View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3791_low_1 (Length: 1113)

Name: NF3791_low_1
Description: NF3791
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3791_low_1
NF3791_low_1
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (1-1028)||(15194527-15195554)
chr1 (1-1028)||(15214945-15215972)
chr1 (1-338)||(15205212-15205549)
chr1 (704-1028)||(15195881-15196205)
chr1 (704-1028)||(15216299-15216623)
chr1 (1023-1064)||(15195599-15195640)
chr1 (1023-1064)||(15216017-15216058)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-1028)||(17563491-17564512)
chr5 (737-1028)||(17570587-17570881)
chr5 (306-564)||(17621399-17621656)
chr5 (692-1025)||(17683455-17683788)
chr5 (1-149)||(17621145-17621293)
chr5 (874-996)||(17621843-17621965)
chr5 (555-728)||(17571599-17571772)
chr5 (874-1025)||(17690563-17690714)
chr5 (700-798)||(17621700-17621798)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-1028)||(14764087-14765108)
chr7 (1-781)||(14749038-14749812)
chr7 (737-1028)||(14757654-14757948)
chr7 (697-1025)||(14661473-14661801)
chr7 (834-996)||(14749835-14749997)
chr7 (768-1025)||(14653038-14653295)
chr7 (555-728)||(14709196-14709369)
chr7 (555-668)||(14756790-14756903)
chr7 (1-110)||(14804626-14804735)
chr7 (1-110)||(15251620-15251729)
chr7 (9-117)||(14812054-14812162)
chr7 (9-117)||(15259049-15259157)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-1025)||(24394507-24395525)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 888; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 888; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1028
Target Start/End: Original strand, 15194527 - 15195554
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15194527 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatttaactcatgtttctgac 15194626  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctt 200  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15194627 cattctcgaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctc 15194726  T
Q  201 gcaaagtaataacatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttttcagaacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 300  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15194727 gcaaagtactaccatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttgtcaggacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 15194826  T
Q  301 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtctagagatgttttcatctctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattggt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15194827 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtgtagagatgttttcatgtctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattcgt 15194926  T
Q  401 atccacattctgtcttcagcttagttatgagactcctctcggcttcatcagaaactgtttttccagacaaaagccggtttacaaggtgctttttgtaata 500  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  15194927 atccacattctgtcttgagcttagctatgagactccgctcggcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagccgctttgcaaggtgctttttgtaata 15195026  T
Q  501 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataatggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195027 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataacggaataaaaacataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 15195126  T
Q  601 tgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaact 700  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195127 tgaagcttatcgtttaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgaaggaggaatacagatctttctggaacaact 15195226  T
Q  701 tgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggacc 800  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15195227 tgtcattactaaatgccaaatttataatcctgctgaatttatctttctcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatc 15195326  T
Q  801 agtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattcta 900  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195327 agtaacaagctgcttactgtagtctctaatgtatgaagtaatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattcta 15195426  T
Q  901 atcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctcta 1000  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  15195427 ctcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccataaggattaatctaatcatgtgattttcgatcatctccttctcca 15195526  T
Q  1001 ccacagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15195527 ccacaatagtaatcttcttttgagtgct 15195554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 888; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1028
Target Start/End: Original strand, 15214945 - 15215972
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15214945 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatttaactcatgtttctgac 15215044  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctt 200  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15215045 cattctcgaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctc 15215144  T
Q  201 gcaaagtaataacatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttttcagaacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 300  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15215145 gcaaagtactaccatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttgtcaggacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 15215244  T
