View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3852_high_2 (Length: 1066)

Name: NF3852_high_2
Description: NF3852
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3852_high_2
NF3852_high_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-1056)||(10863226-10864262)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 862; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 862; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1056
Target Start/End: Original strand, 10863226 - 10864262
Alignment:
Q  18 aggttaatggtatctatggttgtcatgatgttatcattgaacaatatatccaacattgaatcttctttaaattttggatagctgtcactttcttcatcac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863226 aggttaatggtatctatggttgtcatgatgttatcattgaacaatatatccaacattgaatcttctttaaattttggatagctgtcactttcttcatcac 10863325  T
Q  118 ccatctctgagaaatcagttgatacaaccatattttcatactttgttgcatcacattctgattt-ccgaatatcatgggccagaaactttgtcgcatccc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  10863326 ccatctctgagaaatcagttgatacaaccatattttcatactttgttgcatcacattctgattttccgaatatcatgggccaaaaactttgtcgtatccc 10863425  T
Q  217 tttcaatgaattgtgccttagtatcgtctaatggaaattccttatcaagcatttcccgcacctcatgcaatgaggtcttgttctcaccttgactttggac 316  Q
    |||               |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863426 tttg--------------tagtatcgtctaatggaatttccttatcaagcatttcccgcacctcatgcaatgaggtcttgttctcaccttgactttggac 10863511  T
Q  317 ttcggtaatcagttgtagagtttgtttcatcttatgtaaagattgattcttatgtttccttctcttctgaatcctggtgagggtcataacttgtgttgct 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863512 ttcggtaatcagttgtagagtttgtttcatctaatgtaaagattgattcttatgtttccttctcttctgaatcctggtgagggtcataacttgtgttgct 10863611  T
Q  417 ctctccttggccttccaa-----------ttatccctcatgaaaattggttagggatttaatcatatgttgggacatgaactcctcattgtactcgaaac 505  Q
    ||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |     
T  10863612 ctctccttggccttccaatttacgaccaattatccctcatgaaaattggttagggatttaatcatatgttgggacatgaactcctcattgtacttgacag 10863711  T
Q  506 tgatctctatggatggcatcccttcttccacggtggccttgtccaccttatttttaccagttgtttgaaacaaatgttttatcttgccccccaatttttc 605  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10863712 tgatctctagggatggcatcccttcttccacggtggccttgtccaccttatttttaccagttgtttgaaacaaatgtttgatcttgccccccaatttttc 10863811  T
Q  606 tatgagaatcttgagacattttaggactttacatggagatttaccattgcattaagtctagggtaagtcgtcccaccttacgaggtttactattaccaaa 705  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10863812 tatgagaaccttgagacattttaggactttacatggagatttaccattgcactaagtctagggtaagccgtcccaccttaggaggtttactattaccaaa 10863911  T
Q  706 atcactaaaatttggatgtttgtggtggctagtctgccaaacattgcagttttatctatatgattgactttttgtatgcactcgtttgatctaaactttg 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10863912 atcactaaaatttggatgtttgtggtggctagtctgccaaacattgcagttttatctatatgattgactttttgtatgaactcgtttgatctaaactttg 10864011  T
Q  806 gcctccaaaccttattaatcaccttattctatttcccacacgttctgaacaaagtaggctaagagaatgataccattaccatcttcataacttggaaagg 905  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10864012 gccttcaaaccttattaatcaccttattctatttcccacacgttctgaacaaagtaggctaagagaatgataccattaccatcttcataacttggaaagg 10864111  T
Q  906 atcgatattaatggctatctcttccatccttttgttggatagttcaaacttgtcttccttaataggattttgaatggccttatgagacaaaatgtaattg 1005  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10864112 attgttattaatggctatctcttccatccttttgtgggatagttcaaacttttcttccttaataagattttgaatggccttatgagacaaaatgtaattg 10864211  T
Q  1006 ttcgttgagcgattttaaaagttgtgctatttgcaaaacattttgcctttg 1056  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10864212 ttcgttgagtgattttaagagttgtgctatttgcagaacattttgcctttg 10864262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University