View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3787_low_5 (Length: 422)

Name: NF3787_low_5
Description: NF3787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3787_low_5
NF3787_low_5
[»] chr5 (32 HSPs)
chr5 (155-392)||(30695293-30695530)
chr5 (197-394)||(32485947-32486145)
chr5 (155-392)||(40367531-40367757)
chr5 (197-392)||(19502307-19502504)
chr5 (197-392)||(26336767-26336964)
chr5 (35-392)||(40371549-40371892)
chr5 (197-392)||(36632314-36632497)
chr5 (207-372)||(43384972-43385138)
chr5 (239-394)||(12018729-12018888)
chr5 (239-392)||(7099374-7099531)
chr5 (239-392)||(7103943-7104100)
chr5 (239-392)||(12023289-12023446)
chr5 (239-392)||(16794108-16794265)
chr5 (239-392)||(16798669-16798826)
chr5 (211-344)||(20830304-20830437)
chr5 (239-392)||(10274546-10274698)
chr5 (284-392)||(10277204-10277312)
chr5 (35-128)||(30695558-30695651)
chr5 (239-392)||(37682036-37682182)
chr5 (239-392)||(37658732-37658878)
chr5 (270-344)||(20808675-20808749)
chr5 (79-128)||(12018997-12019047)
chr5 (79-127)||(7099217-7099266)
chr5 (79-127)||(7103786-7103835)
chr5 (79-127)||(16798935-16798984)
chr5 (81-127)||(16794374-16794421)
chr5 (79-128)||(12023566-12023616)
chr5 (35-127)||(37658985-37659082)
chr5 (79-127)||(37682289-37682340)
chr5 (35-77)||(40367386-40367427)
chr5 (236-268)||(5733082-5733114)
chr5 (95-127)||(26336653-26336685)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (60-392)||(30410154-30410486)
chr8 (155-394)||(28644560-28644799)
chr8 (66-392)||(30405651-30405960)
chr8 (197-392)||(33071918-33072113)
chr8 (197-392)||(42234656-42234851)
chr8 (197-392)||(38757003-38757186)
chr8 (239-392)||(43807485-43807640)
chr8 (239-392)||(43812044-43812199)
chr8 (239-392)||(197684-197841)
chr8 (239-392)||(202202-202359)
chr8 (239-392)||(312521-312678)
chr8 (239-392)||(317039-317196)
chr8 (296-392)||(41945339-41945434)
chr8 (292-392)||(41949802-41949902)
chr8 (80-128)||(38757253-38757301)
chr8 (72-128)||(28644826-28644882)
chr8 (35-98)||(38757331-38757395)
chr8 (214-268)||(27435169-27435223)
chr8 (52-92)||(28644850-28644890)
chr8 (35-103)||(30410105-30410174)
chr8 (67-99)||(30405629-30405661)
chr8 (35-103)||(30405585-30405654)
chr8 (1-35)||(41806082-41806116)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (152-392)||(27761397-27761638)
chr7 (152-392)||(27756846-27757087)
chr7 (155-386)||(47419498-47419729)
chr7 (152-392)||(22901154-22901396)
chr7 (211-392)||(35705634-35705815)
chr7 (197-392)||(7466485-7466669)
chr7 (203-379)||(733634-733811)
chr7 (239-392)||(7940083-7940240)
chr7 (239-392)||(7944636-7944793)
chr7 (35-100)||(27757188-27757252)
chr7 (35-128)||(47419376-47419470)
chr7 (220-380)||(13828087-13828248)
chr7 (79-128)||(7939926-7939976)
chr7 (79-128)||(7944479-7944529)
chr7 (79-128)||(22901420-22901470)
chr7 (79-128)||(27757111-27757161)
chr7 (79-128)||(27761662-27761712)
chr7 (35-103)||(22901505-22901573)
chr7 (35-103)||(27761699-27761767)
chr7 (284-380)||(37355573-37355669)
chr7 (60-100)||(22901497-22901537)
chr7 (34-100)||(7939807-7939875)
chr7 (35-100)||(7944385-7944452)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (152-392)||(39793831-39794070)
chr1 (152-392)||(16588395-16588635)
chr1 (35-392)||(26311522-26311868)
chr1 (152-392)||(26316013-26316240)
chr1 (197-392)||(43591783-43591978)
chr1 (239-392)||(10504436-10504588)
chr1 (35-128)||(26316253-26316348)
chr1 (33-128)||(16588275-16588370)
chr1 (80-128)||(39794097-39794145)
chr1 (35-89)||(39794198-39794250)
chr1 (35-89)||(39796802-39796854)
chr1 (236-268)||(41879945-41879977)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (34-392)||(21850199-21850574)
chr3 (35-392)||(21847109-21847483)
chr3 (197-392)||(9105275-9105470)
chr3 (197-392)||(11004365-11004560)
chr3 (197-392)||(43547723-43547920)
chr3 (197-395)||(9697583-9697783)
chr3 (239-392)||(54171924-54172081)
chr3 (239-392)||(54167344-54167501)
chr3 (239-392)||(39399127-39399279)
chr3 (196-316)||(43554645-43554765)
chr3 (211-331)||(755891-756012)
chr3 (315-392)||(43554292-43554371)
chr3 (239-344)||(38175790-38175894)
chr3 (79-128)||(54167186-54167236)
chr3 (79-128)||(54171766-54171816)
chr3 (289-322)||(755824-755857)
[»] chr6 (24 HSPs)
chr6 (152-392)||(8319960-8320199)
chr6 (152-392)||(8315421-8315661)
chr6 (152-392)||(27552026-27552267)
chr6 (152-393)||(17779913-17780155)
chr6 (197-392)||(17096236-17096431)
chr6 (155-392)||(27574657-27574884)
chr6 (203-392)||(17895691-17895881)
chr6 (197-393)||(14531749-14531946)
chr6 (203-392)||(17886816-17887000)
chr6 (60-128)||(8319866-8319935)
chr6 (80-128)||(8315348-8315396)
chr6 (67-128)||(27574569-27574630)
chr6 (68-128)||(17886692-17886753)
chr6 (239-354)||(6440865-6440979)
chr6 (35-128)||(17096075-17096167)
chr6 (290-331)||(17163689-17163730)
chr6 (34-89)||(8315266-8315319)
chr6 (89-128)||(17895589-17895628)
chr6 (35-104)||(27535334-27535404)
chr6 (289-327)||(7888212-7888250)
chr6 (35-89)||(8319806-8319858)
chr6 (290-379)||(17159610-17159700)
chr6 (393-422)||(31044073-31044102)
chr6 (60-92)||(17886696-17886728)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (72-392)||(31670090-31670411)
chr4 (197-392)||(53722007-53722202)
chr4 (197-393)||(10317025-10317221)
chr4 (197-392)||(8892582-8892778)
chr4 (197-395)||(27186139-27186341)
chr4 (239-392)||(3770842-3770999)
chr4 (197-385)||(43683636-43683813)
chr4 (239-392)||(44147023-44147180)
chr4 (239-392)||(44151558-44151715)
chr4 (197-392)||(50627904-50628087)
chr4 (239-392)||(41884925-41885076)
chr4 (197-296)||(35842843-35842942)
chr4 (239-392)||(31359151-31359303)
chr4 (239-392)||(49274517-49274668)
chr4 (297-393)||(31354677-31354772)
chr4 (60-128)||(44151819-44151889)
chr4 (35-103)||(44147345-44147414)
chr4 (35-103)||(44151856-44151925)
chr4 (198-358)||(53785880-53786039)
chr4 (79-128)||(3771106-3771156)
chr4 (79-128)||(44147284-44147334)
chr4 (289-341)||(45976222-45976274)
chr4 (33-99)||(53722313-53722380)
chr4 (315-365)||(35842797-35842847)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (152-392)||(8055392-8055632)
chr2 (152-392)||(8050839-8051079)
chr2 (152-392)||(6463355-6463583)
chr2 (197-393)||(12999426-12999623)
chr2 (239-392)||(36670503-36670660)
chr2 (239-392)||(36675051-36675208)
chr2 (230-392)||(13270980-13271131)
chr2 (239-392)||(35950443-35950595)
chr2 (52-128)||(12999289-12999366)
chr2 (239-392)||(41093824-41093976)
chr2 (34-100)||(8055698-8055763)
chr2 (60-128)||(8055656-8055726)
chr2 (79-128)||(8051103-8051153)
chr2 (67-128)||(6463272-6463332)
chr2 (292-379)||(29767953-29768041)
chr2 (239-327)||(34590280-34590366)
chr2 (79-128)||(36670768-36670820)
chr2 (79-128)||(36675316-36675368)
chr2 (35-100)||(8051180-8051247)
chr2 (301-338)||(27403696-27403733)
chr2 (35-75)||(6463228-6463267)
[»] scaffold0440 (4 HSPs)
scaffold0440 (239-392)||(2980-3137)
scaffold0440 (239-392)||(7506-7662)
scaffold0440 (67-128)||(7772-7833)
scaffold0440 (35-100)||(7836-7902)
[»] scaffold0044 (4 HSPs)
scaffold0044 (239-392)||(44865-45022)
scaffold0044 (239-392)||(49445-49602)
scaffold0044 (79-128)||(44708-44758)
scaffold0044 (79-128)||(49288-49338)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 32)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 155 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 30695530 - 30695293
Alignment:
Q  155 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 254  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695530 ttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctacatacgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 30695431  T
Q  255 gcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtga 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30695430 gcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtga 30695331  T
Q  355 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695330 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30695293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 197 - 394
Target Start/End: Original strand, 32485947 - 32486145
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  32485947 aaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 32486046  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486047 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 32486145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 155 - 392
Target Start/End: Original strand, 40367531 - 40367757
Alignment:
Q  155 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtt-gcttgaagcaca 253  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  40367531 ttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctacatatgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcaca 40367630  T
Q  254 agcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtg 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||            ||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||    
T  40367631 agcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtg 40367718  T
Q  354 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40367719 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 40367757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 19502504 - 19502307
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  19502504 aaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttattttctaacctctaaca 19502405  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgt-aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19502404 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgatttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 19502307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 26336767 - 26336964
