View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3739_low_1 (Length: 772)
Name: NF3739_low_1
Description: NF3739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3739_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 762
Target Start/End: Original strand, 9305239 - 9306000
Alignment:
| Q |
1 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
100 |
Q |
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| T |
9305239 |
ctttttccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
9305338 |
T |
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| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
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| T |
9305339 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
9305438 |
T |
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| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
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| T |
9305439 |
cttcaagcaagaagaggccattggtaattgaatcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttcattttggttagctcttgttctattcttgtgga |
9305538 |
T |
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| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnnnnnnncttctaa |
400 |
Q |
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| T |
9305539 |
gttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgtactttttttcttctaa |
9305638 |
T |
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| Q |
401 |
gataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaatt |
500 |
Q |
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| T |
9305639 |
gataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaatt |
9305738 |
T |
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| Q |
501 |
catatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgt |
600 |
Q |
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| T |
9305739 |
catatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgt |
9305838 |
T |
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| Q |
601 |
tacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaata |
700 |
Q |
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| T |
9305839 |
tacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattttgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggttcatgatgaata |
9305938 |
T |
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| Q |
701 |
tagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctccctatgct |
762 |
Q |
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| T |
9305939 |
tagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctccctatgct |
9306000 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 755
Target Start/End: Original strand, 9351768 - 9352518
Alignment:
| Q |
1 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
100 |
Q |
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| T |
9351768 |
ctttctccttctaagagaagagtgaattgattgaacattttcgttaatttgtaacatgatgtcccttgtgatgccacatatatccaaaactttcactgaa |
9351867 |
T |
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| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
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| T |
9351868 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagcaaaggccttttgtgttgatgacatattgagaagatcttccaaggaaatatacaaat |
9351967 |
T |
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| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
| |
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| T |
9351968 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgaatcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
9352067 |
T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnnnnnnncttctaa |
400 |
Q |
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| T |
9352068 |
gttgggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatgatacttggtgtttgccatatttgtctttaatttgttgtgtgttatttttcttttctaa |
9352167 |
T |
|
| Q |
401 |
gataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaa |
498 |
Q |
| |
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| T |
9352168 |
g---attgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgaatctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttgataattattaaa |
9352264 |
T |
|
| Q |
499 |
ttcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagctt |
598 |
Q |
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| T |
9352265 |
ttcatatgataatga-aattaataaaataaacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatga--tttcctttaaatatggtaagctt |
9352361 |
T |
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| Q |
599 |
gttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaa |
698 |
Q |
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| T |
9352362 |
gttacatgttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggttcatgatgaa |
9352461 |
T |
|
| Q |
699 |
tatagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
755 |
Q |
| |
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| T |
9352462 |
tatagctggcatgttttcagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
9352518 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 712
Target Start/End: Original strand, 9301621 - 9302326
Alignment:
| Q |
1 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
100 |
Q |
| |
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| T |
9301621 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatgtgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
9301720 |
T |
|
| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
| |
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| T |
9301721 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccatgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcaaatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
9301820 |
T |
|
| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
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| T |
9301821 |
cttcaagcaagaagaggccatttgtaattgaatcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttcattttggttagctctttttcaattctagtgga |
9301920 |
T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccat----atttctc-tttaatttgttgtttgttcnnnnnnnct |
395 |
Q |
