View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3856_high_2 (Length: 1298)

Name: NF3856_high_2
Description: NF3856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3856_high_2
NF3856_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (34-1283)||(54472399-54473649)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (902-951)||(32902708-32902757)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1152; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1152; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 1283
Target Start/End: Original strand, 54472399 - 54473649
Alignment:
Q  34 ttaattaattaatgattcatagcctattcttannnnnnngatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472399 ttaattaattaatgattcatagcctattcttatttttttgatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatcc 54472498  T
Q  134 aaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaaccgttagatatnnnnnnnnnn-gttatctttgaatttatcaatccctggtcat 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472499 aaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaactgtaagatataaaaaaaaaatgttatctttgaatttatcaatccctggtcat 54472598  T
Q  233 aaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcg 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472599 aaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcg 54472698  T
Q  333 agagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgtggggtgattaggggcgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaata 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472699 agagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgaggggtgattagggacgcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaata 54472798  T
Q  433 caagttgtacaatttaaatcctaatcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgttaccaaacatatgtgttctctgct 532  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472799 caagttgtacaatttaaatcctattcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggtataactttgttaccaaacatatgtgttctctgct 54472898  T
Q  533 tatggaatttcttgcttctactctaccgatatatagtgtacagaaaatgactagtattataaacatgcaggtgcaaatcagtatatgtacaacaatggtg 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472899 tatggaatttcttgcttctactctaccgatatatagtgtacagaaaatgactagtattataaacatgcaggtgcaaatcagtatatgtacaacaatggtg 54472998  T
Q  633 agcatgtgcttaatattcctccaccagctcaaggtggtggttggactccaacacctccaaaaaagacacctccaaaaatgacaccttcaaaaaagacacc 732  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472999 agcatgtgcttaatattcctccaccagctcaaggtggtggttggactccaacacctccaaaaaaaacacctccaaaaatgacaccttcaaaaaagacacc 54473098  T
Q  733 tccgcaccaggttagtagcagtgagttgaccaactccagttactctggcccagtagatcctgtattgccaccaccacacccaacggttgcacttgggttc 832  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473099 tccgcaccaggttagtagcagtgagttgaccaactccagttactctggcccagtagatcctgtattgccaccaccacacccaacggttgcacttgggttc 54473198  T
Q  833 aaccagagctcattcagttatgaagagttatcaactgccaccggtgggttttcaaaacaaaacttgttgggtcaaggtgggtttggatatgtacataaag 932  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473199 aaccagagctcattcagttatgaagagttatcaactgccaccggtgggttttcaaaacaaaacttgttgggtcaaggtgggtttggatatgtacataaag 54473298  T
Q  933 gtattctccctaatggtaaggaaatagcggtaaagagccttaaatcaactggtggacaaggtgacagagaatttcaagctgaggttgatactatcagccg 1032  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54473299 gtattctccctaatggtaaggaaatagcggtgaagagccttaaatcaactggtggacaaggtgacagagaatttcaagctgaggttgatactataagccg 54473398  T
Q  1033 tgtacatcatcgctatcttgtctcgcttgttggctattgcatttctgaatctaaaaagcttcttgtttatgaatttgttcccaacaagacccttgattat 1132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54473399 tgtacatcatcgctatcttgtctcgcttgttggctattgcatttctgaatctaaaaagcttcttgtttatgaattcgttcccaacaagacccttgattat 54473498  T
Q  1133 caccttcatggtaagctatctttcaaactataattaatattacttgtttgttggatttaatttgacactcttgtatgtaatattaattttttgcaggaaa 1232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473499 caccttcatggtaagctatctttcaaactataattaatattacttgtttgttggatttaatttgacactcttgtatgtaatattaattttttgcaggaaa 54473598  T
Q  1233 gggtcgacctgtgatggattgggccacaaggcttaaaattgcggttggatc 1283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473599 gggtcgacctgtgatggattgggccacaaggcttaaaattgcggttggatc 54473649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 902 - 951
Target Start/End: Original strand, 32902708 - 32902757
Alignment:
Q  902 ggtcaaggtgggtttggatatgtacataaaggtattctccctaatggtaa 951  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  32902708 ggtcaaggtggatttggatatgtgcatagaggtattctccctaatggtaa 32902757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University