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26336767 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 26336866  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26336867 aacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaaaacaaactaaca 26336964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 35 - 392
Target Start/End: Original strand, 40371549 - 40371892
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagcagttc-agaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnn 132  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||        
T  40371549 tgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagctctgtttagaagcagttttagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaattagag 40371646  T
Q  133 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatct 232  Q
                       || |||||||||||||||| ||||   ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371647 agagaattgagagagaagaaaattatgatgaaattgtagttgattcttattgattctacatatgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatct 40371746  T
Q  233 agctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaa 332  Q
    | |              ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40371747 aac--------------cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaa 40371832  T
Q  333 tgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371833 tgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 40371892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 36632497 - 36632314
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  36632497 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 36632398  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||            |||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632397 aacttgtaaca------------aactaaaacaaagtgtgattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36632314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 207 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 43385138 - 43384972
Alignment:
Q  207 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 305  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  43385138 aaggaggtagctttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 43385039  T
Q  306 caaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaact 372  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
T  43385038 caaacttcataacaaactaaaagcaaatgtgattaaccactaattatgattatcactaaactaaact 43384972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 239 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018729
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 394  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 12018729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099531
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7099531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104100
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7104100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023289
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12023289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794108
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16794108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798669
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16798669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 211 - 344
Target Start/End: Original strand, 20830304 - 20830437
Alignment:
Q  211 aggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaac 310  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  20830304 aggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaac 20830403  T
Q  311 ttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca 344  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  20830404 ttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 20830437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 10274698 - 10274546
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  10274698 gttgcttgaagtacaagctaaataacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10274600  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10274599 taaccattaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10274546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 284 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 10277312 - 10277204
Alignment:
Q  284 ctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaac 383  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10277312 ctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaac 10277213  T
Q  384 aaactaaca 392  Q
    |||||||||    
T  10277212 aaactaaca 10277204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 30695651 - 30695558
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcag-ttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  30695651 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcagtttcagaagtagtttcttattctaaggttt-tgtgaatt 30695558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682036
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaat-gt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||| | ||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaacaaacttgt 37682094  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37682093 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37682036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658732
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaat-gt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||           |||||||| |||||||||| | ||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaagctaaaacaaacttgt 37658790  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37658789 gattaaccactgattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37658732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 344
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808749
Alignment:
Q  270 ctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca 344  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 20808749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 12019047 - 12018997
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12019047 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 12018997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 127
Target Start/End: Original strand, 7099217 - 7099266
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7099217 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 7099266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 127
Target Start/End: Original strand, 7103786 - 7103835
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7103786 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 7103835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 16798984 - 16798935
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16798984 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 16798935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 16794421 - 16794374
Alignment:
Q  81 tcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16794421 tcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 16794374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 12023616 - 12023566
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12023616 gttcaaaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 12023566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 37659082 - 37658985
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 127  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||||||||  | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37659082 tgatagcgcagaaaatc-agaagcagaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 37658985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 37682340 - 37682289
Alignment:
Q  79 gttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 127  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37682340 gttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 37682289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 77
Target Start/End: Original strand, 40367386 - 40367427
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagct 77  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  40367386 tgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagct 40367427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 236 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 5733114 - 5733082
Alignment:
Q  236 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaac 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5733114 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaac 5733082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 95 - 127
Target Start/End: Original strand, 26336653 - 26336685
Alignment:
Q  95 gaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaat 127  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26336653 gaagcagtttctgattctagggtttatgtgaat 26336685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 60 - 392
Target Start/End: Original strand, 30410154 - 30410486
Alignment:
Q  60 gaagctagttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttat 158  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       |||||||    
T  30410154 gaagctagttcagaagc-agttcagaagctagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttat 30410252  T
Q  159 gatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaa 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  30410253 gatgaaattgtaattgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaa 30410352  T
