View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3788-2-Insertion-3 (Length: 1002)

Name: NF3788-2-Insertion-3
Description: NF3788-2
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3788-2-Insertion-3
NF3788-2-Insertion-3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-956)||(42559984-42560950)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 956
Target Start/End: Complemental strand, 42560950 - 42559984
Alignment:
Q  8 tattttgtagattgtagatgtaattttatttcatgccttttcaatgttatagtctgtcatccaaaatgt------------------atgtataggatgg 89  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||    
T  42560950 tattttgtagattgtagatgtaattttatttcatgccttttcaatgttatagtctgtcatccaaaatgtgaaagtgaaggcttcttgatgtataggatgg 42560851  T
Q  90 ctgtctaatgtcgattactctccctctaccaaatcctagacttgttcatataactgttatagtttgatattaatattgtggcatttgagtgtgtattaaa 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42560850 ctgtctaatgtcgattactctccctctaccaaatcctagacttgttcatataactgttatagtttgatattaatattatggcatttgagtgtgtattaaa 42560751  T
Q  190 gtggccaattcactttagcttggctggagtggtggggagtaaaatcttgcttccctcaattgttggggatttagaggagagtaatgatttatctgatctt 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42560750 gtggccaattcactttagcttggctggagtggtgaggagtaaaatcttgcttccctcaattgttggggatttagaggagagcaatgatttatctgatctt 42560651  T
Q  290 atatgtggcatcatcggcccaaaaagtattcctcaataaaatgaaacacattaggacctaaaaagaaaattaaccattttcctttttagaatccagcccc 389  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42560650 atatgtggcatca---gcccaaaaagtattcctcaataaaatgaagcacattaggacctaaaaagaaaattaaccattttcctttttagaatccagcccc 42560554  T
Q  390 tcaccttgcaaaccaaaataaaaatcattaccttccctcccttccgctcgattaagcaaaaaacctgattaa-ttatcatgtagatcttgacttacgcca 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42560553 tcaccttgcaaaccaaaataaaaatcattaccttccctcccctcccctcgattaagcaaaaaacctgattaatttatcatgtagatcttgacttacgcca 42560454  T
Q  489 taacaattaataaggnnnnnnnggtgttatactctaaccatttgtcataagtgattgattaattgttttgttaaaactcaccgtgagtatttccttcgtg 588  Q
    |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42560453 taacaattaataaggaaaaaaaggtgttatactctaaccatttgtcataagtgattgattaattgttttgttaaaactcaccgtgagtatttccttcgtg 42560354  T
Q  589 atccggtaagtttcattgatctcgaagctcataaaaaattccatcaacaaataaaggatgcaagttatcaacattgtattataaaaggtaattatataaa 688  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42560353 atctggtaagtttcattgatctcgaaactcataaaagattccaacaacaaataaaggatgcaagttatcaacattgtattaaaaaaggtaattatataaa 42560254  T
Q  689 tttgatgcattcaaacttttaaaaaatatgaacggcaattaacatagtacatgctagcgaataatct--aaaataaaacacatgtattatggtgttgagc 786  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42560253 tttgatgcattcaaactttttaaaaatatgaacgacaattaaca---tacatgctagcgaataatctaaaaaataaaacacatgtattatggtgttgagc 42560157  T
Q  787 gaaaatgatgaataaactttgtaactaatatt--nnnnnnnntcaaccaactgtataatgtatgatcattttggtataatgagacatggttttagagata 884  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42560156 gaaaatgatgaataaactttgtaactaatattaaaaaaaaaatcaaccaactgtataatgtatgatcattttggtataatgagacatgattttagagata 42560057  T
Q  885 ccattattaatcaatttttggtataatcaaacataatttttgtat-atcattttttgtag-aaaactaacttat 956  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  42560056 ccattattaatcaatttttggtataatcaaacataattttcgtataatca-tttttgtagaaaaactaacttat 42559984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University