View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3772_low_126 (Length: 271)

Name: NF3772_low_126
Description: NF3772
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3772_low_126
NF3772_low_126
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-261)||(10410754-10411002)
chr1 (16-261)||(10416467-10416712)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (13-187)||(35375568-35375742)
chr5 (13-261)||(35405754-35406002)
chr5 (16-143)||(35436178-35436305)
chr5 (15-143)||(35753981-35754109)
chr5 (22-143)||(35422836-35422957)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (13-261)||(30662184-30662432)
chr2 (13-261)||(30634455-30634703)
chr2 (13-261)||(30670864-30671112)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-242)||(29623920-29624147)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 10411002 - 10410754
Alignment:
Q  13 agtaacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10411002 agtaacaaattgagtggtgatattcccaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatattgacttagccaataattccttgaccggtcccattc 10410903  T
Q  113 cttcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaagatttagcctcttgcctagattt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10410902 cttcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaatatttagcctcttgcctagattt 10410803  T
Q  213 gacagaactatggctgggtataaacttcttctacggagctatacctttg 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10410802 gacagaactatggctgggtataaacttcttctacggagctatacctttg 10410754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 10416712 - 10416467
Alignment:
Q  16 aacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattcctt 115  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10416712 aacaaattaagtggtgatattcccgatcaaacatttggctatttagatggtttaatatttcttgaattagccaataattccttgtccggtcccattcctt 10416613  T
Q  116 cagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaagatttagcctcttgcctagatttgac 215  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||   |||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||| |||||| ||   |||||    
T  10416612 cagagtttggtaatttgaagcaactttcacatttgtatctaggcttgaataagttgtctggtgaaattcctaaggaactagcttcttgcttaacattgac 10416513  T
Q  216 agaactatggctgggtataaacttcttctacggagctatacctttg 261  Q
    |||||| ||| ||||   |||||||||  | |||||||||||||||    
T  10416512 agaactttggttgggggaaaacttctttcatggagctatacctttg 10416467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 187
Target Start/End: Original strand, 35375568 - 35375742
Alignment:
Q  13 agtaacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattc 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35375568 agtaacaacttgagtggtgatattcccaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttggcttagccaataattccttgaccggtcccattc 35375667  T
Q  113 cttcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattccta 187  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||   |||||||||  ||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  35375668 cttcagagtttggtaacttgaaacaactttcacaattgtatctaggcttaaataagttgtctggtgaaattccta 35375742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 35405754 - 35406002
Alignment:
Q  13 agtaacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattc 112  Q
    ||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||| | |||||||||| |||| ||||   ||| || |||||||| ||||||||||    
T  35405754 agtaacagattgagtggtcatatgcccaatcaaacatttggatatctaaagggtttaatatttctttacttgaacaacaactccttgacaggtcccattc 35405853  T
Q  113 cttcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaagatttagcctcttgcctagattt 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||    ||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||    
T  35405854 cttcagattttggtaacttgaagcaactttctcatttgaatctaagtttgaataagttgtcaggtgaaattccaaaggatttagcttcttgcctagaatt 35405953  T
Q  213 gacagaactatggctgggtataaacttcttctacggagctatacctttg 261  Q
    |||| ||||   | |||| | |||||||||| | |||||||||||||||    
T  35405954 gacaaaacttgagttggggagaaacttcttccatggagctatacctttg 35406002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 143
Target Start/End: Original strand, 35436178 - 35436305
Alignment:
Q  16 aacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattcctt 115  Q
    ||||| ||||||||  | || ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  35436178 aacaacttgagtggccacatacctgatcaaacatttggctatctagaaagtttaataaatcttgacttgtccaacaactccttgaccggtcccattcctt 35436277  T
Q  116 cagagtttggtaacttgaagcatctttc 143  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  35436278 cagaatttggtaacttgaagcatctttc 35436305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 143
