View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3804_low_10 (Length: 532)

Name: NF3804_low_10
Description: NF3804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3804_low_10
NF3804_low_10
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (7-515)||(30060481-30060989)
chr5 (7-515)||(30749755-30750263)
chr5 (10-515)||(30400186-30400691)
chr5 (10-516)||(29853422-29853928)
chr5 (10-515)||(29872286-29872791)
chr5 (54-515)||(30435928-30436389)
chr5 (54-516)||(30712958-30713420)
chr5 (63-515)||(30483516-30483965)
chr5 (54-515)||(30338058-30338516)
chr5 (13-515)||(30206634-30207136)
chr5 (13-515)||(30241873-30242366)
chr5 (331-515)||(30676978-30677162)
chr5 (145-516)||(17983018-17983389)
chr5 (54-212)||(30676821-30676979)
chr5 (57-506)||(30475496-30475945)
chr5 (58-497)||(30521162-30521601)
chr5 (58-497)||(30561502-30561941)
chr5 (326-497)||(30330936-30331107)
chr5 (459-496)||(15347065-15347102)
chr5 (458-491)||(16396737-16396770)
chr5 (459-496)||(17927655-17927692)
chr5 (459-495)||(15335696-15335732)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-514)||(26707448-26707943)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (16-515)||(20296077-20296576)
chr4 (13-497)||(52352088-52352573)
chr4 (55-424)||(13616800-13617168)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-515)||(7581211-7581713)
chr1 (13-515)||(7099533-7100035)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (198-425)||(25293601-25293828)
chr3 (459-496)||(8187165-8187202)
chr3 (469-497)||(25293834-25293862)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 493; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30060989 - 30060481
Alignment:
Q  7 tcgaagaatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagc 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060989 tcgaacaatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagc 30060890  T
Q  107 aaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccatt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060889 aaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccatt 30060790  T
Q  207 ttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaagg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060789 ttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaagg 30060690  T
Q  307 aagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtacca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060689 aagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtactacggaggttgaagatgttggcatcatggtgtgggatgaattgtacca 30060590  T
Q  407 aaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatgggg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060589 aaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgaccttgtccatgatcttgctcaatcagtaatgggg 30060490  T
Q  507 caagaatgt 515  Q
    |||||||||    
T  30060489 caagaatgt 30060481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30750263 - 30749755
Alignment:
Q  7 tcgaagaatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagc 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30750263 tcgaacaatatgcatttggacattacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagc 30750164  T
Q  107 aaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccatt 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750163 aaaagcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagatagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccatt 30750064  T
Q  207 ttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaagg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750063 ttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaagg 30749964  T
Q  307 aagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtacca 406  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  30749963 aaaaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatatggaggttgaagatgttggcatcatggtttgggatgaattgtatca 30749864  T
Q  407 aaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatgggg 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749863 aaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagattcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatgggg 30749764  T
Q  507 caagaatgt 515  Q
    |||||||||    
T  30749763 caagaatgt 30749755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 10 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30400691 - 30400186
Alignment:
Q  10 aagaatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaa 109  Q
    ||||||||||||| |||||| | | |||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30400691 aagaatatgcattgggacattatagagaagagcgtgcagaacttgtagcaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaa 30400592  T
Q  110 atcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttg 209  Q
    | |||||||| |||| |||| ||||||||| |  ||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||  ||||||    
T  30400591 agcattgggaggtttgatgagctcaaggaatggagaaaaggaatggcttgatattaaagacactgagctttgggctttaccagaagaaaattatattttg 30400492  T
Q  210 cctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaag 309  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| | || ||||    
T  30400491 cgttctttgaggttgagttacttttatttaacaccgaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagggaaatcttgaaagaag 30400392  T
Q  310 aattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaa 409  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30400391 aattgattcagctttggatggctaatggattgatttcatcttggggtaatacggaggttgaagatgttggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaa 30400292  T
