View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF3810_high_6 (Length: 419)
Name: NF3810_high_6
Description: NF3810
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3810_high_6 |
 | |
|
| [»] scaffold0793 (4 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 731320 - 730913
Alignment:
| Q |
1 |
tatcggtcattagattaatccaacgactaatttattttttagtatccagtttaaggatcgactaatctgacaactagtacattctacnnnnnnnnnnaat |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |
|
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| T |
731320 |
tatcggtcattagattaatccaacgactaatttattttttagtatccagtttaaggatcgactaatctgacaaccagtacattctacttttttttt-aat |
731222 |
T |
|
| Q |
101 |
gactttattattctcttcacacttgtctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttatgacttatgatatg |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
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| T |
731221 |
gactttattattctcttcacacttgtctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttacgacttatgatatg |
731122 |
T |
|
| Q |
201 |
ctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtattctgaatttcatacac |
300 |
Q |
| |
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|
|
| T |
731121 |
ctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtattctgaatttcatacac |
731022 |
T |
|
| Q |
301 |
catctatgatcactagattatcatacaccatgcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactcaaata |
400 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
731021 |
catctatgatcattagattatcatacaccatgcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactcaaata |
730922 |
T |
|
| Q |
401 |
aactctctg |
409 |
Q |
| |
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||||||||| |
|
|
| T |
730921 |
aactctctg |
730913 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 705335 - 705628
Alignment:
| Q |
1 |
tatcggtcattagattaatccaacgactaatttattttttagtatccagtttaaggatcgactaatctgacaactagtacattctacnnnnnnnnnnaat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
705335 |
tatcggtcattagattaatccaacgactaatttattttttagtatccagtctaaggatcgactaatctgacaactagtacattctacttttttttttaat |
705434 |
T |
|
| Q |
101 |
gactttattattctcttcacacttgtctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttatgacttatgatatg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
705435 |
gactttattattctcttcacacttgtctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttatgacttatgatatg |
705534 |
T |
|
| Q |
201 |
ctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtattctgaatttc |
294 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
705535 |
ctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtattctgaatttc |
705628 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 98 - 294
Target Start/End: Original strand, 694410 - 694606
Alignment:
| Q |
98 |
aatgactttattattctcttcacacttgtctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttatgacttatgat |
197 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
694410 |
aatgactttattattctcttcacacttgtctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttatgacttatgat |
694509 |
T |
|
| Q |
198 |
atgctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtattctgaatttc |
294 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
694510 |
atgctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtattctgaatttc |
694606 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 296 - 409
Target Start/End: Original strand, 752287 - 752400
Alignment:
| Q |
296 |
tacaccatctatgatcactagattatcatacaccatgcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactc |
395 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
752287 |
tacaccatctatgatcactagattatcatacacgcagcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactc |
752386 |
T |
|
| Q |
396 |
aaataaactctctg |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
752387 |
aaataaactctctg |
752400 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 296 - 409
Target Start/End: Original strand, 714962 - 715075
Alignment:
| Q |
296 |
tacaccatctatgatcactagattatcatacaccatgcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactc |
395 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
714962 |
tacaccatctatgatcactagattatcatacacgcagcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatttacttttaaacaatattagtatgactc |
715061 |
T |
|
| Q |
396 |
aaataaactctctg |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
715062 |
aaataaactctctg |
715075 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0793 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 4)
Name: scaffold0793
Description:
Target: scaffold0793; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 2651 - 2933
Alignment:
| Q |
1 |
tatcggtcattagattaatccaacgactaatttattttttagtatccagtttaaggatcgactaatctgacaactagtacattctacnnnnnnnnnnaat |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
2651 |
tatcggtcattagattaatccaacgactaatttattttttagtatccagtctaaggatcgactaatctgacaactagtacattctacttttttttt-aat |
2749 |
T |
|
| Q |
101 |
gactttattattctcttcacacttgtctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttatgacttatgatatg |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2750 |
gactttattattctcttcacacttgcctctctacatttttggtatttttatctactttttattggtatattcatgactataggttatgacttatgatatg |
2849 |
T |
|
| Q |
201 |
ctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtat |
284 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2850 |
ctagataagatcaaaagcctactttttaaatttcagaataatgtattcttgtagaatggacttgtcttataaaaggtgtggtat |
2933 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0793; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 309 - 409
Target Start/End: Original strand, 2932 - 3032
Alignment:
| Q |
309 |
atcactagattatcatacaccatgcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactcaaataaactctct |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2932 |
atcactagattatcatacaccatgcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactcaaataaactctct |
3031 |
T |
|
| Q |
409 |
g |
409 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
3032 |
g |
3032 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0793; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 296 - 409
Target Start/End: Original strand, 4238 - 4351
Alignment:
| Q |
296 |
tacaccatctatgatcactagattatcatacaccatgcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactc |
395 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4238 |
tacaccatctatgatcactagattatcatacacgcagcaaaatttgcgtctaattacaataaccctgatcatttacttttaaacaatattagtatgactc |
4337 |
T |
|
| Q |
396 |
aaataaactctctg |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
4338 |
aaataaactctctg |
4351 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0793; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 346 - 409
Target Start/End: Original strand, 2083 - 2146
Alignment:
| Q |
346 |
taattacaataaccctgatcatgtacttttaaacaatattagtatgactcaaataaactctctg |
409 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2083 |
taattacaataactctgatcatgtacttttaaacaattttagtatgactcaaataaactctctg |
2146 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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