View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3867_low_2 (Length: 675)

Name: NF3867_low_2
Description: NF3867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3867_low_2
NF3867_low_2
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (15-656)||(34233010-34233651)
chr5 (40-656)||(34240808-34241424)
chr5 (40-620)||(42122748-42123328)
chr5 (16-642)||(42116975-42117604)
chr5 (16-620)||(42128143-42128746)
chr5 (118-653)||(41617978-41618513)
chr5 (118-653)||(41572339-41572874)
chr5 (40-405)||(41713800-41714165)
chr5 (445-656)||(41714170-41714381)
chr5 (54-263)||(41443970-41444179)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (40-612)||(8522379-8522951)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-620)||(11117405-11118015)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (28-642)||(25523264-25523881)
chr6 (16-282)||(24140436-24140702)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (16-642)||(11994618-11995248)
chr2 (16-642)||(12247682-12248311)
chr2 (485-599)||(32682381-32682495)
chr2 (345-569)||(9423281-9423506)
chr2 (16-182)||(32682134-32682306)
chr2 (426-461)||(32682349-32682384)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 656
Target Start/End: Original strand, 34233010 - 34233651
Alignment:
Q  15 caaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatatagga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233010 caaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatatagga 34233109  T
Q  115 gaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34233110 gaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatc 34233209  T
Q  215 tctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaat 314  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  34233210 tctcgtcaaatatgctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaat 34233309  T
Q  315 accgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaa 414  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233310 acctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaa 34233409  T
Q  415 cattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaa 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233410 cattctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaa 34233509  T
Q  515 taggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagt 614  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  34233510 taggccttggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacataagt 34233609  T
Q  615 gaggagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgcaaat 656  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34233610 gaggagaaacaatggtccaaccatgaatcagatggtgcaaat 34233651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 656
Target Start/End: Original strand, 34240808 - 34241424
Alignment:
Q  40 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 139  Q
    |||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34240808 aaaattccaacaatgtttgtaagtattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 34240907  T
Q  140 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 239  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34240908 acctttcacataacagactcactggtcctattcctcaatccatacaaaacttgacaaacttggaatcgttggatctctcgtcaaatatgctcactggtat 34241007  T
Q  240 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaataca 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  34241008 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcaattcaataca 34241107  T
Q  340 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaact 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241108 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaact 34241207  T
Q  440 tttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgttttt 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34241208 tttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatatgttttt 34241307  T
Q  540 aattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatg 639  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241308 aattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtccaaccatg 34241407  T
Q  640 aataagatggtgcaaat 656  Q
    ||| |||||||||||||    
T  34241408 aatcagatggtgcaaat 34241424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 40 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 42123328 - 42122748
Alignment:
Q  40 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 139  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||| | || || ||||||| ||||||||    
T  42123328 aaaattccaaaaaagtttgtaagtattgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctattggaaagctacatgcactcatagggctta 42123229  T
Q  140 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 239  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||   | ||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| | |    
T  42123228 acctttcccataacagactcaatggtcctattccccaatcaattggatacttgtcaaacttggaatggttggatctctcatcaaatatgctcactgatgt 42123129  T
Q  240 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaataca 339  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |  |||||||||||| ||| |||| ||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||    
T  42123128 gattcctgcagaactaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaataca 42123029  T
Q  340 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaact 439  Q
    |||||||||||||| ||| |||| || |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42123028 tttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagccaagaact 42122929  T
Q  440 tttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgttttt 539  Q
     ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42122928 cttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaatatgcattggatattatatgttttt 42122829  T
