View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3851_low_2 (Length: 506)

Name: NF3851_low_2
Description: NF3851
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3851_low_2
NF3851_low_2
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (17-491)||(34232516-34232990)
chr5 (17-439)||(42128843-42129262)
chr5 (19-441)||(34240261-34240680)
chr5 (16-391)||(42117767-42118141)
chr5 (17-427)||(42123470-42123877)
chr5 (19-436)||(41713273-41713691)
chr5 (19-360)||(41571735-41572076)
chr5 (244-360)||(41617599-41617715)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (17-427)||(12248432-12248839)
chr2 (63-427)||(11994136-11994497)
chr2 (130-382)||(32681740-32681992)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-425)||(8523080-8523483)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-443)||(25522745-25523168)
chr6 (17-443)||(24140786-24141208)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-439)||(11118103-11118521)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 491
Target Start/End: Original strand, 34232516 - 34232990
Alignment:
Q  17 atcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtaca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232516 atcattccacaatatcttgctaatttatcatccctacaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtaca 34232615  T
Q  117 gtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  34232616 gtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcggcag 34232715  T
Q  217 caacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232716 caacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactttgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaat 34232815  T
Q  317 ttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232816 ttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatg 34232915  T
Q  417 aagccatgaaggctgttactcaagtgggagagaataccagtttgctatatgtacaagattcagcagggtcctatg 491  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232916 aagccatgaaggctgttactcaagtgggagagaataccagtttgctatatgtacaagattcagcagggtcctatg 34232990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 42129262 - 42128843
Alignment:
Q  17 atcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtaca 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||     
T  42129262 atcattccacaatgtcttgctaattcatcgttccttcaagttttggatttgcaaatgaatagattttatggaactttgccaagtaacttttcagagtact 42129163  T
Q  117 gtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacag 216  Q
    |||| |||| || ||| |||||| |||||||| |  ||||||||||||| || ||||| ||||| | ||||| || | ||||||||||||||||||  ||    
T  42129162 gtgagcttcagactctaaatctccatggcaacaaattagaaggtcattttccaaaatccttgtctctctgtacaaagttggagtttctaaacctcggaag 42129063  T
Q  217 caacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaat 316  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| | ||| || ||||||||||||  |||||| |||    
T  42129062 caacaacatagaagacaattttcctgattggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttggttttgcaagacaacaagttgcatggtatcattgctaat 42128963  T
Q  317 ttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatg 416  Q
     ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||   |||| |||||| ||||||| ||    
T  42128962 ctaaagatcaagcatccatttccaagtttaattatttttgatatctcaggcaataactttagcggtccgctacca---aaagcctattttaaaaagtttg 42128866  T
Q  417 aagccatgaaggctgttactcaa 439  Q
    |||||||||||  ||||||||||    
T  42128865 aagccatgaagaatgttactcaa 42128843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 34240261 - 34240680
Alignment:
Q  19 cattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtacagt 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||    
T  34240261 cattccacaatgtcttgctaatttaccatcccttcaaattttggatctacaaatgaacaacttttatggcactttgcctaataacttttcaaagtccagt 34240360  T
Q  119 gaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacagca 218  Q
     | |||   | |||||||||||||| ||||||  |||||||  | || ||||||||||||||||||||  |||  ||| |  ||||||| ||   || ||    
T  34240361 aaacttattactctgaatctcaatgacaaccaattagaagggtactttcctaaatctttgtcccactgcgaaaacctgcaagttctaaatcttcgcaaca 34240460  T
