View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3767_low_20 (Length: 285)

Name: NF3767_low_20
Description: NF3767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3767_low_20
NF3767_low_20
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-285)||(17650305-17650589)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-285)||(42540390-42540674)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-285)||(1328880-1329164)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 17650305 - 17650589
Alignment:
Q  1 cttctgtgtattaatgctggaaattgttggataggtccactttgcgatatttagctgaagctttgaaaataaacaagtccagtttatcgagaatgcagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17650305 cttctgtgtattaatgctggaaattgttggataggtccactttgcgagatttagctgaagctttgaaaataaacaagtccagtttatcgagaatgcagaa 17650404  T
Q  101 gcgtggatgtataaaacgccacacaagtgcaattaagccttacttgactgaagcaaacaagatagaaagactaaagttttgcttgtcaatgttggatagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17650405 gcgtggatgtataaaacgccacacaagtacaattaagccttacttgactgaagcaaacaagatagaaagactaaagttttgcttgtcaatgttggatagt 17650504  T
Q  201 agtacaatgccacatgatccaaccttcaaaacaatgcataacattgtacatatagacgaaaagtggttttatatgaccaaaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17650505 agtacaatgccacatgatccaaccttcaaaacaatgcataacattgtacatatagacgaaaagtggttttatatgaccaaaaaat 17650589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 42540674 - 42540390
Alignment:
Q  1 cttctgtgtattaatgctggaaattgttggataggtccactttgcgatatttagctgaagctttgaaaataaacaagtccagtttatcgagaatgcagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42540674 cttctgtgtattaatgctggaaattgttggataggtccactttgcgagatttagctgaagctttgaaaataaacaagtccagtttatcgagaatgcagaa 42540575  T
Q  101 gcgtggatgtataaaacgccacacaagtgcaattaagccttacttgactgaagcaaacaagatagaaagactaaagttttgcttgtcaatgttggatagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42540574 gcgtggatgtataaaacgccacacaagtgcaattaagccttacttgactgaagcaaacaagatagaaaaactaaagttttgcttgtcaatgttggatagt 42540475  T
Q  201 agtacaatgccacatgatccaaccttcaaaacaatgcataacattgtacatatagacgaaaagtggttttatatgaccaaaaaat 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42540474 agtacaatgccacatgatccaaccttcaaaacaatgcataacattgtacatatagacgaaaagtgattttatatgaccaaaaaat 42540390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 1328880 - 1329164
Alignment:
Q  1 cttctgtgtattaatgctggaaattgttggataggtccactttgcgatatttagctgaagctttgaaaataaacaagtccagtttatcgagaatgcagaa 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1328880 cttctgtgtattaatgttggaaattgttggataggtccactttgcgagatttagctgaagctttgaaaataaacaagtccagtttatcgagaatgcagaa 1328979  T
Q  101 gcgtggatgtataaaacgccacacaagtgcaattaagccttacttgactgaagcaaacaagatagaaagactaaagttttgcttgtcaatgttggatagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1328980 gcgtggatgtataaaacgccacacaagtgcaattaagccttgcttgactgaagcaaacaagatagaaaaactaaagttttgcttgtcaatgttggatagt 1329079  T
Q  201 agtacaatgccacatgatccaaccttcaaaacaatgcataacattgtacatatagacgaaaagtggttttatatgaccaaaaaat 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1329080 agtacaatgccacatgatccaaccttcaaaacaatgcataacattgtacatatagacgaaaagtggttttatatgaccaaaaaat 1329164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University