Q  410 atcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaa 509  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  30400291 atcattctttcaagacaaaaaaatggatgaattttctggcaacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctaagtcagtaatggggcaa 30400192  T
Q  510 gaatgt 515  Q
    ||||||    
T  30400191 gaatgt 30400186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 10 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 29853928 - 29853422
Alignment:
Q  10 aagaatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaa 109  Q
    ||||||||||||||||| ||  || |||||||| | |  | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29853928 aagaatatgcatttggatatttcagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaa 29853829  T
Q  110 atcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttg 209  Q
    | |||||||| |||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||| ||||||    
T  29853828 aacattgggaggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttg 29853729  T
Q  210 cctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaag 309  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||    
T  29853728 cttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaaacaatgtttctccttttgcgctatatttcccaaggatggagaaatcctgaaagaag 29853629  T
Q  310 aattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaa 409  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||| |  ||||| ||| | ||||||||||||||    
T  29853628 aattgattcaactttggatggctaatggatttatttcatctaagggtaatttggacgttgaagatgttggaaatatggtttggaaggaattgtaccaaaa 29853529  T
Q  410 atcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaa 509  Q
     ||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29853528 gtcattctttcaagatatcaagatggatgaatactctggagacatttttttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggcaa 29853429  T
Q  510 gaatgtg 516  Q
    |||||||    
T  29853428 gaatgtg 29853422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 10 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 29872791 - 29872286
Alignment:
Q  10 aagaatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaa 109  Q
    ||||||||||||||||| || ||| |||||||| | |  | ||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29872791 aagaatatgcatttggatattacagagaagagcatacaaagcttatggaaataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaa 29872692  T
Q  110 atcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttg 209  Q
    | |||||||| |||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||| ||||||  | |||||||| ||||||    
T  29872691 agcattgggaggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaggacagtgagctttgggctttatcgcaagaaaattctattttg 29872592  T
Q  210 cctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaag 309  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  | ||||||| || ||||    
T  29872591 cttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgcgctatatttcccaaggatagaaaaatcctgaaagaag 29872492  T
Q  310 aattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaa 409  Q
    ||||||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||| | |||||| ||| | ||||||||||||||    
T  29872491 aattgattcaactttggatggctaatgaatttatttcatctatgggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaa 29872392  T
Q  410 atcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaa 509  Q
    |||||||||||||||| | || |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  29872391 atcattctttcaagatggcaagatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcaataatggggcaa 29872292  T
Q  510 gaatgt 515  Q
    ||||||    
T  29872291 gaatgt 29872286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 54 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30436389 - 30435928
Alignment:
Q  54 gtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 153  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||| || ||||||||||    
T  30436389 gtggaaattggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaat 30436290  T
Q  154 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 253  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |  || |||||||    
T  30436289 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcccgctttgagattgagttacttttatttaacaccaaccctaaa 30436190  T
Q  254 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 353  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  30436189 gcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatgaatttatttcatctatg 30436090  T
Q  354 ggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgaca 453  Q
    ||||||  ||| |||||||||| ||| |  ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||    
T  30436089 ggtaatttggacgttgaagatgttggaaaaatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagcaagatggatgaatattttggagaca 30435990  T
Q  454 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgt 515  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  30435989 tttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaacggggaaagaatgt 30435928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 54 - 516
Target Start/End: Original strand, 30712958 - 30713420
Alignment:
Q  54 gtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 153  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||| || ||||| ||||    
T  30712958 gtggaaataggaaaggagatagcaaagaaatgtaatggattgccacttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaatgaat 30713057  T
Q  154 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 253  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||    
T  30713058 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcctgctttgaggctgagttacttttatttatcaccaaccctaaa 30713157  T