Q  540 aattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggag 620  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42122828 aattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtccgcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggag 42122748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 16 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 42117604 - 42116975
Alignment:
Q  16 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 115  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||  |  ||||||| ||||||||| |||| |||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||    
T  42117604 aaagggagcaaaatgacattggtgaaaattccaaacatttttgtaattattgatttgtcaaaaaacaaatttgagggagagattccaaatgctattggag 42117505  T
Q  116 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 215  Q
    | || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  |||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42117504 acctccatgcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcatattcccaaatccatgggaaacttgtcaaacttggaatcattggatct 42117405  T
Q  216 ctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaata 315  Q
    |||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||  ||  |||| |||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||  ||||    
T  42117404 ctcgtcaaatatgcttaccggtatgatccctgcagaattaaccaatttagactttcttcaagtcttgaatctttccaataaccatctagtgggaaaaata 42117305  T
Q  316 ccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaac 415  Q
    || || |    ||| ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||  |||||||| ||||| |    
T  42117304 cctcaagagccgcacttcgatacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatttccgttgtcaaagatttgtggacctgaacatc 42117205  T
Q  416 attctccaccttcagccaacaac---ttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttgg 512  Q
    ||||||||  |||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  42117204 attctccaatttcagccaacaacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattgg 42117105  T
Q  513 aataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaaga 612  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  42117104 aataggcattggatattttatgtttttaattggaaagcctagatggattgtgatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgaaaagaagaacaaga 42117005  T
Q  613 gtgaggagaaacaatggtccaaccatgaat 642  Q
     |||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  42117004 atgagaaggaaccatggtacaaccatgaat 42116975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 16 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 42128746 - 42128143
Alignment:
Q  16 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 115  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||||| | || |    
T  42128746 aaagggaacaaaaggacattggtgaaaattccaaatatctttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagatattccaaatgattttggtg 42128647  T
Q  116 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 215  Q
    | ||||| ||||| | ||| || |||||||| ||||||| ||| | ||| ||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  42128646 agcttcatgcactaataggactcaacctttcccataacaaactcattggccctattccaaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggttggatct 42128547  T
Q  216 ctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaata 315  Q
    ||| |||||| | ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||     |||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||| ||||    
T  42128546 ctcatcaaatgtgctcactgatgtgattcctgcagaattaagcaatttgggttttcttgaagtcttagatctttcaaataaccatctagtgggagaaata 42128447  T
Q  316 ccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaac 415  Q
    || || |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||      
T  42128446 cctcaaggaccgcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagaattgtggacctgaaca-- 42128349  T
Q  416 attctccacct-tcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaa 514  Q
    ||||  ||  | |  | |||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  42128348 attccacaattctttgacaacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaa 42128249  T
Q  515 taggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagt 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  42128248 taggcattggatattatatgtttttaattgaaaagtctagatggcttgttatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagt 42128149  T
Q  615 gaggag 620  Q
    ||||||    
T  42128148 gaggag 42128143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 118 - 653
Target Start/End: Original strand, 41617978 - 41618513
Alignment:
Q  118 cttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctct 217  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  41617978 cttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatcttt 41618077  T
Q  218 cgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaatacc 317  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||| |||| ||||| || ||| ||| ||| |||||||  |||| | ||| ||||||| ||||||    
T  41618078 cgtcaaatatactcactggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagtattgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacc 41618177  T
Q  318 gcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacat 417  Q
     || ||||| || |||||||||||| | ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  41618178 tcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacat 41618277  T
Q  418 tctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaatag 517  Q
    ||||| | | || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||  |||||||||    
T  41618278 tctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaatag 41618377  T
Q  518 gcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgag 617  Q
    || |||||| || | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||  ||||||||  ||||| |||||||||||    
T  41618378 gccttggatgttttgtgttgttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagtgacaaggagcacaagagtgag 41618477  T
Q  618 gagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgca 653  Q
    |||||   ||||  ||||||||||| |||| |||||    
T  41618478 gagaactcatggctcaaccatgaattagatagtgca 41618513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 118 - 653