Q  259 tgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattat 358  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  30410353 tgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaattaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattat 30410452  T
Q  359 cactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410453 cactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30410486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 155 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 28644799 - 28644560
Alignment:
Q  155 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 254  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  28644799 ttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctacatgcaaaaatatacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaa 28644700  T
Q  255 gcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtga 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  28644699 gcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtga 28644600  T
Q  355 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644599 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 28644560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 66 - 392
Target Start/End: Original strand, 30405651 - 30405960
Alignment:
Q  66 agttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaa 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       ||||||||||||||    
T  30405651 agttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaa 30405750  T
Q  166 ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaaca 265  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30405751 ttgtaattgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaaca 30405850  T
Q  266 aactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaa 365  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||                 |||||||||||||    
T  30405851 aattctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgt-----------------gattatcactaaa 30405933  T
Q  366 ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30405934 ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 30405960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 33072113 - 33071918
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  33072113 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctccaaca 33072014  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072013 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 33071918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 42234656 - 42234851
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  42234656 aaaatatacaaagaaggtagtttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 42234755  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234756 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 42234851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757003
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 38757087  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||            |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757086 aacttgtaaca------------aactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 38757003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807640
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgta 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  337 attaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43807585 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43807640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812199
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgta 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  337 attaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43812144 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43812199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197841
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 197841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202359
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 202359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312678
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 312678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317196
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 317196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 296 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 41945434 - 41945339
Alignment:
Q  296 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41945434 aaacttgtaaccaacttg-taacaaactaaaacaaagtgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 41945339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 292 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 41949902 - 41949802
Alignment:
Q  292 taacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 391  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  41949902 taaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacagagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaagcttgaattaaaagaaactaac 41949803  T
Q  392 a 392  Q
    |    
T  41949802 a 41949802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 80 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 38757301 - 38757253
Alignment:
Q  80 ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38757301 ttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 38757253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 28644882 - 28644826
Alignment:
Q  72 gaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28644882 gaagctagttcagaagcgagttcagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaatt 28644826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 38757395 - 38757331
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagc-tagttcagaagcagttcagaag 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  38757395 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagcactcttcagaagcagttcagaag 38757331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 214 - 268
Target Start/End: Original strand, 27435169 - 27435223
Alignment:
Q  214 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaac 268  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27435169 tagcttatatacaatatctacttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaac 27435223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 28644890 - 28644850
Alignment:
Q  52 cagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcagtt 92  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28644890 cagaagcggaagctagttcagaagcgagttcagaagcagtt 28644850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Original strand, 30410105 - 30410174
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagc-tagttcagaagc-agttcagaagcagtt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||    
T  30410105 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctagttcagaagcactgttcagaagctagttcagaagcagtt 30410174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 99
Target Start/End: Original strand, 30405629 - 30405661
Alignment:
Q  67 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405629 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagc 30405661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Original strand, 30405585 - 30405654
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagc-tagttcagaagc-agttcagaagcagtt 103  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||    
T  30405585 tgatagcgcagaaaatc-agaagcagaagctagttcagaagcactgttcagaagctagttcagaagcagtt 30405654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Original strand, 41806082 - 41806116
Alignment:
Q  1 tctactgatgctgagaaccaggatgtgtattctct 35  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41806082 tctactgatgctgagaaccaggacgtgtattctct 41806116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 27761638 - 27761397
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 250  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761638 aagttatgatgaaaattgtaaatgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 27761539  T
Q  251 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  27761538 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgatt 27761439  T
Q  351 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761438 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27761397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 27757087 - 27756846
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 250  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27757087 aagttatgatgaaaattgtaaatgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 27756988  T
Q  251 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  27756987 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgcgattaaccactgatt 27756888  T
Q  351 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756887 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27756846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 155 - 386
Target Start/End: Original strand, 47419498 - 47419729
Alignment:
Q  155 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 254  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  47419498 ttatgatgaaattgtaattgatttttattgattctacatacgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaa 47419597  T
Q  255 gcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtga 354  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  47419598 acaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctctaagaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtga 47419697  T
Q  355 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaa 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419698 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaa 47419729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 22901396 - 22901154
