View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3820_low_27 (Length: 463)

Name: NF3820_low_27
Description: NF3820
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3820_low_27
NF3820_low_27
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-456)||(43311548-43312003)
chr5 (40-438)||(39487204-39487602)
chr5 (40-438)||(39476251-39476649)
chr5 (52-438)||(39484014-39484400)
chr5 (40-425)||(39451739-39452124)
chr5 (40-448)||(39463583-39463991)
chr5 (40-440)||(39460989-39461392)
chr5 (40-425)||(39455366-39455752)
chr5 (17-441)||(39457328-39457752)
chr5 (16-438)||(39472745-39473167)
chr5 (16-299)||(39469935-39470217)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 43312003 - 43311548
Alignment:
Q  1 gagcctaatggtattgttgattctgatgacattgttaattggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43312003 gagcctaatggtattgttgattctgatgacattgttaattggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctt 43311904  T
Q  101 tcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatggg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311903 tcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatggg 43311804  T
Q  201 tgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311803 tgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcct 43311704  T
Q  301 caggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgcca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311703 caggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgtggttggaattcgactctcgagagcatatattatggtgtgcctattgcca 43311604  T
Q  401 catggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgtgctg 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43311603 catggccactctttgctgatcaacaaaccaatgcttttcaacttgtgtctgagctg 43311548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 438
Target Start/End: Original strand, 39487204 - 39487602
Alignment:
Q  40 tggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattg 139  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||  || ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  |||  ||||||||  |||||||||    
T  39487204 tggcttgatgatcaacctccttcctcggtagttttcctctgcttcgggagcaggggctctttcgatgaggatcaggttaaagagattgcacatgctattg 39487303  T
Q  140 agaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagt 239  Q
    ||||  |||  || || ||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |    | ||||||||| |||||||||||||||   | ||    
T  39487304 agaattgtggagcccgttttgtgtggtctctgcgtaaaccctcaccgaagggaatcatggtttcaccctctgattaccctctttctgatttggaatcggt 39487403  T
Q  240 tttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggcttt 339  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||| |  |||| |||| |||| ||||||||||| || ||||| |||    
T  39487404 tttacctgaaggattcttagatcgaacaacagggattggaagggtaattggatgggcccaacaggcccaaatactagctcatccagccactggaggattt 39487503  T
Q  340 gtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctttt 438  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||  | |||||||||    
T  39487504 gtttcgcattgtggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtgcctattgccgcgtggccactctatgctgagcaacaggctaatgctttt 39487602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 438
Target Start/End: Original strand, 39476251 - 39476649
Alignment:
Q  40 tggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattg 139  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||  || ||||| ||||| | ||||| ||| ||||| |||||  ||| |||||| ||  ||||| |||    
T  39476251 tggcttgatgatcaacctccttcctccgtagttttcctctgcttcgggagtaggggttattttgatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgctgttg 39476350  T
Q  140 agaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagt 239  Q
    |||| |||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || |||| ||   | || |||||| |||||| ||||||||     ||    
T  39476351 agaatagtggggcacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctccagcaaagggcactatggctgcaccctcggattaccctctttatgatttgggtctggt 39476450  T
Q  240 tttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggcttt 339  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||  || ||||||| |  |||||||||| |  |||| |||| |||| || || ||||| | |||||| |||    
T  39476451 tttacctgaaggattcttagatagaactgctgagattggaaggatagttggatgggcccaacaggcccaaatactagcccacccagccataggaggattt 39476550  T
Q  340 gtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctttt 438  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  39476551 gtttcacattgtggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtaccaattgccgcatggccactctttgctgaacaacaggctaatgctttt 39476649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 438
Target Start/End: Original strand, 39484014 - 39484400
Alignment:
Q  52 caacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgagg 151  Q
    ||||||| ||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||| ||| ||||| |||||  ||| |||||| ||  ||| | ||||||| |||| ||    
T  39484014 caacctccttcctccgtagttttcctctgctttgggagtaggggttattttgatgaagatcaggttaaggagatcgcacatgttgttgagaatagtgggg 39484113  T
Q  152 ctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagg 251  Q
    | |||||| ||||||||||||| ||||| | |   ||||| ||||||| ||   | |||||||||||||||| ||||||||   | ||||||||||||||    
T  39484114 cacgcttcgtgtggtctctgcgtaaacctctagtaaagggcaccatggctgcaccctctgattactctctttatgatttgggtccggttttacctgaagg 39484213  T
Q  252 gttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgc 351  Q
