View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3879_low_1 (Length: 624)

Name: NF3879_low_1
Description: NF3879
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3879_low_1
NF3879_low_1
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (17-602)||(24640545-24641130)
chr3 (18-602)||(24691746-24692341)
chr3 (23-579)||(24675654-24676203)
chr3 (24-317)||(24686385-24686669)
chr3 (154-317)||(24677803-24677966)
chr3 (17-354)||(24713928-24714257)
chr3 (154-317)||(24719233-24719397)
chr3 (445-508)||(24686868-24686931)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 578; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 602
Target Start/End: Original strand, 24640545 - 24641130
Alignment:
Q  17 caaaatatacatgaaaactgaccagataagtcaatgagaagcaggtgaaaggaatgatttagtactaaatttgtaggtttcagacaaatctattctctta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24640545 caaaatatacatgaaaactgaccagataagtcaatgagaagcaggtgaaaggaatgatttagtactaaatttgtaggtttcagacaaatctattctctta 24640644  T
Q  117 aattaccgaaattaaaaaatgatattagccttaaggtaattgaaattcctcggcactgtaaggccttttggatcagtcaatctaatcattaatatctaat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24640645 aattaccgaaattaaaaaatgatattagccttaaggtaattgaaattcctcggcactgtaaggccttttggatcagtcaatctaatcattaatatctaat 24640744  T
Q  217 atggtcgagaatttttaatttcagggatatatcaaaattttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatttcgtgaaatccatattggttt 316  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24640745 atggttgagaatttttaatttcagggatatatcaaaattttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatttcgtgaaatccatattggttt 24640844  T
Q  317 tacgaggtgcaaggactttgatgacatattagtctaatagcatgggaaatccacacatgttaagtaaaagtgatgtgttttttaattgaacactaatgac 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24640845 tacgaggtgcaaggactttgatgacatattagtctaatagcatgggaaatccacacatgttaagtaaaagtgatgtgttttttaattgaacactaatgac 24640944  T
Q  417 gctactgttcttacatagttaaggggtatatatatggatcaattcatcatatcatagagttcacccacaagattaaaagtaggtacagtggttatggtct 516  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24640945 gctactgttcttgcatagttaaggggtatatatatggatcaattcatcatatcatagagttcacccacaagattaaaagtaggtacagtggttatggtct 24641044  T
Q  517 tcactgtattttttatttgtggcattgaatttaatcagattccatttaatactaaagaaggatttgttcgctatgtatcatctgtg 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24641045 tcactgtattttttatttgtggcattgaatttaatcagattccatttaatactaaagaaggatttgttcgctatgtatcatctgtg 24641130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 602
Target Start/End: Original strand, 24691746 - 24692341
Alignment:
Q  18 aaaatatacatgaaaactgaccagataagtcaatgagaagcaggtgaaaggaatgatttagtactaaatttgtaggtttcagacaaatctattctcttaa 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24691746 aaaatatacatgaaaaatgaccagatatgtgaatgagaagcaagaaaaaggaatgatctagtactaaaattgtaggtttcagacaaatctagtctcttaa 24691845  T
Q  118 attaccgaaattaaaaaatgatattagccttaaggtaa---------------------ttgaaattcctcggcactgtaaggcctttt-ggatcagtca 195  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||                     |||||| || ||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24691846 attaccgaaattaaaaaatgaaattagtcttaaggtaaatgaaaatctagtcctggtaattgaaaatcatcgacactgtaaggcctttttggatcggtca 24691945  T
Q  196 atctaatcattaatatctaatatggtcgagaatttttaatttcagggatatatcaaaattttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatt 295  Q
    ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||         ||||||||||    
T  24691946 atctagtcatcgatatctaatatggtcgagaatttttaatttcagggatatattaaaattttgtcaattgcaggacaaatc---------ccttgccatt 24692036  T