Q  254 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 353  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  30713158 gcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatggatttatttcatctatg 30713257  T
Q  354 ggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgaca 453  Q
    ||||||  ||| |||||||||| ||| | |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||| ||||||  |||    
T  30713258 ggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattcttccaagattgcaagatggatgaatattctggaaaca 30713357  T
Q  454 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtg 516  Q
    |||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  30713358 tttcttttaaaatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaacggggaaagaatgtg 30713420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 63 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30483965 - 30483516
Alignment:
Q  63 ggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaa 162  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||||| | |    
T  30483965 ggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaatggcttgata 30483866  T
Q  163 ttaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgttt 262  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||||||||    
T  30483865 ttaaagacagtgagctttgggatttaccacatgaaaaatctattttacctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgttt 30483766  T
Q  263 ctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacg 362  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||   | | | |||       
T  30483765 ctccttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcctgaaggaagaattgattcagctttggatggctaatggatttattgca---aagaggaattta 30483669  T
Q  363 gaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattca 462  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||| ||| | |||||||||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  30483668 gaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtacagaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggagacatttctttca 30483569  T
Q  463 agatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30483568 agatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggcaagaatgt 30483516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 54 - 515
Target Start/End: Original strand, 30338058 - 30338516
Alignment:
Q  54 gtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 153  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||| ||| || ||||||||||    
T  30338058 gtggaaattggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaat 30338157  T
Q  154 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 253  Q
    ||||| | |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |  || |||||||    
T  30338158 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacatgaaaaatctattttacctgctttgagtttgagttacttttatttaacaccaaccctaaa 30338257  T
Q  254 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 353  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||| ||   | |    
T  30338258 gcaatgtttctccttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcctgaaggaagaattgattcaactttggatggctaatggatttattgca---aag 30338354  T
Q  354 ggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgaca 453  Q
     | |||   ||||||||||||| ||| | |||||| ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||    
T  30338355 aggaatttagaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtacaaaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggagaca 30338454  T
Q  454 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgt 515  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30338455 tttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggcaagaatgt 30338516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 30207136 - 30206634
Alignment:
Q  13 aatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatc 112  Q
    ||||||||||||||||  | | |||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |    
T  30207136 aatatgcatttggacaaaatagagaagagcgtgcagagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaagaaatgtgatggattgcctcttgcagcacaagc 30207037  T
Q  113 attgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcct 212  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| || |||| ||||  ||||| |||    
T  30207036 attgggaggtctaatgagttcaaggaatgaagaaaaagaatggcttgaaattaaagagagtgaactttgggctttaccacatgagaattatattttacct 30206937  T
Q  213 gctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaat 312  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |  || || |||| |  |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || | | ||||||||    
T  30206936 gctttgaggttgagctactttcatttaactccaaccttaaagcggtgtttcgctttttgtgctatgtttcccaaagatacagaattcgtgagggaagaat 30206837  T
Q  313 tgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatc 412  Q
    |||||   |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  30206836 tgattcatctttggatggctaatgaatttattttatctagggaaaatatggaggttgaagatgttggcagcatggtttggaatgaattgtgccaaaaatc 30206737  T
Q  413 attctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaa 512  Q
     ||||||||||| |  || |||||  |   |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30206736 tttctttcaagacatcaagatggacaacggttctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatgggtcaagaa 30206637  T
Q  513 tgt 515  Q
    |||    
T  30206636 tgt 30206634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 13 - 515
Target Start/End: Original strand, 30241873 - 30242366
Alignment:
Q  13 aatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatc 112  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||| || |  | || |||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |    
