View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3804_low_7 (Length: 570)

Name: NF3804_low_7
Description: NF3804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3804_low_7
NF3804_low_7
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (10-558)||(36526247-36526776)
chr1 (70-558)||(37923585-37924071)
chr1 (161-561)||(37871803-37872202)
chr1 (345-547)||(35051638-35051840)
chr1 (439-557)||(8237318-8237434)
chr1 (462-498)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (70-464)||(4430426-4430817)
chr5 (110-558)||(23269729-23270176)
chr5 (376-546)||(14964904-14965074)
chr5 (347-558)||(26917294-26917505)
chr5 (466-541)||(4431011-4431086)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (127-558)||(29468318-29468749)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (262-545)||(9252262-9252544)
chr2 (145-406)||(40728311-40728566)
chr2 (144-316)||(10785850-10786022)
chr2 (173-541)||(37490630-37490999)
chr2 (196-501)||(13018965-13019258)
chr2 (345-543)||(24588542-24588736)
chr2 (301-506)||(8294968-8295173)
chr2 (435-547)||(19920791-19920903)
chr2 (460-498)||(13923026-13923064)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (160-558)||(18608-18998)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (289-538)||(28283782-28284031)
chr7 (402-543)||(5460873-5461014)
chr7 (452-538)||(29443757-29443842)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (436-558)||(43000432-43000554)
chr4 (346-383)||(43381799-43381836)
chr4 (483-544)||(43381919-43381980)
chr4 (466-505)||(29135150-29135189)
chr4 (444-504)||(35762788-35762849)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (460-545)||(9738634-9738720)
chr3 (468-546)||(46107349-46107427)
chr3 (461-516)||(21330778-21330833)
chr3 (459-503)||(43059104-43059148)
chr3 (461-544)||(35529008-35529090)
chr3 (460-502)||(47798396-47798438)
chr3 (303-416)||(17571196-17571309)
chr3 (458-547)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 36526776 - 36526247
Alignment:
Q  10 gatctccaaaaagatatgaaaataaatctcatattactaataatcatctacaattctcacaggagagaacaaggagaataccacaatagtggcgtggcgg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36526776 gatctccaaaaagatatgaaaataaatctcatattactaataatcatctacaattctcataggagagaacaaggagaataccacaatagtgacgtggcgg 36526677  T
Q  110 atcacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtat 209  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526676 atcacagacaagagaagtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgacgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtat 36526577  T
Q  210 gtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36526576 gtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcgaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagctagaggtctaaaagaa 36526477  T
Q  310 gcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaatt 409  Q
    || |                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526476 gcta-------------------gaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaatt 36526396  T
Q  410 ccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgccca 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526395 ccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgccca 36526296  T
Q  510 cttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 558  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526295 cttgttagctcgggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 36526247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 70 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 37924071 - 37923585
Alignment:
Q  70 aggagagaacaaggagaataccacaatagtggcgtggcggatcacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatg 169  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||   || | |||||||||||| || | |||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  37924071 aggagagaacatggagaataccacaatagtgtaatgacagatcacagacaaaaggagtggactaaaccggtagtcggggaagtgaagtgcaatgttgatg 37923972  T
Q  170 cagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtct 269  Q
    || |||||||||||||  |||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  37923971 caacaatttttaaggaacaaggttgtta--gagtcggtatgtgtctaagaggggatcgaggggagttcattaaagcaaagacaacatagtacaaaggtct 37923874  T
Q  270 cccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaag 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||| |   ||||||||| |||||||||||||||    
T  37923873 cccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataaaatggcttggtaccttgaggtttccttcggtgtctatagaacttgattgcaag 37923774  T
Q  370 caagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaacttta 469  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  37923773 caagtggttgatggcatctcaagcaatctcagcaccaattccatgttcggcgcaattctgaatacttgcaaagtttcacttatgaatcatcaaaacttta 37923674  T
Q  470 agataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  37923673 agataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttagttagggcgtcattatcttatgctagttcccaagatcatgat 37923585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 161 - 561
Target Start/End: Original strand, 37871803 - 37872202
Alignment:
Q  161 atgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggta 260  Q