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaat-tgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 250  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22901396 aagttatgatgaatttgtaaaatgatctttattgattctacatacaaaa-tatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagc 22901298  T
Q  251 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtaattaaccattgat 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||    
T  22901297 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgat 22901198  T
Q  350 tgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22901197 tgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaaca 22901154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 211 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 35705815 - 35705634
Alignment:
Q  211 aggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaac 310  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  35705815 aggtagcttatatacaatgtctagctg-gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaac 35705717  T
Q  311 ttcat-aacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    | ||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35705716 tccataaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 35705634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 7466485 - 7466669
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  7466485 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 7466584  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466585 aacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7466669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 203 - 379
Target Start/End: Original strand, 733634 - 733811
Alignment:
Q  203 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  733634 tacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaaattg 733733  T
Q  303 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca-ttgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 379  Q
    ||||||| |||||||||||||||   || |||| |||||||| || |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  733734 taacaaatttcataacaaactaactgaatatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 733811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940240
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7940240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944793
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7944793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 35 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 27757252 - 27757188
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 100  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27757252 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 27757188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 128
Target Start/End: Original strand, 47419376 - 47419470
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagca-gttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||  ||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419376 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctctgttcgaaagctcgttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 47419470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 220 - 380
Target Start/End: Original strand, 13828087 - 13828248
Alignment:
Q  220 atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataaca 319  Q
    ||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||| || |||  | ||||    ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13828087 atatacactatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacagaccctaactattattagatacactctaacaaacttgtaacaaacttcagaaca 13828186  T
Q  320 aactaaaacaaaatgtaattaacc-attgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaa 380  Q
    ||| |||  ||||||| ||||||| | | |   |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  13828187 aacaaaatgaaaatgtgattaaccaactaaacatgattatcactaaggtaaacttgaattaa 13828248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Original strand, 7939926 - 7939976
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7939926 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 7939976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Original strand, 7944479 - 7944529
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7944479 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 7944529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 22901470 - 22901420
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22901470 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 22901420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 27757161 - 27757111
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27757161 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 27757111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 27761712 - 27761662
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  27761712 gttcagaagcagttcagaagcagtttctaattctaaggttttatgtgaatt 27761662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 22901573 - 22901505
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  22901573 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagtttagaagctagttaagaagcagtt 22901505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 27761767 - 27761699
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  27761767 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagcactgttcagaagcagtt 27761699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 284 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 37355669 - 37355573
Alignment:
Q  284 ctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaa-aatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaa 380  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||| | |||||||| | | ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  37355669 ctaatctctaagaaacttgtaacaactttcataacaaactaaagcaataatatgattaaccactaagtgtgattatcact-aggtaaacttgaattaa 37355573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 22901537 - 22901497
Alignment:
Q  60 gaagctagttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22901537 gaagctagtttagaagctagttaagaagcagttcagaagca 22901497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 100
Target Start/End: Original strand, 7939807 - 7939875
Alignment:
Q  34 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagcagttcagaagca 100  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  7939807 ctgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcagttcagaagca 7939875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 100
Target Start/End: Original strand, 7944385 - 7944452
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagcagttcagaagca 100  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  7944385 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcagttcagaagca 7944452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 39794070 - 39793831
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 251  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39794070 aagttatgatgaaaatgtaattgatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 39793972  T
Q  252 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  39793971 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgagattaaccactgattg 39793872  T
Q  352 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793871 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39793831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Original strand, 16588395 - 16588635
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||    
T  16588395 aagttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctccatacaaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaaca 16588494  T
Q  252 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  16588495 caagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccacttattg 16588594  T
Q  352 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588595 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16588635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 35 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 26311868 - 26311522
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnn 132  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||        
T  26311868 tgattgcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagcactgttcagaagctagttcagaagcagattttgattctaaggtttatgtgaattagag 26311769  T
Q  133 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatct 232  Q
                       |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26311768 agagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctgcatacaaaa-tatacaaaggaagtagcttatatacaatatct 26311670  T
Q  233 agctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaa 332  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||| ||    
T  26311669 agctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaaca------------aactaaaacagaa 26311582  T
Q  333 tgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311581 tgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26311522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 26316240 - 26316013
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 251  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26316240 aagttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctgcatacaaaa-tatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagca 26316142  T
Q  252 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  26316141 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaaca------------aactaaaacagaatgtgattaaccactgattg 26316054  T