T  30241873 aatatgcatttggacattatagagaagagagtacaaagcttgtgaaaataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcgaaagc 30241972  T
Q  113 attgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcct 212  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||| || || |||||||  ||  || | ||||      ||||||||    
T  30241973 attgggaggtttaatgagctcaaggaatgaagaagaggaatggcttgaaattaaagatagcgagctttgggccttgccacaagaaa------ttttgcct 30242066  T
Q  213 gctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  30242067 gctttgaggttgagttacttttatttaacaccaactctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatggagaaatcctgaaggaagaat 30242166  T
Q  313 tgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatc 412  Q
    |||||  ||| || |||||||||||||| ||| ||   || || |||  | |||||||||||| ||| | |||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  30242167 tgattcagctctgaatggctaatggatttattgcaa--agaggaaattag-aggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatc 30242263  T
Q  413 attctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaa 512  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  30242264 attttttcaagacagcaaaatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggccagaa 30242363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 331 - 515
Target Start/End: Original strand, 30676978 - 30677162
Alignment:
Q  331 ctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaa 430  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||  ||| ||||| |||| ||| | || ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30676978 ctaatggatttatttcatctatgggtaatttggacgttgatgatgttggaaacacggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaa 30677077  T
Q  431 aatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgt 515  Q
     |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  30677078 gatggatgaatattctggagacatttcttttaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaattagtaatggggccagaatgt 30677162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 145 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 17983389 - 17983018
Alignment:
Q  145 aaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggc 244  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || || || |||| |||| |  |||| ||||| ||||| || ||| | |||||||| |||||| ||||| |  |    
T  17983389 aaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctctgggctttaccgcatgagaattctattttcccagctctaaggttgagctactttcatttatcacc 17983290  T
Q  245 agccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatt 344  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||| | |||   |||||||||||||||  ||| ||     
T  17983289 aaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcccaaagaagcagaaatcatgaaagaagaactaattcatctttggatggctaataaatttatc 17983190  T
Q  345 tcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaatttt 444  Q
    ||||||||    |||  |||||||||||||| ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |   | || ||||| | ||    
T  17983189 tcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatctttctttcaagacatccatattgatgattatt 17983090  T
Q  445 ctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtg 516  Q
    |  | |  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  17983089 caagtgtgatttctttcaaaatgcacgatctcgtccatgatcttgctcaatcagtagcggggcatgaatgtg 17983018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 54 - 212
Target Start/End: Original strand, 30676821 - 30676979
Alignment:
Q  54 gtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 153  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||| || || |||||||    
T  30676821 gtggaaattggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagagaaggaat 30676920  T
Q  154 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcct 212  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| || |  ||||||| |||||||||    
T  30676921 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaaaaaaattctattttgcct 30676979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 57 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 30475945 - 30475496
Alignment:
Q  57 gcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggc 156  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| ||    |||||||||||||||||| || |||||||| || |||||  ||||||||  |||||||| |||||||    
T  30475945 gcaataggtaaggcgatagtaaagaagtgtggaggattgcctcttgcagcacaagcattgggaggtctaatgcgctcaaggagtgatgaaaatgaatggc 30475846  T
Q  157 ttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaaca 256  Q
    || |||||||||||||| | || |||   ||| || |||| |||||||||||||| || |||||||| || |||||| ||||| |  |  || |||| |     
T  30475845 ttgaaattaaagacagtaatctctggaccttaccatatgagaattccattttgccagccttgaggttaagctactttcatttaacaccgaccttaaagcg 30475746  T
Q  257 atgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggt 356  Q
     |||||  |||||||||| |||||||||||||||   |||||  |||||||||| ||||||   || |||||||  |||||||| ||||  || | || |    
T  30475745 gtgttttgctttttgtgcgatatttcccaaagatatggaaattgtaaaggaagatttgattcatctatggatgggcaatggatttattttctcaaaggct 30475646  T
Q  357 aatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacattt 456  Q
    |||  ||| || |||  |  |||||  ||| | ||| | ||| ||| ||||||||||||||| ||||| |  || || ||||| | ||| || ||||||     
T  30475645 aatttggatgtagaattttttggcaatatgatttggaaggaactgtgccaaaaatcattcttccaagacatcaagatagatgattattcaggagacatta 30475546  T
Q  457 cattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatgggg 506  Q