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| T |
9301921 |
gtttggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatcttaactgctcttttaatttgttctttttt------ttct |
9302014 |
T |
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| Q |
396 |
tctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgact--ctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataatta |
493 |
Q |
| |
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| T |
9302015 |
tctaagatagttgaaaagctagaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataattg |
9302114 |
T |
|
| Q |
494 |
ttaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggta |
593 |
Q |
| |
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| T |
9302115 |
ttaaattgatataataatga-aattaataaaatatgcagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgca-ggatttccctttaaatatggta |
9302212 |
T |
|
| Q |
594 |
agcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatg |
693 |
Q |
| |
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| T |
9302213 |
agcttgtttgatgt-----caacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgcatg |
9302307 |
T |
|
| Q |
694 |
atgaatatagctggcatgt |
712 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |
|
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| T |
9302308 |
atgaatatagctggcatgt |
9302326 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 755
Target Start/End: Original strand, 9332040 - 9332805
Alignment:
| Q |
1 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||| |
|
|
| T |
9332040 |
ctttctccttctaagagaagagtgaattgattgaaaattttcgttaatttgtaacatgatgtcccttgtgatgccacatatatccaaaactttcactgaa |
9332139 |
T |
|
| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
| |
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|
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| T |
9332140 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagcaaaggccttttgtgttgatgacatattgagaagatcttccaaggaaatatacaaat |
9332239 |
T |
|
| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9332240 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgaatcagatgtggatgttgatgtggctttccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
9332339 |
T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnnnnnnncttctaa |
400 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||| |
|
|
| T |
9332340 |
gttgggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatgatacttggtgtttgccatatttttctttaatttgctgtgtgttatttttcttttctaa |
9332439 |
T |
|
| Q |
401 |
gataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaa |
498 |
Q |
| |
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|
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| T |
9332440 |
gataattgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgatgctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttgataattatttaa |
9332539 |
T |
|
| Q |
499 |
ttcatatgataatgat-ttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagct |
597 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
9332540 |
ttcatataat-ataataagttgataaaatatgcagtacttgttgatgatggtttagagcatgtggtgcctgtatg-atttccttttgaatatagtaacct |
9332637 |
T |
|
| Q |
598 |
tgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatga |
697 |
Q |
| |
|
||||| ||||| ||| |||||||||| | | |||| || ||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||| | |||| | |||||||| |
|
|
| T |
9332638 |
tgttagatgttttcccagcattgtgaatatgtgaatggtatcgcatgtggtattatgcaagatgc-tatgatattaaaatgaatttgagatgcatgatga |
9332736 |
T |
|
| Q |
698 |
atatagctggcatgtttt-----------cagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
755 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9332737 |
atatagctggcatgtcttcctagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
9332805 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 9367852 - 9367149
Alignment:
| Q |
1 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
9367852 |
ctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtgacacggtgtcccttgtgatgccgcagatatccaaaattttcactgaa |
9367753 |
T |
|
| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
9367752 |
ccatccaacaactcttcaacaaatttctcaccttgacggtgagcaatggccttttgtgttgatgacatattgagaagattttccaaagaaatatacaaat |
9367653 |
T |
|
| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
| |
|
||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
9367652 |
cttcaagaaatgaaaggccattggtaattgaatcagatgtcgatgttgatgtggcttcccatgtcttaattttggttagctcttgttctaatcttgaggt |
9367553 |
T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnnnnnnncttctaa |
400 |
Q |
| |
|
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9367552 |
attaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaaattatagtttgttctttttttcttctaa |
9367453 |
T |
|
| Q |
401 |
gataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaa |
498 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
9367452 |
gataattataaagctctaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactctctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgagaattattaaa |
9367353 |
T |
|
| Q |
499 |
ttcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagctt |
598 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9367352 |
ttcatatgataatga-aattaataaaatatgaagcacttgtcggtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatg-attcccctttgaatatggtaagctt |
9367255 |
T |
|
| Q |
599 |
gttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaa |
698 |
Q |
| |
|
|||| ||||| |||||||||||||| | | ||||||| ||||||| || |||||| |||||||| |||||||| |||||| || |||||| |
|
|
| T |
9367254 |
gttagatgttttcccaacattgtgaatatttgaatgatatagcatgtgttaatctgca--------atgatattaaaatgagtttgaggtgcacgatgaa |
9367163 |
T |
|
| Q |
699 |
tatagctggcatgt |
712 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |
|
|
| T |
9367162 |
tatagctggcatgt |
9367149 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 9373758 - 9373374
Alignment:
| Q |
1 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||| |||| |
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|
| T |
9373758 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtgatgccacagatatccaaaactttcactgaa |
9373659 |
T |
|
| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
| |