Q  352 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316053 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26316013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 43591783 - 43591978
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  43591783 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagattttatttgctaacctctaaca 43591882  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591883 atattgtaacaaacttcataacaaactaaaataaagtgcgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 43591978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 10504588 - 10504436
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  10504588 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10504490  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10504489 taatcactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10504436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 26316348 - 26316253
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||   |||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26316348 tgatagcgcagaaaaaccagaaacggaagcttgtttagaagcactgttcagaagttagttcagaagcagtttttaattctaaggtttatgtgaatt 26316253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 33 - 128
Target Start/End: Original strand, 16588275 - 16588370
Alignment:
Q  33 tctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaag--cagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16588275 tctgatagcacagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcataagcttgttcagaagctctgtacagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaatt 16588370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 80 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 39794145 - 39794097
Alignment:
Q  80 ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39794145 ttcagaagcagttcagaagtagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 39794097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 39794250 - 39794198
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 89  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  39794250 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 39794198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 39796854 - 39796802
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 89  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  39796854 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 39796802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 236 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 41879977 - 41879945
Alignment:
Q  236 taagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaac 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41879977 taagttgcttgaagcacaagcaaagtaacaaac 41879945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 34 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 21850574 - 21850199
Alignment:
Q  34 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta--------------gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21850574 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagctctgttcagaagcactgttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttt 21850475  T
Q  120 -atgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagct 218  Q
     |||||||||                       |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21850474 tatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgtaaatgatctttattgattctatatacaaaaatgtacaaaggaggtagct 21850375  T
Q  219 tatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21850374 tatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataac 21850275  T
Q  319 aaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21850274 aaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21850199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 35 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 21847483 - 21847109
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagct--------------agttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-ttt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21847483 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagctctgttcagaagcactgttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttt 21847384  T
Q  120 atgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagctt 219  Q
    |||||||||                       |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847383 atgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgtaaatgatctttattgattctatatacaaaaatgtacaaaggaggtagctt 21847284  T
Q  220 atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataaca 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847283 atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataaca 21847184  T
Q  320 aactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21847183 aactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21847109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 9105470 - 9105275
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  9105470 aaaatatacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 9105371  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105370 aacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 9105275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 11004365 - 11004560
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  11004365 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 11004464  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004465 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 11004560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 43547920 - 43547723
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  43547920 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 43547821  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43547820 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43547723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 197 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 9697783 - 9697583
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  9697783 aaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 9697684  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9697683 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacact 9697584  T
Q  395 t 395  Q
    |    
T  9697583 t 9697583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172081
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54172081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167501
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc--ttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167444 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 54167501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 39399127 - 39399279
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  39399127 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 39399225  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39399226 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39399279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 196 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 43554765 - 43554645
Alignment:
Q  196 aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaac 295  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  43554765 aaaaatatacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacctctaac 43554666  T
Q  296 aaacttgtaacaaacttcata 316  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  43554665 aaacttgtaacaaacttcata 43554645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 211 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 756012 - 755891
Alignment:
Q  211 aggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaga-tcttatctactaac-ctctaacaaacttgtaacaa 308  Q
    ||||||||||||||||  |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||| || | || ||||||||||||||||||||    
T  756012 aggtagcttatatacaccatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaaccttttat-tagttacactctaacaaacttgtaacaa 755914  T
Q  309 acttcataacaaactaaaacaaa 331  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  755913 acttcaaaacaaactaaaacaaa 755891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 315 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 43554371 - 43554292
Alignment:
Q  315 taacaaactaaaa-caaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43554371 taacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 43554292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 239 - 344
Target Start/End: Original strand, 38175790 - 38175894
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||    
T  38175790 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaaatgtgat 38175888  T
Q  339 taacca 344  Q
    ||||||    
T  38175889 taacca 38175894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Original strand, 54167186 - 54167236
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  54167186 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggatttatgcgaatt 54167236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Original strand, 54171766 - 54171816
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  54171766 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggatttatgcgaatt 54171816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 755857 - 755824
Alignment:
Q  289 ctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaac 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  755857 ctctaacaaacttgtaacaaacttcaaaacaaac 755824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 24)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Original strand, 8319960 - 8320199