    |||| ||||| |||| ||| |||||  ||| ||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||  |  |||| | | ||||     
T  37871803 atgttgatgcggcaaatttcaaggagcaagtatgttatggggtcagcatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattagggagaagaaatcttggtt 37871902  T
Q  261 caaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaactt 360  Q
     ||||| ||||||||||||||  | |  |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||   | |||||| |    ||||| |||||| ||    
T  37871903 taaaggcctcccacaacccaacaaggtggaagcaagaggtttaaaagaagcgacaatctgacttggtaaattaaggtttccttctgtgtccatcgaaatt 37872002  T
Q  361 gattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||| | |  |  ||||| | |  ||||||| |||||||| ||||| |||    
T  37872003 gattgtaagcaagtggtttacgacatctctagcaatctcaacatcaattccatgctcgtggt-attctgattggttgcaaagcttcacttctgaataatc 37872101  T
Q  461 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgatga 560  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   || |   | |||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  37872102 aaaactttaagataagttttattaggagacaaacaaataatgtttcccacttattagtcagagttgcgttatcttatggtagttccaaagttcatgatga 37872201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 345 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 35051840 - 35051638
Alignment:
Q  345 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 444  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||  |||| |   ||| |||||||| || ||||| ||| ||| |  ||| ||| ||||||    
T  35051840 ggtgtctatcaaacttgattacaagcaagtggttgacaacataactaggagactcaacaccaatttcaagtttgacgcaattattgatatttgaaaaact 35051741  T
Q  445 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 543  Q
    ||| ||| ||| | | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||| ||| ||| |||||| | | | ||||||||| ||||||||||    
T  35051740 tcagtta-gaacctaccaaaactttaagaaaagtttcattagaagacaagaaaataatattggccatttgttagcaatgacgtcattattttatgctagt 35051642  T
Q  544 tccc 547  Q
    ||||    
T  35051641 tccc 35051638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 439 - 557
Target Start/End: Original strand, 8237318 - 8237434
Alignment:
Q  439 aaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 538  Q
    |||||||||||||  | | | ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||    
T  8237318 aaaacttcacttagaatttaccaaaattttaagataagtttcattag--gacaagcaaataatattgccgacttgttagctaggacgacaatatcttatg 8237415  T
Q  539 ctagttcccgagttcatga 557  Q
     | ||||||  ||||||||    
T  8237416 ttggttcccatgttcatga 8237434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 462 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 19023382 - 19023346
Alignment:
Q  462 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 498  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  19023382 aaactttaagataagttttgttaggagacaaacaaat 19023346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 70 - 464
Target Start/End: Original strand, 4430426 - 4430817
Alignment:
Q  70 aggagagaacaaggagaataccacaatagtggcgtggcggatcacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatg 169  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||  ||||||||||||    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4430426 aggagagaacaaggaaaataccacaacaatggaatggcggatcaca----agagaggtggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgttgatg 4430521  T
Q  170 cagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtg-atcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtc 268  Q
    |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||    
T  4430522 cgacaatttttaaggatcaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgtatcgagaggagttcatttaagcaaatacatcatggtacaaaagtc 4430621  T
Q  269 tcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaa 368  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||||||||||  |||||||    
T  4430622 tcccacaacccaaagaagcataagcagaaggtctaaaataagcgataatatggcttgatactatgaggattttcaaagtgtctatcgaactgaattgcaa 4430721  T
Q  369 gcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaa 464  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4430722 gtaagtggttgacggcatttctagcaacttcagcaccaatttcatgtttggcgcgattatgaatacttgcaaaacttcacttgtgaatcatcaaaa 4430817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 110 - 558
Target Start/End: Original strand, 23269729 - 23270176
Alignment:
Q  110 atcacagacaagagaattggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtat 209  Q
    |||| |||||||||   ||||||||| |  |||||| |||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||| |||| ||||||||| | | |||    
T  23269729 atcaaagacaagaggggtggattagatcgttagctgcggaagtgaagtgtaatgtcgacgcgacaatctttaaggatcaaggttgttatgggattgatat 23269828  T
Q  210 gtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaa 309  Q
    |||  | | ||| |||||| |||||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  23269829 gtgcttgacaggggatcgaggggagttcatgagagcgaagacagcttggtacagaggtctctctcaacccaatgaggcggaagcaagaggtctaaaagaa 23269928  T
Q  310 gcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaatt 409  Q
    |||| || ||||||||||||| | || | | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| |    