Q  296 tcgtgaaatccatattggttttacgaggtgcaaggactttgatgacatattagtctaatagcatgggaaatccacacatgttaagtaaaagtgatgtgtt 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24692037 tcgtgaaatccatattggttttacgaggtgcatggactttgatgacatattagtctaatagcatgggaaatccacacatgttaagtaaaagtgatgtgtt 24692136  T
Q  396 ttttaattgaacactaatgacgctactgttcttacatagttaaggggtatatatatggatcaattcatcatatcatagagttcacccacaagattaaaag 495  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  24692137 ttttaattgaacactaacgacgctactgttcttgcataggtaaggggtatatatatggatcaattcatcgtatcatagagttcgcccacaagatt--aag 24692234  T
Q  496 taggtacagtggttatggtcttcactgtattttttatttgtggcattgaatttaatcagattccatttaatactaaagaaggatttgttcgctatgtatc 595  Q
    || | | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  24692235 taagcatagtggttatggtcttcactggatttttaatttgtggcattgaacttaatcagattccatttaattctaaagaaggatttgttcgctatgaatc 24692334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 23 - 579
Target Start/End: Original strand, 24675654 - 24676203
Alignment:
Q  23 atacatgaaaactgaccagataagtcaatgagaagcaggtgaaaggaatgatttagtactaaatttgtaggtttcagacaaatctattctcttaaattac 122  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24675654 atacatgaaaaatgaccagataagtgaatgagaagcaggtaaaaggaatgatttagtcctaaaattgtaggtttcagacaaatctagtctcttaaattac 24675753  T
Q  123 cgaaattaaaaaatgatattagccttaaggtaattgaaattcctcggcactgtaaggccttttggatcagtcaatctaatcattaatatctaatatggtc 222  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || | |   | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  24675754 cgaaattcaaaaatgagattagccttaaggtaattgaaaatcattgatgccgtaaggccttttggatctgtcaatctagtcattgatatctaatatgatc 24675853  T
Q  223 gagaatttttaatttcagggatatatcaaaattttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatttcgtgaaatccatattgg-ttttacga 321  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||||    
T  24675854 gagcattttttatttcagggatatgtcgaaattttgttagttgcaggacaaatcttccttatcccttgccaatttgtgaaattcatattggtttttacga 24675953  T
Q  322 ggtgcaaggactttgatgacatattagtctaatagcatgggaaatccacacatgttaagtaaaagtgatgtgttttttaattgaacactaatgacgctac 421  Q
    |||||| ||||||  |||| ||| || |||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  24675954 ggtgcatggacttcaatgaaataatattctaatagcacggcaagtccacacatgttaagtaaaagggatgtgttttttaattgaacactaatgatactag 24676053  T
Q  422 tgttcttacatagttaaggggtatatatatggatcaattcatcatatcatagagttcacccacaagattaaaagtaggtacagtggttatggtcttcact 521  Q
    ||||| | |||||    ||    |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||    
T  24676054 tgttcgtgcatag----gg----tatatatggatcaaatcatcatattatagggttcgtccacaggattaaaagtaggcatagtggtcatggtcttcgct 24676145  T
Q  522 gtattttttatttgtggcattgaatttaatcagattccatttaatactaaagaaggat 579  Q
    | ||||||||||||||||||| || || | |||| |||||||| | ||||||||||||    
T  24676146 ggattttttatttgtggcattaaactttagcagagtccatttagttctaaagaaggat 24676203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 317
Target Start/End: Original strand, 24686385 - 24686669
Alignment:
Q  24 tacatgaaaactgaccagataagtcaatgagaagcaggtgaaaggaatgatttagtactaaatttgtaggtttcagacaaatctattctcttaaattacc 123  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24686385 tacatgaaaaatgaccagataagtgaatgagaagcaggtaaaagga-taatttagtcctaaatttgtaggtttcagacaaatctaatctcttaaattacc 24686483  T
Q  124 gaaattaaaaaatgatattagccttaaggtaattgaaattcctcggcactgtaaggccttttggatcagtcaatctaatcattaatatctaatatggtcg 223  Q
    |||| |||||||||| |         | ||||||| || || ||  ||   || |||||||||||||  |||||||| ||| | |||||||||||| |||    
T  24686484 gaaactaaaaaatgaca--------gaagtaattggaaatcatcaacagcatatggccttttggatcgatcaatctagtcactgatatctaatatgatcg 24686575  T