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 251  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8319960 aagttatgatgaaaatgaaattgatctttattgattctacata-agaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagca 8320058  T
Q  252 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||    
T  8320059 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacatattgtgattaaccactgattg 8320158  T
Q  352 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320159 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8320199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Original strand, 8315421 - 8315661
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 251  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315421 aagttatgatgaaaatgaaattgatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 8315519  T
Q  252 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtaattaaccattgatt 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||    
T  8315520 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgatt 8315619  T
Q  351 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315620 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8315661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Original strand, 27552026 - 27552267
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatac-aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552026 aagttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctccatacgaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 27552125  T
Q  251 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  27552126 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaacaaacctgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgatt 27552225  T
Q  351 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552226 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27552267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 152 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 17780155 - 17779913
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17780155 aagttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctacatacgaaaatgtacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 17780056  T
Q  252 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 351  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||    
T  17780055 caagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctctaacaaacttttaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattg 17779956  T
Q  352 tgattatcactaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaacac 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17779955 tgattatcactaaactaaacttgaattcaaaacaaactaacac 17779913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 17096236 - 17096431
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  17096236 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaaca 17096335  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096336 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17096431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 155 - 392
Target Start/End: Original strand, 27574657 - 27574884
Alignment:
Q  155 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatac-aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcaca 253  Q
    ||||| |||||||||||||||   ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574657 ttatggtgaaattgtaattgattcttattgattttccatacgaaaaatgttcaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcaca 27574756  T
Q  254 agcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtg 353  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27574757 agcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctc-----------taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtg 27574845  T
Q  354 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574846 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27574884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 203 - 392
Target Start/End: Original strand, 17895691 - 17895881
Alignment:
Q  203 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  17895691 tacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 17895790  T
Q  303 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895791 taacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17895881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 197 - 393
Target Start/End: Original strand, 14531749 - 14531946
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  14531749 aaaatatacaaaggtggtagagtatatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 14531848  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacac 393  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14531849 aacctgtaacaaacttcataacgaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattataactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacac 14531946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 203 - 392
Target Start/End: Original strand, 17886816 - 17887000
Alignment:
Q  203 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  17886816 tacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt- 17886914  T
Q  303 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
          |||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886915 -----tactttataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17887000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 128
Target Start/End: Original strand, 8319866 - 8319935
Alignment:
Q  60 gaagctagttcagaagctag-ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8319866 gaagctagttcagaagcactcttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 8319935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 80 - 128
Target Start/End: Original strand, 8315348 - 8315396
Alignment:
Q  80 ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8315348 ttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 8315396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 128
Target Start/End: Original strand, 27574569 - 27574630
Alignment:
Q  67 gttcagaagctagttcagaagcag-ttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27574569 gttcagaagctagttcagaagcagtttgagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaatt 27574630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 68 - 128
Target Start/End: Original strand, 17886692 - 17886753
Alignment:
Q  68 ttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  17886692 ttcagaagcaagttcagaagctagttcagaagcagttactgattctagggtttatgtgaatt 17886753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 239 - 354
Target Start/End: Original strand, 6440865 - 6440979
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  6440865 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 6440963  T
Q  339 taaccattgattgtga 354  Q
    |||||| | |||||||    
T  6440964 taaccactaattgtga 6440979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 35 - 128
Target Start/End: Original strand, 17096075 - 17096167
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctag-ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  17096075 tgatagcgcagaaaatc-agaagcagaagcttgttcataagcactcttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggttt-tgtgaatt 17096167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 290 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 17163730 - 17163689
Alignment:
Q  290 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa 331  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17163730 tctaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaa 17163689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 89
Target Start/End: Original strand, 8315266 - 8315319
Alignment:
Q  34 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 89  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  8315266 ctgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 8315319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 89 - 128
Target Start/End: Original strand, 17895589 - 17895628
Alignment:
Q  89 agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  17895589 agttcagaagcagttactgattctagggtttatgtgaatt 17895628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 35 - 104
Target Start/End: Original strand, 27535334 - 27535404
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagct-agttcagaagc-agttcagaagcagttt 104  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||| ||| |||||    
T  27535334 tgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagctctgttcagaagctagttcataagtagttt 27535404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 289 - 327
Target Start/End: Original strand, 7888212 - 7888250
Alignment:
Q  289 ctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa 327  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7888212 ctctaacaaagttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaa 7888250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 89
Target Start/End: Original strand, 8319806 - 8319858
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 89  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  8319806 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 8319858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 290 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 17159700 - 17159610
Alignment:
Q  290 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaa-ccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 379  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | | || || | | | ||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17159700 tctaaccaacttgtaacaaacgtcaaaacaaactaaaacaaagtatgatcaatcaactaatcatgattatcactaatctaaacttgaatta 17159610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 422
