View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3784_low_5 (Length: 402)

Name: NF3784_low_5
Description: NF3784
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3784_low_5
NF3784_low_5
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-385)||(30366690-30367074)
chr1 (81-351)||(30364888-30365154)
chr1 (64-320)||(13066909-13067163)
chr1 (51-216)||(13162797-13162963)
chr1 (52-216)||(13205733-13205896)
chr1 (51-220)||(13008461-13008633)
chr1 (51-207)||(13131104-13131261)
chr1 (89-216)||(13136341-13136469)
chr1 (84-205)||(13102456-13102578)
chr1 (2-144)||(13071466-13071607)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-198)||(31376721-31376917)
chr6 (102-221)||(31385048-31385166)
chr6 (279-353)||(31380084-31380158)
chr6 (291-337)||(31384752-31384798)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30367074 - 30366690
Alignment:
Q  1 ataccaactattggccaattcggcataatctcaccgccattttgtcgcctatagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30367074 ataccaactattggccaattcggcataatctcaccgccattgtgtcgcctatagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacatt 30366975  T
Q  101 gaatcatacacattgtagatttactttaggtgtgtttcaaattgcatgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30366974 gaatcatacacattgtagatttactttaggtgtgtttcaaattgcatgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagc 30366875  T
Q  201 ctttagttcatgaagagaatttacaatttcaccccattaagtgttgcacttttccaggctgactatatttcttaaaatgtataaacacagatgcaaactt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30366874 ctttagttcatgaagagaatttaccatttcaccccattaagtgttgcacttttccaggctgactatctttcttaaaatgtataaacacagatgcgaactt 30366775  T
Q  301 aattgacttgctttctcctttggtgcatgacatttaaatgggtggttgaaacccacttgtatattattcctaaatatattgcctc 385  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30366774 aattgacttgctttctccttcggtgcatgacatttaaatgggtggttgaaacccacttgtatattattcctaaatatattgcctc 30366690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 81 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 30365154 - 30364888
Alignment:
Q  81 tacaaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttaggtgtgtttcaaattgcatgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtaca 180  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30365154 tacaaattctccaatacattgaatcatgcacattgtagatttaatttaggtatgtttcgaattgcatgtgtttttaatgtatgcttataaaatgtgtaca 30365055  T
Q  181 tgcttttacacttttatagcctttagttcatgaagagaatttacaatttcaccccattaagtgttgcacttttccaggctgactatatttcttaaaatgt 280  Q
    | | ||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| || ||||||| || | ||||||||| ||||   | ||| |||||| |||||| |||||    
T  30365054 tac-tttacacttttatagtctttagtgcatg--gagaattaaccatttcacaccttgaagtgttgccctttctgacgcttactata-ttcttagaatgt 30364959  T
Q  281 ataaacacagatgcaaacttaattgacttgctttctcctttggtgcatgacatttaaatgggtggttgaaa 351  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30364958 ataaacacaaatgcaaacttaattgacttgctttctcctttggtgcatgacatttaagtgggtggttgaaa 30364888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 64 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 13067163 - 13066909
Alignment:
Q  64 atgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttaggtgtgtttcaaattgcatgtgttttagatgtatg 163  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||||| | || | |||||  | |||||  ||| |  ||||||||    
T  13067163 atgaaaaaggggatggctacaaatcctgcaatacactgaatcttgcacattgcagatttacctaag-tatgttttgacttgcaattgtctatgatgtatg 13067065  T
Q  164 cttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagcctttagttcatgaagagaatttacaatttcaccccattaagtgttgcacttttccaggctgac 263  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |  ||||||| || | |||||||| ||||| ||| ||| ||    
T  13067064 cttataaaatgtgtacatgcttt-acaattttatatcctttagtgcatgaagagaattaatcatttcacgccttgaagtgttgtactttcccacgcttac 13066966  T
Q  264 tatatttcttaaaatgtataaacacagatgcaaacttaattgacttgctttctcctt 320  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13066965 tatatttcttagaatgtataaacacaaatgcaaacttaattgacttgctctctcctt 13066909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 51 - 216
Target Start/End: Original strand, 13162797 - 13162963
Alignment:
Q  51 atagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttag-gtgtgttt-caaattgcatg 148  Q
    |||||| ||||| | |||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||||    
T  13162797 atagtaaatgtataggaagattaggatggctacaaatcctccaatacactgaattattgacattatagatttactaaagtgtgtgttttcaaattgcatg 13162896  T
Q  149 tgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagcctttagttcatgaaga 216  Q
    ||||||  ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  13162897 tgtttttcatgcatgcttttaaaatgtgtacatgc-tttacacttatatagcctttagtgcgtgaaga 13162963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 52 - 216
Target Start/End: Original strand, 13205733 - 13205896
Alignment:
Q  52 tagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttaggtgtgttt-caaattgcatgtg 150  Q
    ||||||||||| | |||||  || || ||||  |||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||    
T  13205733 tagtagatgtataggaagattagaatggctagtaatcctccaatacactgaattattgacattgtagatttactaaag-tgtgttttcaaattgcatgtg 13205831  T
Q  151 ttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagcctttagttcatgaaga 216  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  13205832 tttttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgc-tttacacttatatagcctttagtgcgtgaaga 13205896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 220
