View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3728_low_36 (Length: 240)

Name: NF3728_low_36
Description: NF3728
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3728_low_36
NF3728_low_36
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (8-232)||(28079568-28079792)
chr3 (8-232)||(28144042-28144266)
chr3 (8-232)||(28130114-28130338)
chr3 (9-232)||(27998743-27998966)
chr3 (9-193)||(27909963-27910147)
chr3 (1-232)||(11408951-11409179)
chr3 (1-232)||(28047574-28047802)
chr3 (7-232)||(28472041-28472263)
chr3 (7-232)||(28492082-28492304)
chr3 (11-230)||(28178194-28178413)
chr3 (9-232)||(28513063-28513283)
chr3 (1-232)||(17749055-17749283)
chr3 (1-232)||(19050375-19050603)
chr3 (8-109)||(27963032-27963133)
chr3 (26-207)||(27464111-27464292)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-232)||(9329987-9330215)
chr4 (1-232)||(9383770-9383998)
chr4 (8-192)||(9329730-9329914)
chr4 (8-192)||(9383513-9383697)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-233)||(8694414-8694640)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Original strand, 28079568 - 28079792
Alignment:
Q  8 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttc 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28079568 gattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagtgtgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttc 28079667  T
Q  108 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggagga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  28079668 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatacaggactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaagaaaagggaagga 28079767  T
Q  208 ttcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
     || |||||||||||| ||||||||    
T  28079768 atcaagaggtgaaatagttgatgat 28079792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Original strand, 28144042 - 28144266
Alignment:
Q  8 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttc 107  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28144042 gattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagattgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttc 28144141  T
Q  108 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggagga 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||    
T  28144142 aactgtcaactgttgttagcctagtgttgttggagagattgaaaataaaggattgtgagggtcttgaaaacataataataggtgaaagaaaagggaagga 28144241  T
Q  208 ttcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
     || ||||||||||| ||| |||||    
T  28144242 atcaagaggtgaaattattaatgat 28144266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Original strand, 28130114 - 28130338
Alignment:
Q  8 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttc 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |    
T  28130114 gattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgttattgaaaggatgcccgatgttgatctccctattac 28130213  T
Q  108 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggagga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  28130214 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagacgctggaaataattgactgtgagcttcttgaaaacataataatagatgaaagaaaagggcagga 28130313  T
Q  208 ttcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
     ||||||||||||||| | ||||||    
T  28130314 atcgagaggtgaaatagtcgatgat 28130338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 232
Target Start/End: Original strand, 27998743 - 27998966
Alignment:
Q  9 attgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttca 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||| |||   ||  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27998743 attgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagcgtgttgctggaaggatgcccgatgttgatctccctatttca 27998842  T
Q  109 actgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggaggat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||     
T  27998843 actgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggtaataaaggactgtgagggtcttgaaaacataataattgatgaaagaaaagggaaggaa 27998942  T
Q  209 tcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    || ||||||||||| ||| |||||    
T  27998943 tcaagaggtgaaattattaatgat 27998966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 9 - 193
Target Start/End: Original strand, 27909963 - 27910147
Alignment:
Q  9 attgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttca 108  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||  |||| |||  | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27909963 attgcaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccctatttca 27910062  T
Q  109 actgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaa 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27910063 actgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaa 27910147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 11408951 - 11409179
Alignment:
Q  1 catcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctcc 100  Q
    ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||  |||| | ||||||||||||||||||||    
T  11408951 catcaaggattgtacaaatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgttgttgaaaagatgcccgatgttgatctcc 11409050  T
Q  101 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaag 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||   ||||||||||||||||| |    
T  11409051 ctgtttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaataaatgactgtggatgtcttgaatac---ataatagatgaaaggaacg 11409147  T
Q  201 gggaggattcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
     |||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  11409148 aggaggaattgagaggtgaaatagttgatgat 11409179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 28047574 - 28047802
Alignment:
Q  1 catcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctcc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  | || |||  | ||||||||||||||||||||    
T  28047574 catcaaggattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtatcgttggaaggatgcccgatgttgatctcc 28047673  T
Q  101 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||   |||||||||||||| ||||    
T  28047674 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgtcgttggagagattggaaatagatgactgtggatgtcttgaatac---ataatagatgaaagaaaag 28047770  T
Q  201 gggaggattcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
     | |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  28047771 agcaggaatcgagaggtgaaatagttgatgat 28047802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 28472263 - 28472041
Alignment:
Q  7 ggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctattt 106  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28472263 ggattgtaaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaatctaaagagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatattt 28472164  T
Q  107 caactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggagg 206  Q
    ||| |||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| || |||    
T  28472163 caaatgtcaactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaatac---ataatagatgaaagaaaatggcagg 28472067  T
Q  207 attcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    | |||||| || ||||| ||||||||    
T  28472066 aatcgagaagtaaaatagttgatgat 28472041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 28492304 - 28492082
Alignment:
Q  7 ggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctattt 106  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28492304 ggattgtaaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaatctaaagagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatattt 28492205  T
Q  107 caactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggagg 206  Q
    ||| |||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| || |||    
T  28492204 caattgtcaactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaatac---ataatagatgaaagaaaatggcagg 28492108  T
Q  207 attcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    | |||||| || ||||| ||||||||    
