View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3727-Insertion-4 (Length: 847)

Name: NF3727-Insertion-4
Description: NF3727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3727-Insertion-4
NF3727-Insertion-4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-847)||(33799396-33800243)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 847
Target Start/End: Original strand, 33799396 - 33800243
Alignment:
Q  7 actggagacaaggaccaaaatccattcattattactgacctcaaatagacgcaaagatgatgcaaaccttgctccagaaactcaatcttcttccccactt 106  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33799396 actgcagacatggaccaaaatccattcattattactgaccttaaatagacgcaaagatgatgcaaaccttgctccagaaactcaatctccttccccactt 33799495  T
Q  107 gtcttattacagtgctgttttaaaaatatttatttcatgtctcttatttcaaaatataaatcattccatgagtagcaaccaaaacatgtcagattaattt 206  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33799496 gtcttattacagtgctgctttaaaaatatttatttcatgtctcttatttcaaaatataaatcattccatgagtagcaaccaaaacatgtcagattaattt 33799595  T
Q  207 ggcctggataccaaagagcaccaggaccccgcagaacatgtgatacttactgattgggttatatgggatcattatcttttattttcccttgatttgatga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33799596 ggcctggataccaaagagcaccaggaccccgcagaacatgtgatacttactgattgggttatatgggatcattatcttttattttcccttgatttgatga 33799695  T
Q  307 tggttt--acagtacaatttaatcccacaataaaaatactgaaatatcttaattaagagctgtcatgaattaacaaccgtggcctctcagtatgagcaaa 404  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33799696 tggtttttacagtacaatttaatcccacaataaaaatactgaaatttcttaattaggagctgtcatgaattaacaaccgtggcctctcagtatgagcaaa 33799795  T
Q  405 tgccaatatcttattaaatcattttatcaactagtagtaatttatgaactccagtaaattacttgtagtatgtcacaatgcatttgccgtaccgggagat 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33799796 tgccaatatcttattaaatcattttatcaactagtagtaatttatgaactccagtaaattacttgtagtatgtcacaatgcatttgccgtaccgggagat 33799895  T
Q  505 ttctgaatacaactgtgttattcgaacaaagactttaatttgacacaaaaatggatatccatcgctaaccacattatagtacttcatgagccactaaaat 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33799896 ttctgaatacaactgtgttattcgaacaaagactttaatttgacacaaaaatggatatccatcgttaaccgcattataggacttcatgagccactaaaat 33799995  T
Q  605 gtatgcaattaatcttgac---nnnnnnnnngtatgcaattaatcacttatttgacatacttctcatt-agttaccattaaaatacaagtcattgaccac 700  Q
    | |||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33799996 gcatgcaattaatcttgacaaaaaaaaaaaagtatgcaattaatcacttatttgacatatttctcattaagttaccattaaaatacaagtcattgaccac 33800095  T
Q  701 ttatttaacacttgtagcacgt---nnnnnnnnncacttattattaatcactcaaaagtacttctttagccactaaaatctagatatctcataaaccact 797  Q
    ||||||||||||| ||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33800096 ttatttaacacttatagcacgtaaaaaaaaaaaacactta-tattaatcactcaaaagtacttctttagccactaaaatctagatatctcataaaccact 33800194  T
Q  798 cagcaaaggacattacatatgtcatggagcaaggtcaatagaatcaatga 847  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33800195 cagcaaaggacattacatatgtcat-gagcaaggtcaatagaatcaatga 33800243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University