Q  224 agaatttttaatttcagggatatatcaaaattttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatttcgtgaaatccatattggtttt 317  Q
    |||||||| |||| || ||||||||  ||||||||||| |||||||||||| || |  ||||||||  ||||| ||||||||  ||||||||||    
T  24686576 agaattttcaattccaaggatatattgaaattttgttagttgcaggacaaaactccgcaatcccttctcattttgtgaaatcagtattggtttt 24686669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 154 - 317
Target Start/End: Original strand, 24677803 - 24677966
Alignment:
Q  154 aattgaaattcctcggcactgtaaggccttttggatcagtcaatctaatcattaatatctaatatggtcgagaatttttaatttcagggatatatcaaaa 253  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||| ||| |||   ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24677803 aattgaaattcctcgacactataaggccttttggatcgatcaacctagtcaccgatatctaatatgaccgagaattttgaatttcagggatatatcaaaa 24677902  T
Q  254 ttttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatttcgtgaaatccatattggtttt 317  Q
    ||||||||  || |||| ||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  24677903 ttttgttagctggaggataaaacttcccaatcccttgccattttttgaaatccgtattggtttt 24677966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 354
Target Start/End: Original strand, 24713928 - 24714257
Alignment:
Q  17 caaaatatacatgaaaactgaccagataagtcaatgagaagcaggtgaaaggaatgatttagtactaaatttgtaggtttcagacaaatctattctctta 116  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| |    
T  24713928 caaaaaatacatgaaaagtgaccagataagtgaatgagaagctggtaaaagaaatgatttagccctaaaattgcaggtttcagacaaatctagtctctga 24714027  T
Q  117 aattaccgaaattaaaaaatgatattagccttaaggtaattgaaattcctcggcactgtaaggccttttggatcagtcaatctaatcattaatatctaat 216  Q
    | ||||  ||| | ||||||||         ||| | |||||||| || ||  |||  ||||||||||||||||   ||||||| ||| | |||||||||    
T  24714028 acttactaaaactcaaaaatga--------ctaaagaaattgaaaatcatcaacaccataaggccttttggatccaccaatctagtcactgatatctaat 24714119  T
Q  217 atggtcgagaatttttaatttcagggatatatcaaaattttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatttcgtgaaatccatattgg-tt 315  Q
    ||| | ||||||||| ||| ||||| ||||||| | || ||| || |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||  |||||||| |||||| ||    
T  24714120 atgattgagaattttcaatatcaggtatatatcgacatgttgatagttgcagaacaaa-cttcctaattccttgtcattttatgaaatccttattggttt 24714218  T
Q  316 ttacgaggtgcaaggactttgatgacatattagtctaat 354  Q
    |||| |||| || |||| |||||  ||||||||||||||    
T  24714219 ttacaaggtacatggacattgatcgcatattagtctaat 24714257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 154 - 317
Target Start/End: Original strand, 24719233 - 24719397
Alignment:
Q  154 aattgaaattcctcggcactgtaaggccttttgg-atcagtcaatctaatcattaatatctaatatggtcgagaatttttaatttcagggatatatcaaa 252  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||||   |||  |||| ||| ||| | ||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24719233 aattgaaattccttgacaccgtaaggcctttttttatcgatcaagctagtcactgatatcaaatatgaccgagaattttgaatttcagggatatatcaaa 24719332  T
Q  253 attttgttaattgcaggacaaatcttcctaatcccttgccatttcgtgaaatccatattggtttt 317  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  24719333 attttcttagttgcaggacaaaacttcctaatcccttgccattttgtgaaatccgtattggtttt 24719397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 445 - 508
Target Start/End: Original strand, 24686868 - 24686931
Alignment:
Q  445 tatatatggatcaattcatcatatcatagagttcacccacaagattaaaagtaggtacagtggt 508  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||   ||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  24686868 tatatatggatcaattcatcatattatagggtttgtccaaaagattaaaagtaggcatagtggt 24686931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University