     |||||||||||||| ||   || ||||||| | ||| ||||||| |  || | |||| |||| || || ||||| | |||||| |||||||||||||      
T  39484214 attcttagatcgaactgccgagattggaaggataattagatgggcccaacaagcccaaatactagcccacccagccataggaggatttgtttcacattat 39484313  T
Q  352 ggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctttt 438  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||  | |||||||||    
T  39484314 ggttggaattcaacactcgagagcatatattttggtgtgcctattgccgcatggccactctttgttgaacaacaggctaatgctttt 39484400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 425
Target Start/End: Original strand, 39451739 - 39452124
Alignment:
Q  40 tggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattg 139  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||  || ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  ||| |||||| ||  |||||||||    
T  39451739 tggcttgatgatcaacctctttcttctgttgttttcctctgctttgggagcaggggttgtttcgatgaggaccaggttaaggagatcgcacatgctattg 39451838  T
Q  140 agaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagt 239  Q
    |||| |||| ||| | |||| | |||||||| || |||||  |||| |||||  |||||| ||   | ||||||||| ||||||||||| ||    | ||    
T  39451839 agaatagtggggcccacttcgtatggtctctccgtaaaccagcaccaaagggcgccatggctgcaccttctgattacactctttctgatctgtgttcggt 39451938  T
Q  240 tttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggcttt 339  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |    || ||||||||| ||||| ||||| || || | |||| |||| || |||||||| | |||||| |||    
T  39451939 tttaccagaaggattcttagatcgaacggaagagattggaagggtgattggttgggccccacaagcccaaatactagcacatccagccataggaggattt 39452038  T
Q  340 gtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaaca 425  Q
    ||||||||||| || |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  39452039 gtttcacattgtggctggaattccacactcgagagcatatattttggtgtgcccattgcaacatggccgctctttgctgagcaaca 39452124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 39463991 - 39463583
Alignment:
Q  40 tggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattg 139  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||  || ||||| |||||||  |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||   ||||||||    
T  39463991 tggcttgatgatcaacctccttcctcagtagttttcctctgcttcgggagcagaggttctttcgatgaagatcaggttaaggagattgcacttgctattg 39463892  T
Q  140 agaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcagt 239  Q
    |||| |||| |||||||||  | |||||||| || ||||||||||| |||||  |||||  || | ||||||||||| ||||||||||||| |   | ||    
T  39463891 agaatagtggggctcgctttgtttggtctctacgtaaacccccaccaaagggcgccatgattgcgccatctgattaccctctttctgatttaggttccgt 39463792  T
Q  240 tttacctgaagggttcttagatcgaacagctag-gactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctt 338  Q
    |||||| ||||| |||||| |||| || | ||| || ||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |||| || || || || || ||||| ||    
T  39463791 tttacccgaaggattcttatatcggactg-tagagattggaagggtgattggttgggctccacaggcccaaatactagcccacccggccacgggaggatt 39463693  T
Q  339 tgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctttt 438  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||  || ||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||  |||||||||| ||||| || |||||||||    
T  39463692 tgtctcacattgtggctggaattcgacactggagagcatatattttggtgttccacttgccacttggccgatctttgctgaacaacagacaaatgctttt 39463593  T
Q  439 caacttgtgt 448  Q
     |||| ||||    
T  39463592 gaactggtgt 39463583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 40 - 440
Target Start/End: Original strand, 39460989 - 39461392
Alignment:
Q  40 tggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattg 139  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||  | |||| | |||||||||||||| |||| |||||| ||  |||| ||||    
T  39460989 tggcttgatgatcaacctctttcctccgtagttttcctctgctttgggactaggggtaccttcgatgaggatcagattaaggagatcgcacatgccattg 39461088  T
Q  140 agaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaa---ccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgc 236  Q
    || | ||||  |  |  ||| | |||||||| || ||||||  |||||||||     |||||| ||   | ||||||||||||||| |||| |||| |      
T  39461089 aggatagtggcgtccatttcatatggtctcttcgtaaacccaaaccgaagggtgtcgccatggttgcaccctctgattactctcttactgaattgggctt 39461188  T
Q  237 agttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggc 336  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||   ||| || | || || ||||| || |||||     
T  39461189 ggttttacccgaagggttcttagatcggacagcagggattggaagggtcattggatgggctccgcagactcaaatattggcccacccagccacgggagga 39461288  T
Q  337 tttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaacaaaccaatgctt 436  Q
    || ||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||    
T  39461289 ttcgtttcccattgtggctggaattcaatactcgagagcatgtattttggtgtgcccattgccacgtggccgctctttgctgaacaacagactaatgctt 39461388  T
Q  437 ttca 440  Q
    ||||    
T  39461389 ttca 39461392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 425
Target Start/End: Original strand, 39455366 - 39455752
Alignment:
Q  40 tggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaattagggagattgcgtatgctattg 139  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||  |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||  ||| |||||| || | ||||||||    
T  39455366 tggcttgatgatcaacctctttcctccgtcgttttcctttgcttcggaagcaaaggttgttttgatgaggatcaggttaaggagatcgcatgtgctattg 39455465  T
