View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3755_low_2 (Length: 588)

Name: NF3755_low_2
Description: NF3755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3755_low_2
NF3755_low_2
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (4-570)||(5896721-5897287)
chr4 (3-570)||(5849648-5850214)
chr4 (4-570)||(5887870-5888424)
chr4 (20-570)||(5562778-5563325)
chr4 (3-570)||(5854623-5855189)
chr4 (4-570)||(5551209-5551775)
chr4 (3-570)||(5611577-5612141)
chr4 (3-398)||(5891041-5891435)
chr4 (9-570)||(5556979-5557540)
chr4 (346-570)||(3747298-3747522)
chr4 (74-570)||(5603530-5604023)
chr4 (346-535)||(5572840-5573029)
chr4 (346-535)||(5585047-5585236)
chr4 (118-570)||(5856221-5856676)
chr4 (453-570)||(5890930-5891047)
chr4 (80-271)||(5573080-5573271)
chr4 (80-271)||(5585287-5585478)
chr4 (401-546)||(253413-253562)
chr4 (157-282)||(253680-253805)
chr4 (230-279)||(5363717-5363766)
chr4 (222-279)||(5423081-5423138)
chr4 (234-279)||(5357357-5357402)
chr4 (228-272)||(3747183-3747227)
chr4 (231-279)||(5345773-5345821)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (75-570)||(1481273-1481765)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (222-279)||(20329764-20329821)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5897287 - 5896721
Alignment:
Q  4 acacgaagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtatg 103  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |   | |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5897287 acacaaagtacaacttaaatataaatacaaaacattattttaatagttatcacaatccctagcattaattctatcaccaccttaaaattctgtatgtctg 5897188  T
Q  104 tcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaac 203  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5897187 tcctctatcagttacatattcaaaatgcatcctccggaaaatcaaacatagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaac 5897088  T
Q  204 aagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggtt 303  Q
    |||||||| |||| ||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5897087 aagaggggaccaacgatgattccaagtccaaaaataaatcccaattccacacttaaaaaattccgttcaattgaacaagcaaacctctcacatgctggtt 5896988  T
Q  304 gcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactg 403  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  5896987 gtgggtgcagttcatcctgctttttacagtatagtgttgcattcagcggaggaccatatagtccatcattacctctaaacgaagatgcttcaaatgactg 5896888  T
Q  404 aagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcacca 503  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||| || || ||||||||||||    
T  5896887 aagttgggtacctgttggaatcttccccaccaaatgattgagggataggttcaaataagaaaggaatgacaaacttgcaagttgcaccggaatttcacca 5896788  T
Q  504 accaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5896787 accaaagagttatttgagaggtccaaggactctagttgtttcaggtttgcaatagttgatggaattt 5896721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5850214 - 5849648
Alignment:
Q  3 aacacgaagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtat 102  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||| ||||| |   | ||||| |||||| ||||| |||||||     |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5850214 aacacaaaatacaacttaaatgaaaatagaaaacatcgatttaatatttatcacaatccgtagcactaatgctatcaccaccttaaaattctgtatgtct 5850115  T
Q  103 gtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5850114 gtcctctatcagttgcatattcaaaatacattcttcggaagatccaacatagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaa 5850015  T
Q  203 caagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggt 302  Q
    |||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||     
T  5850014 caagaggggagtgatgataattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaatctaacttttcacatgttggc 5849915  T
Q  303 tgcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgact 402  Q
    |  ||||| || | |||| |   |||||| ||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  5849914 tctgagtgcagcttatccggacctttaccatatagtgttacattcagtgaaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgacgatgcttcaaatgact 5849815  T
Q  403 gaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcacc 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||    
T  5849814 gaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattgaaggataggttcaaataagaaaggaagaacaagtttgcaaactgcacaggaa-ttcacc 5849716  T
Q  503 aaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5849715 aaccaaagagttatttgagaggtccaaggactctagctgtttcaagttttcaatagttgatgggattt 5849648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 4 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5888424 - 5887870
Alignment:
Q  4 acacgaagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtatg 103  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |   | |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5888424 acacaaagtacaacttcaatataaatacaaaacattattttaatagttatcacaatccctagcattaattctatcaccaccttaaaattctgtatgtctg 5888325  T
