View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3727-Insertion-3 (Length: 907)

Name: NF3727-Insertion-3
Description: NF3727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3727-Insertion-3
NF3727-Insertion-3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-895)||(42212230-42213121)
chr3 (572-895)||(42224446-42224769)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 744; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 744; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 42213121 - 42212230
Alignment:
Q  8 aattctttcccacatacatcactaataat------gattaaatttcagttaaccgtgacaaaagtgcttaattagttgggtagtttgtcacatcgaatta 101  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42213121 aattctttctcacatacatcactaataataataatgattaaatttcagttaaccgtgacaaaagtgcttaattagttgggtagtttgtcacatcgaatta 42213022  T
Q  102 attaaatattctaaatactaattagacttataactctattttggaccaaataatcaatcatagaaacatactatctccggcaagtcaacaacagaaccta 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42213021 attaaatattctaaatactaattagactcata-ctttattttgtaccaaataatcaatcatagaaacatactatctccggcaagtcaacaacagaaccta 42212923  T
Q  202 cgactaattttgctcaaagataatgtcaaacaataatacatatattgttgtaaactttatgatcaaagcaaatgaaataatatgtctatagatcgtgata 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42212922 cgactaattttgctcaaagataatgtcaaacaataatacatatattgttgtaaactttatgatcaaagcaaatgaaataatatgtctattgatcgtgata 42212823  T
Q  302 agtgttttattgtcaaggttacatgttacatcttagcctaaaaagtatatacaagtaaacgatgagttgtgtattatcacacttttgagttgaaaaggtc 401  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212822 tgtgttttattgtcaaggttacatgttacatcttagcctaaaaagtatattcaagtaaacgatgagttgtgtattatcacacttttgagttgaaaaggtc 42212723  T
Q  402 nnnnnnntttctcaaattttaccgcgtccaaatgcaaaaatactatgaccagttcttttcctactactactaaaaccaaagtccaaaggcaccatttagc 501  Q
           || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212722 aaaaaaatt-ctcaaattttaccgcgtccaaatacaaaaatactatgaccagttcttttcctactactactaaaaccaaagtccaaaggcaccatttagc 42212624  T
Q  502 agacatcaaatatcaaacaaggatttcagtcctactactaccaaccacattgagctatactactatcaatatgatccaaatacgacttattttgctccta 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212623 agacatcaaatatcaaacaaggatttcagtcctactactaccaaccacattgagctatactactatcaatatgatccaaatacgacttattttgctccta 42212524  T
Q  602 tgtttcctactttctcatttccatgtcatcatttgcaacaataacacagacaaagatgttcttctatcattcaaattacaagtaactgatccaaacaatg 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42212523 tgtttcctactttctcatttccatgtcatcatttgcaacaataacacagacaaagatattcttctatcattcaaattacaagtaactgatccaaacaat- 42212425  T
Q  702 gccttgtccagttggaaacaagattctaatcactgtacctggtacggtgtcaactgttccagagttgatgaaggagttcaatctctaaccttacggggac 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42212424 gccttgtccagttggaaacaagattctaatcattgtacctggtatggtgtcaactgttccaaagttgatgaaagagttcaatctctaaccttacggggac 42212325  T
Q  802 ttggcctctctggtaaactaccctct-acctctccaacctgacttaccttcattcacttgacctttcc-ataacacttctccatggccaaattcca 895  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  42212324 ttggcctctctggtaaactaccctctaacctctccaacctcacttaccttcattcacttgacctttccaataacactt-ttcatggccaaattcca 42212230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 572 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 42224769 - 42224446
Alignment:
Q  572 atgatccaaatacgacttattttgctcctatgtttcctactttctcatttccatgtcatcatttgcaacaataacacagacaaagatgttcttctatcat 671  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||  ||||  | |||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  42224769 atgatccatatacgacttattttgttcctatgcatcacacttcataattttcatggcatcatttgcagcaataacactgacaaagatattcttctatcat 42224670  T
Q  672 tcaaattacaagtaactgatccaaacaatggccttgtccagttggaaacaagattctaatcactgtacctggtacggtgtcaactgttccagagttgatg 771  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  42224669 tcaaattacaagtaactgatccaaacaatg-ctttgtccagttggaaacaagattctaatcattgtacctggtatggtgtcaactgttccaaagttgatg 42224571  T
Q  772 aaggagttcaatctctaaccttacggggacttggcctctctggtaaactaccctct-acctctccaacctgacttaccttcattcacttgacctttcc-a 869  Q
    || ||||||||||||||||||||   ||||||   |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42224570 aaagagttcaatctctaaccttatcaggacttaaactctctggtaaactaccccctaacctctccaacctcacttaccttcattcacttgacctttccaa 42224471  T
Q  870 taacacttctccatggccaaattcca 895  Q
    |||||||| | |||||||||||||||    
T  42224470 taacactt-ttcatggccaaattcca 42224446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University