View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3767_high_2 (Length: 649)

Name: NF3767_high_2
Description: NF3767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3767_high_2
NF3767_high_2
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (2-635)||(46123893-46124535)
chr7 (36-635)||(46129915-46130501)
chr7 (42-635)||(46702699-46703276)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 46124535 - 46123893
Alignment:
Q  2 ggagcagagaagataacaaacaatgtgtaaattcatta---------atttatagaggatatgctaaatttactgcacatgctatccgtgcaaatttttc 92  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46124535 ggagaagagaagataacaaacaatgtgtaaattcattatatttattaatttatataggatatgctaaatttactgcacatgctatccttgcaaatttttc 46124436  T
Q  93 ccaacctgatcctgaagagttagaagaggctttccgcgagtgaagttgaaaaaagcccatgtagcaatattccatgtagannnnnnngttgaagaaggat 192  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  46124435 ccaacctgattctgaagagttagaagaggctttccgcgagtgaagttgaaaaaagcccatgtagcaatattccatgtagatttttttgttgaagaaggat 46124336  T
Q  193 tccacatcaaagacaatagtggagaaagtgcaccatgatttaaaacaagatcccttgcagtcagggaattgccagcaatattacctaatgcccataatgc 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46124335 tccacatcaaagacaatagtggagaaagtgcaccatgatttaaaacaatatcccttgcggtcagggaattgccagcaatattacctaatgcccataatgc 46124236  T
Q  293 ctgatcaatacatgagacattgaaattgtgtaagcgatcaactcatacacagatacatgcatacacgatagttttctcaaagcaattatgccacgagctt 392  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46124235 ctgttcaatacatgagacattgaaattgtgtaagcgatcgactcatacatagatacatgcatacacgatagttttctcaaagcaattatgccacgagatt 46124136  T
Q  393 gaggaagacatcacctgttctttgccgtcatcactgccagagctcagaagcttcacaagcagaggaacagcaccatgttcaatcacagtatttgtatgct 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46124135 gaggaagacatcacctgttctttgccgtcatcactgccagagctcagaagcttcacaagcagaggaacagcaccatgttcaatcacagtatttgtatgtt 46124036  T
Q  493 cagacaatcccgcagtgacattgatcagagtccatgctgccatggactgcagatataatattgtacaacatattttgtgagtgaggtcaaaatcattaca 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46124035 cagacaatcccgcagtgacattgatcagagtccatgctgccatggactgcagatataatattgtacaacatattttgtgagtgaggtcaaaatcattaca 46123936  T
Q  593 ttcaggaatcacttgatagaaaaagattcatacctgcaattgg 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46123935 ttcaggaatcacttgatagaaaaagattcatacctgcaattgg 46123893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 46130501 - 46129915
Alignment:
Q  36 attaatttatagaggatatgctaaatttactgcacatgctatccgtgcaaatttttcccaacctgatcctgaagagttagaagaggctttccgcgagtga 135  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||  || |||| ||  || | |    
T  46130501 attaaattatataggatatgctaaatttactgcacatgctatccttgcaaacttttcccaacctgatcctcaagagttagtggaagcttcccaggaataa 46130402  T
Q  136 agttgaaaaaagcccatgtagcaatattccatgtagannnnnnngttgaagaaggattccacatcaaagacaatagtggagaaagtgcaccatgatttaa 235  Q
     ||||  |||||||||| |||||||  ||||||||||       |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  46130401 cgttggcaaaagcccatatagcaatcctccatgtagatttttctgttgcagaaggattccacaacagagacaataatggaggaagtgcaccatgatttaa 46130302  T
Q  236 aacaagatcccttgcagtcagggaattgccagcaatattacctaatgcccataatgcctgatcaatacatgagacattgaaattgtgtaagcgatcaact 335  Q
    ||||| |||| | || |||   ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46130301 aacaacatccttcgcggtctcagaactaccagcaatattacctaatgcccataatgcctgttcaatacatgagacattgaaattgtgtaagcgatcgact 46130202  T
Q  336 catacacagatacatgcatacacgatagttttctcaaagcaattatgccacgagcttgaggaagacatcacctgttctttgccgtcatcactgccagagc 435  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46130201 catacatagatacatgcatacacgatagttttctcaaagcaattatgccacgagattgaggaagacatcacctgttctttgccgtcatcactaccagagc 46130102  T
Q  436 tcagaagcttcacaagcagaggaacagcaccatgttcaatcacagtatttgtatgctcagacaatcccgcagtgacattgatcagagtccatgctgccat 535  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46130101 tcagaagcttcacaaggagaggaacagcaccatgttcaatcacagtatttgtatgctcagacaatcccgcggtgacattgatcagagtccatgctgccat 46130002  T
Q  536 ggactgcagatataatattgtacaacatattttgtgagtgaggtcaaaatcattacattcaggaatcacttgatagaaaaagattcatacctgcaattgg 635  Q
    |||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  46130001 ggactgcagatataata-------------tttgtgagtgaggtcaaaatcatctcattcaggaattacttgatagaaaaatattcatacctgcagttgg 46129915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 46703276 - 46702699
Alignment:
Q  42 ttatagaggatatgctaaatttactgcacatgctatccgtgcaaatttttcccaacctgatcctgaagagttagaagaggctttccgcgagtgaagttga 141  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||| | | |||||    
T  46703276 ttatataggatatgctaaatttactgcacatgctatccttgcaaagttttcccaacctgatcctcaagagttagaggaggcttttcacgaataatgttga 46703177  T
Q  142 aaaaagcccatgtagcaatattccatgtagannnnnnngttgaagaaggattccacatcaaagacaatagtggagaaagtgcaccatgatttaaaacaag 241  Q
     |||||||||| |||||||  ||||||||||        ||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46703176 caaaagcccatatagcaatcctccatgtagattttt---ttgtagaaggattccacaacagagacaataatggagaaagtgcaccattatttaaaacaag 46703080  T
Q  242 atcccttgcagtcagggaattgccagcaatattacctaatgcccataatgcctgatcaatacatgagacattgaaattgtgtaagcgatcaactcataca 341  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  46703079 atcccttgcggtcagggaattgccagcaatattacctaatgcccataatgcctgttcaatacatgagacattgaaattctgtaagggatcaacacataca 46702980  T
Q  342 cagatacatgcatacacgatagttttctcaaagcaattatgccacgagcttgaggaagacatcacctgttctttgccgtcatcactgccagagctcagaa 441  Q
     |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  46702979 tagatacatgcatacacaatggttttctcaatgcaattatgccaagagattgaagaagacatcacctgttctttgccgtcatcacaaccagagctcagaa 46702880  T
Q  442 gcttcacaagcagaggaacagcaccatgttcaatcacagtatttgtatgctcagacaatcccgcagtgacattgatcagagtccatgctgccatggactg 541  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  46702879 gctgcacaagcagaggaacagcaccatgttcaatcacagtatttgtatgctcagacaatcccgccgcgatattggtcagtgtccatgctgccatggactg 46702780  T
Q  542 cagatataatattgtacaacatattttgtgagtgaggtcaaaatcattacattcaggaatcacttgatagaaaaagattcatacctgcaattgg 635  Q
    |||||||||||             | |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46702779 cagatataata-------------tctgtgagtgaggtcaaaatcatctcattcaggaattacttgatagaaaaagattcatacctgcagttgg 46702699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University