View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3829_low_1 (Length: 755)

Name: NF3829_low_1
Description: NF3829
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3829_low_1
NF3829_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-736)||(53184252-53184962)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 53184962 - 53184252
Alignment:
Q  13 attatactacaaagaaaaagaaatgttagaattcaatatcttatactcctcctatacaactaaatctctccaccaaatccacccttactcggactccgtt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184962 attatactacaaagaaaaagaaatgttagaattcaatatcttatactcctcctatacaactaaacctctccaccaaatccacccttactcggactccgtt 53184863  T
Q  113 actattaacgatatccttcacacagatatagatatttgtatcaatcactgaattaaataatcactatggtctatgaatatgatggacccttcagaacccc 212  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  53184862 actattaaccatatccttcacacagatat------ttgtatcaatcactgaattaaataatcactatg-------aatatgatggacccttcagaacccc 53184776  T
Q  213 ctccaacgaaggttcataccaaacacagtggtacacttatttccaatcttcttagacacattttaataaaccacctcccttagcttacctcatctcccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184775 ctccaacgaaggttcataccaaacacagtggtacacttatttccaatcttcttagacacattttaataaaccacctcccttagcttacctcatctcccat 53184676  T
Q  313 ttctgtgctataaatatccttccatgnnnnnnnnnatacatgatcaacatgctggttcttgatttccttaattttcgttctcactaacatgtgttctaac 412  Q
    |||| |||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184675 ttctatgctataaatatccttccatgtttttttttatacatgatcaacatgctggttcttgatttccttaattttcgttctcactaacatgtgttctaac 53184576  T
Q  413 tctaatggatacaaaatgataaatcttttttaaggccataagtcatctatattctcaaggtttgaactttggtcatgaagcatacgaggccctcatctta 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184575 tctaatggatacaaaatgataaatcttttttaaggccataagtcatctatattctcaaggtttgaactttggtcatgaagcatacgaggccctcatctta 53184476  T
Q  513 attaattaaatctgacaaacatttataactataattaaattgaatctttttaagc-nnnnnnnnnctccaacatttgaagaaataaagtccaagtttaga 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  53184475 attaattaaatctgacaaacatttataactataattaaattgaatctttttaagcttttttttttctccaacatttgaagacataaagtccgagtttaga 53184376  T
Q  612 ctgcttgatccttagaccagacctgtctcaaaatgagtaaacgtgtcccaaagttagttccaacactgacaaaatactactaacttaataacaacgtgaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  53184375 ctgcttgatccttagaccagacctgtctcaaaatgagcaaacgtgtcccaaagttagttccaacactgacaaaa-aatactaacttaataacaacgtgaa 53184277  T
Q  712 caatggtatgcttaagggattgggg 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  53184276 caatggtatgcttaagggattgggg 53184252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University