Q  301 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtctagagatgttttcatctctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattggt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15215245 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtgtagagatgttttcatgtctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattcgt 15215344  T
Q  401 atccacattctgtcttcagcttagttatgagactcctctcggcttcatcagaaactgtttttccagacaaaagccggtttacaaggtgctttttgtaata 500  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  15215345 atccacattctgtcttgagcttagctatgagactccgctcggcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagccgctttgcaaggtgctttttgtaata 15215444  T
Q  501 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataatggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215445 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataacggaataaaaacataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 15215544  T
Q  601 tgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaact 700  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215545 tgaagcttatcgtttaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgaaggaggaatacagatctttctggaacaact 15215644  T
Q  701 tgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggacc 800  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15215645 tgtcattactaaatgccaaatttataatcctgctgaatttatctttctcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggatc 15215744  T
Q  801 agtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattcta 900  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215745 agtaacaagctgcttactgtagtctctaatgtatgaagtaatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattcta 15215844  T
Q  901 atcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctcta 1000  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  15215845 ctcaaatcttcatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccataaggattaatctaatcatgtgattttcgatcatctccttctcca 15215944  T
Q  1001 ccacagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15215945 ccacaatagtaatcttcttttgagtgct 15215972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 15205212 - 15205549
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15205212 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatttaactcatgtttctgac 15205311  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctt 200  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15205312 cattctcgaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctc 15205411  T
Q  201 gcaaagtaataacatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttttcagaacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 300  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15205412 gcaaagtactaccatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttgtcaggacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 15205511  T
Q  301 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctctt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15205512 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctctt 15205549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 704 - 1028
Target Start/End: Original strand, 15195881 - 15196205
Alignment:
Q  704 cattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggaccagt 803  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195881 cattactaaatgccaaatttataatcctgctgaatttatctttctcatctaagagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggaccagt 15195980  T
Q  804 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatc 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195981 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatc 15196080  T
Q  904 aaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctctacca 1003  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15196081 aaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccacca 15196180  T
Q  1004 cagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    || ||||||||||||||| ||||||    
T  15196181 caatagtaatcttcttttgagtgct 15196205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 704 - 1028
Target Start/End: Original strand, 15216299 - 15216623
Alignment:
Q  704 cattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggaccagt 803  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216299 cattactaaatgccaaatttataatcctgctgaatttatctttctcatctaagagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggaccagt 15216398  T
Q  804 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatc 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216399 aacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatc 15216498  T
Q  904 aaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctctacca 1003  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15216499 aaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcgatcatctccttctccacca 15216598  T
Q  1004 cagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    || ||||||||||||||| ||||||    
T  15216599 caatagtaatcttcttttgagtgct 15216623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1023 - 1064
Target Start/End: Complemental strand, 15195640 - 15195599
Alignment:
Q  1023 agtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgc 1064  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  15195640 agtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgc 15195599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1023 - 1064