T  28492107 aatcgagaagtaaaatagttgatgat 28492082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 230
Target Start/End: Original strand, 28178194 - 28178413
Alignment:
Q  11 tgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttcaac 110  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||  |  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28178194 tgtaaacatttaaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctctgcaatctaaagagtctttcattggaagaatgcccgatgttgatatccctatttcaac 28178293  T
Q  111 tgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggaggattc 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||  || ||||| || |     
T  28178294 tgtcaactgttgttagcctagtgttgttggagaaactggaaataattgattgtgagcgccttgaaaacataataatagttgaaaaaaacggggacgaatt 28178393  T
Q  211 gagaggtgaaataattgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28178394 gagaggtgaaataattgatg 28178413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 28513283 - 28513063
Alignment:
Q  9 attgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttca 108  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||  | ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28513283 attgtaaacgtttgaaaatcttattcgagtgcaacataaacctctgcaatctaaagagtctttcattggaacgatgcccgatgttgatctccatatttca 28513184  T
Q  109 actgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggaggat 208  Q
    |||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| || ||||     
T  28513183 actgtcaactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaatac---ataatagatgaaagaaaatggcaggaa 28513087  T
Q  209 tcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    |||||| || ||||| ||||||||    
T  28513086 tcgagaagtaaaatagttgatgat 28513063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 17749283 - 17749055
Alignment:
Q  1 catcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctcc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||  ||  |  ||||||||||||||| |||    
T  17749283 catcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtcc 17749184  T
Q  101 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaag 200  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   |||||||| ||   |||||||||||||| ||||    
T  17749183 ttatttcatctgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatagaggactgtggatgtcttgaatac---ataatagatgaaagaaaag 17749087  T
Q  201 gggaggattcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  17749086 gggaggaatcaagaggtgaaatagttgatgat 17749055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 19050603 - 19050375
Alignment:
Q  1 catcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctcc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||  ||  |  ||||||||||||||| |||    
T  19050603 catcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtcc 19050504  T
Q  101 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaag 200  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   |||||||| ||   |||||||||||||| ||||    
T  19050503 ttatttcatctgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatagaggactgtggatgtcttgaatac---ataatagatgaaagaaaag 19050407  T
Q  201 gggaggattcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  19050406 gggaggaatcaagaggtgaaatagttgatgat 19050375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 109
Target Start/End: Original strand, 27963032 - 27963133
Alignment:
Q  8 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttc 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  27963032 gattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgtcattggaaggatgcccgatgttgatctccccatttc 27963131  T
Q  108 aa 109  Q
    ||    
T  27963132 aa 27963133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 27464292 - 27464111
Alignment:
Q  26 agcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgtta 125  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||| | |||||  || |||||    |||||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |     
T  27464292 agcttatttaagtgcaagctaaacctctgcaatttgaagagtgtgacattggagggatgcccattgttgacctccctatttcaaccgtcaactgctcgtt 27464193  T
Q  126 gcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaaggggagga 207  Q
    || ||||||||||||||   ||||| ||||  || |||||| |||||| |||||||||||  |||||||| |||| ||||||    
T  27464192 gcttagtgttgttggaggttttggagatattggaatgtgagtgtcttgtaaacataataaaggatgaaagaaaagaggagga 27464111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 9330215 - 9329987
Alignment:
Q  1 catcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctcc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||| ||   | ||||||||||||||||||||    
T  9330215 catcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctcc 9330116  T
Q  101 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaag 200  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||||||| | || ||||   |||||||| ||   |||||||||||| | ||||    
T  9330115 ttatttcaactgtcaacagctgttagcttagtgtcgttagacagattggaaataaaggaatgtggaagtcttgaatac---ataatagatgaaggaaaag 9330019  T
Q  201 gggaggattcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9330018 gtgaggagtcgagaggtgaaataattgatgat 9329987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 9383998 - 9383770
Alignment:
Q  1 catcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctcc 100  Q
    ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||| ||   | ||||||||||||||||||||    
T  9383998 catcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctcc 9383899  T
Q  101 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaag 200  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||||||| | || ||||   |||||||| ||   |||||||||||| | ||||    
T  9383898 ttatttcaactgtcaacagctgttagcttagtgtcgttagacagattggaaataaaggaatgtggaagtcttgaatac---ataatagatgaaggaaaag 9383802  T
Q  201 gggaggattcgagaggtgaaataattgatgat 232  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9383801 gtgaggagtcgagaggtgaaataattgatgat 9383770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 9329914 - 9329730
Alignment:
Q  8 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttc 107  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||  |||| |||  | ||||||||||||||||| || ||||||    
T  9329914 gattgtaaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttc 9329815  T
Q  108 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatga 192  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  9329814 aactgtcaactgctgttagcctattgctgttggagagattggaaataattgattgtgagcttcttgaaaacataataatcgatga 9329730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 9383697 - 9383513
Alignment:
Q  8 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctccctatttc 107  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||  |||| |||  | ||||||||||||||||| || ||||||    
T  9383697 gattgtaaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttc 9383598  T
Q  108 aactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatga 192  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  9383597 aactgtcaactgctgttagcctattgctgttggagagattggaaataattgattgtgagcttcttgaaaacataataatcgatga 9383513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 8694640 - 8694414
Alignment:
Q  1 catcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccgatgttgatctcc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||| |||| | |||| |||||||||||||||    
T  8694640 catcaaggattgtaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctcc 8694541  T
Q  101 ctatttcaactgtcaactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaaggaaag 200  Q
    |||||||    ||||||||||   |||||| |||||||||||| | || |||||  |||   || |  |||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  8694540 ctatttc----gtcaactgctcgaagcctattgttgttggagacactgaaaataattga--ttgcgcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaag 8694447  T
Q  201 gggaggattcgagaggtgaaataattgatgatg 233  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  8694446 gggaggaatcgagaggtgaaatagttgatgatg 8694414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University