Target Start/End: Original strand, 13008461 - 13008633
Alignment:
Q  51 atagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttag-gtgtg-tttcaaattgcatg 148  Q
    |||||||||||| | |||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||  ||  |||| ||||||||||||||    
T  13008461 atagtagatgtataggaagattaggatggctacaaatcctccaatacactgaattatggacattgtagatttactaaagtatgtgttttcaaattgcatg 13008560  T
Q  149 tgttttagatgtatgcttataaaatgtgtac--atgcttttacacttttatagcctttagttcatgaagagaat 220  Q
    ||| || |||| |||| |||||| |||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||    
T  13008561 tgtctttgatgcatgcatataaattgtgtacatatgc-tttacacttatatagcctttagtgcattatgagaat 13008633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 207
Target Start/End: Original strand, 13131104 - 13131261
Alignment:
Q  51 atagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttag-gtgtgttt-caaattgcatg 148  Q
    |||||||||||| | |||||  ||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||||  || || ||||| |||||||||||    
T  13131104 atagtagatgtataggaagattaggatggttacaaatcctccaatacactgaattattgacattgtagttttactaaagtgtatgtttgcaaattgcatg 13131203  T
Q  149 tgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagcctttagt 207  Q
    ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  13131204 tgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacatg-gtttacacttatatagcctttagt 13131261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 13136469 - 13136341
Alignment:
Q  89 ctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttag-gtgtgttt-caaattgcatgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttt 186  Q
    |||||| ||| ||||| ||  ||||||||||||||||  || |||||||| ||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  13136469 ctccaagacactgaattattgacattgtagatttactaaagtgtgtgttttcaaattgaatgtgtttttcatgcatgcttataaaatgtgtacatgc-tt 13136371  T
Q  187 tacacttttatagcctttagttcatgaaga 216  Q
    ||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  13136370 tacacttatatagcctttagtgcgtgaaga 13136341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 84 - 205
Target Start/End: Original strand, 13102456 - 13102578
Alignment:
Q  84 aaatcctccaatacattgaatcatacacattgtagatttactttagg-tgtgtttc-aaattgcatgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacat 181  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||  ||| | |||||  ||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  13102456 aaatcctccaatacactgaattatagacattgaagatttactaaagggtatgtttataaattgcatgtgtctttcatgcatgcttataaaatgtgtacat 13102555  T
Q  182 gcttttacacttttatagccttta 205  Q
    || ||||||||| |||||||||||    
T  13102556 gc-tttacacttatatagccttta 13102578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 13071607 - 13071466
Alignment:
Q  2 taccaactattggccaattcggcataatctcaccgccattttgtcgcctatagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacattg 101  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||| ||| | | |||| ||| || ||||| |||||| || |||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||    
T  13071607 taccaattactggccatttcggcataatttcatccctatttcgtctccaatagtggatgtatatcaagaagaggatgcctaaaaatcctccaatacactg 13071508  T
Q  102 aatcatacacattgtagatttactttaggtgtgtttcaaattg 144  Q
    | |||| ||| || |  |||||| | | |||||||||||||||    
T  13071507 agtcatgcacgttttctatttac-taaagtgtgtttcaaattg 13071466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Original strand, 31376721 - 31376917
Alignment:
Q  1 ataccaactattggccaattcggcataatctcaccgccattttgtcgcctatagtagatgtaaatgaagaagaggatagctacaaatcctccaatacatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31376721 ataccaactattggccaattcatcataatctcaccgccattgtgtcgccaatagtagatgtaaatgacgaagaggatagctgcaaatcctccaatacatt 31376820  T
Q  101 gaatcatacacattgtagatttactttaggtgtgtttcaaattgcatgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttata 198  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  31376821 gaatcataaacattgtagatttactttaggtatgtttcaaattgcatgtgttttaaatttatgcttatgaaatgtgtaaatgc-tttacacttttata 31376917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 102 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 31385166 - 31385048
Alignment:
Q  102 aatcatacacattgtagatttactttaggtgtgtttcaaattgcatgtgttttagatgtatgcttataaaatgtgtacatgcttttacacttttatagcc 201  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |    
T  31385166 aatcatgcatattgtaggtttactttaggtatgttttgaattgcatgtttgtttgatgtatgcttataaaatatgtacatgc-tttatacttttatagtc 31385068  T
Q  202 tttagttcatgaagagaatt 221  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  31385067 tttagtgcatgaagagaatt 31385048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 279 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 31380158 - 31380084
Alignment:
Q  279 gtataaacacagatgcaaacttaattgacttgctttctcctttggtgcatgacatttaaatgggtggttgaaacc 353  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  31380158 gtataaacactaatgcaaacttaattgacttgctttctcctaaggtgcatgcgatttaagtgggtggttgaaacc 31380084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 31384798 - 31384752
Alignment:
Q  291 atgcaaacttaattgacttgctttctcctttggtgcatgacatttaa 337  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  31384798 atgcaaacttaattggcttgatttctccttaggtgcatgccatttaa 31384752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University