View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3820_low_5 (Length: 923)

Name: NF3820_low_5
Description: NF3820
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3820_low_5
NF3820_low_5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-910)||(43311293-43312188)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 866; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 866; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 910
Target Start/End: Original strand, 43311293 - 43312188
Alignment:
Q  18 gatgtgactgtggataaggttccctgtcccaccaaaaatagcaagcaatctatgtcggtggttgctgatgcttcacttacaaaagtctatgaagctgaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311293 gatgtgactgtggataaggttccctgtcccaccaaaaatagcaagcaatctatgtcggtggttgctgatgcttcacttacaaaagtctatgaagctgaaa 43311392  T
Q  118 ccacaaatgttgccacagattcctatggtgagccagaatcttgcagcaacaccagcccaggtatgaccatttcacatgatagtaggcacaccgaatgccc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43311393 ccacaaatgttgccacagattcctatggtgagccagaatcttgcagcaacaccagcccaggtatgaccatttcacatgatagtaggcacactgaatgccc 43311492  T
Q  218 ctcaaacgctatcagtgatagccatggaacttcggatataatggatgacaaaggctttggtgattgtctttctacttcaatttcaggatcaaatgcaatg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311493 ctcaaacgctatcagtgatagccatggaacttcggatataatggatgacaaaggctttggtgattgtctttctacttcaatttcaggatcaaatgcaatg 43311592  T
Q  318 ctaggatctagaaacagtaatatctatggcacagtggatcctcacgctgatgagttgctaaatgatttaggagctgctgatgtcagtccgctaccaaggg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311593 ctaggatctagaaacagtaatatctacggcacagtggatcctcacgctgatgagttgctaaatgattcaggagctgctgatgtcagtccgctaccaaggg 43311692  T
Q  418 cagctgccccttttatgaaaggaatttcattgctattggagcaagctgttgagcaaggcaatgcacttgttttagataaagattctttggatgcagacaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311693 cagctgccccttttatgaaaggaatttcattgctattggagcaagctgttgagcaaggcaatgcacttgttttagataaagattctttggatgcagacaa 43311792  T
Q  518 tgtttatcgaaccacagtttcctttgcacaatcagctccacctggacctgtttttatgaaacatagaaaggttgcggttcaaaaaagtgacaagcaagaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311793 tgtttatcgaaccacagtttcctttgcacaatcagctccacctggacctgtttttatgaaacatagaaaggttgcggttcaaaaaagtgacaagcaagaa 43311892  T
Q  618 gctctg---ctggagacaagagaaactaccactgttaccacaaaaggtaccaccgttgccacaaaaggtaaaagggagaggagtcctagaattcgaagaa 714  Q
    ||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311893 gctctgactccggagacaagagaaactaccactgttaccacaaaaggtaccaccgttgccacaaaaggtaaaagggagaggagtcctagaattcgaagaa 43311992  T
Q  715 aagaaaattttgatgagcggtttatgaaccttgtaccgcaaggaacattaggagttgatgaacttgctaaactactaacatgatactggctggaattatg 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43311993 aagaaaattttgatgagcggtttatgaaccttgtaccgcaaggaacattaggagttgatgaacttgctaaactactaacatgatactggctggaattatg 43312092  T
Q  815 atgccatcagagtgtattttttcccaactgaaccttacttagtgcatcttttaacagtaaaatattaagtttgattctgctgtctctgtcctttgc 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43312093 atgccatcagagtgtattttttcccaactgaaccttacttagtgcatcttttaacagtaaaatattaagtttgattctgctgtctctgtcctttgc 43312188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University