Target Start/End: Original strand, 41572339 - 41572874
Alignment:
Q  118 cttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctct 217  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  41572339 cttcactcactcaaagggcttaacctttcccataacagactcaccggtcctattcctcaatccgtaggaaacttgtcaaacatggaatcattggatcttt 41572438  T
Q  218 cgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaatacc 317  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||| |||| ||||| || ||| ||| ||| |||||||  |||| | ||| ||||||| ||||||    
T  41572439 cgtcaaatatactcactggtgtaattccttcagaattaatcaatctgaacggtattggagtattgaatctttctcataaccatctagtgggagaaatacc 41572538  T
Q  318 gcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacat 417  Q
     || ||||| || |||||||||||| | ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  41572539 tcaaggaaaacagttcaatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacat 41572638  T
Q  418 tctccaccttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaatag 517  Q
    ||||| | | || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||  |||||||||    
T  41572639 tctccgcttccacccaacaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaatag 41572738  T
Q  518 gcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgag 617  Q
    || |||||| || | |||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||  |||||| |  ||||| | |||||||||    
T  41572739 gccttggatgttttgtgttgttaaccggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagttacaaggaggataagagtgag 41572838  T
Q  618 gagaaacaatggtccaaccatgaataagatggtgca 653  Q
    |||||   ||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  41572839 gagaattcatggctcaaccatgaattagatggtgca 41572874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 40 - 405
Target Start/End: Original strand, 41713800 - 41714165
Alignment:
Q  40 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 139  Q
    |||||||||| || ||||| || ||||||||| |||||||| || ||| |||| |  |||||| ||| ||| ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  41713800 aaaattccaaaaatctttgcaagtattgatttttcaagaaataaatttgatggggagattccagatgttattggagagcttcatgatctcaaagggctta 41713899  T
Q  140 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 239  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      
T  41713900 acctttcatataacaaactcactggtcacattccccaatccatgggaaacttgataaacttggaatcattggatctctcgtcaaatatgctcactggtcg 41713999  T
Q  240 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaataca 339  Q
    |||||||| | | |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||    
T  41714000 gattcctgtaaagttaaccaatttggactttcttgaagtcttggatctttctaataaccatcttgtgggagaaatacctcaaggaaagcagttcaataca 41714099  T
Q  340 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtgga 405  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  41714100 tttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtccaagaattgtgga 41714165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 445 - 656
Target Start/End: Original strand, 41714170 - 41714381
Alignment:
Q  445 agtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattg 544  Q
    |||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  41714170 agtgcagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtattacatgtttttgatcg 41714269  T
Q  545 gaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaacaatggtccaaccatgaataa 644  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||      
T  41714270 gaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaatagtgacagggagaacaagaatgaggaggaccaatggttcaaccatgaatcg 41714369  T
Q  645 gatggtgcaaat 656  Q
     |||||||||||    
T  41714370 aatggtgcaaat 41714381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 54 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 41444179 - 41443970
Alignment:
Q  54 ctttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataac 153  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| || || ||||| ||| ||| ||| || |||||||| || ||     
T  41444179 ctttgtaagtattgatttttcaggaaacaaatttgaaggagacattccaaatgttattggtgagcttcatgcaatcataggactcaacctttcccacaat 41444080  T
Q  154 agactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaat 253  Q
    | ||| |||||| | |||||||||||| |   ||| |||| |||| | |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| |    
T  41444079 aaacttactggtgcgattcctcaatcctttggaaatttgataaacatcgaatcaatggatctctcctcaaatatgctcactggtaggattcctacagagt 41443980  T
Q  254 taaccaattt 263  Q
    ||||||||||    
T  41443979 taaccaattt 41443970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 40 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 8522951 - 8522379
Alignment:
Q  40 aaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcactcaaagggctta 139  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | || |  ||||||||   ||| || || ||||| ||| ||| ||||||||    
T  8522951 aaaattccaaacaactttgtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggcgagattccaaagattattggtgagcttcatgcaatcatagggctta 8522852  T
Q  140 acctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatattctcactggtat 239  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||  | || | | |    
T  8522851 acctttcccataacagacttacaggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctttggatctttcctcaaatatgttaaccgatgt 8522752  T
Q  240 gattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaagcaattcaataca 339  Q
    |||||||   |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  8522751 gattcctttggaattaaccaatcttaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagaaatacctcagggaaagcaattcaataca 8522652  T
Q  340 tttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaact 439  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8522651 tttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaact 8522552  T
Q  440 tttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgttttt 539  Q