Q  219 acaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaattt 318  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34240461 acaaaatggaagacaaatttcctgtctggcttcaaactctccaatacttgaaagtgctggttttgcgagacaataagttgcatggtcacattgccaattt 34240560  T
Q  319 aaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatgaa 418  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||   |||| |||||| ||| | | ||||    
T  34240561 aaagatcaggcatccatttcctagtttagttatttttgatatctcaagcaataactttactggtccgctacca---aaagcctatttaaaatattttgaa 34240657  T
Q  419 gccatgaaggctgttactcaagt 441  Q
    |||||||||   |||||||||||    
T  34240658 gccatgaagaaagttactcaagt 34240680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 42118141 - 42117767
Alignment:
Q  16 catcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtac 115  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| || ||    
T  42118141 catcattccacaatgtcttgctaattcatcaatccttcaagttttggatttgcaaatgaatagattttatggaactttgccaagtaacttttcagaggac 42118042  T
Q  116 agtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgaca 215  Q
     |||  |||| || ||| |||||| ||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||| || || |||||||  ||| ||||| ||||||| | ||    
T  42118041 tgtgtgcttcagactctaaatctccatggcaaccaattagaaggtcagattcctaaatctttctctcattgtaaaaacctg-agtttttaaaccttggca 42117943  T
Q  216 gcaacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaa 315  Q
    ||||||||||| |||| | |||||| | |||| ||||||| || ||| ||||| ||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||  |||| | ||    
T  42117942 gcaacaaaataaaagaaagatttcccgtctggcttcaaacactacaatatttgcaagtgttggttttacaagacaataagttgcatggtatcattcctaa 42117843  T
Q  316 tttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctacca 391  Q
    |  |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||    
T  42117842 tccaaagatcaagcatccatttccaagtttaattattttttatatctcaggaaataactttagctgtccgctacca 42117767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 42123877 - 42123470
Alignment:
Q  17 atcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtaca 116  Q
    ||||||||||||| | ||||| | | | ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||     
T  42123877 atcattccacaatgttttgctgaatcaccatcccttcaagttttgaatctacaaatgaacatgttttatggtactttgccaagtaacttttcaaagaact 42123778  T
Q  117 gtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacag 216  Q
    ||    ||   | |||||| ||| | ||||||||  ||||||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||  | | ||||||||||||||||  ||    
T  42123777 gtagtattgtcactctgaacctctacggcaaccagttagaaggccattttccaaaatccttgtctcgctgtaaagagttagagtttctaaacctcggtag 42123678  T
Q  217 caacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaat 316  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  42123677 caacaaaatagaagacaattttcctgattggtttcaaacacttcaagatttgaaagtactggttttgcgagacaataagtttcatggtcccatcgccaat 42123578  T
Q  317 ttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatg 416  Q
    ||||||||  ||  || |||||| || ||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||||   |||| |||||  ||||| ||||    
T  42123577 ttaaagattgagcgtctatttccaagcttaatcatttttgatatctctggaaataactttggtggttttctacca---aaagcctattcaaaaaattatg 42123481  T
Q  417 aagccatgaag 427  Q
    |||||||||||    
T  42123480 aagccatgaag 42123470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 436
Target Start/End: Original strand, 41713273 - 41713691
Alignment:
Q  19 cattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtacagt 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  41713273 cattccacaatgtcttgctaatttatcataccttgaagttttggatctacaaatgaacaaattttatggcactttgccaagtaacttttcaaaggacagt 41713372  T
Q  119 gaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacagca 218  Q
    || ||||  | ||| |||||| |||||||| |  ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |     ||| |  ||||||| || | || ||    
T  41713373 gagcttcatactctaaatctctatggcaacaaattagaaggccatttgcctaattctttgtccaactgcatggacctgaatgttctaaatcttggcaaca 41713472  T
Q  219 acaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaattt 318  Q
    | |||||||||| ||  |||||||| ||| ||| |||||||    ||||||||||| | |||||  |  | || |||||||||||||  ||| |||||||    
T  41713473 ataaaatagaaggcagttttcctgagtggcttccaactctgtctcatttgaaagtgttggttttgagtaacaacaagttgcatggtcctatttccaattt 41713572  T