T  23269929 gcgagaaagtggcttggtactttaagatatacatcggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa-tggttgacgacatctctagcaatctcaacaccaaat 23270027  T
Q  410 ccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgccca 509  Q
    ||| ||| | ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  23270028 ccacgttcgacgctattctgaacacttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattagaagacaagcaaataatgttgctca 23270127  T
Q  510 cttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 558  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23270128 cttgttagctagggagtcattatcttatgctagttcccaagttcatgat 23270176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 376 - 546
Target Start/End: Original strand, 14964904 - 14965074
Alignment:
Q  376 gttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataa 475  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||  || ||   || |||| | || |||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  14964904 gttgacgacatctctaacaatttcagcaccaattttatattcaacgagattttaaacacttgcaaaatttaatttatgaatcatcaaaactttaagataa 14965003  T
Q  476 gtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcc 546  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14965004 gtttcatcaagagacaatcaaataatgttgcccacttattagttagggcgccattatcttatactagttcc 14965074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 347 - 558
Target Start/End: Original strand, 26917294 - 26917505
Alignment:
Q  347 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttc 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||     ||| || |||||| ||||||| ||| |||||  ||| ||||||| ||||    
T  26917294 tgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatagctaggggactcaacaacaattcaatgtttgacgctattcttgatatttgcaaagcttc 26917393  T
Q  447 acttatgaatcatcaaaa-ctttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 545  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||  |  || | ||||||||||||||||||||| || |    
T  26917394 actta-gaatctacaaaaactttaagataagttttattaggagacaagcaaatagtgttgcccatctactagcaagggcgtcattatcttatgcttgtcc 26917492  T
Q  546 ccgagttcatgat 558  Q
    ||  |||||||||    
T  26917493 ccatgttcatgat 26917505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 466 - 541
Target Start/End: Original strand, 4431011 - 4431086
Alignment:
Q  466 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgcta 541  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  4431011 tttaagataagttttattaggagagaagcaaataatgtttcccacttgttagctagggcggaattatcttatgcta 4431086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 127 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 29468749 - 29468318
Alignment:
Q  127 tggattagaccagtagctggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaattttt-aaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgat 225  Q
    ||||||||||| |||||  | || ||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||||| || | ||||| |||||||| |      
T  29468749 tggattagaccggtagccagtgaggtggattgcaatgtcgacgcagtaattttttaaggatcaatgatgttatggg-tcagaatgtgcctaagaggggtg 29468651  T
Q  226 cgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttg 325  Q
    ||| |||||||||||  ||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| |||  |||| ||||||||    
T  29468650 cgaggggagttcattggagcgaagacaacttggtataaaggtctcccacaacctaaagaagcgaaagcacgaggtctaaaaaaagaaataaagtggcttg 29468551  T
Q  326 gtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgat 425  Q
    ||||| |||||||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||    
T  29468550 gtactttgaggtttccttcggtatctatcgaacttgattgcaagcaagtagttgattgcatctctagcaactttagcaccaggtccatgttcggcgcaat 29468451  T
Q  426 tctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcg 525  Q
     || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||  |    
T  29468450 cctgaatatttgcaaagcttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattatgagacaaacaaataatgttgcatacttgttagctaggatg 29468351  T
Q  526 tcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 558  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  29468350 tcattatgttatgctagttctcaagttcatgat 29468318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 262 - 545
Target Start/End: Original strand, 9252262 - 9252544
Alignment:
Q  262 aaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttg 361  Q
    |||||| |||||||| |||| || |  |||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||| || | ||||||||||   | |||||||| ||||||    
T  9252262 aaaggtatcccacaatccaacgaggtggaagcaagagatttaaaagaagcgataaattggtttgataatttgaggttttcttcg-tgtctatcaaacttg 9252360  T
Q  362 attgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatca 461  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||  |||| ||||| |||  | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  9252361 attgtaagcaagtggttgacggcatctctagcaatctaagcaccaatttcatgttcagcgctattctgaatggtggcaaagcttcacttttgaatcatca 9252460  T
Q  462 aaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 545  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||| |  || ||| |||||||||| |||||||    
T  9252461 aaactttaacataagtttcattaaaagacaaacgaataatgttacccatttgttagcctggacgttattatcttatcctagttc 9252544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 145 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 40728566 - 40728311