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| T |
9373658 |
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9373559 |
T |
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| Q |
201 |
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300 |
Q |
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| T |
9373558 |
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9373459 |
T |
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| Q |
301 |
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385 |
Q |
| |
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| T |
9373458 |
gttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtacttgttgcttgccatatttctctttaatctgttgtttgtt |
9373374 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 712
Target Start/End: Original strand, 9288267 - 9288961
Alignment:
| Q |
1 |
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100 |
Q |
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| T |
9288267 |
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9288366 |
T |
|
| Q |
101 |
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197 |
Q |
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| T |
9288367 |
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9288466 |
T |
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| Q |
198 |
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297 |
Q |
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| T |
9288467 |
aatcttcaagaaatgaaaggccattggtaattgaatgagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttcatttttgttaactcttgatctattcttga |
9288566 |
T |
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| Q |
298 |
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397 |
Q |
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| T |
9288567 |
ggtgttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgtt--------ctt- |
9288657 |
T |
|
| Q |
398 |
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495 |
Q |
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| T |
9288658 |
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9288745 |
T |
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| Q |
496 |
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595 |
Q |
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| T |
9288746 |
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9288844 |
T |
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| Q |
596 |
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694 |
Q |
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| T |
9288845 |
cttgttacatgttagtccaacattgagaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgc-tatgaatattgaaatgagtttgagatgcatga |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 9292799 - 9293247
Alignment:
| Q |
1 |
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100 |
Q |
| |
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ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacacgatgtccctggtgatgccacagatatccaaaactttcattgaa |
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T |
|
| Q |
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ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
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ccatccagcaactcttccacaaatttctcaccctgatggtgagaaatagccttttgtgttgatgacatattgagaagatcttccaaagaaatatacaaat |
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T |
|
| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
| |
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| T |
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T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgttcnnnnnnncttctaa |
400 |
Q |
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| T |
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gttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacgtggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgtt-attttttcttctaa |
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T |
|
| Q |
401 |
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450 |
Q |
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9293198 |
gataattgtaaagcttaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgactct |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Original strand, 9297406 - 9297867
Alignment:
| Q |
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Q |
| |
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| T |
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T |
|
| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
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| T |
9297506 |
ccatccaataattcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaatagccttttgtgttgatgacatgttgagaagatcttccaaagaaatatacaaat |
9297605 |
T |
|
| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
| |
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| T |
9297606 |
cttcaagaaaggaaaggccagtggtaattgaatcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttggttagctcttgttctattcttgtgga |
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T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttgt--tcnnnnnnncttct |
398 |
Q |
| |
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| T |
9297706 |
gttaggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtacttgttgcttgccatatttctctttaaattgtagtttgttatttttttttcttct |
9297805 |
T |
|
| Q |
399 |
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460 |
Q |
| |
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| T |
9297806 |
aagataattgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaacaagtgcttgactctctttatataa |
9297867 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 9356636 - 9355958
Alignment:
| Q |
1 |
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100 |
Q |
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|
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| T |
9356636 |
ctttctccttctaagagcagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtagcatggtgtctcttgtgatgccacatatatctaaaagtttcaccgaa |
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T |
|
| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
| |
