View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3790_high_2 (Length: 794)

Name: NF3790_high_2
Description: NF3790
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3790_high_2
NF3790_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-780)||(47678380-47679153)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 47679153 - 47678380
Alignment:
Q  6 agcagcacagattgttgaccttctaaatagagatgcttccttnnnnnnntattattgatcgatgtgattattaatatttttgaaacttaaaattgtttgt 105  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47679153 agcatcacaggttgttgaccttctaaatagagatgcttccttaaaaaa-tattattgatcgatgtgattattaatatttttgaaacttaaaattgttttt 47679055  T
Q  106 attttgtgttttaacataaacgacaaccagaatactatacacgtgaaaatcccagttttataaccctacatctaacagcatggtcaaggaataaatagta 205  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47679054 atttt-tgttttaacataaacaacaaccagaatactatacacgtgaaaatcccagttttataaccctacatctaacagcatggtcaaggaataaatagta 47678956  T
Q  206 ctggtacgtatttcactttgaataacaaaatgctggaagtttaccccccaaaagaaaaagaataatgaaaccaactagcccaacaaattattccaagaga 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47678955 ctggtacgtatttcactttgaataacaaaatgctggaagtttaccccccaaaagaaaaagaataatgaaaccaaccagcccaacaaattattccaagaga 47678856  T
Q  306 gaactaaagtccattgagacaagagcagacataattaatggcagaaatcccgaacaggaattatatgctattaagagcataatgtgcttatatttccctg 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678855 gaactaaagtccattgagacaagagcagacataattaatggcagaaatcccgaacaggaattatatgctattaagagcataatgtgcttatatttccctg 47678756  T
Q  406 ttcagcatgca--gtgttgtt-nnnnnnntgagtgtttttacgagcacactttattttaacaatagtagtggaggacgttgatgacacgcgtttgatgtt 502  Q
    |||||||||||  ||||||||        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678755 ttcagcatgcactgtgttgttaaaaaaaatgagtgtttttacgagcacactctattttaacaatagtagtggaggacgttgatgacacgcgtttgatgtt 47678656  T
Q  503 gttgcaatgtgaagaccataatacatagccttttttagcatttgttagtttgcaagttacagcagaggtgagtgagtccacatacacatatgtctgagtc 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  47678655 gttgcaatgtgaagaccataatacatagccttttttagcatttgttagtttgcaagttacagcagaggtgagtgagtccacat--acatatgtctgagtc 47678558  T
Q  603 tgagaccacaacagttctttgccttgccttaaatgactttgcaataatgtgcggtactatagttttttggctcacttctgtgttttaccatgtgacctgg 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678557 tgagaccacaacagttctttgccttgccttaaatgactttgcaataatgtgcggtactatagttttttggctcacttctgtgttttaccatgtgacctgg 47678458  T
Q  703 tgggggaaatgccccccaaatttttgacactttctgccaaaacaaaattccaatgctcgagaatctatcaattatatg 780  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47678457 tgggggaaatgccccccaaatttttgacactttctgccaaaacaaaattccaatgctcgagaatctatcaattatatg 47678380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University