View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3863_high_2 (Length: 809)

Name: NF3863_high_2
Description: NF3863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3863_high_2
NF3863_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-794)||(31980397-31981177)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 794
Target Start/End: Original strand, 31980397 - 31981177
Alignment:
Q  12 agagaacgataacaagaaggaaaattgagaagagtacaataacgaagaaaagtgttctgcctttgatttctaggtctctatcatcaagctcagtgtagtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31980397 agagaacgataacaagaaggaaaattgagaagagtacaataacgaagaaaagtgttctgcctttgatttctaggtctctatcatcaagctcagtgtagtg 31980496  T
Q  112 ccagttcaatgatctggaattagggcttgacatgatgatgttgaaggtatgaaaaagaggtggttacttatgacggtggttaacggcggagcaaagctac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31980497 ccagttcaatgatctggaattagggcttgacatgatgatgttgaaggtatgaaaaagaggtggttacttatgacggtggttaacggcggagcaaagctac 31980596  T
Q  212 aacgatggtgtagcattagaattagaataaataaatagtgttatgaacttatgatacgagactacgttttt-cttgatgatattttaactgaaattgtga 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31980597 aacgatggtgtagcattagaattagaataaataaatagtgttatgaacttat---atgagactacgttttttcttgatgatattttaactgaaattgtga 31980693  T
Q  311 agtgggaactagaaacgaatggataacgttatttatagtaagtttggttcattgtgcactcgcaattttggcgcgtgggcaatactaatataacnnnnnn 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||          
T  31980694 agtgggaactagaaacgaatggataacgttatttatagtaagtttggttcattgtgcactcgcaattttggcgcgtgggtaatactaatataactttttt 31980793  T
Q  411 natgcataggactatatgagttttgaatatatcaaatttagaataaagtagagaaaataatttagtttagaagtgttataggagagtggtaaacatcaac 510  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31980794 tatgcataggactatatgagttttgaatatatcaaatttagaataaagtagagaaaataatttagtttagaagtgttataggagagtggtaaacatcaac 31980893  T
Q  511 ggtattgcatatgcagcgggttctccgacaagtccttttaccttggagacattatgggcaaagtggattggataggacaatatggggttcaatgtatgta 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31980894 ggtattgcatatgcagcgggttctccgacaagtccttttaccttggagacattatgggcaaagtggattggataggacaatatggggttcaatgtatgta 31980993  T
Q  611 tatttaatgggactcaaattgcttgttatgtggagttacaactccagacacttcgtactctctcactctgtttaaagaaaaataaagagagaagattttc 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31980994 tatttaatgggactcaaattgcttgttatgtggagttacaactccagacacttcgtactctctcactctgtttaaagaaaaataaagagagaagattttc 31981093  T
Q  711 atgctaaacccgtgctcattttataggtttctctttacaatgtatcaaaaacatataaaaagcataataactacacaatgtttt 794  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31981094 atgctaaatccgtgctcattttataggttgctctttacaatgtatcaaaaacatataaaaagcataataactacacaatgtttt 31981177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University