View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3749_low_1 (Length: 715)

Name: NF3749_low_1
Description: NF3749
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3749_low_1
NF3749_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-696)||(47601047-47601726)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (116-685)||(13385121-13385691)
chr5 (113-685)||(13388939-13389511)
chr5 (306-669)||(13393539-13393902)
chr5 (176-624)||(13419297-13419745)
chr5 (124-644)||(13412932-13413452)
chr5 (316-624)||(13446848-13447156)
chr5 (176-624)||(13426188-13426636)
chr5 (142-642)||(13453783-13454283)
chr5 (319-627)||(13378832-13379140)
chr5 (401-628)||(13373035-13373262)
chr5 (146-219)||(13393379-13393452)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (416-589)||(28430625-28430798)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (494-553)||(8354109-8354168)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 47601726 - 47601047
Alignment:
Q  20 atatccacctatccactagttcctgggtatgctttaattaaaatcactactact-caccattatcttagaaatt--cttagctttttccattactttatt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  47601726 atatccacctatccactagttcctgggtatgctttaattaaaatcaccactacttcaccattatcttagaaattgtcttagctttttccattactttatt 47601627  T
Q  117 ttgattctaattagtataagaaatacagacatgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaagtggg 216  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47601626 ttgattctaatttatataagaaatacagacatgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagacaaagtggg 47601527  T
Q  217 tgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatctcgaaagttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601526 tgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatcttgaaagttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatat 47601427  T
Q  317 cgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601426 cgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactg 47601327  T
Q  417 ctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggact 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601326 ctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggact 47601227  T
Q  517 tggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttagga 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601226 tggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttagga 47601127  T
Q  617 gctgactcatttttgataagtcgtgaccaagataagatgcaagtataaatacaatagttcaatattctaatattcttaaa 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  47601126 gctgactcatttttgataagtcgtgaccaagataagatgcaagtataaatacaatagttaaacattctaatattcttaaa 47601047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 116 - 685
Target Start/End: Original strand, 13385121 - 13385691
Alignment:
Q  116 tttgattctaattagtataagaaatacagacatgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaagtgg 215  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  13385121 tttgattctaatttatataagaaatacaggcatgagattgttggtatagtgacaaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtag 13385220  T
Q  216 gtgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatctcgaaagttattgtcctcgcttt-acagccacatgtggtgccaaat 314  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||| || || ||| |  ||  | |||  ||||| ||       
T  13385221 gtgttggctacataattgattcatgtcgatcgtgtcaaaattgtgttgacaatcttgaaaattactgccc-cgcatacactactacagttggtggcatgc 13385319  T
Q  315 atcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctac 414  Q
    |||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |  ||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |    
T  13385320 atcgtgatggaaccatcacacacggaggttattctgactcattggttgtggctgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgc 13385419  T
Q  415 tgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtgga 514  Q
    ||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||     
T  13385420 tgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgttggtcttggtggg 13385519  T
Q  515 cttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttag 614  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||| ||||  |||||    
T  13385520 cttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaattagtacatctgctagcaaagaaaaggaagcaaaagaacacttag 13385619  T
Q  615 gagctgactcatttttgataagtcgtgaccaagataagatgcaagta-taaatacaatagttcaatattcta 685  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| | |||||||||||||||||    
T  13385620 gagctgattcatttctgataagtcgtgaccaagataaaatgcaggtacaaaaaaaaatagttcaatattcta 13385691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 113 - 685
Target Start/End: Original strand, 13388939 - 13389511
Alignment:
Q  113 tattttgattctaattagtataagaaatacagacatgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaag 212  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13388939 tatttagattctaatttatataataaatacaggcatgagattgttggtatagtgacaaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaag 13389038  T
Q  213 tgggtgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatctcgaaagttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaa 312  Q
    | |||||||||| |||| | ||||||||  |||| ||||||||||||| ||| ||||| |||| ||| |||||    |||||   |||||||||||||||    
T  13389039 taggtgttggctacatggttgattcatgtcgatcatgtcaaaattgtgttgacaatcttgaaaattactgtcccacatttactttcacatgtggtgccaa 13389138  T
Q  313 atatcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagct 412  Q
     ||||| ||||| || | |||||| |||||||| ||||||||| |||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  13389139 gtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgcagatgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagct 13389238  T
Q  413 actgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtg 512  Q
     |||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  13389239 gctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgttggtcttggtg 13389338  T
Q  513 gacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgctt 612  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| | ||| || || |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||  |||    
T  13389339 ggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaacactt 13389438  T
Q  613 aggagctgactcatttttgataagtcgtgaccaagataagatgcaagtataaatacaatagttcaatattcta 685  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||| | ||| ||||||| |||||    
