View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3805_low_12 (Length: 415)
Name: NF3805_low_12
Description: NF3805
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3805_low_12 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 408
Target Start/End: Original strand, 16297926 - 16298329
Alignment:
| Q |
2 |
cagataaaaacactcagaataaactcccacatcagaccatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaattgttctccaaatcagccatagcc |
101 |
Q |
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| T |
16297926 |
cagataaaaacactctgaaaaaactcccacatcagaccatacctgaggcagtaccaatgattcaaatgtcaacaaactgttctccaaatcagccatagcc |
16298025 |
T |
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| Q |
102 |
ataatagtaaaaacagctacaaaatagtccttgtgataacaaaatagaaatatttaattaagattttattgtgaacaaaatcaaacacagctgcgtaata |
201 |
Q |
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| T |
16298026 |
ataatagtaaaaacagctacaaaatagtccttgtgataacaaaatagaaatatgtaattaagattttattgtgaacaaaatcaaacacagctgcgtaata |
16298125 |
T |
|
| Q |
202 |
aacaaaaacaataaattgagattttatacctccaaagctgctcataatcacaaaagttatgctgctacttatgctcaaaaagtcgcaacattatgtgata |
301 |
Q |
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| T |
16298126 |
aacaaaaataataaattgagattttatacctccaaagctgctcataatcacaaaagttatgctgctacttatgctcaaaaagtcacaacattatgtgata |
16298225 |
T |
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| Q |
302 |
acaaggttggtgtcgtccaaaaaagcattcctatcccacctctaaattatatgcataaggcaacaacactacacaataaaatagatatgttaggatttca |
401 |
Q |
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| T |
16298226 |
acaaggttggtgtcgtccaaaaaaacattcctatcccacctctaaattatatgc---aggcaacaacactacacaataaaatagatatgttaggatttca |
16298322 |
T |
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| Q |
402 |
acataag |
408 |
Q |
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| T |
16298323 |
acataag |
16298329 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 408
Target Start/End: Original strand, 16305628 - 16306040
Alignment:
| Q |
2 |
cagataaaaacactcagaataaactcccacatcagaccatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaattgttctccaaatcagccatagcc |
101 |
Q |
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| T |
16305628 |
cagataaaaacactctgaaaaaactcccacatcagaccatacctgaggcagtaccaatgattcaaatgtcaacaaactgttctccaaatcagccatagcc |
16305727 |
T |
|
| Q |
102 |
ataatagtaaaaacagctacaaaatagtccttgtgataacaaaatagaaatatttaattaagattttattgtgaacaaaatcaaacacagctgcgtaata |
201 |
Q |
| |
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| T |
16305728 |
ataatagtaaaaacagctacaaaatagtccttgtgataacaaaatagaaatatgtaattaagattttattgtgaacaaaatcaaacacagttgtgtaata |
16305827 |
T |
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| Q |
202 |
aacaaaaacaataaattgagattttatacctccaaagctgctcataatcacaaaagttatgctgctacttatgctcaaaaagtcgcaacattatgtgata |
301 |
Q |
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| T |
16305828 |
aacaaaaataataaattgagattttatacctccaaagctgctcataatcacaaaagttatgctgctacttatgctcaaaaagtcacaacattatgtgata |
16305927 |
T |
|
| Q |
302 |
acaaggttggtgtcgtccaaaaaagcattcctatcccacctctaaattatatgcataaggcaacaacactacacaataaa------atagatatgttagg |
395 |
Q |
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| T |
16305928 |
acaaggttggtgtcgtccaaaaaaacattcatatcccacctttaaattatatgcataaggcaacaacactacacaataaaatagatatagatatgttagg |
16306027 |
T |
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| Q |
396 |
atttcaacataag |
408 |
Q |
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| T |
16306028 |
atttcaacataag |
16306040 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 408
Target Start/End: Original strand, 22895413 - 22895825
Alignment:
| Q |
2 |
cagataaaaacactcagaataaactcccacatcagaccatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaattgttctccaaatcagccatagcc |
101 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
22895413 |
cagataaaaacactcagaaaaaactcccacatcagaccatacctgaggcagtaccaatgattcaaatctcaacaaactgttctccaaatcagccatagcc |
22895512 |
T |
|
| Q |
102 |
ataatagtaaaaacagctacaaaatagtccttgtgataacaaaatagaaatatttaattaagattttattgtgaacaaaatcaaacacagctgcgtaata |
201 |
Q |
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| T |
22895513 |
ataatagtaaaaacagctacaaaatagtccttgtgataacaaaatagaaatatgtaattaagattttattgtgaacaaaatcaaacacagatgagtaata |
22895612 |
T |
|
| Q |
202 |
aacaaaaacaataaattgagattttatacctccaaagctgctcataatcacaaaagttatgctgctacttatgctcaaaaagtcgcaacattatgtgata |
301 |
Q |
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| T |
22895613 |
aacaaaaaaaataaattgagattttatacctccaaagctgctcataatcacaaaagttatgctgctacttatgctcaaaaagtcacaacattatgtgata |
22895712 |
T |
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| Q |
302 |
acaaggttggtgtcgtccaaaaaagcattcctatcccacctctaaattatatgcataaggcaacaacactacacaataaa------atagatatgttagg |
395 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
22895713 |
acaaggttggtgtcgtccaaaaaaacattcatatcccacctttaaattatatgcataaggcaacaacactacacaataaaatagatatagatatgttagg |
22895812 |
T |
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| Q |
396 |
atttcaacataag |
408 |
Q |
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| T |
22895813 |
atttcaacataag |
22895825 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 341 - 408
Target Start/End: Original strand, 15976511 - 15976579
Alignment:
| Q |
341 |
ctctaaattatatgcataaggcaacaacactacacaataaaata-gatatgttaggatttcaacataag |
408 |
Q |
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| T |
15976511 |
ctctaaattatatgcataaggaaacaagattgcacaataaaataggccatgttaggctttcaacataag |
15976579 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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