    | |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30475545 ctttcaagatgcatgacctagtgcatgatcttgctcaatcagttatgggg 30475496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 58 - 497
Target Start/End: Original strand, 30521162 - 30521601
Alignment:
Q  58 caataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggct 157  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||    |||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||  ||||||||  |  ||||| ||||||||    
T  30521162 caataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagcacaagcattgggaggcctaatgtgctcaaggagtggagaaaaagaatggct 30521261  T
Q  158 taaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaa 257  Q
    | |||||||||| ||     |||||  |||| |  |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    || || ||||||||    
T  30521262 tgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattctattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaaccttaaaacaa 30521361  T
Q  258 tgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggta 357  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||| | |||| ||| || |||   || ||||| || || ||||| || ||||| ||||  |    
T  30521362 tgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatgaagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaagggaaa 30521461  T
Q  358 atacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttc 457  Q
    ||   ||||| ||||||| ||| |  ||| | ||| ||||||||| |||||| ||||| || ||||| |  || ||||  ||   ||| || | ||||||    
T  30521462 atttagaggtagaagatgttggaaatatgatttggaatgaattgtgccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggaggcatttc 30521561  T
Q  458 attcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 497  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30521562 tttcaagttgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 30521601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 58 - 497
Target Start/End: Original strand, 30561502 - 30561941
Alignment:
Q  58 caataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggct 157  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||    |||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||  ||||||||  |  ||||| ||||||||    
T  30561502 caataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagcacaagcattgggaggcctaatgtgctcaaggagtggagaaaaagaatggct 30561601  T
Q  158 taaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaa 257  Q
    | |||||||||| ||     |||||  |||| |  |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    || || ||||||||    
T  30561602 tgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattctattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaaccttaaaacaa 30561701  T
Q  258 tgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggta 357  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||| | |||| ||| || |||   || ||||| || || ||||| || ||||| ||||  |    
T  30561702 tgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatgaagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaagggaaa 30561801  T
Q  358 atacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttc 457  Q
    ||   ||||| ||||||| ||| |  ||| | ||| ||||||||| |||||| ||||| || ||||| |  || ||||  ||   ||| || | ||||||    
T  30561802 atttagaggtagaagatgttggaaatatgatttggaatgaattgtgccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggaggcatttc 30561901  T
Q  458 attcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 497  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30561902 tttcaagttgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 30561941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 497
Target Start/End: Original strand, 30330936 - 30331107
Alignment:
Q  326 gatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagat 425  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||  ||||||   ||||| ||  | |||||  ||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||||     
T  30330936 gatggctgatggatttatttcatctaggcgtaatttggaggtcctagatgttgctagcatggcttggaatggattgtgccaaaaaccattctttgaagac 30331035  T
Q  426 agaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 497  Q
    |  || ||  |||||| ||||   |||||||| || |||| || ||||||| || |||||||||||||||||    
T  30331036 atcaagatctatgaatattctaaagacatttctttaaagacgcgtgatcttttcaatgatcttgctcaatca 30331107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 15347102 - 15347065
Alignment:
Q  459 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatc 496  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15347102 ttcacgatgcatgatcttgttcatgatcttgctcaatc 15347065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 458 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 16396770 - 16396737
Alignment:
Q  458 attcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgct 491  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16396770 attcaagatgcatgatcttgttcatgatcttgct 16396737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 17927692 - 17927655
Alignment:
Q  459 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatc 496  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17927692 ttcaaaatgcatgatcttgttcatgatcttgctcaatc 17927655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 459 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 15335732 - 15335696
Alignment:
Q  459 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaat 495  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15335732 ttcaaaatgcatgatcttgttcatgatcttgctcaat 15335696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 26707943 - 26707448
Alignment:
Q  16 atgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcatt 115  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||| | |  | || |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  26707943 atgcatttagacattacagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaaaaaatgtaatggattacctcttgcagcaaaagcatt 26707844  T
Q  116 gggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgct 215  Q
    |||| ||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| || | ||||| || ||||||||||||    
T  26707843 gggaggtttaatgttctcaatgaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacaagaaaaatctattttgcctgct 26707744  T
Q  216 ttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||    
T  26707743 ttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcttgaaggaagaattga 26707644  T
Q  316 tttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcatt 415  Q
    ||   |||||||||||||||||||| ||| ||   | | | |||   ||||||||||||| ||| | |||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  26707643 ttcaactttggatggctaatggatttattgca---aagaggaatttagaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcatt 26707547  T
Q  416 ctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatg 514  Q
    |||||||||  | || |||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  26707546 ctttcaagactgtaagatgggtgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttatccatgatctcgctcaatcagtaatgggacaagaatg 26707448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 515
Target Start/End: Original strand, 20296077 - 20296576
Alignment:
Q  16 atgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcatt 115  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||| | |  | || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20296077 atgcatttagacattacagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcatt 20296176  T
Q  116 gggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgct 215  Q
    |||| ||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||| | | |||||||||| ||| ||||||| |||| || | ||||| || ||||||||||||    
T  20296177 gggaggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaatggcgtgatattaaagacaatgacctttgggctttaccacaagaaaaatctattttgcctgct 20296276  T
Q  216 ttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattga 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |  || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||| | || ||||||||||    
T  20296277 ttgaggctgagttacttttatttaacaccaactctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcctaaggatagagaaatcttgaaagaagaattga 20296376  T
Q  316 tttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcatt 415  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||| | |||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  20296377 ttcagctttggatggctaatggattaatttcatctatgggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcatt 20296476  T
Q  416 ctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgt 515  Q
    ||||||||| |  ||||| ||||||| |||| | || ||||  ||||||||||||||||||||  |||||||   ||| |||||| ||||| ||||||||    
T  20296477 ctttcaagaaatcaaaatagatgaatattctagagatatttatttcaagatgcatgatcttgtttatgatctccttcattcagtagtggggaaagaatgt 20296576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 52352573 - 52352088
Alignment:
Q  13 aatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatc 112  Q
    |||||||||||| |||| | | |||||| || |  || || ||||||||||| || | |||||||||||| ||    |||||||||||||| ||| || |    
T  52352573 aatatgcatttgaacatgatatagaagaacgagaagagctagtggcaataggcaaagcgatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgctgcacaagc 52352474  T
Q  113 attgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcct 212  Q
    ||| ||| || |||||  |||||| || |  |||||||||||| || |||||||||| ||  | ||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  52352473 attaggaggtctaatgcgctcaagaaatggagaaaaggaatgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcct 52352374  T
Q  213 gctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaat 312  Q
    || |||||||||||||| ||  ||||| || || || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || || |    
T  52352373 gccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaatgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatt 52352274  T
Q  313 tgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttg-aagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaat 411  Q
    |||||   || |||||||| |||||||| ||||| |||| ||  |||  |||||| | |||| | |||||  ||| | ||| |||||||||||||||| |    
T  52352273 tgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagt 52352174  T
Q  412 cattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 497  Q
    ||||||||||||| |  || ||  |||| | ||  || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52352173 cattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatca 52352088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 55 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 13617168 - 13616800
Alignment:
Q  55 tggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatg 154  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||    |||||||||||||||| | || |||||||   | ||||  |||| ||||  |  |||||||||||    
T  13617168 tggcaataggaaaggagatagttaaaaagtgtggaggattgcctcttgcaggacaagcattggggtctctaatacactcgaggagtggagaaaaggaatg 13617069  T
Q  155 gcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaa 254  Q
    |  | |||||| ||| || || ||||||||||||    |||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||  ||||| || || || | |||    
T  13617068 gtgtgaaattagagagagcgagctttgggatttacggtatgagaattctatttttcctgatttgaggctgagttacttc-atttatcgccaacctttaaa 13616970  T
Q  255 caatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggg 354  Q