Target Start/End: Original strand, 31044073 - 31044102
Alignment:
Q  393 cttcttatctacaattttgagaaaaggaga 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31044073 cttcttatctacaattttgagaaaaggaga 31044102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 60 - 92
Target Start/End: Original strand, 17886696 - 17886728
Alignment:
Q  60 gaagctagttcagaagctagttcagaagcagtt 92  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17886696 gaagcaagttcagaagctagttcagaagcagtt 17886728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 72 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 31670411 - 31670090
Alignment:
Q  72 gaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgta 170  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       |||||||||||||||||||    
T  31670411 gaagctagttcagaagttagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgta 31670312  T
Q  171 attgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactc 270  Q
    | ||| ||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31670311 aatgatctttattgattctacattc-aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactc 31670213  T
Q  271 tagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaa 369  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  31670212 tagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaa 31670113  T
Q  370 acttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31670112 acttgaattaaaacaaactaaca 31670090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 53722202 - 53722007
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  53722202 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaaca 53722103  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722102 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 53722007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 197 - 393
Target Start/End: Original strand, 10317025 - 10317221
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10317025 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 10317124  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacac 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317125 aacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattataactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacac 10317221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 8892582 - 8892778
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||    
T  8892582 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatatcttatttgctaatctctaaca 8892681  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892682 aatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8892778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 197 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 27186341 - 27186139
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27186341 aaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 27186242  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataac-aaact--aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186241 aacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27186142  T
Q  393 ctt 395  Q
    |||    
T  27186141 ctt 27186139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770842
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 3770842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 197 - 385
Target Start/End: Original strand, 43683636 - 43683813
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||         
T  43683636 aaaatatacaaaggatgtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatttgctaacctc----- 43683730  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaa 385  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43683731 ------taacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaataaacttgaattaaaacaa 43683813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147023
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44147023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151558
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44151558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 197 - 392
Target Start/End: Original strand, 50627904 - 50628087
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  50627904 aaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 50628003  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||            ||||||||||||| |||| || ||||| || |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50628004 aacttg------------taacaaactaaaaaaaaaagtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatcttgaattaaaacaaactaaca 50628087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 41885076 - 41884925
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  41885076 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 41884979  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41884978 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaaccaaca 41884925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 197 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 35842942 - 35842843
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  35842942 aaaatatacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 35842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 31359303 - 31359151
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| || | |||||| ||    
T  31359303 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaatgtgat 31359205  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359204 taaccactaattgtgattatcattaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 31359151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 49274517 - 49274668
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  49274517 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 49274614  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49274615 taaccactaattatgatcatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 49274668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 297 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 31354772 - 31354677
Alignment:
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacac 393  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || | |||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31354772 aacttgtaacaaaattcataacaa-ctgaatctaaatgtgattaaccactaattgtaattatcactaaactaaacttaaattaaaacaaactaacac 31354677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 44151889 - 44151819
Alignment:
Q  60 gaagctagttcagaagcta-gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44151889 gaagctagttcagaagcactgttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 44151819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 44147414 - 44147345
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  44147414 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcactgttcagaagcagtt 44147345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 35 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 44151925 - 44151856
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  44151925 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcactgttcagaagcagtt 44151856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 198 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 53786039 - 53785880
Alignment:
Q  198 aaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaa 297  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |   |||   |||   ||||||||    
T  53786039 aaatgtacaaag-aggtagcttatatactagaactagttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaacccta-actatataagctagtttctaacaa 53785942  T
Q  298 acttgtaacaaacttcataacaaactaaaaca--aaatgtaattaaccattgattgtgattat 358  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||  |||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  53785941 acttgtaacaaa-ttcttaacaaacaaaaacactaaatgtgattaaccactgagtgtgattat 53785880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 3771156 - 3771106
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3771156 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 3771106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 44147334 - 44147284
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44147334 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 44147284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 289 - 341
Target Start/End: Original strand, 45976222 - 45976274
Alignment:
Q  289 ctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaa 341  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  45976222 ctctaaaaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaagatgtgattaa 45976274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 53722380 - 53722313
Alignment:
Q  33 tctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagc 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||  ||||||||||    
T  53722380 tctgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagcaggttctgaagcactgttcagaagc 53722313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 315 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 35842847 - 35842797
Alignment:
Q  315 taacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaa 365  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  35842847 taacatactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaa 35842797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 8055632 - 8055392
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 250  Q
    |||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055632 aagttatgatgaaaattgtaaaagatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 8055534  T