Q  319 aaagatcaagaatccatttcccagttt----agttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagta 414  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||    | | ||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||   |||| |||||| ||||| ||    
T  41713573 aaagatcaaacatccatttcccagtttattaattaattgttgatatctcgggcaatgacttcagtggtccgctacca---aaagcctatttaaaaaatta 41713669  T
Q  415 tgaagccatgaaggctgttact 436  Q
    | || ||||||||  |||||||    
T  41713670 tcaaaccatgaagaatgttact 41713691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 360
Target Start/End: Original strand, 41571735 - 41572076
Alignment:
Q  19 cattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtacagt 118  Q
    ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  41571735 cattccacattgtcttgcaaacttatcatcccttcaagttttggatttacaaatgaacaaattttatggcactttaccaagtaacttttcaaagtactgt 41571834  T
Q  119 gaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacagca 218  Q
    |||||||| | ||||||| |||| || ||||   ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||   || |||  | |||| || |   |||    
T  41571835 gaccttcgtactctgaatttcaacggaaacctattagaaggccttttgcctaaatctttgtccaactgtgaatacctagaggctttaaatcttggaggca 41571934  T
Q  219 acaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaattt 318  Q
    |||||||  ||||| | |||||   |||| |||||||| ||||| ||||| |||| || ||||| ||||| ||||| ||| ||||||  ||||||  | |    
T  41571935 acaaaattaaagactattttccatcctggcttcaaactatgcaatatttggaagtactggttttgcgagagaataatttgtatggtcctattgccggtgt 41572034  T
Q  319 aaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatat 360  Q
    ||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  41572035 aaatatcaagcatccatttcctagtttaattatttttgatat 41572076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 244 - 360
Target Start/End: Original strand, 41617599 - 41617715
Alignment:
Q  244 ctggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaatttaaagatcaagaatccatttcccagt 343  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| |||| || ||||| ||||| ||||| ||| ||||||  ||||||  | |||| |||||| |||||||||| |||    
T  41617599 ctggcttcaaactatgcaatatttggaagtactggttttgcgagagaataatttgtatggtcctattgccggtgtaaatatcaagcatccatttcctagt 41617698  T
Q  344 ttagttatttttgatat 360  Q
    ||| |||||||||||||    
T  41617699 ttaattatttttgatat 41617715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 12248839 - 12248432
Alignment:
Q  17 atcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtaca 116  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||   |    
T  12248839 atcattccacaatgtcttgctgatttatcatcccttcaagttttgaatctacaaatgaacaaatttcatggcactttgccaagtaacttctcaaagatga 12248740  T
Q  117 gtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacag 216  Q
    |||  |||  || |||||||||  ||||||||||  ||||||| ||| | |||| ||| ||||| | |||||||  | || ||||||||||||||| |||    
T  12248739 gtgcacttgagactctgaatctttatggcaaccaattagaaggccatattcctagatccttgtctctctgtaaagggttgaagtttctaaacctcggcag 12248640  T
Q  217 caacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaat 316  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  |  |  | ||||| |||||||||||||||  |||||  |||    
T  12248639 caacaaaatagaagacgagtttcctgattggcttcaaacactgcaagatttgaaagttttgctgctgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaat 12248540  T
Q  317 ttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatg 416  Q
     |||| |  ||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||   || | ||||||  |||||| ||    
T  12248539 ctaaatacaaagcatccatttccaagtttaactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtccgctacca---aatgcctattttgaaaagtttg 12248443  T
Q  417 aagccatgaag 427  Q
    |||||||||||    
T  12248442 aagccatgaag 12248432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 63 - 427
Target Start/End: Original strand, 11994136 - 11994497
Alignment:
Q  63 atctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtacagtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtca 162  Q
    ||||||||||||| | || | ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||  |||  || |||||||||| ||||||||||  ||||||| ||    
T  11994136 atctacaaatgaacacatgtcatggcactttgccaagtaacttctcaaaggagagtgcacttgagactctgaatctctatggcaaccaattagaaggcca 11994235  T