Alignment:
Q  145 ggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatg---ttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcatta 241  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||||||||| ||||| ||||||||      ||   |||||||||    
T  40728566 ggggaggtgaagtacaatgtagatgcaacaatttttaaggatcaaggaggcggttatggggtcggaatgtgcctaagagg------at---agttcatta 40728476  T
Q  242 aagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttc 341  Q
     ||| |||||| | ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||| |||||||| |||||||| |    
T  40728475 gagccaagacatcttggtatacaggtctccaataacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaggaagcgacaaaatggtttggtactttgaggtttac 40728376  T
Q  342 cagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcacca 406  Q
       | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40728375 ttcgttgtctatcgaacttgattgcaagcaagtatttgacgacatctctagcaacttcagcacca 40728311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 144 - 316
Target Start/End: Original strand, 10785850 - 10786022
Alignment:
Q  144 tggggaagtgaagtgcaatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaa 243  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||| |    
T  10785850 tggggaagtgaagtgtaatgttgatacaacaatttttaaggaacaaggttgttatgggatcggtatgtgtttgagaggggatcgaggggagttcattaga 10785949  T
Q  244 gcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataa 316  Q
    || |||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10785950 gcgaagacaacttggtacaaaggcatcccacaacccaaagaagtaaaagcaagaggtctaaaagaaacgataa 10786022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 173 - 541
Target Start/End: Original strand, 37490630 - 37490999
Alignment:
Q  173 caatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctccc 272  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||   ||| |||| || | ||||||| |||||| ||||  ||| |||||| | | ||  ||||| || ||    
T  37490630 caatttttaaagagtaaggatgttatgggatcaacatgggtcttagcgatgatcgaggggagtacattggagcgaagacaacttcgtttaaaggccttcc 37490729  T
Q  273 acaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaa 372  Q
    |||| |||| |  |  ||||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||| | |||||||| |   | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  37490730 acaatccaacgtggaggaagcaaaaggtttaaaagaagcgataaattgtcttggtaatttgaggtttccttcgttgtctatcaaacttgattgtaagcaa 37490829  T
Q  373 gtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgt-ttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaag 471  Q
     | ||||||| ||||||||||||  |||  ||||||| ||||| ||| |   ||| | |||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  37490830 atcgttgacgacatctctagcaatctcaataccaatttcatgtgttgacattattttgaatgattgcaaagcttcactactgaatcatcaaaactttcag 37490929  T
Q  472 ataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgcta 541  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  37490930 ataagtttcattagaagacaagtaaataatgttgtccacttgttagctaggacgtcattatctcatgcta 37490999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 196 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 13019258 - 13018965
Alignment:
Q  196 tatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaaagcaaagacagcgtggtacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaa 295  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  || |||||| | ||||  ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||    
T  13019258 tatggggtcggcatgcgtcttagaggggattgaggggagttcattagggcgaagacaacttggtttaaaggcctcccacaatccaacgaggcagaagcaa 13019159  T
Q  296 gaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaa 395  Q
    | ||| |||||||||||||||  | | |||| | |  ||| |||||   |||||||||||||||| |||| |||    ||||||| | ||||||||||||    
T  13019158 gtggtttaaaagaagcgataaattcgtttggcaattcgagattttcttcggtgtctatcgaacttaattgtaag----tggttgatgccatctctagcaa 13019063  T
Q  396 cttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaaca 495  Q
    |        | |||||||||||||||| ||||| |||  ||  ||| |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13019062 c--------ccattccatgtttggcgctattcttaatggttataaagcttcacatctgaatcatcaaaattttaagataagtttcattaggagacaatca 13018971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 345 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 24588736 - 24588542
Alignment:
Q  345 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaact 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||     ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||| ||    
T  24588736 ggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgacataactaggggactcaacaccaattccatgtttggcgctattcttgatatttgtaaagct 24588637  T
Q  445 tcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 543  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||     ||||||| ||||| | |||| |||||| ||||||||| |   ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  24588636 tcactta-gaatctaacaaaactt----gtaagttttattagaacacaatcaaatagtgttgcccattcactagaaagggcgtcattatcttatgctagt 24588542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 506
Target Start/End: Original strand, 8294968 - 8295173
Alignment:
Q  301 ctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttca 400  Q