    |||| ||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522551 tttgcagtgaagagaagtttgaatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattatatgttttt 8522452  T
Q  540 aattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaaga 612  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||    
T  8522451 aattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaaga 8522379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 16 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 11118015 - 11117405
Alignment:
Q  16 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 115  Q
    ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  ||| |||||| ||| ||||    
T  11118015 aaagggaacaaaatgacactggtgaaaattccaataaagttagtaagtattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattacaaatgctattggag 11117916  T
Q  116 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 215  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||  ||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  11117915 agcttcatgcactcaaagggcttaatctttcccgtaacagacttactggtcatattcccaactccataggaaacttggcatacttggaatctttggatct 11117816  T
Q  216 ctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaata 315  Q
     || ||||||||  | ||  || ||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||| ||| |||| ||||| | ||| ||||||| ||||    
T  11117815 ttcatcaaatatgttaaccagtgtgattcctgcagaattaaccaatttgggctttcttgaagtcttagatatttcaaataaccatctagtgggagaaata 11117716  T
Q  316 ccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaac 415  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11117715 cctcaaggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaacaac 11117616  T
Q  416 attctccaccttcagccaacaa------cttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||      || ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  11117615 attctccaccttcagccaacaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatgcatgtggatttgtgat 11117516  T
Q  510 tggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaaca 609  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||    
T  11117515 tggaataagcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaaca 11117416  T
Q  610 agagtgaggag 620  Q
    |||||||||||    
T  11117415 agagtgaggag 11117405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 28 - 642
Target Start/End: Original strand, 25523264 - 25523881
Alignment:
Q  28 atgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggagaacttcacgcac 127  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||    
T  25523264 atgaaattggtgaaaattccaataaagtttgtatctattgatttttcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctattggagagcttcatgcac 25523363  T
Q  128 tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatctctcgtcaaatat 227  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||| ||||||  ||||||||  |||||||||| ||||||||||  ||||||| ||    |||||    
T  25523364 tcaaagggcttaacctttcccacaacagacttaccggtcatattcccaaatccataggaaacttgacatacttggaatctctggatctttccctgaatat 25523463  T
Q  228 tctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaataccgcagggaaag 327  Q
      | || ||| |||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||| || ||||||||||||| | | | ||||||| ||||||    ||||||    
T  25523464 gttaaccggtgtgattcctgcggaattaaccaatttaaactttcttgaagtcatgaatctttccaataaccatttggtgggagaaatacctagaggaaag 25523563  T
Q  328 caattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccacctt 427  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  25523564 caattcaacacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagagatgtggacttgaacaacattctccacctt 25523663  T
Q  428 cagccaacaa---cttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattgg 524  Q
    || |||||||   |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25523664 cacccaacaaaaacttttggagtgaagagaaatttggatttggatggataccggtggtaattggatatggatgtggatttctgattggaataggcattgg 25523763  T
Q  525 atattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaagagtgaggagaaac 624  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |  || |||||| ||||||| ||     
T  25523764 atattgtatgtttttagttggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggcggtcagcctaagagaaaggtgaaaaaaaggacaagaatgaggaggaat 25523863  T
Q  625 aatggtccaaccatgaat 642  Q
     ||||| || ||||||||    
T  25523864 catggtacagccatgaat 25523881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 24140702 - 24140436
Alignment:
Q  16 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 115  Q
    ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| ||||    
T  24140702 aaagggaccaaaatgacactggtgaaaattccaaaaaagtttgtaagtatcgatatgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgctatcggag 24140603  T
Q  116 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 215  Q
    | ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||   ||| |||||| |||||||||| ||| ||||    
T  24140602 agcttcatgcactcaaagggattaacctttcccataacagacttactggtcatattccccaatccatcggaaagttgacatacttggaatctttgaatct 24140503  T
Q  216 ctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttg 282  Q
     || ||||||||  | || ||  |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24140502 ttcatcaaatatgttaaccggcgtgattccttcggaattaaccaatatgaacagtcttgaagtcttg 24140436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 642
Target Start/End: Original strand, 11994618 - 11995248
Alignment:
Q  16 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 115  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||  | ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| |  |    
T  11994618 aaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgttattgatg 11994717  T
Q  116 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 215  Q
    | ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||    
T  11994718 agcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatct 11994817  T
Q  216 ctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaata 315  Q