Q  104 tcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaac 203  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5888324 tcctctatcagttacatattcaaaatgcatcctccggaaaatcaaacatagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaac 5888225  T
Q  204 aagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggtt 303  Q
    |||||||| |||| ||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5888224 aagaggggaccaacgatgattccaagtccaaaaataaatcccaattccacacttaaaaaattccattcaattgaacaagcaaacctctcacatgctggtt 5888125  T
Q  304 gcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactg 403  Q
    | | |||  |  |||            | | | ||||| || | || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5888124 gtgggtgcggcccat------------catttggtgtttcagttaatggaggtccatataggccatcattaccttcaaacgaagatgcttcaaatgactg 5888037  T
Q  404 aagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcacca 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||| || |||||||  ||| ||||||||| || | |||||||||||||    
T  5888036 aagttgggtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattgaacgaaaggttcaaataacaaaggaatgacatgcttgcaagttgcagaggaatttcacca 5887937  T
Q  504 accaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5887936 accaaggagttgtttgagaggtccaaggactctaactgtttcaggtttgcaatagttaatgggattt 5887870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 20 - 570
Target Start/End: Original strand, 5562778 - 5563325
Alignment:
Q  20 aaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtatgtcctctatcagttgca 119  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||  |||| |||||| ||| | |||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5562778 aaatggaaatagaaaacattatttcaataattatcacaattcttagcactaatgttatcaccaccttaaaattctgtatgtctgtcctctatcagttgca 5562877  T
Q  120 tattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaacaagaggggtccaatga 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  5562878 tattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaacaagaggggaccaacga 5562977  T
Q  220 tgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggttgcgagtgaagttcatc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| | |||  | | |||    
T  5562978 tgattccgagcccaaaaacaaatcccaattccacacttaaaaaattccagtcaattgaacaagcgaatctctcacatgctggttgtgggtgcggcttatc 5563077  T
Q  320 ctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactgaagttgggtacctgtt 419  Q
      ||     | | | | ||||| || | || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5563078 tggc---ccatcatttggtgtttcagttaatggaggtccatatagcccatcatttccttcaaaggaagatgcttcaaatgattgaagttgggtacctgtt 5563174  T
Q  420 gggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaagagttatttg 519  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||  ||||||||||  ||| |||||||| ||| |||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  5563175 gggatcttccccaccaaatgattgatggaaaggttcaagaaagaaaggaatgacaggcttgcaatctgcacaggaatcttaccaaccagagagttatttg 5563274  T
Q  520 agaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    ||||||| || ||||| | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||    
T  5563275 agaggtccaaggactccaactgtttcaggttcccgatagttgatggaattt 5563325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5855189 - 5854623
Alignment:
Q  3 aacacgaagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtat 102  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||   |||||||  |||||||||||||||||| |    
T  5855189 aacacaaagtacaacttaaatttacatacaaaacattattttaatagttatcacaatccctagcactgatgttatcacacccttaaaattctgtatgtct 5855090  T
Q  103 gtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  5855089 gtcctctatcagttgcatattcaaaatacatccttcggaagatccaacagataatttt-tctacgcgtttccaataacatactctccatcgcttccaaaa 5854991  T
Q  203 caagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggt 302  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5854990 caaggtgggaccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccatactcaaaaaattccagtcaattgaacaagctaacctttcacaggctggt 5854891  T
Q  303 tgcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgact 402  Q
    |    | | || ||||||||| ||||||| | | || || ||  ||  ||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||  |||| ||||||||    
T  5854890 tcttggggcagctcatcctgccttttaccatttggtttttcaggcagtggaggtccatatagcccattgtttccttcaaacgaagtcgcttgaaatgact 5854791  T
Q  403 gaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcacc 502  Q
    ||||||| || ||||| |||||||| || ||||||| ||| ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| || || ||||| ||| ||||    
T  5854790 gaagttgagttcctgtcgggatctttccaaccaaataattgaaggaaaggttcaaataagagaggaacaacaagcttgccagttgcacaggtattacacc 5854691  T
Q  503 aaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  5854690 aaccaaggagttatttgagaggtctaatgactctaactgtttcaggttcccgatagttgatgggattt 5854623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 4 - 570
Target Start/End: Original strand, 5551209 - 5551775
Alignment:
