View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3743_low_7 (Length: 549)

Name: NF3743_low_7
Description: NF3743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3743_low_7
NF3743_low_7
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (24-539)||(38180196-38180711)
chr3 (24-539)||(38184865-38185380)
chr3 (24-539)||(38170382-38170897)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 539
Target Start/End: Original strand, 38180196 - 38180711
Alignment:
Q  24 ggaaggtcacgactttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttgtgatgtagtcaccatgctcatgaa 123  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38180196 ggaaggtcacggctttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttgtgacgtagtcaccatgctcatgaa 38180295  T
Q  124 agtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgccacctttgcgacccaaggaatgat 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180296 agtaataatagtagatatcaaaaactgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgccacctttgcgacccaaggaatgat 38180395  T
Q  224 gataccgtaggctaagcaagtgaatggacgaccttcctgtttgccggagagtatgatatttgtgagaaattccgagcagcggcgcttaagctcatactcg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180396 gataccgtaggctaagcaagtgaatggacgaccttcctgtttgccggagagtatgatatttgtgagaaattccgagcagcggcgcttaagctcatactcg 38180495  T
Q  324 taggtgacaaagtcttcgttgctttcgaattttgggccatcgtcgtggccgtcagagaaggtggcgaaggaaaggcccgggatggttgatttgttggtaa 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38180496 taggtgacaaagtcttcgttgctttcgaattttgggccatcgtcgtggccgtcagagaaggtggcgaaggaaaggcccgagatggttgatttgttggtaa 38180595  T
Q  424 ggcgagtgtgtaagtagatagtggtagcaaaagtgacttgtgcgcccaaagaaatgagacgcttggcgaattggagagcagggtttatgtgaccgtgtag 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180596 ggcgagtgtgtaagtagatagtggtagcaaaagtgacttgtgcgcccaaagaaatgagacgtttggcgaattggagagcagggtttatgtgaccgtgtag 38180695  T
Q  524 tgggtatgtgatgatg 539  Q
    ||||||||||||||||    
T  38180696 tgggtatgtgatgatg 38180711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 539
Target Start/End: Original strand, 38184865 - 38185380
Alignment:
Q  24 ggaaggtcacgactttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttgtgatgtagtcaccatgctcatgaa 123  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38184865 ggaaggtcacggctttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttgtgatgtagtcaccatgttcatgaa 38184964  T
Q  124 agtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgccacctttgcgacccaaggaatgat 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184965 agtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgccacctttgcgacccaaggaatgat 38185064  T
Q  224 gataccgtaggctaagcaagtgaatggacgaccttcctgtttgccggagagtatgatatttgtgagaaattccgagcagcggcgcttaagctcatactcg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||  ||  |    
T  38185065 gataccgtaggctaagcaagtgaatggacgaccttcctgtttgccggagagtatgatatttgttagaaattctgagcagtggcacttaagctcggacctg 38185164  T
Q  324 taggtgacaaagtcttcgttgctttcgaattttgggccatcgtcgtggccgtcagagaaggtggcgaaggaaaggcccgggatggttgatttgttggtaa 423  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||||| |||   || ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||    
T  38185165 taggcgatgaagtcttcgttgctttcgaaatttttaccgtcgtcgtagccatcagagaaggtggcgaaggagaggcctgggatggttggtttgttgataa 38185264  T
Q  424 ggcgagtgtgtaagtagatagtggtagcaaaagtgacttgtgcgcccaaagaaatgagacgcttggcgaattggagagcagggtttatgtgaccgtgtag 523  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38185265 ggccagtgtgtaagtagatagttgtagcaaaagtgacttgtgcgccgaaagaaatgagacgcttggcgaattggagtgcagggtttatgtgaccgtgtag 38185364  T
Q  524 tgggtatgtgatgatg 539  Q
    ||||||||||||||||    
T  38185365 tgggtatgtgatgatg 38185380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 24 - 539
Target Start/End: Original strand, 38170382 - 38170897
Alignment:
Q  24 ggaaggtcacgactttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttgtgatgtagtcaccatgctcatgaa 123  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  38170382 ggaaggtcgcggcttttaagagagaatgacaatcccggtaatgatattaaacacgtttcatcctttgatttgtttgtgatgtagtcaccgtgttcatgaa 38170481  T
Q  124 agtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgccacctttgcgacccaaggaatgat 223  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| || || | ||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||| | ||  ||    
T  38170482 agtaataatagaatatatcaaacaccgttgctgcttgaatccacaacagtgttgatgggaggtgaagctcatgtgccaccttgggagcccatgaaagtat 38170581  T
Q  224 gataccgtaggctaagcaagtgaatggacgaccttcctgtttgccggagagtatgatatttgtgagaaattccgagcagcggcgcttaagctcatactcg 323  Q
    || |  ||||  |||||||||||||||| ||  ||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||| |||| ||  |    
T  38170582 gagagtgtagattaagcaagtgaatggatgattttcttgtttggaggagagaatgatatttgtgagaaattctgagccgcgacgcgtaaactcagacatg 38170681  T
Q  324 taggtgacaaagtcttcgttgctttcgaattttgggccatcgtcgtggccgtcagagaaggtggcgaaggaaaggcccgggatggttgatttgttggtaa 423  Q
    |||| ||| | |||||||| ||    | ||||| | || ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  38170682 taggagacgatgtcttcgtcgccaaaggatttttgaccgtcgtcatagccgtcagagaaggtggcgaaggagaggcccgggatggttggtttgttgataa 38170781  T
Q  424 ggcgagtgtgtaagtagatagtggtagcaaaagtgacttgtgcgcccaaagaaatgagacgcttggcgaattggagagcagggtttatgtgaccgtgtag 523  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  38170782 ggcgactgtataagtggatagtggtagcaaaagtgacttttgcgcccaaagaaatgagacgcttggtgaattggagggcagggtttatgtgaccttgtag 38170881  T
Q  524 tgggtatgtgatgatg 539  Q
    ||||||||| ||||||    
T  38170882 tgggtatgttatgatg 38170897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University