagataaagaaactgcaaacagtactagttgtactgtatgatcttcatggtagacttgatttaggtgagattgg 36207973  T
102 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||  | || ||||||||| ||||||| ||||||    
36207972 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagctcggaggctttatccaaacatatgaaggttgataaattaatacaa 36207873  T
202 ttgtgagagacatgacatga-ttctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacacca 300  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||||| || | ||| | || |||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| | | ||||||||||    
36207872 ttatcagagacatgacatgatttctcttccaaccagtgtgttagaagtagagttgatgaaaatttgaagtccaaacatgcacatcatatcgaaaacacca 36207773  T
301 tgttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttg-tattctgtcaaatgcttgtgtttgta 385  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||  ||||| | | || |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||    
36207772 tgttggagagattagaggttcacatgtg-atttgttgttgtatatgaactaagattttgtttttctgttaaatgcttgtgcttgta 36207688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 36184888 - 36184500
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  || |||||||    
36184888 cagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggtagacttgatttaggtgagattgg 36184789  T
102 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||  |||||  | || ||||||||| ||||| ||||||||    
36184788 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatcaacaagctcggaggcattatccaaacatatgaaggttgataaagtgatacaa 36184689  T
202 ttgtgagagacatgacatgattct-cttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacacca 300  Q
    || | ||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| | ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||| |  |||| ||||||    
36184688 ttatcagagacatgacatgatttttcttccaactagagtgttagaagcagagttgatgaaaatctgaagtccaaacatgaatatcatacggaagacacca 36184589  T
301 tgttggagagattagag----gttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttg-tattctgtcaaatgcttgtgtttgta 385  Q
    |||||||||||||||||    ||| | ||||||||| || | | ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||    
36184588 tgttggagagattagagagaggttcacaagtgcttt-gttgttgtagatgaactaagattttgtttttctgttaaatgcttgtgcttgta 36184500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 36199194 - 36198962
Alignment:
1 acagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
36199194 acagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgatttaagtaagattg 36199095  T
101 gtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatct------acaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaatt 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||| ||    
36199094 gtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaactacaagtttggagattttatccaaacaaatgaaggttcataactt 36198995  T
195 gatacaattgtgagagacatgacatgattctcttccaa 232  Q
    ||||||| |     ||||||||||||||| ||||||||    
36198994 gatacaact-----agacatgacatgattatcttccaa 36198962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 36213501 - 36213218
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||  || |||||||    
36213501 cagaaagagctcatcttatttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgggagactcgatttaggtgagattgg 36213402  T
102 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||| |||    
36213401 tgtcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattactcacatctacaagtgtggaggttttatccaatcaaatgaaggctcataaattgattcaa 36213302  T
202 ttgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatc 285  Q
    || | ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||| ||||||| |||| |||||   |||||||||||||||||||    
36213301 ttatcagagacatgacatgattctcttcaaactaaagtgtttgaagcagagttgataaaaatttgaagtccaaacatgcacatc 36213218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 36201215 - 36200857
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgattttagtaagattgg 101  Q
    |||| ||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  |  |||||||    
36201215 cagatagagctcatcttatttgtgctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcatggtagatttgatttaggggagattgg 36201116  T
102 tatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaa 201  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||| |||     
36201115 tgtcccctttggtgaagatcataatggttgcaaggtattgctcacacctaaaagtgtggaggttttatccgaacaaatgacagttcataaattgacacag 36201016  T
202 ttgtgagagacatgacatga-ttctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacacca 300  Q
    || | |||||||||| |||| |||| |||| || |||  ||||| ||||||| ||| |||||     ||| |||||||||||||| | |||||| |||||    
36201015 ttatcagagacatgatatgatttcttttcctactagactgtttgaagcagagttgacgaaaacttgtagttcaaacatgcacatcatatggaaagcacca 36200916  T
301 tgttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgt 360  Q
    |||||||| |||||| |||||| | |||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||    
36200915 tgttggagtgattagtggttgacaggtgc-tgtgttggtgtagatgaactaagattttgt 36200857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 267 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 36198958 - 36198878
Alignment:
267 aagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaa 348  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||    
36198958 aagtctaaacatgcacatcctttggaaaacacaatgttggagagattagagattggtaagtgctttt-taggtatagatgaa 36198878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 247 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 36214833 - 36214722
Alignment:
247 gcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatg 346  Q
    ||||||||| |||||||   |||||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||     
36214833 gcagagatggtgaaaatttgaagtccaaacatgcactttatttggaaaacacaatgttggggagattagagattgacaagtgc-tttgttggtatagatc 36214735  T
347 aactaagattttg 359  Q
    || ||||| ||||    
36214734 aattaagactttg 36214722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 36183484 - 36183441
Alignment:
2 cagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaa 45  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
36183484 cagaaagagctcttattttgtgtgctaagatgaaggagctgcaa 36183441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University