View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3758_high_4 (Length: 342)

Name: NF3758_high_4
Description: NF3758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3758_high_4
NF3758_high_4
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (15-342)||(26991234-26991561)
chr4 (57-342)||(27005680-27005965)
chr4 (54-338)||(26975935-26976221)
chr4 (87-226)||(26946473-26946612)
chr4 (161-225)||(26954273-26954337)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 15 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 26991561 - 26991234
Alignment:
Q  15 aagatcaaatcagcgaggtttcttctaaggaacaagcacaagaagaagaagtgaaggaactggttgagcagagtatatggattcagatgaaggaaattgt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26991561 aagatcaaatcagcgaggtttcttctaaggaacaagcacaagaagaagaagtgaaggaactggttgagcagagtatatggattcagatgaaggaaattgt 26991462  T
Q  115 tttatttactggacctgcaattggtctttggttatgcggaccgttgatgagtctcattgatactgctgttgttggtcaaggaagttcgattgaacttgct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26991461 tttatttactggacctgcaattggtctttggttatgcggaccgttgatgagtctcattgatactgctgttgttggtcaaggaagttcgattgaacttgct 26991362  T
Q  215 gctttaggtatttttatgattttatgacattcactgtttaattgttgaaattgcgcaataatttgaattttgttttcttcatgagcaggtcctgcaactg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26991361 gctttaggtatttttatgattttatgacattcactgtttaattgttgaaattgcccaataatttgaattttgttttcttcatgagcaggtcctgctactg 26991262  T
Q  315 ttttttgtgattatttgggttactcttt 342  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26991261 ttttttgtgattatttgggctactcttt 26991234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 57 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 27005965 - 27005680
Alignment:
Q  57 aagaagaagtgaaggaactggttgagcagagtatatggattcagatgaaggaaattgttttatttactggacctgcaattggtctttggttatgcggacc 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27005965 aagaagaagtgaaggaactggttgagcagagtatatggattcagatgaaggaaattgtattgtttactggacctgctattggtctttggttatgtggacc 27005866  T
Q  157 gttgatgagtctcattgatactgctgttgttggtcaaggaagttcgattgaacttgctgctttaggtatttttatgattttatgacattcactgtttaat 256  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27005865 gttgatgagtctcattgatacagctgttgttggtcaaggaagttcaattgaacttgctgctttaggtatttatatgattttatcacattgactgtttaat 27005766  T
Q  257 tgttgaaattgcgcaataatttgaattttgttttcttcatgagcaggtcctgcaactgttttttgtgattatttgggttactcttt 342  Q
    | |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27005765 tcttgaaattccgcaataatgtgaatttcgttttctacatgagcaggtcctgctactgttttttgtgattatttgggttactcttt 27005680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 54 - 338
Target Start/End: Original strand, 26975935 - 26976221
Alignment:
Q  54 aagaagaagaagtgaaggaact---ggttgagcagagtatatggattcagatgaaggaaattgttttatttactggacctgcaattggtctttggttatg 150  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26975935 aagaagaagaagtgaaggaactactggttgagcaaagtatatggattcagatgaaggaaattgtattgtttactggacctgctattggtctttggttatg 26976034  T
Q  151 cggaccgttgatgagtctcattgatactgctgttgttggtcaaggaagttcgattgaacttgctgctttaggtatttttatgattttatgacattcactg 250  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26976035 tggaccgttgatgagtctcattgataccgctgttgttggtcaaggaagttcaattgaacttgctgctttaggtatttttatgattttatcacattcactg 26976134  T
Q  251 tttaattgttgaaattgcgcaataatttgaattttgttttcttcatgagcaggtcctgcaactgttttttgtgattatttgggttact 338  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  26976135 tttaatt-ttgaaattccgcaataatgtgaattttgttttctacatgagcaggtcctgctactgttttttgcgattatttgggctact 26976221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 87 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 26946612 - 26946473
Alignment:
Q  87 gtatatggattcagatgaaggaaattgttttatttactggacctgcaattggtctttggttatgcggaccgttgatgagtctcattgatactgctgttgt 186  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||  |||||| | |||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||| | || |||||||||||| |    
T  26946612 gtatatggattcaattgaaggaaattgttaaatttacagcacctgcaactggactttggatatgtggaccgttgatgagtttaatcgatactgctgttat 26946513  T
Q  187 tggtcaaggaagttcgattgaacttgctgctttaggtatt 226  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  26946512 tggtcagggaagttcaattgagcttgctgctttaggtatt 26946473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 161 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26954337 - 26954273
Alignment:
Q  161 atgagtctcattgatactgctgttgttggtcaaggaagttcgattgaacttgctgctttaggtat 225  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  || |||||||||||||||||    
T  26954337 atgagcctcatagatactgctgttgttggtcagggaagttcaaccgagcttgctgctttaggtat 26954273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University