View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3787_low_4 (Length: 427)

Name: NF3787_low_4
Description: NF3787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3787_low_4
NF3787_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-413)||(2636743-2637133)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-410)||(29346818-29347226)
chr8 (200-410)||(4460952-4461161)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (1-410)||(16362-16770)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-410)||(14443498-14443887)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-402)||(35788689-35789089)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-410)||(19500983-19501395)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (20-403)||(6468153-6468529)
chr7 (273-410)||(2731509-2731645)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 413
Target Start/End: Original strand, 2636743 - 2637133
Alignment:
Q  15 aacatgggaaggtcacttggggtctgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatggcagattcactctt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2636743 aacatgggaaggtcacttggggtttgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatggcagattgactctt 2636842  T
Q  115 ggcaaaaactctgggtctaagat---ggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcagttgtagttaag 211  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2636843 ggcaaaaactctgggtctaagatgggggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcagctgtagttaag 2636942  T
Q  212 tgctttaacgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctgttagttttgtt 311  Q
    ||   ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2636943 tg---ta--------tcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctgttagttttgtt 2637031  T
Q  312 aatcgctcttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctcttaaagtctggtctg 411  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2637032 aatcgctcttgtaatgtagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactctaggatcatgtacttgggtggggaatgcccttcttaaagtctggtctg 2637131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 29347226 - 29346818
Alignment:
Q  1 tgctgggcgagataaacatgggaaggtcacttggggtctgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatg 100  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||| | ||||| || || || || |||||||||||||||||||    |||| | ||| | |||    
T  29347226 tgctgggcgcgacaagcacgggaaggtcacttgggggctggttattcgcaatcatgaaagcgaggtgctctttgcagcgactcaaagtcctgatatcatg 29347127  T
Q  101 gcagattcactcttggcaaaaactctgggtctaagatggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcag 200  Q
    || ||| |||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| || |    
T  29347126 gctgatccacttttggcagagactcttggtctaagatggggtatccaaactgtcctagaattacaacttagtaatgttatgtttgaattggatgcttctg 29347027  T
Q  201 ttgtagttaagtgctttaacgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctg 300  Q
    ||||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||    
T  29347026 ttgtagttaagtgtttcaatgggctgtcaacaatagctagtattagtccctttattagtgactgtcatgactt-gtttggtagtttagttggtagttctg 29346928  T
Q  301 ttagttttgttaatcgctcttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctcttaa 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29346927 ttagctttgttaatcgctcttgtaatgtagctgctcatgagcttgctcaggctgcaaaatcaataggatcacgtacttgggtggggaatgcccctcttaa 29346828  T
Q  401 agtctggtct 410  Q
    ||||||||||    
T  29346827 agtctggtct 29346818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 200 - 410
Target Start/End: Original strand, 4460952 - 4461161
Alignment:
Q  200 gttgtagttaagtgctttaacgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttct 299  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||    
T  4460952 gttgtacttaagtgttttaatgggctgtcaacaatagctagtattagtccttttattagtgactgtcatgactt-gtttggtagtttagttggtagttct 4461050  T
Q  300 gttagttttgttaatcgctcttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctctta 399  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4461051 gttagctttattaattgctcttgtaatgtaggtgctcatgagcttactcaggctgcaaaatccataggatcatgtacttgggtggggaatgcccgtctta 4461150  T
Q  400 aagtctggtct 410  Q
    |||||||||||    
T  4461151 aagtctggtct 4461161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 16770 - 16362
Alignment:
Q  1 tgctgggcgagataaacatgggaaggtcacttggggtctgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatg 100  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||| | ||||| || || || || |||||||||||||||||||    |||| | ||| | |||    
T  16770 tgctgggcgcgacaagcacgggaaggtcacttgggggctggttattcgcaatcatgaaagcgaggtgctctttgcagcgactcaaagtcctgatatcatg 16671  T
Q  101 gcagattcactcttggcaaaaactctgggtctaagatggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcag 200  Q
    || ||  |||| |||| | | ||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| || |    
T  16670 gctgacccacttttggtagagactcttggtctaagatggggtatccaaactgtcctagaattacaacttagtaatgttatgtttgaattggatgcttctg 16571  T
Q  201 ttgtagttaagtgctttaacgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctg 300  Q
    ||||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||    
T  16570 ttgtagttaagtgtttcaatgggctgtcaacaatagctagtattagtccctttattagtgactgtcatgactt-gtttggtagtttagttggtagttctg 16472  T
Q  301 ttagttttgttaatcgctcttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctcttaa 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16471 ttagctttgttaatcgctcttgtaatgtagctgctcatgagcttgctcaggctgcaaaatcaataggatcacgtacttgggtggggaatgcccctcttaa 16372  T
Q  401 agtctggtct 410  Q
    ||||||||||    
T  16371 agtctggtct 16362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 14443887 - 14443498
Alignment:
Q  20 gggaaggtcacttggggtctgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatggcagattcactcttggcaa 119  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||| || || || || |||||||||||||||||||    |||| | ||| | ||||| ||  |||| |||| |     
T  14443887 gggaaggtcacttgggggctggttattcgcaatcatgaaagcgaggtgctctttgcagcgactcaaagtcctgatatcatggctgaaccacttttggaag 14443788  T