Target Start/End: Complemental strand, 15216058 - 15216017
Alignment:
Q  1023 agtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggttgaaatgc 1064  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  15216058 agtgctgtgattgtggggattatctcaagaaggctgagatgc 15216017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1028
Target Start/End: Complemental strand, 17564512 - 17563491
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  17564512 gttgcttgctcaatttccctgtagcttagtctatcagcattattaaacagcatgagtatacacatttgataggtggagacatttaactcatgtttctgac 17564413  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctt 200  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||| || |||||||||     
T  17564412 cactcccaaaagtagcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgtcaatttcctgccattatgggtgctgaggtaatatgaccgaaatttctc 17564313  T
Q  201 gcaaagtaataacatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttttcagaacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 300  Q
     ||||||  | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  17564312 acaaagtgctgacatttctgtcggaaggttacatgtcacactagattgagctggccaagaccctgttgtcagaacctgcacagtaagtgtaggaccatc- 17564214  T
Q  301 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtctagagatgttttcatctctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattggt 400  Q
         |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  17564213 -----acctaactcagggtgggtagcattaaagctcttcatcgtgtctacagatgttttcatgtctgtaaacatgccctctaattttgcggtaaattgga 17564119  T
Q  401 atccacattctgtcttcagcttagttatgagactcctctcggcttcatcagaaactgtttttccagacaaaagccggtttacaaggtgctttttgtaata 500  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  17564118 atccacattctgtcttcagcttaactatgagactcctctcagcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagccgctttgcaaggtgctgcttgtaata 17564019  T
Q  501 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataatggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  17564018 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataccggaatagaaccataaccttgtcaaggataatctctacaacatcctcactaactccctttagacctttt 17563919  T
Q  601 tgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaact 700  Q
     ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| |  ||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  17563918 cgaagcttatcgtctacaaagagtgaaatgtactctggaatacgaggattcaagttcatgaaaaattcaaatgaggaattcagatctttcatgaacaact 17563819  T
Q  701 tgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggacc 800  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |    
T  17563818 tgtcattactaaatgccaaatctataatcttgttgaatttatctttcacatctgagagcctctgcacaaattcaacaggatccttcaacctttcaggatc 17563719  T
Q  801 agtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattcta 900  Q
    |||||||||||||||||| | |||| | | |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  17563718 agtaacaagctgcttaccgtggtctttgacgtatgaagtcatcacttcacgtattttcaagagaccatcggtgacacgactgaacaagttatacatccta 17563619  T
Q  901 atcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctcta 1000  Q
      |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  17563618 cccaaatcttcatatttatcatcaccaagcatgtttactaacccagaagtctccttatagattaatctaagcatgtgattttcgagcatctccttctcca 17563519  T
Q  1001 ccacagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  17563518 ccagagtagtaatcttcgtttcagtgct 17563491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 737 - 1028
Target Start/End: Complemental strand, 17570881 - 17570587
Alignment:
Q  737 atttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattctt---caacctttctggaccagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgta 833  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||  || | |    |||||||||| || |||||| |||||| ||     | ||||| ||||     
T  17570881 atttatctttctcatctaacaacctctgcacaaattcaacatgaatatcatccaacctttctagatcagtaagaagctgtttcaaggactctctgatgtg 17570782  T
Q  834 tgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatg 933  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||   || |||||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||| |||||| ||| || ||||    
T  17570781 tgaagtcgtcacttcacgtattttcgagagaccattagtaacacgacgaaacaagttatacattcttcccaaatcttcatatttatcaccacaaagcatg 17570682  T
Q  934 tttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctctaccacagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  17570681 tttactaaccccgagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcaatcatctccttctcgatcacactagtaatcttcttttcagtgct 17570587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 306 - 564
Target Start/End: Original strand, 17621399 - 17621656
Alignment:
Q  306 acctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtctagagatgttttcatctctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattggtatcca 405  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||  |||||| | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  17621399 acctaacttagggtggtcggcataaaagtccttcattgtgtctagagaagttttcatatctgtaaacatgccctctaattttgaggtaaaatggtatcca 17621498  T
Q  406 cattctgtcttcagcttagttatgagactcctctcggcttcatcagaaactgtttttccagacaaaagccggtttacaaggtgctttttgtaatacttct 505  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||  || | || |||  ||||||||||||||    