Q  4 acacgaagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtatg 103  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||   |||| |||||| |||| ||| || |    |||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  5551209 acacaaagtacaacttaaatggaaatagaaaacattatgtcaataattatcacaatctctatcaataatgttatcaccaccttaaagttctgtatgtctg 5551308  T
Q  104 tcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaac 203  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5551309 tcatctatcagttgcatattcaaaatacatcctttggaagatccgacagagaattttgtctgcgagtttccaatagcttactctccatttcttccaaaac 5551408  T
Q  204 aagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggtt 303  Q
    |||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5551409 aagaggggacagatgatgattccaagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaattgaacaagctaacctttcacaagctggct 5551508  T
Q  304 gcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactg 403  Q
    |   | | || ||||||||| | ||||| | |||| || ||  ||   |||| |||||||| || |  || |||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  5551509 gtaggggcagctcatcctgcctgttaccatttagtttttcaggcagtagaggtccatatagccccttgtttccttcaaatgaagacgcttgaaatgactg 5551608  T
Q  404 aagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcacca 503  Q
    |||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  | ||||||||||| || ||||| ||| |||||    
T  5551609 aagttgagtacctgtagggatctttccaaccaaatgattgaaggaaaggttcaaataagaaaggaatgataagcttgcaagttgcacaggtattacacca 5551708  T
Q  504 accaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5551709 accaaggagttatttgagaggtctaatgactctaactgtttcaggttcccaatagttgatgggattt 5551775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 3 - 570
Target Start/End: Original strand, 5611577 - 5612141
Alignment:
Q  3 aacacgaagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtat 102  Q
    ||||| |||||||||  ||||| ||||  ||||| |||||  |||| |||||| |||| ||||||||    |||| |||||||||||||| ||||||| |    
T  5611577 aacacaaagtacaacaaaaatggaaattgaaaacattatttaaataattatcacaatctctagcactaatcttatgaccaccttaaaattgtgtatgtct 5611676  T
Q  103 gtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaa 202  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5611677 gtcctctatcagttacatattcaaaatgcatcctccgaaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaa 5611776  T
Q  203 caagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggt 302  Q
    ||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |     |  |||||||     
T  5611777 caaaagaggaccgatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaattgaagaag---aggggaccgatgctggc 5611873  T
Q  303 tgcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgact 402  Q
    || | ||| || ||||||||| ||||||| | | ||||| || |||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||| ||||  || | ||||||||    
T  5611874 tgtgggtgcagctcatcctgccttttaccatttggtgtttcagtcaacggaggtccatatagcccattattcccttcaaatgaagaagcctgaaatgact 5611973  T
Q  403 gaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcacc 502  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||  ||| ||||||||| || | ||||||||||||    
T  5611974 gaagttgagtacctgttgggatcttcccaaccaaatgattgaaggaaagtttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagttgcagaggaatttcacc 5612073  T
Q  503 aaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5612074 aaccaaggagttgtttgagaagtccaaggactctaactgtttcaggttcccaatagttgatgggattt 5612141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 3 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 5891435 - 5891041
Alignment:
Q  3 aacacgaagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcactgtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtat 102  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||| ||||| |   | ||||| |||||| ||||| |||||||     |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  5891435 aacacaaaatacaacttaaatgaaaatagaaaacatcgatttaatatttatcacaatccttagcactaatgctatcaccaccttaaaattttgtatgtct 5891336  T
Q  103 gtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaa 202  Q
     |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5891335 ttcctctatcaattacatattcaaaatgcatcctccggaaaatcaaacagagaatcttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaa- 5891237  T
Q  203 caagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggt 302  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  5891236 caagaggggaccaatgatgattccgaacccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccaatcaattgaacaacctaacctttcatatgctggt 5891137  T
Q  303 tgcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaat 398  Q
    |  | ||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5891136 tatgggtgcagttcatcttgccttttaccatatagtgttacattcagtggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagatgcttcaaat 5891041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 9 - 570
Target Start/End: Original strand, 5556979 - 5557540
Alignment:
Q  9 aagtacaacttaaatgtaaatacaaaactttattctaatagttatcaaaatccctagcact---gtctttatcaccaccttaaaattctgtatgtatgtc 105  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||| | ||| ||||| |||||| ||||| |||||||   ||   |||||| ||||||||| | ||||||| ||||    
T  5556979 aagtacaacttaaatggaaattgaaaacatcattttaataattatcacaatccttagcactaatgtaagtatcacaaccttaaaactgtgtatgtttgtc 5557078  T
Q  106 ctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaa-atcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaaca 204  Q
    ||||||||||  ||||||||| || |||||| || ||| ||| | || ||||||||||| || |||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  5557079 ctctatcagtaacatattcaagatacatcct-tgaaaagatccagcaaagaattttgtccacaagtttcaaataatttaccctccattgcttccaaaaca 5557177  T
Q  205 agaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaacctttcacatgctggttg 304  Q
      | ||| | |||||  |||||||  ||||| ||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||| |||||||  | |||| |||||||||||||    
T  5557178 ttatgggacaaatgactattccgaatccaaacacaaatcccagttctacacttataaaattccagtcaattgaacaagtaagccttccacatgctggttg 5557277  T
Q  305 cgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactga 404  Q
     |  || |  ||||   || ||||||| | |||| || |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  5557278 tggatgcaagtcat---gccttttaccatctagtcttaccgtcaatggaggaccatatagtccatcattaccttcaaatgaagatgcttcaaatgactga 5557374  T
Q  405 agttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||| || || |||||||||||||    
T  5557375 agttgggtacctgttgggatcatcccaactaaatgattgaaggagaggttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagttgcactggaatttcaccaa 5557474  T
Q  505 ccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  5557475 ccaatgagttatttgagaggtccaaggactccaactgtttcaggttcccaatagttgatgggattt 5557540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 346 - 570
Target Start/End: Original strand, 3747298 - 3747522
Alignment:
Q  346 tcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaa 445  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  3747298 tcaacggaggaccatatagaccataatttccttcgaacgaagatgcttcaaatgactgaagttgcgtacctgttggaatcttcccaaccaaatgattgaa 3747397  T
Q  446 ggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttc 545  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||    
T  3747398 ggagaggttcaaatatgaaaggaaggacaagctggcaagttgcatgggaatttcaccaaccaatgagttatttgagaggtccaaggactctaactgtttc 3747497  T
Q  546 aggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    | |||| | ||||||||||| ||||    
T  3747498 aagtttcctatagttgatggaattt 3747522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 74 - 570
Target Start/End: Original strand, 5603530 - 5604023
Alignment:
Q  74 ttatcaccaccttaaaattctgtatgtatgtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttc 173  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| || ||||| || ||| ||||||| | || ||||||   ||||||| | || ||| ||||||| || ||||||    
T  5603530 ttatcaccaccttaaaactatgtatgtttgacctctgtcggttacatattccatatacatccttgagaaaatccagcaaagagttttgtccacaagtttc 5603629  T
Q  174 caataacttactctccatttcttccaaaacaagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaa 273  Q
    |||||  |||| ||||| | ||||||||||| || |||   |||||  ||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  5603630 caatactttaccctccaatgcttccaaaacatgatgggataaatgacaattccaagcccaaaaatgaatcccaattccacacttataaaattccagtcaa 5603729  T
Q  274 tcgaacaagctaacctttcacatgctggttgcgagtgaagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcatt 373  Q
    | |||||||||| ||||  ||||||  | || |  || |  || |||||| ||||| | | | || ||  | || | |||||||||||||| ||||| ||    
T  5603730 ttgaacaagctagccttctacatgcaagctgtggatgca--tc-tcctgccttttatcatttggttttttagtccaaggaggaccatatagcccatcgtt 5603826  T
Q  374 accttcaaacgaagctgcttcaaatgactgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaac 473  Q
     |||||||| || | | |||| |||||||||| |||||| ||||||| ||||||| || ||||| ||||  |||| ||||||||  ||||||||||  ||    
T  5603827 tccttcaaatgatgattcttcgaatgactgaatttgggtgcctgttgagatcttcaccgccaaacgattggaggagaggttcaaggaagaaaggaatgac 5603926  T
Q  474 aagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    | |||||||| ||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  5603927 aggcttgcaatctgcacaggaattccaccaaccagaaagttatttgagaggtccaaagactccaactgtttcaggttcccaacagttgatgggattt 5604023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 346 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 5573029 - 5572840
Alignment:
Q  346 tcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaa 445  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||  |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5573029 tcaatggaggtccatatagcccatcatttccttcaaaagaagaagactgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttccccaccaaatgattgaa 5572930  T
Q  446 ggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtctaatgactc 535  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5572929 ggaaaggttcaaatatgaaaggaaggacaagctttctagctgcacaggaatttcaccagtcaaagtgttatttgagaggtctaaggactc 5572840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 346 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 5585236 - 5585047
Alignment:
Q  346 tcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaa 445  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||  |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5585236 tcaatggaggtccatatagcccatcatttccttcaaaagaagaagactgaaatgactgaagttgagtacctgttgggatcttccccaccaaatgattgaa 5585137  T
Q  446 ggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtctaatgactc 535  Q
    ||| ||||||||| | ||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5585136 ggaaaggttcaaatatgaaaggaaggacaagctttctagctgcacaggaatttcaccagtcaaagtgttatttgagaggtctaaggactc 5585047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 118 - 570
Target Start/End: Original strand, 5856221 - 5856676
Alignment:
Q  118 catattcaaaatgcatcctctggaaaatcaaacagagaattttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaacaagaggggtccaat 217  Q
    ||||||||||||||||||   |||| ||| | || ||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  5856221 catattcaaaatgcatccaagggaatatccagcaaagaattttgtccatgagtttccaataacctaccctccattgcttccaaaacatgatgggaccaat 5856320  T
Q  218 gatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaacaagctaac------ctttcacatgctggttgcgagtga 311  Q
     |   |||| |||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||      |||  ||||||||| || |  ||     
T  5856321 aacacttccaagcccaaaaataaatcctagttccacacttaaaaaattccaatcaattaaacaagataactttctacttctacatgctggctgtggatgc 5856420  T
Q  312 agttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcattaccttcaaacgaagctgcttcaaatgactgaagttggg 411  Q
    | |||   |||||||||| | |||  | ||  | ||||| |||| ||||||| ||| || || |||| ||| ||||   | ||||||||||||||||| |    
T  5856421 aattc---ctgctttttatcatatgcttttctagtcaacagaggtccatataatccgtcgtttcctttaaaggaagaatcgtcaaatgactgaagttgag 5856517  T
Q  412 tacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaaga 511  Q
    | |||||||| ||||||||| | |||||||| || || ||||||||  ||||||||||  |||  |||||||| || |  ||||||||||||| ||||||    
T  5856518 tgcctgttggaatcttccccgcgaaatgattgaatgagaggttcaagtaagaaaggaatgacagacttgcaagttgcatgggaatttcaccaatcaaaga 5856617  T
Q  512 gttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||  ||||||||||    
T  5856618 gttatttgagaggtctaatgactccaactgtttcaagtttccaatagaagatgggattt 5856676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 453 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 5891047 - 5890930
Alignment:
Q  453 ttcaaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttg 552  Q
    |||||| ||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  ||| |||    
T  5891047 ttcaaataagaaaggaatgacatgcttgcaagctgcacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtccaaggactctatctgttctaggcttg 5890948  T
Q  553 caatagttgatgggattt 570  Q
    ||||||| || |||||||    
T  5890947 caatagtggaggggattt 5890930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 80 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 5573271 - 5573080
Alignment:
Q  80 ccaccttaaaattctgtatgtatgtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaa-atcaaacagagaattttgtctacgagtttccaata 178  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||| || ||| ||| | || |||||||| || || |||||||||||    
T  5573271 ccaccttaaaactatgtatgtctgtcctctatgggttacatattcaagatgaatcct-tgaaaagatccagcaaagaattttatccactagtttccaata 5573173  T
Q  179 acttactctccatttcttccaaaacaagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtc 271  Q
     ||||  ||||||| |||||||||||  || || |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  5573172 tcttatcctccattgcttccaaaacattagaggaccaatgacaattccgagaccaaaaacaaaccccaattctacacttaaaaatttccagtc 5573080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 80 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 5585478 - 5585287
Alignment:
Q  80 ccaccttaaaattctgtatgtatgtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaa-atcaaacagagaattttgtctacgagtttccaata 178  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||| ||||| || ||| ||| | || |||||||| || || |||||||||||    
T  5585478 ccaccttaaaactatgtatgtctgtcctctatgggttacatattcaagatgaatcct-tgaaaagatccagcaaagaattttatccactagtttccaata 5585380  T
Q  179 acttactctccatttcttccaaaacaagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtc 271  Q
     ||||  ||||||| |||||||||||  || || |||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  5585379 tcttatcctccattgcttccaaaacattagaggaccaatgacaattccgagaccaaaaacaaaccccaattctacacttaaaaatttccagtc 5585287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 401 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 253562 - 253413
Alignment:
Q  401 ctgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttc----aaacaagaaaggaagaacaagcttgcaagctgtacaggaat 496  Q
    ||||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    ||| ||||||| | | |||||||| |||| |  ||||||||    
