View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3805_low_2 (Length: 733)

Name: NF3805_low_2
Description: NF3805
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3805_low_2
NF3805_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (3-639)||(31900777-31901399)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 31901399 - 31900777
Alignment:
Q  3 tacagctgaagcattcacaagaacaagtagttttaggtgtccacgtatgtgagctgacttaaactccaagcaaaaagcatacaagaaaggttccatggaa 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31901399 tacagctgaagcattcacaagaacaagtaattttaggtgtccacgtatgtgagctgacttaaactccaagcaaaaagcatacaagaaaggtgccatggaa 31901300  T
Q  103 tcaatctcacaggatgggatactgtccaagctaattgaaccgtgcacgtgtatgtttaaccaccatgcccaatattttaaggttttgatgggaggttgag 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31901299 tcaatctcacaggatgggatactgtccaagctaattgaaccgtgcacgtgtatgtttaaccaccatgcccaagattttaaggttttgatgggaggttgag 31901200  T
Q  203 gatcgtttggactaatgacaatcaacaaacgaaaatctttacacttgcactgctgtttctataatgacaaaacatcaatgggacacattaacttaccacc 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31901199 gatcgtttggactaatgacaatcaacaaacgaaaatcttta-------------gtttctataatgacaaaacatcaatgggacacattaacttaccacc 31901113  T
Q  303 atacattgctacaaagacttttggtataaagagtcgatcgaatcaccgactctcataccattatttggtcataaggaagtttcaaaatcactacattaag 402  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31901112 acacattgctacaaagacttttggtataaagagtcgatcgaatcatcgactctcataccattatttgatcataaggaagtttcaaaatcactacattaag 31901013  T
Q  403 ttaagaattacaacacagttttattagacatcatatcttaactcaaattgtttaacacaatttacgaatcgttttatttatatgttgcttaactatatgt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31901012 ttaagaattacaacacagttttattggacatcatatcttaactaaaattgttta--acaatttacgagtcattttatttatatgttgcttaacaatatgt 31900915  T
Q  503 tatttcatttattgtgaaattgtcaaatgaataaacaactatgcattctctgnnnnnnnntccttttcatgtctttaaaatttcaactttaataaaaatc 602  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31900914 tatttcatttattgtgaaattctcaaatgaataaacaactatggattctctaaaaaaaattccttttcatgtctttaaaatttcaactttaataaaaatc 31900815  T
Q  603 ttaatttttac-ttgaaaactcttcatagatttttcct 639  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31900814 ttaatttttacattgaaaactcttcatagatttttcct 31900777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University