Q  120 aaactctgggtctaagatggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcagttgtagttaagtgctttaa 219  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||| |||||||| || |||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||    
T  14443787 agactcttggtctaagatggggtatccaaactgtcctagaattacaacttagtaatattatgtttgaattggatgcttctgttgtagttaagtgtttcaa 14443688  T
Q  220 cgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctgttagttttgttaatcgctc 319  Q
     ||||  ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  14443687 tgggctgtcaacaatagctagtattagtccctttattagtgactgtcatgactt-gtttggtagtttagttggtagttctgttagctttgttaatcgctc 14443589  T
Q  320 ttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctcttaaagtctggtct 410  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14443588 ttgtaatgtagctgctcatgagcttgctcaggctgcaaaatcaataggatcacgtacttgggtggggaatgcccctcttaaagtctggtct 14443498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Original strand, 35788689 - 35789089
Alignment:
Q  1 tgctgggcgagataaacatgggaaggtcacttggggtctgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatg 100  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||| | ||||| || || || || |||||||||||||||||||    ||||   ||| | |||    
T  35788689 tgctgggcgcgacaagcacgggaaggtcacttgggggctggttattcgcaatcatgaaagcgaggtgctctttgcagcgacgcaaagtcttgatatcatg 35788788  T
Q  101 gcagattcactcttggcaaaaactctgggtctaagatggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcag 200  Q
    || ||| |||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||  |||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| || |    
T  35788789 gctgatccactattggcagagactcttggtctaagatggggtatccaaactgtcttagaattacaacttagtaatgttctgtttgaattggatgcttctg 35788888  T
Q  201 ttgtagttaagtgctttaacgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctg 300  Q
    ||||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||||    
T  35788889 ttgtagttaagtgttttaatggactgtcaacaatagctagtattagtccctttattagtgactgtcatgactt-gtttggtagtttagttggtagttctg 35788987  T
Q  301 ttagttttgttaatcgctcttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctcttaa 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |  ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35788988 ttagctttgttaatcgctcttgtaatgtagctgctcatgagcttgctcaggctgcaaaatcaatagaatcacgtatttgggtggggaatgcccctcttaa 35789087  T
Q  401 ag 402  Q
    ||    
T  35789088 ag 35789089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 9e-74; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 19501395 - 19500983
Alignment:
Q  1 tgctgggcgagataaacatgggaaggtcacttggggtctgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatg 100  Q
    ||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||| | ||||| || || || || |||||||||||||||||||    |||| | ||| | |||    
T  19501395 tgctgggcgcgacaagcattggaaggtcacttgggggctggttattcgcaatcatgaaagcgaggtgctctttgcagcgactcaaagtcctgatatcatg 19501296  T
Q  101 gcagattcactcttggcaaaaactctgggtctaagatggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcag 200  Q
    || ||| |||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||  |||| |||||| ||||||||||| | |||||||| ||||| |  |    
T  19501295 gctgatgcactattggcagagactcttggtctaagatggggtatccaaactgtcttagaattacaacttagtaatgttctatttgaattggatgcttatg 19501196  T
Q  201 ttgtagttaagtgctttaacgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctg 300  Q
    ||||||||||||| ||||| |||   ||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||| |||| ||||||    
T  19501195 ttgtagttaagtgttttaatgggatgtcaacaatagctagtattattccctttattagtgactgtcatga-cttgtttggtagtatagttggtagttctg 19501097  T
Q  301 ttagttttgttaatcgctcttgtaatata----gctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctc 396  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||    | |||||||||||| |||| | |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19501096 ttagctttgttaatcgctcttgtaatgtagttggttgctcatgagcttgctcagactgcaaaatcaataggatcacgtacttgggtggggaatgcccctc 19500997  T
Q  397 ttaaagtctggtct 410  Q
    ||||||||||||||    
T  19500996 ttaaagtctggtct 19500983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 6468529 - 6468153
Alignment:
Q  20 gggaaggtcacttggggtctgctaattcgaaaccacgacagagaggtgctctttgcagcgaaatgaagtgcagatttgatggcagattcactcttggcaa 119  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||    |||| | ||| | ||||| ||| |||| ||  ||     
T  6468529 gggaaggtcacttgggggctggttattcgcaatcatgacagcgaggtgctctttgca-cgactcaaagtcctgatatcatggctgatccactattttcag 6468431  T
Q  120 aaactctgggtctaagatggggtatccaatcagttctagatttacaatttagtaatgttgtgtttgaattagatgcatcagttgtagttaagtgctttaa 219  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| || | ||  |||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||    
T  6468430 agactcttggtctaagatggggtatctaaactgtcttagaattacaacttagtaatgttttgtttgaattggatgcttctgttgtagttaagtgttttaa 6468331  T
Q  220 cgggcattcaacaatagctagtataagcccttttattagtgactgtcatgattttgtttggtaatttagatggttgttctgttagttttgttaatcgctc 319  Q
     ||||  ||||||||||||||||| || || |||||     |||||||||| ||  ||||||| ||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  6468330 tgggctgtcaacaatagctagtattagtccctttat-----actgtcatgactta-tttggtagtttagttggtagttctgtcagctttgttaatcgctc 6468237  T
Q  320 ttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcatgtacttgggtggggaatgcccctcttaaagt 403  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6468236 ttgtaatgtagctgctcatgagcttgctcaggctgcaaaatccataggatcacgtacttgggtggggaatgccccccttaaagt 6468153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 273 - 410
Target Start/End: Original strand, 2731509 - 2731645
Alignment:
Q  273 ttgtttggtaatttagatggttgttctgttagttttgttaatcgctcttgtaatatagctgctcatgagctcgctctggctgcaaaaactttaggatcat 372  Q
    ||||||||||  |||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||  |||||    ||||||||     
T  2731509 ttgtttggtagcttagttggtggttctgttaactttgttaatcgctcttctaatgtagctgctcatgagcttgctcaggc-ccaaaatgcataggatcac 2731607  T
Q  373 gtacttgggtggggaatgcccctcttaaagtctggtct 410  Q
    |||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  2731608 gtacttagatgaggaatgctcctcttaaagtctggtct 2731645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University