    |||||||| |||||||  |||||||| | ||||||  | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |     |||    
T  8294968 ctaaaagaggcgataaaatggcttggaagtatgagtctatctaaggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtgatttacggcatagcttggggactca 8295067  T
Q  401 gcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaata 499  Q
     || ||||| |||||||||||   ||||  ||| ||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  8295068 acatcaatttcatgtttggcgttgttcttgatatttgcaaagcttcactta-gaatctgccaaaactttaagataagttttattaagagacaaataaata 8295166  T
Q  500 atgttgc 506  Q
     ||||||    
T  8295167 gtgttgc 8295173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 435 - 547
Target Start/End: Original strand, 19920791 - 19920903
Alignment:
Q  435 ttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatc 533  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||| ||||  ||| |||||| | ||| ||||||||||    
T  19920791 ttgcaaaacatcactta-gaatctatcaaaactttaagctaggtttcattaggaaacaagcaaatagtgtttgccatttgttagcaaggacgtcattatc 19920889  T
Q  534 ttatgctagttccc 547  Q
    |||| | |||||||    
T  19920890 ttataccagttccc 19920903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 498
Target Start/End: Original strand, 13923026 - 13923064
Alignment:
Q  460 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaat 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13923026 caaaactttaagataagtttcattaggaaacaagcaaat 13923064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 160 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 18998 - 18608
Alignment:
Q  160 aatgtcgatgcagcaatttttaaggattaaggatgttatggggtcggtatgtgtctaagaggtgatcgatgggagttcattaa-agcaaagacagcgtgg 258  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||| | ||||||  |||||||| ||||| |||| | |||||| ||||   ||| |||||| | |||    
T  18998 aatgtcgatacaacaatttt-aaggagtaaggatgttgttgggtcgacatgtgtcttagaggggatcaaggggagtacattgggagcgaagacaacttgg 18900  T
Q  259 tacaaaggtctcccacaacccaaagaagcagaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaac 358  Q
    |  |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||       ||||||||| | | |||||| |   ||||||||| ||||    
T  18899 tttaaaggtctcccacaacccaatgaggcgtaagcaagaggtttaaaagaagcg-------ggcttggtaatttaaggtttccgtcggtgtctattgaac 18807  T
Q  359 ttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatca 458  Q
    ||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||  ||| ||||||||||| ||||   || ||| | |||  ||||||| |||||||| |||||||    
T  18806 ttgattgtaaacaagtggttgacgacatatctagaaatctcaacaccaattccacgtttat-gctattttgaatggttgcaaagcttcacttctgaatca 18708  T
Q  459 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcccgagttcatgat 558  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| || | ||| ||||||| |||||||||||||| | | |  ||||||| || ||||||| |||  ||||||||||    
T  18707 tcaaaatttgaagacaagtttcattaagaaaaaaagaaataattttgcccacttgttagccaagttgtcattacctcatgctagctccaaagttcatgat 18608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 289 - 538
Target Start/End: Original strand, 28283782 - 28284031
Alignment:
Q  289 gaagcaagaggtctaaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatct 388  Q
    |||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||||| |    |||||||| ||||||||| | |||||||||  ||| | |||||    
T  28283782 gaagcaagggttttaaaagaagcaataaattggcttagtaatttgaggtttccttctgtgtctattgaacttgatcgtaagcaagtgcctgatgacatct 28283881  T
Q  389 ctagcaacttcagcaccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 488  Q
    |||||||  ||| |||  |||| |||||   | | ||||| |||   ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28283882 ctagcaatctcaacactgattctatgttcaacactattctgaatggctgctaagcttcacttctgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggag 28283981  T
Q  489 acaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 538  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||   |||| ||||||||||||||    
T  28283982 acaaacaaataatgatgttcacttgttagtcagggtgtcattatcttatg 28284031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 402 - 543
Target Start/End: Original strand, 5460873 - 5461014
Alignment:
Q  402 caccaattccatgtttggcgcgattctcaatacttgcaaaacttcacttatgaatc-atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataa 500  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||| |||| |||  ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  5460873 caccaattccatgttcggcgctattctagagacttgcaaagcttc-cttgagaatttaccaaaactttaagataagtttcattaggagacaagcaaatat 5460971  T
Q  501 tgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagt 543  Q
    ||||||  |||||||| ||||  | ||||||||||||||||||    
T  5460972 tgttgctgacttgttagctagaacatcattatcttatgctagt 5461014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 452 - 538
Target Start/End: Original strand, 29443757 - 29443842
Alignment:
Q  452 tgaatcatcaaaactttaagataag-tttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatg 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||| |||||||  |||  ||||||||| | ||||| | |||||||||||    
T  29443757 tgaatcatcaaaactttaagataagttttcatt--tagacaagcaaataaatttgttcacttgttagcaagggcattattatcttatg 29443842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 436 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 43000554 - 43000432