    ||||| ||| |||| |||| | ||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||| ||||||| ||       
T  13616969 caatgattcgctttctgtgttgtatttcctaaagatacaaaaatcacaaaggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatgtaaaa 13616870  T
Q  355 gtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaaga 424  Q
      ||   |||||||||||||| ||| | |||| | ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  13616869 aaaaattggaggttgaagatgttggaaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatctttttttcaaga 13616800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 515
Target Start/End: Original strand, 7581211 - 7581713
Alignment:
Q  13 aatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatc 112  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||||||||| |||||    |||||||||||||||||| || |    
T  7581211 aatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtaaaaaaatgtgcgggattgcctcttgcagcacaagc 7581310  T
Q  113 attgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcct 212  Q
    ||||||  || ||||| |||||||||  || |||||||||||| || |||||||||| || || |||||||||||| |  |||| ||||| | ||||||     
T  7581311 attggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattctactttgcca 7581410  T
Q  213 gctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaat 312  Q
    ||| |||| ||||| |||||| ||||| |  || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| | ||||||||||    
T  7581411 gctctgagattgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatgaaggaagaat 7581510  T
Q  313 tgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatc 412  Q
    |||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||||    |||  |||||||||||||| ||||| |||| | ||| ||||||||| |||||| ||    
T  7581511 tgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtgccaaaagtc 7581610  T
Q  413 attctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaa 512  Q
     ||||||||||| |   | ||||||||   |||  | |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  7581611 tttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagtggtgcaagaa 7581710  T
Q  513 tgt 515  Q
    |||    
T  7581711 tgt 7581713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 7100035 - 7099533
Alignment:
Q  13 aatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatc 112  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || |||  |||||| |||||||||||||| || ||    |||||||||||||||||| || |    
T  7100035 aatatgcatttggacattacagagaagagcgtgctgagcttgtgaaaataggcaaggagatagtaaaaaagtgtggaggattgcctcttgcagcacaagc 7099936  T
Q  113 attgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcct 212  Q
    ||| ||  || ||||| | ||||| |  || ||||| | |||| |  |||||||||| |||||  | |||| |||| |  | || ||||| ||||||||     
T  7099935 attagggtgtctaatgcattcaagaagtgaagaaaaagcatggttagaaattaaagagagtgagatctgggctttaccgcacgagaattctattttgcca 7099836  T
Q  213 gctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaat 312  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||| |  || || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| | ||||||||||    
T  7099835 gctttgaggttgagctacttccatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcgcaaagatacaaaaatcatgaaggaagaat 7099736  T
Q  313 tgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatc 412  Q
    |||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||    |||  |||||||||||||| ||| | |||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  7099735 tgattcatctttggatggctaatggatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggaaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatc 7099636  T
Q  413 attctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaa 512  Q
     ||||||||||| |   | |||||||| | |||  | |  ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  7099635 tttctttcaagacatccatatggatgattattcaagagtgatttctttcaaaatgcatgatctcgtccatgatcttgctcaatcagtaggggggcaagaa 7099536  T
Q  513 tgt 515  Q
    |||    
T  7099535 tgt 7099533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 198 - 425
Target Start/End: Original strand, 25293601 - 25293828
Alignment:
Q  198 aattccattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaa 297  Q
    ||||| ||||| ||| | ||| ||||||| |||||||||||| |  |  || |||| | ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| || |||    
T  25293601 aattctatttttccttccttgtggttgagctacttttatttaactccgaccttaaagcgatgttttgctttttgtgctatgtttccaaaagatacaaaaa 25293700  T
Q  298 tcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgctggcatcatggtgtgggatga 397  Q
    ||   ||||||||||||| |   |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||  |||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||    
T  25293701 tcgataaggaagaattgactcatctttggatggctaatggatttatttcatctagggaaaatttggaggttgaagatgttggcagcatggtttggaatga 25293800  T
Q  398 attgtaccaaaaatcattctttcaagat 425  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25293801 attgtgccaaaaatcattctttcaagat 25293828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 459 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 8187202 - 8187165
Alignment:
Q  459 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatc 496  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8187202 ttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatc 8187165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 469 - 497
Target Start/End: Original strand, 25293834 - 25293862
Alignment:
Q  469 atgatcttgtccatgatcttgctcaatca 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25293834 atgatcttgtccatgatcttgctcaatca 25293862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University