View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3762_low_2 (Length: 798)

Name: NF3762_low_2
Description: NF3762
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3762_low_2
NF3762_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-788)||(7036941-7037728)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 768; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 768; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 788
Target Start/End: Original strand, 7036941 - 7037728
Alignment:
Q  1 ttctcaccatatctatttgatagagcactgtaccaatgccaaaaaccctcatttcttaatttcaactttcattttcctagaagggcattaaatccccaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036941 ttctcaccatatctatttgatagaacactgtaccaatgccaaaaaccctcatttcttaatttcaactttcattttcctagaagggcattaaatccccaaa 7037040  T
Q  101 ttatttattcccaatccccctcttctattgggaataaaaagagagaaaatagactaggagagctgacaatcctgatttaataataaccatgcaaccaccg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037041 ttatttattcccaatccccctcttctattgggaataaaaagagagaaaatagactaggagagctgacaatcctgatttaataataaccatgcaaccaccg 7037140  T
Q  201 atggacaactgattattcttccaatttgacaatattaaacaaaccgcatctataactggttgccaggtagcctaagatacttaaaaggtgaagatcctat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037141 atggacaactgattattcttccaatttgacaatattaaacaaaccgcatctataactggttgccaggtagcctaagatacttaaaaggtgaagatcctat 7037240  T
Q  301 ttttcctttataattcgaatattcccccatccctttcctccaatgattaacatataatctgtgtattgtaggtgagcatagcctacatcatcaaatttga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  7037241 ttttcctttataattcgaatattcccccatccctttcctccaatgattaacatataatctgtgtattgtaggcgagcatagccttcatcatcaaatttga 7037340  T
Q  401 aacttgtgaacaaactcaactccacagatctcctcatcaacatatgaaatccttcagcaactatgagaaacaaaaacggcaacaaaggatcaccttgtct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037341 aacttgtgaacaaactcaactccacagatctcctcatcaacatatgaaatccttcagcaactatgagaaacaaaaacggcaacaaaggatcaccttgtct 7037440  T
Q  501 caatcgaagacccatttcaaattccttagtggggcttccattcgccaatatggaaattgacgttgtcttcaagcattttaagatccatttccttcatgtt 600  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037441 caatcgaagacccgtttcaaattccttaatggggcttccattcgccaatatggaaattgacgttgtcttcaagcattttaagatccatttccttcatgtt 7037540  T
Q  601 tcatgaaaccccatttcaacatgacaaagtcaggaaatttcaatcaactaagtcatacgccttttcgaagtctactttaaacatgagcacttcttttttc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037541 tcatgaaaccccatttcaacatgacaaagtcaggaaatttcaatcaactaagtcatacgccttttcgaagtctactttaaacatgagcacttcttttttc 7037640  T
Q  701 tacctttttgcctcatccataatttctttagctataaggatcctatccaaaaatattctaccgaatatgaaagccaactgtgtctctg 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7037641 tacctttttgcctcatccataatttctttagctataaggatcctatccaaaaatattctaccgaatatgaaagccaactgtgtctctg 7037728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University