Q  251 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||    
T  8055533 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaacaaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgatt 8055434  T
Q  351 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055433 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8055392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 8051079 - 8050839
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 250  Q
    |||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8051079 aagttatgatgaaaattgtaaaagatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggcagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagc 8050981  T
Q  251 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||    
T  8050980 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgatt 8050881  T
Q  351 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050880 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8050839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 152 - 392
Target Start/End: Original strand, 6463355 - 6463583
Alignment:
Q  152 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 251  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6463355 aagttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctacatactaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagca 6463454  T
Q  252 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 351  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  6463455 caaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattg 6463542  T
Q  352 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6463543 tgattatcactaaactaaacttgaattaagacaaactaaca 6463583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 197 - 393
Target Start/End: Original strand, 12999426 - 12999623
Alignment:
Q  197 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 296  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12999426 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 12999525  T
Q  297 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacac 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12999526 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgttattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaacac 12999623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670503
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36670503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675051
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36675051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 230 - 392
Target Start/End: Original strand, 13270980 - 13271131
Alignment:
Q  230 tctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaca 329  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||            |||||||||||||| |    
T  13270980 tctagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaactt------------ataacaaactaaaata 13271067  T
Q  330 aaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271068 aagtgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 13271131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 35950443 - 35950595
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  35950443 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttacgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaatgtgat 35950541  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35950542 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 35950595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 52 - 128
Target Start/End: Original strand, 12999289 - 12999366
Alignment:
Q  52 cagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999289 cagaagcggaagctagtccagaagctaattcagaagctagttcagaagcagtttctgatcctaaggtttatgtgaatt 12999366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 41093976 - 41093824
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| || | |||| | ||    
T  41093976 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatatgat 41093878  T
Q  339 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41093877 taatcactaattgtgattatcactaaactaaatttgaattaaaacaaaccaaca 41093824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 8055763 - 8055698
Alignment:
Q  34 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055763 ctgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 8055698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 60 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8055726 - 8055656
Alignment:
Q  60 gaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8055726 gaagctagttcagaagc-agttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 8055656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8051153 - 8051103
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8051153 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 8051103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 128
Target Start/End: Original strand, 6463272 - 6463332
Alignment:
Q  67 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 128  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  6463272 gttcagaaattagttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggttt-tgtgaatt 6463332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 292 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 29768041 - 29767953
Alignment:
Q  292 taacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca-ttgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 379  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| || || || || ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29768041 taaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcactaaactaaacttgaatta 29767953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 239 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 34590366 - 34590280
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa 327  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||| |||  ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34590366 gttgcttaaagcacaagctatataacaaaccctaactct-atatgctaatctctaacaaacttgtaacaaa-ttcataacaaactaaaa 34590280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 36670820 - 36670768
Alignment:
Q  79 gttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36670820 gttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 36670768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 36675368 - 36675316
Alignment:
Q  79 gttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36675368 gttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 36675316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 8051247 - 8051180
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagcagttcagaagca 100  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  8051247 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcagttcagaagca 8051180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 338
Target Start/End: Original strand, 27403696 - 27403733
Alignment:
Q  301 tgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 338  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27403696 tgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaagtgtaat 27403733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 35 - 75
Target Start/End: Original strand, 6463228 - 6463267
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaag 75  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  6463228 tgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaag 6463267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 4)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2980
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 2980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7506
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgta 336  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||   | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaattgtg 7563  T
Q  337 attaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7562 attaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 7833 - 7772
Alignment:
Q  67 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7833 gttcagaagc-agttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 7772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 7902 - 7836
Alignment:
Q  35 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagca 100  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  7902 tgatagcgcagaaaatt-agaagcggaagcttgttcagaagcaagttcagaagcactgttcagaagca 7836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 4)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45022
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 45022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 239 - 392
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49602
Alignment:
Q  239 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  336 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 392  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 49602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Original strand, 44708 - 44758
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44708 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 44758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 79 - 128
Target Start/End: Original strand, 49288 - 49338
Alignment:
Q  79 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 128  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49288 gttcagaagcagttcataagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 49338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University