Q  163 tttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacagcaacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaa 262  Q
    | | |||| ||| ||  | | |||||||  | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  11994236 tattcctagatccttaactctctgtaaagggttgaagtttctaaacctcggcagcaacaaaatagaagacgagtttcctgattggcttcaaacactgcaa 11994335  T
Q  263 gatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaatttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatct 362  Q
    |||||||||||  |  |  | ||||| ||||||||||||| |  |||||  ||| |||| |  ||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  11994336 gatttgaaagttttgctgctgcgagacaataagttgcatgatatcattgttaatctaaatacaaagcatccatttccaagtttaactatttttgatatct 11994435  T
Q  363 cgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatgaagccatgaag 427  Q
      || ||||||||||||||||||||||||   || | ||||||  |||||| |||||||||||||    
T  11994436 aaggcaataactttagtggtccgctacca---aatgcctattttgaaaagtttgaagccatgaag 11994497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 130 - 382
Target Start/End: Original strand, 32681740 - 32681992
Alignment:
Q  130 tctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacagcaacaaaatagaa 229  Q
    |||||| ||| ||||||||||  | ||||| ||||| || ||||| |||||   |||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||     
T  32681740 tctgaacctctatggcaaccacttggaaggccattttccgaaatccttgtctggctgtaaaaagttggagtttctaaacctcggaagcaacaaaatagac 32681839  T
Q  230 gacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaatttaaagatcaaga 329  Q
    ||||| || ||  | ||| |||| ||  ||||||||||||||||  | ||||| || || || ||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |      
T  32681840 gacaatttcccatattggcttcatacaatgcaagatttgaaagtattggttttgcgtgacaacaagttgcatggtcccattgtcaatttaaagaacgaac 32681939  T
Q  330 atccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggt 382  Q
    ||| |||||| || ||| | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  32681940 atctatttcctagcttaatcatttttgatatctctggaaacaacttcagtggt 32681992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 121; Significance: 9e-62; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 8523483 - 8523080
Alignment:
Q  19 cattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtacagt 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| | |||| ||||  |||||||||||||||| |||||  | |||    
T  8523483 cattccacaatgtcttgctaatttatcataccttgaagttttggatctacaaatgaacaaatttcatggaactttgccaagtaacttttcaaaagaaagt 8523384  T
Q  119 gaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacagca 218  Q
    || |||  || |||||||||| ||||||||||  ||||||||||| | |||||||| ||||| | |||||||  | ||  |||| ||||||| | || ||    
T  8523383 gaacttgagactctgaatctctatggcaaccaattagaaggtcatattcctaaatccttgtctctctgtaaagggttgatgtttttaaaccttggcaaca 8523284  T
Q  219 acaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaattt 318  Q
    ||| |||||||||||| |||||| | ||| || |||| |||||  ||||||||||| |  |||| ||||| |||||||||||||||  |||||  |||      
T  8523283 acataatagaagacaattttcctcattggcttgaaacactgcattatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatcc 8523184  T
Q  319 aaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatgaa 418  Q
    |||||||||| ||||||||||   ||||  |||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||   |||  |||||||||||||| ||||    
T  8523183 aaagatcaagcatccatttccagatttaactatttttgatatctcaaacaataactttagtggtcctctacca---aaatcctatttcaaaaagtttgaa 8523087  T
Q  419 gccatga 425  Q
    |||||||    
T  8523086 gccatga 8523080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 443
Target Start/End: Original strand, 25522745 - 25523168
Alignment:
Q  17 atcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtaca 116  Q
    ||||||||||||| ||||||| | | | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| | |    
T  25522745 atcattccacaatgtcttgctgaatcaacatcccttcaagttttgaatctacaaatgaatagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaagcata 25522844  T
Q  117 gtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacag 216  Q
    || |  ||     ||| || ||| |||||||| |  ||||||||| ||| || |||||||||| ||  ||||||| | ||||||||||||||||||        
T  25522845 gtaaaattgtctctctaaacctctatggcaacgagttagaaggtcgttttccgaaatctttgttccggtgtaaaaagttggagtttctaaacctcggggt 25522944  T
