View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3792_high_1 (Length: 810)

Name: NF3792_high_1
Description: NF3792
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3792_high_1
NF3792_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-808)||(35170482-35171271)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 770; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 770; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 808
Target Start/End: Original strand, 35170482 - 35171271
Alignment:
Q  19 ttcttttgacggctgttggtagtattagagagggtttgaatgatacggattggaaaacacgtaaagcggcttccgttgcgttgggacaaattgctttgac 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170482 ttcttttgactgctgttggtagtattagagagggtttgaatgatacggattggaaaacacgtaaagcggcttccgttgcgttgggacaaattgctttgac 35170581  T
Q  119 tcgtgcttcgttcttgtcgtctttgagggcttcttgtattcattctcttgattcatcgaggtttgataaggtggttactcactctctgtttttgacatta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170582 tcgtgcttcgttcttgtcgtctttgagggcttcttgtattcattctcttgattcatcgaggtttgataaggtggttactcactctctgtttttgacatta 35170681  T
Q  219 ttagtattgcatttctcaatattcatgtttctcattaactaacttatatgtgtatatatgaataatcgtttataggtcaaaccggtgagggatgcggttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170682 ttagtattgcatttctcaatattcatgtttctcattaactaacttatatgtgtatatatgaataatcgtttataggtcaaaccggtgagggatgcggttt 35170781  T
Q  319 tacaagctcttaaatattggaaaatgcttccgggtcattatactaccgagccttcagaaactgggtcctccttaaaaggtttacctttgctctctttttg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170782 tacaagctcttaaatattggaaaatgcttccgggtcattatactaccgagccttcggaaactgggtcctccttaaaaggtttacctttgctctctttttg 35170881  T
Q  419 aattttgatatcaatattacttttggtttgaataaggatatatacatatgatagtattatacgtcctaattagatagtattcttgtttatattcatctta 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170882 aattttgatatcaatattacttttggtttgaataaggatatatacatatggtagtattatacgtcctaattagatagtattcttgtttatattcatctta 35170981  T
Q  519 attaaccttgagcacatggctaaaatagtaatatgctaatatcatcatctgttaggatgaatttgtgacaaaactttctaattgctattcttttatttat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35170982 attaaccttgagcacatggctaaaatagtaatatgctaatatcatcatctgttaggatgaatttgtgacaaaactttctaattgctattcttttatttat 35171081  T
Q  619 tggcatggttttaagttgttatgctttctgcagaaaatatctgcggaggtgactctgtcgatctcagtagtactactactactgagtccaggcatagaga 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35171082 tggcatggttttaagttgttatgctttctgcagaaaatatctgcggaggtgactctgtcgatctcagtagtactactactactgagtccaggcatagaga 35171181  T
Q  719 tgttaggctccaaaaagttaatatgaaatcaactacgggaaggattcctttgtctgtaagaaaagcatgtcaaaatgatgatgtccatct 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  35171182 tgttaggctccaaaaagttaatatgaaatcaactacgggaaggattcctttgtctgtaagaaaagcatgtcaaaatgatgttggccatct 35171271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University