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|
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| T |
9356536 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacggccttttgtgttgatgacatatgtagaagatcatccaaagaaatatacaaat |
9356437 |
T |
|
| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
| |
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| T |
9356436 |
cttcaagaaaggaaaggccagtggtaattgaatcagatgtggatgttgatgtagcttcccatgtcttcatttttcttaaatcttgttcaattcttgtgga |
9356337 |
T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccat----atttctctttaatttgttgtttg-ttcnnnnnnnct |
395 |
Q |
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| T |
9356336 |
gcttggatgggattgagaaggaaagctatttgagcgaacatggta---tttgcttgccatcttaattgctctttaatttgttgtttgtttcttttttagt |
9356240 |
T |
|
| Q |
396 |
tctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataatta |
493 |
Q |
| |
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| T |
9356239 |
tctaagaaaatggtaaagctcaatgtttgtgtggtgttaccaagtgcctgactctctctttatataagagccattcatgattgatattggttgctgatta |
9356140 |
T |
|
| Q |
494 |
ttaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggta |
593 |
Q |
| |
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|
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| T |
9356139 |
ttaatttcatataataagga-aattgataaaataggtatcacttgttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatttgaatatggta |
9356041 |
T |
|
| Q |
594 |
agcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat |
677 |
Q |
| |
|
|| |||| | || | |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
9356040 |
aggttgtcatatctctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tctgatattgaaat |
9355958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 58 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 9310171 - 9309552
Alignment:
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157 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | ||| ||| |
|
|
| T |
9310171 |
agtgtcccttgtgatgccacaaatatccaaaactttcactgaaccatccaacaattcttcgacaaatttctcgccatgatggtgagaaatagccttttgt |
9310072 |
T |
|
| Q |
158 |
gttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaatcttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggctt |
257 |
Q |
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| T |
9310071 |
gttgatgacatgttgagaagatcttccaaagaaatatacaaatcttcaagaaaggaaaggccagtggtaattgaatcagatgtggatgttgatgtggctt |
9309972 |
T |
|
| Q |
258 |
cccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtggagtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgc |
357 |
Q |
| |
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|
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| T |
9309971 |
cccatgtcttcattttggttaactcttgttcaattctagtggagcttggatgagattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggta---tttgcttga |
9309875 |
T |
|
| Q |
358 |
cat----atttctctttaatttgttgtttg-ttcnnnnnnncttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactctat |
452 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9309874 |
catcttaatttctccttaatttgttgtttgtttcttttttagttctaagaaaattgtaaagctcaatgtttgtgtggtgttcccaagttcctgactctct |
9309775 |
T |
|
| Q |
453 |
ttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgta |
552 |
Q |
| |
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| T |
9309774 |
ttatataagagccattcatgatcgatattggttgctgattattaatttcatataataa-gtaaattaataaaatagttatcacttgttaatcatggttta |
9309676 |
T |
|
| Q |
553 |
gagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattc |
652 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
9309675 |
gagcatgtggtgcctgcatggatttccctttgaatatggtaagcttgtcatacctctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactc |
9309576 |
T |
|
| Q |
653 |
tgcaagatgcttatgatattgaaat |
677 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
9309575 |
tgcaagatgc-tctgatattgaaat |
9309552 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 9349254 - 9348588
Alignment:
| Q |
1 |
ctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||| |
|
|
| T |
9349254 |
ctttctccttctaagagaagactgaagtgattgaacattttcttttatttgtaacatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaaaactttcaccgaa |
9349155 |
T |
|
| Q |
101 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaat |
200 |
Q |
| |
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| T |
9349154 |
ccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagcaatggccttttgtgttgatgacatatgtagaaaatcctccaaagatatatacaaat |
9349055 |
T |
|
| Q |
201 |
cttcaagcaagaaaaggccattggtaattgagtcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttgattttgcatagctcttgttctattcttgtgga |
300 |
Q |
| |
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| T |
9349054 |
cttcaagaaaggaaaggccggtagtaattgactcagatgtggatgttgatgtggcttcccatgtcttcattttggttaactcttgttcaattctagagga |
9348955 |
T |
|
| Q |
301 |
gtttggatgtgattgagaaggaaaactgtttgagcgaacatggtaattgttgcttgccatatttctctttaatttgttgtttg-ttcnnnnnnncttcta |
399 |
Q |
| |
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| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||| | || | ||| ||||| |
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| T |
9348954 |
gcttggatgagattgagaaggaaaactatttgagcgaacatggta---tttgcttgccatctt--------aattgctattagcttctcttttagttcta |
9348866 |
T |
|
| Q |
400 |
agataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaa |
497 |
Q |
| |
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| T |
9348865 |
agaaattggtaaagctcaatgtttgtgttgtgttaccaagttccttactctctctttatataagatccattcatgattgatattggtagctgattattaa |
9348766 |
T |
|
| Q |
498 |
attcatatgataatgatttttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagct |
597 |
Q |
| |
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|||||| |||| || || |||||||| | ||||||||| | ||||| ||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||| | |
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| T |
9348765 |
tctcatataataagga-aattgataaaataggtatcacttgttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatttgaatatggtaaggt |
9348667 |
T |
|
| Q |
598 |
tgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat |
677 |
Q |
| |
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||| | || | |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