T  253562 ctgaagttgagtacctgtgggaatctcccccaccaaatgattgaaggagaggttctaataaataagaaagaagggacaagcttccaagtttcacaggaat 253463  T
Q  497 ttcaccaaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttca 546  Q
    ||  | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  253462 tttgctaactaaagagttatttgagaggtctaaggactctaattgtttca 253413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 253805 - 253680
Alignment:
Q  157 ttttgtctacgagtttccaataacttactctccatttcttccaaaacaagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacact 256  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||  ||| |||| |  ||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||| |  |||| |||    
T  253805 ttttgtctaggagttgccgataacttacgctccattgtttcaaaaatataagggaaccaatgaaaattccaagcccaaaaacaaatccaagttccatact 253706  T
Q  257 taaaaaattccagtcaatcgaacaag 282  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||    
T  253705 taaaaaattccaatcaattgaacaag 253680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 230 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 5363766 - 5363717
Alignment:
Q  230 cccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaac 279  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  5363766 cccaaaaataaatcccaactccacacttaagaaactccagtcaattgaac 5363717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 222 - 279
Target Start/End: Original strand, 5423081 - 5423138
Alignment:
Q  222 attccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaac 279  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  5423081 attccaaggccaaaaataaatcccaactccacacttaagaaattccaatcaattgaac 5423138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 234 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 5357402 - 5357357
Alignment:
Q  234 aaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaac 279  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  5357402 aaaataaatcccaactccacacttaagaaattccaatcaattgaac 5357357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 228 - 272
Target Start/End: Original strand, 3747183 - 3747227
Alignment:
Q  228 agcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtca 272  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  3747183 agcccgaaaacaaatccaaattccacacttaaaatattccagtca 3747227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 231 - 279
Target Start/End: Original strand, 5345773 - 5345821
Alignment:
Q  231 ccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaac 279  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  5345773 ccaaaaataaatcccaactccacacttaagaagttccaatcaattgaac 5345821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 75 - 570
Target Start/End: Original strand, 1481273 - 1481765
Alignment:
Q  75 tatcaccaccttaaaattctgtatgtatgtcctctatcagttgcatattcaaaatgcatcctctggaaa-atcaaacagagaattttgtctacgagtttc 173  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| || ||| ||| | || ||||||||||| || | || |    
T  1481273 tatcgccaccttaaaactgtgtatgtttgtcctctatcagttgcatattcaagattcatcct-tgaaaagatccagcaaagaattttgtccacaacttgc 1481371  T
Q  174 caataacttactctccatttcttccaaaacaagaggggtccaatgatgattccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaa 273  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||| ||  ||  | ||||||||||| || || |||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  1481372 caataccttaccctccattgcttccaagacatgataggaacgatgatgattcctagtccgaaaataaatcctaattccacacttagaaaattccagtcaa 1481471  T
Q  274 tcgaacaagctaacctttcacatgctggttgcgagtg-aagttcatcctgctttttaccgtatagtgttgcattcaacggaggaccatatagtccatcat 372  Q
      |||||||||| || |  ||||| |||||| |  |  ||||    | ||| | ||||| | | || || || |||| ||||| |||||||| |||||||    
T  1481472 ctgaacaagctagccctctacatgttggttgtggatccaagt----cttgcctcttaccatctggtttttcagtcaatggaggtccatatagcccatcat 1481567  T
Q  373 taccttcaaacgaagctgcttcaaatgactgaagttgggtacctgttgggatcttccccaccaaatgattaaaggataggttcaaacaagaaaggaagaa 472  Q
    | |||||||| ||||  ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| || || ||||||||| ||||||| ||  |    
T  1481568 ttccttcaaatgaagaagccggaaatgactgaagttgagtacctgttggaatcatccctaccaaatgattgaaagagaggttcaaataagaaagaaatga 1481667  T
Q  473 caagcttgcaagctgtacaggaatttcaccaaccaaagagttatttgagaggtctaatgactctagctgtttcaggtttgcaatagttgatgggattt 570  Q
    || || | ||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  1481668 catgcatacaatctgcacaggaattttaccgaacaaagagttatttgagaggtctaaggactctaactgtttcaggttcccaatagtcgatgggattt 1481765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 222 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 20329821 - 20329764
Alignment:
Q  222 attccgagcccaaaaacaaatcccaactccacacttaaaaaattccagtcaatcgaac 279  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  20329821 attccaaggccaaaaataaatcccaactccacacttaagaaattccaatcaattgaac 20329764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University