View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3850_low_2 (Length: 416)

Name: NF3850_low_2
Description: NF3850
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3850_low_2
NF3850_low_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-358)||(14087722-14088078)
chr6 (1-359)||(14092254-14092611)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (7-358)||(33698617-33698968)
chr2 (7-358)||(33681560-33681911)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-355)||(46453879-46454232)
chr1 (1-358)||(46461277-46461632)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-346)||(24876483-24876826)
chr8 (1-358)||(24880985-24881323)
chr8 (1-73)||(24886320-24886392)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-358)||(9955077-9955432)
chr7 (29-360)||(9950086-9950416)
chr7 (8-358)||(32213522-32213868)
chr7 (167-276)||(32213147-32213256)
chr7 (7-116)||(32213273-32213385)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (2-119)||(9360905-9361021)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 14087722 - 14088078
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14087722 aataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagttagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 14087821  T
Q  101 attaataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14087822 attaataaattcactttgttacactctacttgttttatt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 14087920  T
Q  201 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14087921 gtgaacaataattcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 14088020  T
Q  301 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14088021 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 14088078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Original strand, 14092254 - 14092611
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14092254 aataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagttagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaaaaagaaagatgaacttcta 14092353  T
Q  101 attaataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14092354 ataaataaattcactttgttacactctacttgttttgtt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttataataatgtacatgctaaaaattga 14092452  T
Q  201 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14092453 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcatt 14092552  T
Q  301 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcacag 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14092553 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcacag 14092611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 7 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 33698968 - 33698617
Alignment:
Q  7 aatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698968 aatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaat 33698869  T
Q  107 aaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaa-ttgagtgaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33698868 aaattcactttgttacactctacttgttttgtt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaaattgagtgaa 33698770  T
Q  206 caatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttcca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698769 caatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttcca 33698670  T
Q  306 tctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33698669 tctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 33698617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 7 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 33681911 - 33681560
Alignment:
Q  7 aatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33681911 aatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaat 33681812  T
Q  107 aaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaa-ttgagtgaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33681811 aaattcactttgttacactctacttgttttgtt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaaattgagtgaa 33681713  T
Q  206 caatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttcca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33681712 caatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattccttttcattattctttgcactttcca 33681613  T
Q  306 tctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33681612 tctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 33681560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 46454232 - 46453879
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46454232 aataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagttagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaaaaagaaagatgaacttcta 46454133  T
Q  101 attaataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46454132 ataaataaattcactttgttacactctacttgttttgtt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttataataatgtacatgctaaaaattga 46454034  T
Q  201 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46454033 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgctct 46453934  T
Q  301 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctc 355  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46453933 ttctatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctc 46453879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 46461632 - 46461277
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  46461632 aataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacatgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtgtaagaagaaagatgaacttcta 46461534  T
Q  101 attaataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  46461533 attaataaattcactttgttacactctacttgttttgtt-gtgatatctaaattacaaaactccttaacattttatagtaacctacatgctaaaaattga 46461435  T
Q  201 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461434 gtgaacaatacctcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 46461335  T
Q  301 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461334 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 46461277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 24876483 - 24876826
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24876483 aataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaagatgaacttcta 24876581  T
Q  101 attaataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24876582 attaataaattcactttgttacactctatttgttttgtt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtatatgctaaaaattga 24876680  T
Q  201 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24876681 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcatt 24876780  T
Q  301 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24876781 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttca 24876826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 24880985 - 24881323
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24880985 aataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaagatgaacttcta 24881083  T
Q  101 attaataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||    
T  24881084 attaataaattcactttgttacactctacttgttttgtt-gtgatatctaaattacaa-----------------tagtaatgtacatgctaaaaattga 24881165  T
Q  201 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24881166 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatatactttccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcgttattctttgcact 24881265  T
Q  301 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24881266 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 24881323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 73
Target Start/End: Original strand, 24886320 - 24886392
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaa 73  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24886320 aataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaa 24886392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 9955432 - 9955077
Alignment:
Q  1 aataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttcta 100  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9955432 aataataatatgaactatgtactcattaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaaggtgaacttcta 9955334  T
Q  101 attaataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9955333 attaataaattcactttgttacactctacttgttttttt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattga 9955235  T
Q  201 gtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcact 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9955234 gtgaacaatatttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcctatcctagagtaaacattcatttacattattctttgcact 9955135  T
Q  301 ttccatctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 358  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9955134 ttccatctttaaattattccatatttactaaacactaaatatttcacttattctcaca 9955077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 29 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 9950416 - 9950086
Alignment:
Q  29 aagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactttgttacactcta 128  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9950416 aagttgaacacgaatgtagttagaacaataaatttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaagatgaacttctaattaataaattcactatgttacactcta 9950318  T
Q  129 cttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaa-ttgagtgaacaatacttcaaacaattataaa 227  Q
    ||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9950317 cttgttttgtt-gtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaa 9950219  T
Q  228 cctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttccatctttagattattccatattta 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9950218 cctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttacattattctttgcactttccatctttagattattccatattta 9950119  T
Q  328 gtaaacactaaatatttcacttattctcacaga 360  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9950118 ataaacactaaatatttcacttattctcacaga 9950086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 8 - 358
Target Start/End: Original strand, 32213522 - 32213868
Alignment:
Q  8 atatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatg----tagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaatt 103  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32213522 atatgaaatatgcacttactaaagctgaacacgaaataacttagctagaacaataaacttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaagataaacttctaatt 32213620  T
Q  104 aataaattcactttgttacactctacttgnnnnnnnngtgatatctaaattacaaaactcctaaacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtg 203  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |||        |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  32213621 aataaactcactt-gttacactctatttgtttttgttgtgatatctaaaatacaaaacttctgaacattttatagtaacgtacattctaaaaattgagtg 32213719  T
Q  204 aacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcctagagtaaacattcctttgcattattctttgcactttc 303  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||      ||||||||||||||||| |||||||    
T  32213720 aacaatacttcaaacaattataaatctctgatgtactctccttcctattattactcttattccagagta------cctttgcattattctttacactttc 32213813  T
Q  304 catctttagattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 358  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32213814 catctttaaattattccatatttagtaaacactaaatatttcacttattctcaca 32213868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 167 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 32213256 - 32213147
Alignment:
Q  167 aacattttatagtaatgtacatgctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataaacctctcatgtactctccatcctattattactcttatcct 266  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||||||||| |     
T  32213256 aacattttatagtaacgtacatcctaaaaattgagtgaacaatacttcaaacaattataatcctatgatgtaccctccttcctattattactcttattcc 32213157  T
Q  267 agagtaaaca 276  Q
    || |||||||    
T  32213156 agggtaaaca 32213147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 32213385 - 32213273
Alignment:
Q  7 aatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatg----tagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaat 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  32213385 aatatgaaatatgcactcactaaagttgaacacgaaataacatagctagaacaataaacttgtatgaaaaa-tgtctaagaagaaaaatgaacttctaat 32213287  T
Q  103 taataaattcactt 116  Q
    ||||||| ||||||    
T  32213286 taataaactcactt 32213273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 119
Target Start/End: Original strand, 9360905 - 9361021
Alignment:
Q  2 ataagaatatgaactatgcactcactaaagttgaacacgaatgtagctagaacaataaatttgtatgaaaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaa 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9360905 ataataatatgaactatgcactcactaaagttgaacatgaatgtagctagaacaataaatttgtatg-aaaaatgtctaagaagaaagatgaacttctaa 9361003  T
Q  102 ttaataaattcactttgt 119  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9361004 ttaataaattcactttgt 9361021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University