T  13389439 aggagccgattcatttctgataagtcgtgaccaagagaaaatgcaggtacaaaaaaaattgttcaattttcta 13389511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 306 - 669
Target Start/End: Original strand, 13393539 - 13393902
Alignment:
Q  306 gtgccaaatatcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccact 405  Q
    ||||||||||  ||||||| | || |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||    
T  13393539 gtgccaaatacagtgatggaagcatcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccact 13393638  T
Q  406 tgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggt 505  Q
    |||| || |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  13393639 tgaatctgctgctcctctcctttgtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggt 13393738  T
Q  506 cttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagag 605  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  13393739 cttggtggacttggtcacttgggtgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatag 13393838  T
Q  606 aatgcttaggagctgactcatttttgataagtcgtgaccaagataagatgcaagtataaataca 669  Q
    ||  | |||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  13393839 aaaacctaggagctgattcatttcttataagtcatgaccaagataaaatgcaggtacaaataca 13393902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 176 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 13419745 - 13419297
Alignment:
Q  176 ggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaagtgggtgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatctcgaaa 275  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || | |||| | ||||||||  | || || ||||||||||||||  |||| || |    
T  13419745 ggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagttggtgtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgccaaaattgtgctgacgatcttgaga 13419646  T
Q  276 gttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatatcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactt 375  Q
     ||| || ||    ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  13419645 attactgcccaacatttacagtcacatgtggtgcaaagtatcgtgatggcaccgtcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactt 13419546  T
Q  376 tgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgac 475  Q
    |||| ||| |||||| ||| | || || ||||| ||| | | |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  13419545 tgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgac 13419446  T
Q  476 aaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagta 575  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  13419445 aagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagta 13419346  T
Q  576 catcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggagctgactc 624  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||| ||||  ||| |||||||||||    
T  13419345 catcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgactc 13419297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 124 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 13413452 - 13412932
Alignment:
Q  124 taattagtataagaaatacagacatgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaagtgggtgttggc 223  Q
    ||||| || ||| |||||||| |||||| |||  |||||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  13413452 taattggtgtaataaatacaggcatgagcttgcgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggc 13413353  T
Q  224 ttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatctcgaaagttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatatcgtgatg 323  Q
    | | |||| ||||||||  |||| || ||| |||||  ||| ||||| || | ||| || ||    |||  || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  13413352 tacttgattgattcatgtcgatcatgccaagattgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatg 13413253  T
Q  324 gcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgctcctct 423  Q
    | |||  ||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||     | || ||||||  | ||| ||||||    
T  13413252 gaaccgtcacttatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctct 13413153  T
Q  424 tctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggacttggtcac 523  Q
     |||||||| ||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  13413152 cctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccat 13413053  T
Q  524 atggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggagctgact 623  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||| |    
T  13413052 atggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgttaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttaggagctgatt 13412953  T
Q  624 catttttgataagtcgtgacc 644  Q
    ||||| |||||||| ||||||    
T  13412952 catttctgataagtagtgacc 13412932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 316 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 13447156 - 13446848
Alignment:
Q  316 tcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctact 415  Q
    |||||||||||| | ||| || ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| | || || ||||| | | |     
T  13447156 tcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgcc 13447057  T
Q  416 gctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggac 515  Q
    | |||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  13447056 ggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggac 13446957  T
Q  516 ttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttagg 615  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| ||||  ||||||    
T  13446956 ttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttagg 13446857  T
Q  616 agctgactc 624  Q
    ||| |||||    
T  13446856 agcagactc 13446848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 176 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 13426636 - 13426188
Alignment:
Q  176 ggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaagtgggtgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatctcgaaa 275  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || || | |||| | ||||||||  | || ||  |||||||||| ||| |||| || |    
T  13426636 ggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagtaggagtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgcgaaaattgtgcggaagatcttgaga 13426537  T
Q  276 gttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatatcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactt 375  Q