T  17621499 cattctgtcttgagcttaatgatgagactcctctcagcgtcatcagaaactgtttttccagacaaaatccgcattgccagatgcagtttgtaatacttct 17621598  T
Q  506 caaacacatctttttcctgcaaataatggaataaaaccataaccttgttaagagtaatc 564  Q
    ||||||  || ||||| ||||| || |||||||  | ||| ||||||| ||||||||||    
T  17621599 caaacaagtc-ttttcttgcaagtattggaatagcatcatcaccttgtcaagagtaatc 17621656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 692 - 1025
Target Start/End: Original strand, 17683455 - 17683788
Alignment:
Q  692 ggaacaacttgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacct 791  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||| || ||||||    
T  17683455 ggaaaaacttgtcattactaaatgccatgtttataatcttgtcgtatttatctttgtcatccaatagcctctgcaaaaattcaacaggatcctccaacct 17683554  T
Q  792 ttctggaccagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagtta 891  Q
     | |||| ||||||||||||  | | |  |  ||| ||||| |||  ||||| ||||| ||||||  ||||||||| | |  || |||||||||||||||    
T  17683555 ctttggatcagtaacaagcttgtcaacggacactcgaatgtgtgagatcatcgcttcttgtatttttgagagaccatcaggaacccgacggaacaagtta 17683654  T
Q  892 tacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatct 991  Q
    ||||||||   |||||||| ||| |||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||| |||||||    
T  17683655 tacattctttccaaatcttcatatttattaccacaaagcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctcagcatgggattttcaatcatct 17683754  T
Q  992 ccttctctaccacagtagtaatcttcttttcagt 1025  Q
    ||||||| | | || || |||| |||||||||||    
T  17683755 ccttctcgatcgcattaataattttcttttcagt 17683788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Original strand, 17621145 - 17621293
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||| ||||| ||||||    
T  17621145 gttgcttgctcaatttccttgtagcttagtctatcagcattattaaacagcatgagtacacacatttgataggtggagacatttaacacatgtctctgac 17621244  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgcca 149  Q
    | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17621245 ctttcccaaaagtagcatttaagactgctgtgcccatattagtttgcca 17621293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 874 - 996
Target Start/End: Original strand, 17621843 - 17621965
Alignment:
Q  874 acacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 973  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  17621843 acacgacggaacaagttatacattctacccaagtcttcatatttatcaccacaaatcatgtttactaacccagaattttccatatggattaatctaagca 17621942  T
Q  974 tttgattttcgatcatctccttc 996  Q
    | | |||||| || |||||||||    
T  17621943 tgtcattttcaataatctccttc 17621965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 555 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 17571772 - 17571599
Alignment:
Q  555 aagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaag 654  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||  | |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17571772 aagagtaatctctacatcatcctcgctaactccctttagttcctttctaagcttatcgtctacaaatagtgaaatgtactctggagaacaagggttcaag 17571673  T
Q  655 ttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaacttgtcattactaaatgccatatttataat 728  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||| || | | || ||||| || |||| ||| |||||| |||  ||||||||    
T  17571672 ttaatgaaaaattcgaacgaggaattcaaagcattttggaagaaattgttatttctaaattccaagtttataat 17571599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 874 - 1025
Target Start/End: Original strand, 17690563 - 17690714
Alignment:
Q  874 acacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagca 973  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| ||| |||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  17690563 acacgtcggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttagtaccacaaatcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctaggca 17690662  T
Q  974 tttgattttcgatcatctccttctctaccacagtagtaatcttcttttcagt 1025  Q
    |  ||||||| |||||||||||||| | | || || |||| |||||||||||    
T  17690663 tgggattttcaatcatctccttctcgatcgcattaataattttcttttcagt 17690714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 700 - 798
Target Start/End: Original strand, 17621700 - 17621798
Alignment:
Q  700 ttgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctgga 798  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||| |   | |||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17621700 ttgtcgttgctaaatgccatgtttataatcttctcgtatttatctttctcatctaagagcttctgcacatattcaacaggatccttcaacctttctgga 17621798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1028
Target Start/End: Original strand, 14764087 - 14765108
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  14764087 gttgcttgctcaatttccctgtagcttagtctatcagcattattaaacagcatgagtatacacatttgataggtggagacatttaactcatgtttctgac 14764186  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctt 200  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||||||| || |||||||||     
T  14764187 cactcccaaaagtagcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgtcaatttcctgccattatgggtgctgaggtaatatgaccgaaatttctc 14764286  T
Q  201 gcaaagtaataacatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttttcagaacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 300  Q
     ||||||  | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  14764287 acaaagtgctgacatttctgtcggaaggttacatgtcacactagattgagctggccaagaccctgttgtcagaacctgcacagtaagtgtaggaccatc- 14764385  T