    ||| |||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||  |  ||||| ||| || ||  |||||||||| | ||| ||||||| ||||    
T  11994818 ctcatcaaatatgctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttttagacttttccaataaccatctagtgggagaaata 11994917  T
Q  316 ccgcagggaaagcaattca-atacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaa 414  Q
    || |  ||||| || |||  | |||||| |||||||||| |||  ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  11994918 cctcgaggaaaacagttccgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtgaatttcccttgtcaaagaagtgcggacctgaacaa 11995017  T
Q  415 cattctccaccttcagccaacaac---ttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttg 511  Q
    | ||||||||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  11995018 cgttctccaccttcacccaacaacagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattg 11995117  T
Q  512 gaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaag 611  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  11995118 gaataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaag 11995217  T
Q  612 agtgaggagaaacaatggtccaaccatgaat 642  Q
    |||||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  11995218 agtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaat 11995248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 12248311 - 12247682
Alignment:
Q  16 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 115  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||  | ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||  |||||||||| ||| |  |    
T  12248311 aaagggaacaaaatgacatgggttaaaattccaaacatcttagtaattattgatttgtcaagaaacaaatttgaaggagagattccaaatgttattgatg 12248212  T
Q  116 aacttcacgcactcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccatactaaacttgacaaacttggaatcattggatct 215  Q
    | ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||    
T  12248211 agcttcaagcacttatagggcttaacctttcccataacagactcattggtcctattcccaaatccatgggaaacttgacaaacttggaatggctggatct 12248112  T
Q  216 ctcgtcaaatattctcactggtatgattcctgcagaattaaccaatttgaacagtcttgaagtcttggatctttccaataatcgtcttgtgggagtaata 315  Q
    ||| |||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||  |  ||||| ||| || ||  |||||||||| | ||| ||||||| ||||    
T  12248111 ctcatcaaatatgctcactgatgtgattccagcaaaattaaccaatttgggctttcttgcagttttagacttttccaataaccatctagtgggagaaata 12248012  T
Q  316 ccgcagggaaagcaattcaatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaac 415  Q
    || |  ||||| || ||| | |||||| |||||||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||     
T  12248011 cctcgaggaaaacagttcgagacattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtggatttcccttgtcaaagaagtgtggacctgaacaat 12247912  T
Q  416 attctccaccttca---gccaacaacttttggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttgg 512  Q
    |||||| |||||||     ||||| ||||||||| || | ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  12247911 attctcaaccttcacttaacaacagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaaccggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattgg 12247812  T
Q  513 aataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacaaga 612  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  12247811 aataggcctcggatattgtatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaaga 12247712  T
Q  613 gtgaggagaaacaatggtccaaccatgaat 642  Q
    ||||| || ||| ||||| |||||||||||    
T  12247711 gtgagtaggaaccatggtgcaaccatgaat 12247682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 485 - 599
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682495
Alignment:
Q  485 ttggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcc 584  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatactttatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgataattggtggtcatcc 32682480  T
Q  585 taagagaagagtgaa 599  Q
    |||||||||||||||    
T  32682481 taagagaagagtgaa 32682495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 345 - 569
Target Start/End: Original strand, 9423281 - 9423506
Alignment:
Q  345 aaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagccaacaactt---t 441  Q
    |||||||| |||| |||| |||| |||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||||  ||| | ||||| || ||||| ||||||| ||   |    
T  9423281 aaatgatttttatgaaggaaactgggggttatg--gatttcccttgtaaatgaaatgtggacctaaacgaaattctacaacttcacccaacaaattatat 9423378  T
Q  442 tggagtgaagagaaatttggctttagatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggcattggatattatatgtttttaa 541  Q
    || | ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||| |||| |||||| || |||| | ||||    
T  9423379 tgcaatgaagagaaatttggatttggatggaaatcagtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggatgttgtatgctgttaa 9423478  T
Q  542 ttggaaagcctagatggtttgtgatgat 569  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||    
T  9423479 ttggaaagcctagatggcctgtgatgat 9423506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 182
Target Start/End: Original strand, 32682134 - 32682306
Alignment:
Q  16 aaagggatcaatatgacattggtaaaaattccaataaactttgtaactattgatttctcaagaaacaagtttaatggaggaattccaaatgatataggag 115  Q
    ||||||| ||| |||||| | || |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||| | ||||  |||||||||| ||| || |    
T  32682134 aaagggagcaaaatgacactagtgaaaattccaagaaactttgtaagtattgatttgtcaagaaacagatttgaaggagagattccaaatgctattgggg 32682233  T
Q  116 aacttcacgcac------tcaaagggcttaacctttcacataacagactaactggtcctattcctcaatccat 182  Q
    | ||||| ||||      ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || | || |||||| ||||||||    
T  32682234 agcttcatgcactcagaatcagagggcttaacctttcccataacagactcaccgatcatattccccaatccat 32682306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 461
Target Start/End: Original strand, 32682349 - 32682384
Alignment:
Q  426 ttcagccaacaacttttggagtgaagagaaatttgg 461  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32682349 ttcagccaacaactttcggagtgaagagaaatttgg 32682384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University