9348666 |
tgtcatatctctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tatgatattgaaat |
9348588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 517 - 717
Target Start/End: Original strand, 9293287 - 9293487
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517 |
ttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac |
616 |
Q |
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| T |
9293287 |
ttaataaaatagacagcagttgttaatgatggtgtagagcatgtggtgcctacatgaattgccatttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac |
9293386 |
T |
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| Q |
617 |
attgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgtttt |
715 |
Q |
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| T |
9293387 |
attgtgaatttattaatgagactgcatgtgttattctgctagatgc-tatgaatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctggcatgtctt |
9293485 |
T |
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| Q |
716 |
ca |
717 |
Q |
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|| |
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| T |
9293486 |
ca |
9293487 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 519 - 712
Target Start/End: Original strand, 9297896 - 9298089
Alignment:
| Q |
519 |
aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
618 |
Q |
| |
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| T |
9297896 |
aataaaatatgcagcagttgttaaggatggtgttgagcatgtggtgtcaatatggatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
9297995 |
T |
|
| Q |
619 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt |
712 |
Q |
| |
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| T |
9297996 |
tgtgaatatattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgcttatgatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctgccatgt |
9298089 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 519 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 9373260 - 9373067
Alignment:
| Q |
519 |
aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
618 |
Q |
| |
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| T |
9373260 |
aataaaatagagggcagttgttaatgatggagtagagcatgtggtgcctacatgaattttcctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
9373161 |
T |
|
| Q |
619 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt |
712 |
Q |
| |
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| T |
9373160 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgc-catgaatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctggcatgt |
9373067 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 9329024 - 9328963
Alignment:
| Q |
2 |
tttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtc |
63 |
Q |
| |
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||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
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| T |
9329024 |
tttctccttctaatagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatggtgtc |
9328963 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 9361073 - 9361014
Alignment:
| Q |
2 |
tttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtg |
61 |
Q |
| |
|
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| T |
9361073 |
tttctccttctaagagaagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgttacaaagtg |
9361014 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 719 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 9367131 - 9367095
Alignment:
| Q |
719 |
ttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
755 |
Q |
| |
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| T |
9367131 |
ttagaaaacctcattagtcaccaattagcttgcctcc |
9367095 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 31476789 - 31476587
Alignment:
| Q |
14 |
agagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaaccatccaacaact |
113 |
Q |
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| T |
31476789 |
agagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaact |
31476690 |
T |
|
| Q |
114 |
cttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaatcttcaagcaagaa |
213 |
Q |
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| T |
31476689 |
cttccacacatttttcaccttgatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttgagaagatcttccattgacatatacaaatcttcaagcaagga |
31476590 |
T |
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| Q |
214 |
aag |
216 |
Q |
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| T |
31476589 |
aag |
31476587 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 31466939 - 31466741
Alignment:
| Q |
18 |
aagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaaccatccaacaactcttc |
117 |
Q |
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|||||||||| | |||||||||||| || ||||| | || || ||| | || |||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||| |
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| T |
31466939 |
aagagtgaagggcttgaacattttccttgatttgaagaattgtatccttagtgatgccacaaatatccaaaattctcattgaactatccaacacctcttc |
31466840 |
T |
|
| Q |
118 |
cacaaatttctcaccttgatggtgagaaacaagcttctgtgttgatgtcatatttagaagatcttccaaagatatatacaaatcttcaagcaagaaaag |
216 |
Q |
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| T |
31466839 |
aatgcatttctcacctctatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttgagaagatcttccaatgaaatatacaattcttcaatcaaggaaag |
31466741 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 31502149 - 31502021
Alignment:
| Q |
18 |
aagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgccacatatatccaacattttcattgaaccatccaacaactcttc |
117 |
Q |
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| T |
31502149 |
aagagtgaagggcttgaacattttccttgatttgaagaattgtatccctagtgatgccacaaatatccaaaattctcattgaactatccaacacctcttc |
31502050 |
T |
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| Q |
118 |
cacaaatttctcaccttgatggtgagaaa |
146 |
Q |
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| T |
31502049 |
aatgcatttctcacctctatggtgagaaa |
31502021 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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