Target Start/End: Original strand, 35753981 - 35754109
Alignment:
Q  15 taacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattcct 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||  |||| || | |||||| |||  | |||||    
T  35753981 taacaaattgagtggtgatgttccaaatcaaacatttggctatctagaaggcttaataaatcttgacttgtccaacaacttcttgactggtttccttcct 35754080  T
Q  115 tcagagtttggtaacttgaagcatctttc 143  Q
    || |||||||| ||| |||||||||||||    
T  35754081 tcggagtttggcaacatgaagcatctttc 35754109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 143
Target Start/End: Original strand, 35422836 - 35422957
Alignment:
Q  22 ttgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattccttcagagt 121  Q
    |||||||||||||| ||| ||||   |||||||||||||||   ||||||| | ||||||||  | ||||| ||  |||| |||||| |||||| || ||    
T  35422836 ttgagtggtgatatacctgatcatctatttggctatctagaaaatttaataaaccttgacttgtctaataactctctgactggtccccttcctttagggt 35422935  T
Q  122 ttggtaacttgaagcatctttc 143  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  35422936 ttggtaacttgaagcatctttc 35422957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 30662184 - 30662432
Alignment:
Q  13 agtaacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||| || | ||||||||| |||||||    
T  30662184 agtaacaaattgagtggtgatatactcaatcaaacatttggctatctagatgctttactatatcttgacttgtccaacaacttcttgaccggccccattc 30662283  T
Q  113 cttcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaagatttagcctcttgcctagattt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    ||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||  ||    
T  30662284 cttcagagtttggtaacttgaagcaactttctcaattgaatctaagcttgaataagttgtctggtgaaattcctaaggatttagcttcttgcatagcatt 30662383  T
Q  213 gacagaactatggctgggtataaacttcttctacggagctatacctttg 261  Q
    ||||||||| ||| ||||   |||||||||| | |||||||||||||||    
T  30662384 gacagaactttggttgggaggaaacttcttccatggagctatacctttg 30662432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 30634455 - 30634703
Alignment:
Q  13 agtaacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  | || || | ||||||||| |||||||    
T  30634455 agtaacaaattgagtggtgatatactcaatcaaacatttggctatctagatgctttaatatttcttgacttgtctaacaacttcttgaccggccccattc 30634554  T
Q  113 cttcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaagatttagcctcttgcctagattt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    ||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||  ||    
T  30634555 cttcagagtttggtaacttgaagcaactttctcaattgaatctaagcttgaataagttgtctggtgaaattcctaaggatttagcttcttgcatagcatt 30634654  T
Q  213 gacagaactatggctgggtataaacttcttctacggagctatacctttg 261  Q
    ||||||||| ||| ||||   |||||||||| | |||||||||||||||    
T  30634655 gacagaactttggttgggaggaaacttcttccatggagctatacctttg 30634703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 30670864 - 30671112
Alignment:
Q  13 agtaacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||  | || || |  |||||||| |||||||    
T  30670864 agtaacaaattgagtggtgatatactcaatcaaacatttggctatctagatgctttaatattttttgacttgtctaacaacttattgaccggccccattc 30670963  T
Q  113 cttcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaagatttagcctcttgcctagattt 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||    ||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||  ||    
T  30670964 cttcagaatttggtaacttgaagcaactttctcaattggatctaagcttgaataagttgtctggtgaaattcctaaggatttagcttcttgcatagcatt 30671063  T
Q  213 gacagaactatggctgggtataaacttcttctacggagctatacctttg 261  Q
    ||||||||| ||| ||||   |||||||||| | |||||||||||||||    
T  30671064 gacagaactttggttgggaggaaacttcttccatggagctatacctttg 30671112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 29624147 - 29623920
Alignment:
Q  15 taacaaattgagtggtgatattcctaatcaaacatttggctatctagatggtttaatatatcttgacttagccaataattccttgaccggtcccattcct 114  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    ||||| |   |||||||| |||| |||| | ||| || ||||| |||||||||||||||    
T  29624147 taacaaattgagtggtgatatacccaatcaaaaatttattcatctaaaacatttaatatttcttcacttggacaacaactccttcaccggtcccattcct 29624048  T
Q  115 tcagagtttggtaacttgaagcatctttcagcgttgtatctaaacttgaataaattgtcaggtgaaattcctaaagatttagcctcttgcctagatttga 214  Q
    || ||||| ||||| || | ||| ||||||   |||| |||| ||| |||||| || || ||||||||||| ||  || |||| |||||| ||   ||||    
T  29624047 tctgagttcggtaaattaatgcaactttcacgattgtctctagactcgaataagttttctggtgaaattcccaagaatctagcttcttgcttatcattga 29623948  T
Q  215 cagaactatggctgggtataaacttctt 242  Q
    |||||||  || |||| | |||||||||    
T  29623947 cagaacttaggttggggagaaacttctt 29623920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University