     ||| || || |     ||||  ||||||||||| || ||||||||||||| |  |||||| |||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  13426536 attactgcccccaacaaacagttacatgtggtgctaagtatcgtgatggcagcgtcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgagcactt 13426437  T
Q  376 tgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgac 475  Q
    |||| ||| |||||| ||| | || || ||||| | | | | |||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||    
T  13426436 tgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgac 13426337  T
Q  476 aaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagta 575  Q
    || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  13426336 aagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagta 13426237  T
Q  576 catcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggagctgactc 624  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||| | ||||   ||||||||||||||    
T  13426236 catcgcctagcaaagaaaaggaagcgatagaacatttaggagctgactc 13426188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 142 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 13454283 - 13453783
Alignment:
Q  142 cagacatgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaagtgggtgttggcttcatgatcgattcatgc 241  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||| ||||| || | | || | ||||| ||     
T  13454283 cagacatgaaattgttggcatagttacagaagtgggaagcaaagtgaaaaagttcaaagttggagacagagtaggtgtgggatgcttggttgattcttgt 13454184  T
Q  242 agatcgtgtcaaaattgtgctgaaaatctcgaaagttattgtcctcgctttacagccacatgtggtgccaaatatcgtgatggcaccaccacatacggag 341  Q
       || ||||||||||||| ||| ||||| || | ||| ||||| |  || |||  |||   |||| |||||||  ||||||| |||| |||  | ||||    
T  13454183 cactcatgtcaaaattgtgttgataatcttgagaattactgtccccaattgacactcactgatggttccaaatacagtgatggaaccagcactcatggag 13454084  T
Q  342 gttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcac 441  Q
    | | ||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||| |||||| |||   || || ||||| ||  |||||||||| |||||||| || || ||    
T  13454083 gcttctctgactcaatggtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgggataac 13453984  T
Q  442 agtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgct 541  Q
     || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || || ||     
T  13453983 cgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggccgtgaaattcgcc 13453884  T
Q  542 aaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggagctgactcatttttgataagtcgtg 641  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| |||| ||||||||| | ||||| ||||    
T  13453883 aaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacacttacgagcggactcatttctaataagccgtg 13453784  T
Q  642 a 642  Q
    |    
T  13453783 a 13453783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 319 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13379140 - 13378832
Alignment:
Q  319 tgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctactgct 418  Q
    ||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||| | || |  ||||||||||  ||  ||||||| ||| | |||    
T  13379140 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 13379041  T
Q  419 cctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggacttg 518  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||  |   | |||||||| | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  13379040 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattag 13378941  T
Q  519 gtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggagc 618  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||| || |||||  | ||||| || ||||||||| | || ||||| |  ||| ||||||||||    
T  13378940 gtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacgcttaggagc 13378841  T
Q  619 tgactcatt 627  Q
    |||||||||    
T  13378840 tgactcatt 13378832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 401 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 13373262 - 13373035
Alignment:
Q  401 ccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttg 500  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| |   ||||||||||||  |||| |||||| | ||| | ||||| |    
T  13373262 ccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtgg 13373163  T
Q  501 ttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagc 600  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||||||||| || || || || || || ||||||||| | || |||||    
T  13373162 ttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagc 13373063  T
Q  601 aagagaatgcttaggagctgactcattt 628  Q
     |  |||  |||||||||||||||||||    
T  13373062 cattgaacacttaggagctgactcattt 13373035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 219
Target Start/End: Original strand, 13393379 - 13393452
Alignment:
Q  146 catgagattgttggtatagtgacaaaagtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagataaagtgggtgt 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||  | || |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  13393379 catgagattgctggtatagtgacggaggtaggaagcaaagtagagaagttcaaaattggagacaaagtgggtgt 13393452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 416 - 589
Target Start/End: Original strand, 28430625 - 28430798
Alignment:
Q  416 gctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggac 515  Q
    |||||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||| |   |||||||||||| || ||||||    ||||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  28430625 gctcctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattaggtgtggttggtcttggtggac 28430724  T
Q  516 ttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggtgctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaa 589  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || || || ||||| || || |||||||||    
T  28430725 ttggtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaaggtaacagtgattagcacttctcctaacaaa 28430798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 494 - 553
Target Start/End: Original strand, 8354109 - 8354168
Alignment:
Q  494 ggtgttgttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggt 553  Q
    |||||||||||| | || |||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||    
T  8354109 ggtgttgttggtttgggaggacttggtcacatggctgtaaaatttggtaaagcatttggt 8354168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University