Q  301 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtctagagatgttttcatctctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattggt 400  Q
         |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  14764386 -----acctaactcagggtggttagcattaaagctcttcatcgtgtctacagatgttttcatgtctgtaaacatgccctctaattttgcggtaaattgga 14764480  T
Q  401 atccacattctgtcttcagcttagttatgagactcctctcggcttcatcagaaactgtttttccagacaaaagccggtttacaaggtgctttttgtaata 500  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||||||    
T  14764481 atccacattctgtcttcagcttaactatgagactcctctcagcatcatcagaaactgtttttccagacaaaagtcgctttgcaaggtgctgcttgtaata 14764580  T
Q  501 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataatggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  14764581 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataccggaatagaaccataaccttgtcaaggttaatttctacaacatcctcactaactccctttagacctttt 14764680  T
Q  601 tgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaact 700  Q
     ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||| |  ||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  14764681 cgaagcttatcgtctacaaagagtgaaatgtactctggaatacgaggattcaagttcatgaaaaattcaaatgaggaattcagatctttcatgaacaact 14764780  T
Q  701 tgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggacc 800  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |    
T  14764781 tgtcattactaaatgccaaatctataatcttgttgaatttatctttcacatctgagagcctctgcacaaattcaacaggatccttcaacctttcaggatc 14764880  T
Q  801 agtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattcta 900  Q
    |||||||||||||||||| | |||| | |  ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  14764881 agtaacaagctgcttaccgttgtctttgacttatgaagtcatcacttcacgtattttcaagagaccatcggtgacacgactgaacaagttatacatccta 14764980  T
Q  901 atcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctcta 1000  Q
      |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  14764981 cccaaatcttcatatttatcatcaccaagcatgtttactaacccagaagtctccttatagattaatctaagcatgtgattttcgagcatctccttctcca 14765080  T
Q  1001 ccacagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    ||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  14765081 ccagagtagtaattttcgtttcagtgct 14765108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 781
Target Start/End: Original strand, 14749038 - 14749812
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14749038 gttgcttgctcaatttccctgtagcttagcctatcagcattattaaacagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatttaactcatgtttctgac 14749137  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||||| |  | || |||| |||||||||  || ||||||||      
T  14749138 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatctcagtttgccaagacaatctcctgccattttgattgccgaggtaataagactgaaatttcac 14749237  T
Q  201 gcaaagtaataacatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttttcagaacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 300  Q
     ||||||    ||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||| ||||||  | | ||||||     
T  14749238 acaaagtgccgacatttcagccggtaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgttagaacttgcatagtaaggatgggaccatc- 14749336  T
Q  301 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtctagagatgttttcatctctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattggt 400  Q
         |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||| | |||||| ||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  14749337 -----acctaactcagggtggttggcataaaagcccttcgtcgtgtctagagaagctttcatgtctttaagcattccctctaattttgaagtaaattggt 14749431  T
Q  401 atccacattctgtcttcagcttagttatgagactcctctcggcttcatcagaaactgtttttccagacaaaagccggtttacaaggtgctttttgtaata 500  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| | || |||| | |||||||    
T  14749432 atccacattctttcttgagcttaattatgagactcctctcggcatcttcagaaactgtctttccagccaaaagccgctttgccagatgctgtgtgtaata 14749531  T
Q  501 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataatggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 600  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||| | ||| ||||| | |||||||| ||||| | ||||||| |||| ||| |||||||| |||    
T  14749532 cttctcaaacacgtctttttcttgcaggtatcggaataacatcatcaccttttcaagagtaacctctaaatcatcctcgctaactccatttagacccttt 14749631  T
Q  601 tgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaact 700  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |   |||||| || | | || |||||||  |    
T  14749632 ctaagcttatcgtctacaaatagtgaaatgtactctggagaacaagggttcaagttaatgaaaaattcaaaccaggaattcaaaacattttggaacatat 14749731  T
Q  701 tgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggat 781  Q
    |||  ||||||||| |||  ||||||||| ||  | |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  14749732 tgttgttactaaattccaagtttataatcttgtcgtatttatctttctcatccaagagcctctgcacaaattcaacaggat 14749812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 737 - 1028
Target Start/End: Original strand, 14757654 - 14757948
Alignment:
Q  737 atttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattctt---caacctttctggaccagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgta 833  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||  || | |    |||||||||| || |||||| |||||| ||     | ||||| ||||     
T  14757654 atttatctttctcatctaacaacctctgcacaaattcaacatgaatatcatccaacctttctagatcagtaagaagctgtttcaaggactctctgatgtg 14757753  T