Alignment:
Q  436 tgcaaaacttcacttatgaatcatcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatctt 535  Q
    |||||| |||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||| || | || |||||  ||| || |||||||||||    
T  43000554 tgcaaagcttcacttaaaaaaaatcaaaactttaatataagttttattaggagacaagcaaacaatattactcatttgtttgctaaggtgtcattatctt 43000455  T
Q  536 atgctagttcccgagttcatgat 558  Q
    |||||| || || ||||||||||    
T  43000454 atgctaatttccaagttcatgat 43000432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 383
Target Start/End: Original strand, 43381799 - 43381836
Alignment:
Q  346 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381799 gtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacgg 43381836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 483 - 544
Target Start/End: Original strand, 43381919 - 43381980
Alignment:
Q  483 taggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 544  Q
    ||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
T  43381919 taggagacaaacaaatagtgttgctcatttgttaacaaggacgtcattatcttatgctagtt 43381980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 466 - 505
Target Start/End: Original strand, 29135150 - 29135189
Alignment:
Q  466 tttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttg 505  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  29135150 tttaagataagtttcgttaggagacaaataaataatgttg 29135189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 444 - 504
Target Start/End: Original strand, 35762788 - 35762849
Alignment:
Q  444 ttcacttatgaatcatcaaaactttaaga-taagtttcattaggagacaaacaaataatgtt 504  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| | |||||||||||||||||    
T  35762788 ttcacttgtgaatcatcaaaactttaatattaaattttattatgggacaaacaaataatgtt 35762849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 460 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 9738720 - 9738634
Alignment:
Q  460 caaaactttaagataagttt-cattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttc 545  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9738720 caaaactttaagatattttttcattaggtgacaaccaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatcttatgttagttc 9738634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 468 - 546
Target Start/End: Original strand, 46107349 - 46107427
Alignment:
Q  468 taagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttcc 546  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||| || |||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  46107349 taagatacgtttcattaggtgacaagtaaataatgttgctcatttgttagctagagcgtcattatattatgttagttcc 46107427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 461 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 21330833 - 21330778
Alignment:
Q  461 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgtta 516  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  21330833 aaaactttaagataagttttattcggagacaaataaataatgttgctcatttgtta 21330778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 459 - 503
Target Start/End: Original strand, 43059104 - 43059148
Alignment:
Q  459 tcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgt 503  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  43059104 tcaaaattttaagataagtttcattataagacaaacaaataatgt 43059148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 461 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 35529090 - 35529008
Alignment:
Q  461 aaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagtt 544  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| || |||||| ||||   |||||||||||||| |||||    
T  35529090 aaaattttaaaataagtttcattaagcgacaaacaaatgatgttgctca-ttgttagctagaatgtcattatcttatgttagtt 35529008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 47798438 - 47798396
Alignment:
Q  460 caaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatg 502  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  47798438 caaaactttaagataagttttattaagagacaaataaataatg 47798396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 303 - 416
Target Start/End: Original strand, 17571196 - 17571309
Alignment:
Q  303 aaaagaagcgataatgtggcttggtactatgaggttttccagggtgtctatcgaacttgattgcaagcaagtggttgacggcatctctagcaacttcagc 402  Q
    ||||||||||||||  |  ||| ||| | ||||||||||   ||| |||||||||||| | || ||| | |||||||||| ||||||||||||  ||| |    
T  17571196 aaaagaagcgataaactaacttagtaatttgaggttttcttcggtctctatcgaacttaactgtaagtatgtggttgacgacatctctagcaatctcaac 17571295  T
Q  403 accaattccatgtt 416  Q
    ||||||| ||||||    
T  17571296 accaattacatgtt 17571309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 458 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 46016324 - 46016235
Alignment:
Q  458 atcaaaactttaagataagtttcattaggagacaaacaaataatgttgcccacttgttatctagggcgtcattatcttatgctagttccc 547  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |  ||||| |||| |||||||| || ||||||  ||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  46016324 atcaaaactataatataagtttcatttgaggacaatcaaacaatgttgctcatttgttagttagagcatcattatcttatgtttgttccc 46016235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University