Q  217 caacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaat 316  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||  |||| |||||||||||| | ||||| ||||| || ||||||||||||  | ||| ||||    
T  25522945 caacaaaatagaagacaattttccggattggcttcaaacaatgcaggatttgaaagtgttggttttgcgagacaacaagttgcatggttcccttgtcaat 25523044  T
Q  317 ttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatg 416  Q
    ||||| |||||| || ||||||  |||||| | |||||||||||||| || || || ||  |||||   ||||||   |||| |||||| | ||| ||||    
T  25523045 ttaaaaatcaagcattcatttcaaagtttaatcatttttgatatctcaggtaacaatttaggtggttttctacca---aaagcctatttaagaaattatg 25523141  T
Q  417 aagccatgaaggctgttactcaagtgg 443  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||    
T  25523142 aagccatgaagaatgttactcaagtgg 25523168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 24141208 - 24140786
Alignment:
Q  17 atcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtaca 116  Q
    ||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||| ||| ||| |||||||||| || | |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||    
T  24141208 atcattccacaatgtctttctgattcaccatcccttcgagttttgaatctacaaatcaacacatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaca 24141109  T
Q  117 gtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacag 216  Q
     ||   ||   | ||||||| || |||| ||| |  ||||||| ||||| || ||||| ||||| |  |||||||   |||||| ||||||||||| ||     
T  24141108 atggaattgacactctgaatttctatggtaacaagttagaaggccattttccgaaatccttgtctcgatgtaaaaatttggagtatctaaacctcggcaa 24141009  T
Q  217 caacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaat 316  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||| ||| |||||| ||||| ||||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||  |||||    
T  24141008 caacaaaatagaagacaatttttctgattggcttctaacactgcaatatttggaagtattggttttgcgagacaataagttacatggtcacatcaccaat 24140909  T
Q  317 ttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatg 416  Q
    ||||||||  || ||  |||||| || ||| | | |||||||||||| ||||| ||||| ||||||   || |||   |||| |||||| ||||| ||||    
T  24140908 ttaaagatgtagcatttatttccaaggttaatca-ttttgatatctctggaaacaacttcagtggttttctgcca---aaagcctatttaaaaaattatg 24140813  T
Q  417 aagccatgaaggctgttactcaagtgg 443  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  24140812 aagccatgaaggatgttactcaagtgg 24140786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 11118521 - 11118103
Alignment:
Q  18 tcattccacaatatcttgctaatttatcatcccttcaagtcttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtacag 117  Q
    |||||||||||| ||||||| | | | ||| |||| | || ||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||| |||||||| |||||| | ||    
T  11118521 tcattccacaatgtcttgctgaatcaccattcctttatgttttgaatctacaaatgaacaaatttcatggcactttgcctagtaacttttcaaaggaaag 11118422  T
Q  118 tgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaaggtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcgacagc 217  Q
    |    ||  |  |||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||||| || ||||| ||||| |  ||||||| | ||| |||||||||||||| ||||    
T  11118421 tcgtattgtgtctctgaacctctatggcaaccagttagaaggccattttccaaaatccttgtctcggtgtaaaaagttggcgtttctaaacctcggcagc 11118322  T
Q  218 aacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaactctgcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaatt 317  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| ||| |||||||  ||| ||||||||||||  | ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||  ||||    
T  11118321 aacagaatagaagacagttttcctgattggcttcaaacattgccagatttgaaagtattggttttgcgagacaataagttgcatggtcccattgaaaatt 11118222  T
Q  318 taaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgatatctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatga 417  Q
    |||||||| || ||| |||||| || ||| | ||||||||||||||||| || | ||||||||||   ||||||   |||| |||||| ||||| |||||    
T  11118221 taaagatcgagcatctatttccaagcttaatcatttttgatatctcgggcaacagctttagtggttttctacca---aaagcctatttaaaaaactatga 11118125  T
Q  418 agccatgaaggctgttactcaa 439  Q
    ||| ||||||  ||||||||||    
T  11118124 agctatgaagaatgttactcaa 11118103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University