Q  834 tgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatg 933  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||   || |||||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||| |||||| ||| || ||||    
T  14757754 tgaagtcgtcacttcacgtattttcgagagaccattagtaacacgacgaaacaagttatacattcttcccaaatcttcatatttatcaccacaaagcatg 14757853  T
Q  934 tttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctctaccacagtagtaatcttcttttcagtgct 1028  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  14757854 tttactaaccccgagttctccatatggattaatctaagcatgtgattttcaatcatctccttctcgatcacactagtaatcttcttttcagtgct 14757948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 697 - 1025
Target Start/End: Complemental strand, 14661801 - 14661473
Alignment:
Q  697 aacttgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctg 796  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||| || |||||| | ||    
T  14661801 aacttgtcattactaaatgccatgtttataatcttgtcgtatttatctttgtcatccaagagcctctgcaaaaattcaacaggatcctccaacctctttg 14661702  T
Q  797 gaccagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacat 896  Q
    || ||||||||||||  | | |  |  ||| ||||| |||  ||||| ||||| ||||||   |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||    
T  14661701 gatcagtaacaagcttgtcaacggacactcgaatgtgtgagatcatcgcttcttgtatttttaagagaccatcaggaacacgacggaacaagttatacat 14661602  T
Q  897 tctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttc 996  Q
    |||   |||||||| ||| |||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  14661601 tctttccaaatcttcatatttattaccacaaagcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatctcagcatgggattttcaatcatctccttc 14661502  T
Q  997 tctaccacagtagtaatcttcttttcagt 1025  Q
    || | | || || |||| |||||||||||    
T  14661501 tcgatcgcattaataattttcttttcagt 14661473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 834 - 996
Target Start/End: Original strand, 14749835 - 14749997
Alignment:
Q  834 tgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatg 933  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | |||||||| | |  |||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||| ||| || ||||    
T  14749835 tgaagtcatcacttcacgtattttcaagagaccatcaggaacacgatggaacaagttatacattctacccaaatcgttatatttatcaccacaaagcatg 14749934  T
Q  934 tttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttc 996  Q
    |||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||    
T  14749935 tttactaacccagaattctgcaattggattaatctaagcatgtgattttcaatagtctccttc 14749997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 768 - 1025
Target Start/End: Complemental strand, 14653295 - 14653038
Alignment:
Q  768 aaattcaaccggattcttcaacctttctggaccagtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagacca 867  Q
    ||||| ||| |||| ||| | ||||| |||| ||||||||||||  ||| || |  ||| ||||| |||  |||||||||||  |||||  |||||||||    
T  14653295 aaattgaacaggatccttaaccctttttggatcagtaacaagcttgttaacagacactcgaatgtgtgagatcatcacttcttttatttttgagagacca 14653196  T
Q  868 ccggtgacacgacggaacaagttatacattctaatcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatc 967  Q
       |  ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| ||| |||  | ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14653195 ttaggaacacgtcggaacaagttatacattctttccaaatcttcatatttagtaccacaaagcatgtttacaaacccagagttctccatattgattaatc 14653096  T
Q  968 taagcatttgattttcgatcatctccttctctaccacagtagtaatcttcttttcagt 1025  Q
    | |||||  ||||||| |||||||||||||| | | || || |||| |||||||||||    
T  14653095 tcagcatgggattttcaatcatctccttctcgatcgcattaataattttcttttcagt 14653038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 555 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 14709369 - 14709196
Alignment:
Q  555 aagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaag 654  Q
    |||||||||||||| | |||| || |||| |||||||||  | |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  14709369 aagagtaatctctagatcatcttcgctaactccctttagttcctttctaagcttatcgtctacaaatagtgaaatgtactctggagaacaagggtttaag 14709270  T
Q  655 ttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaacttgtcattactaaatgccatatttataat 728  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||| || | | || |||||||| |||| ||| |||||| |||  ||||||||    
T  14709269 ttaatgaaaaattcgaacgaggaattcaaagcattttggaacaaattgttatttctaaattccaagtttataat 14709196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 555 - 668
Target Start/End: Original strand, 14756790 - 14756903
Alignment:
Q  555 aagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattttgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaag 654  Q
    |||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||    |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  14756790 aagagtaatctctagatcatcctcgctaactccctttagttactttctaagcttatcgtctacaaatagtgaaatgtactctggagtacaagggttcaag 14756889  T
Q  655 ttaatgataaattc 668  Q
    ||||||| ||||||    
T  14756890 ttaatgaaaaattc 14756903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Original strand, 14804626 - 14804735
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| ||| |||||| | ||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  14804626 gttgctttctcaatttccttgtagcttagttgatcaacatcattaaacaacatcaagacacacatttgataggtggagacatgtaactcatgtttatgac 14804725  T
Q  101 cattcccaaa 110  Q