Q  140 agaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaa-ccatgggtgagacatctgattactctctttctgatttggtcgcag 238  Q
    |||| ||| || | | |||| | |||||||| || |||||   |||||||||   ||| || ||   | ||||||||| ||||||||||||||    |      
T  39455466 agaatagtaagtcccacttcatatggtctctccgtaaacctgtaccgaaggggcgccagggctgcaccttctgattacactctttctgatttgtgttcga 39455565  T
Q  239 ttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcgctcatccagcaacaggaggctt 338  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| || ||   || ||||||||| ||||| |||||||| ||   |||| |||| || |||||||| |||||||| ||    
T  39455566 ttttacccgaaggattcttagatcgtacggcagagattggaagggtgattggttgggctccacaaacccaaatactagcccatccagccacaggaggatt 39455665  T
Q  339 tgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgctgatcaaca 425  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||| ||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  39455666 tgtttcacattgtggttggaattccacactcgagggcatatactttggtgtgcccattgcaacatggccgctctttgctgaacaaca 39455752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 39457752 - 39457328
Alignment:
Q  17 ttgattctgatgacattgttaattggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaat 116  Q
    |||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||| ||| || | |||||  || ||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||  |    
T  39457752 ttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcaacctccttcctcggaagttttcctctgcttcgggagcagggggtttttcgatgaggatcaggt 39457653  T
Q  117 tagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgattac 216  Q
    || |||||| ||   |||| | ||||| | || ||  || ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||  || | |||||||||||    
T  39457652 taaggagatcgcccttgctgtagagaatactggggtccgatttgtgtggtctctacgtaaaccaccaccgaaggacaccatgaatgcgccatctgattac 39457553  T
Q  217 tctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactcg 316  Q
     ||||||||||||||    | |||||||| ||||| ||||||||| | |||||   || ||||||||| ||||||||||| || |||   ||  |||| |    
T  39457552 actctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagcagagattggaagggttattggatgggccccacagacgcacatactag 39457453  T
Q  317 ctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttgc 416  Q
    | || ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |  ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  39457452 cccacccagccacgggaggatttgtttctcattgtggctggaattccacactcgagaacatatattttggtgtgcctgttgccacgtggccgctctttgc 39457353  T
Q  417 tgatcaacaaaccaatgcttttcaa 441  Q
    |||||| || || ||||| ||||||    
T  39457352 tgatcagcagacaaatgcatttcaa 39457328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 16 - 438
Target Start/End: Original strand, 39472745 - 39473167
Alignment:
Q  16 gttgattctgatgacattgttaattggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaa 115  Q
    |||||||| ||||||||  | || ||||| ||||| ||||||   || || |||||||  || ||||| || || | |||||||||||| ||||||||      
T  39472745 gttgattccgatgacatcatcaagtggcttgatgatcaacctgcatcctcagtagttttcctctgcttcggaagtatgggttctttcgacgaggatcagg 39472844  T
Q  116 ttagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgatta 215  Q
    ||| | ||||||| |  ||||||||||| |||| ||| || ||| | |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||    | | ||||||||    
T  39472845 ttacgcagattgcatgcgctattgagaatagtggggcccggttcatatggtctcttcgtaaacctccaccggagggcaccatggcctcgccctctgatta 39472944  T
Q  216 ctctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcctcaggtccaagtactc 315  Q
    | |||||| ||||||||   ||  |||||| ||||| || ||||| || |||||   || |||||||||  |||||||||| || || |||||| ||||     
T  39472945 ccctctttttgatttgggttcaagtttacccgaaggatttttagagcggacagcagagattggaagggttgttggatgggccccacaagtccaaatacta 39473044  T
Q  316 gctcatccagcaacaggaggctttgtttcacattgcggttggaattcgattctcgagagcatatattatggtgtgcctattgccacatggccactctttg 415  Q
    || || ||||| |  ||||| |||| ||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||| | ||    
T  39473045 gcccacccagccattggaggatttgcttcgcattgtggttggaattcagtactcgagagcatttattttggtgtgcctatagccgcatggccactttatg 39473144  T
Q  416 ctgatcaacaaaccaatgctttt 438  Q
    | || ||||| || |||||||||    
T  39473145 cagaacaacagactaatgctttt 39473167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 39470217 - 39469935
Alignment:
Q  16 gttgattctgatgacattgttaattggctcgatgaccaacctctttcgtccgtagtttatctttgctttgggagcaagggttctttcgatgaggatcaaa 115  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| || |||| ||| || |||||||  || ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||      
T  39470217 gttgattctgacgatattgtcaagtggcttgatgatcagcctccttcctcggtagttttcctctgcttcgggagca-gggttttttcgatgaggatcagg 39470119  T
Q  116 ttagggagattgcgtatgctattgagaaaagtgaggctcgcttcctgtggtctctgcgaaaacccccaccgaagggaaccatgggtgagacatctgatta 215  Q
    ||| || ||| ||   |||| | ||||| | || ||  ||  |  |||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||| || | ||||||||||    
T  39470118 ttaaggggatcgcacttgctgtagagaatactggggtccgtattgtgtggtctctacgtaaaccaccacctaagggcaccatggttgcgccatctgatta 39470019  T
Q  216 ctctctttctgatttggtcgcagttttacctgaagggttcttagatcgaacagctaggactggaagggtcattggatgggctcc 299  Q
    | ||||||||||||||    | |||||||| ||||| ||||||||| | ||||    || ||||||||| ||||||||||||||    
T  39470018 ccctctttctgatttgagttcggttttaccagaaggattcttagataggacagaagagattggaagggttattggatgggctcc 39469935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University