    ||||||||||    
T  14804726 cattcccaaa 14804735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Original strand, 15251620 - 15251729
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |  |||| ||| |||||| | ||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  15251620 gttgctttctcaatttccttgtagcttagttgatcaacatcattaaacaacatcaagacacacatttgataggtggagacatgtaactcatgtttatgac 15251719  T
Q  101 cattcccaaa 110  Q
    ||||||||||    
T  15251720 cattcccaaa 15251729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 117
Target Start/End: Original strand, 14812054 - 14812162
Alignment:
Q  9 ctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgaccattccca 108  Q
    |||||| ||||||||||||| |  ||||  || |||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||  ||||||| |||    
T  14812054 ctcaatgtccttgtagcttagttgatcaatatcattaaacaacatcaggacacacatttgataagtagagacatgtaactcgtgcttacgaccatttcca 14812153  T
Q  109 aaagttgct 117  Q
    || ||||||    
T  14812154 aatgttgct 14812162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 117
Target Start/End: Original strand, 15259049 - 15259157
Alignment:
Q  9 ctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgaccattccca 108  Q
    |||||| ||||||||||||| |  ||||  || |||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||  ||||||| |||    
T  15259049 ctcaatgtccttgtagcttagttgatcaatatcattaaacaacatcaggacacacatttgataagtagagacatgtaactcgtgcttacgaccatttcca 15259148  T
Q  109 aaagttgct 117  Q
    || ||||||    
T  15259149 aatgttgct 15259157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 1025
Target Start/End: Original strand, 24394507 - 24395525
Alignment:
Q  1 gttgcttgctcaatttccttgtagcttaatctatcagcattattaaatagcatgagtacacacatttgataggtagaaacatgtaactcatgtttctgac 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  24394507 gttgcttgctcaatctccttgtagctaagtttatcagcattattgaaaagcataaggacacacatttggtaggtagagacatttaactcatgcttctgac 24394606  T
Q  101 cattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtatggttgctgaggtaatataacagaaatttctt 200  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||   |||||| || |||||||| |||||| ||||| | |||||  |||  ||||||||  || |||| ||||     
T  24394607 ccttcccaaaggttgcttttaagtctgcaaagcccatgttggtttgccatgacaatctcctgccagtatgtgtgccaaggtaatacgaccgaaacttctc 24394706  T
Q  201 gcaaagtaataacatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttttcagaacctgcacagtaagtgtagcaccatcg 300  Q
    |||||||    | |||||   ||| | ||| || || | |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  24394707 gcaaagtgcagatatttccaccggcaggttgcacgtaatactagactgagttggccaagaccctgttgtaagaacctggacagtaagcgtaggaccatcg 24394806  T
Q  301 gcatcacctaactcagggtggctggcataaaagctcttcatcgggtctagagatgttttcatctctgttaacatgccctctaattttgcagtaaattggt 400  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||| || ||| | |||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| |    
T  24394807 ------cctaagtcagggtggctggcataaaagccctgcattgtgtcctgagaggttttcatgtctgtaaacattccctctaattttgatgtaaattgat 24394900  T
Q  401 atccacattctgtcttcagcttagttatgagactcctctcggcttcatcagaaactgtttttccagacaaaagccggtttacaaggtgctttttgtaata 500  Q
    | |||||||| ||||| ||||||   |||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| | || |||| ||| |||||    
T  24394901 agccacattcagtcttgagcttaacaatgagacttctttcagcatcatcagaaaccgtttttccagacaaaagcctctttgccagatgctgtttataata 24395000  T
Q  501 cttctcaaacacatctttttcctgcaaataatggaataaaaccataaccttgttaagagtaatctctacaacatcctcactaattccctttagaccattt 600  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||| |  | ||| |||||||  |||||||  |||||| | |||||  | |  || || ||||| ||     
T  24395001 cttctcaaaaacatctttttcttgcaagtatcggaacagcatcatcaccttgtccagagtaacttctacatcgtcctcgttgacccctttcagaccctta 24395100  T
Q  601 tgaagcttatcgtctaaaaatagtgaaatgtactctggagaacgaggattcaagttaatgataaattcgatggaggaatacagatctttctggaacaact 700  Q
     |||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |  ||||||| || | | ||||||||  |||    
T  24395101 cgaagtttatcatctacaaatagtgaaatgaactctggagaacggggattcaagttaatgaaatattcaaacgaggaattcaaagcattctggaaagact 24395200  T
Q  701 tgtcattactaaatgccatatttataatcctgctgaatttatctttgtcatctaaaagcctctgcacaaattcaaccggattcttcaacctttctggacc 800  Q
    |||| ||  | ||||||   ||||||||| ||  | |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||| |||||| ||||| ||| |    
T  24395201 tgtcgttgttgaatgcctggtttataatcttgtcgtatttgtctttctcatctaagagcctctgcacaaactcgactggatccttcaatctttcaggatc 24395300  T
Q  801 agtaacaagctgcttaccatagtctctaatgtatgaagtcatcacttctcgtatttgcgagagaccaccggtgacacgacggaacaagttatacattcta 900  Q
     ||||||||||| |||||| | || || |||| | |||||||||| |||||||||| | | |||||  |||  ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  24395301 tgtaacaagctgtttaccagattcccttatgtgtaaagtcatcacctctcgtattttcaaaagaccgtcggctacacggcggaacaagttatacatccta 24395400  T
Q  901 atcaaatctttatacttatcatcaccaatcatgtttactaacccagagttctccatatggattaatctaagcatttgattttcgatcatctccttctcta 1000  Q
      |||||||| ||| |||||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||| | |||| |    
T  24395401 cccaaatcttcatatttatcatcacaaagcatgttgactaaaccagaattctccatatggattaacctgagcatgtgattttcaatcatctgcgtctcca 24395500  T
Q  1001 ccacagtagtaatcttcttttcagt 1025  Q
    ||||  || ||||||||||||||||    
T  24395501 ccactttattaatcttcttttcagt 24395525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University