View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3879_low_13 (Length: 478)
Name: NF3879_low_13
Description: NF3879
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3879_low_13 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 459
Target Start/End: Original strand, 30712786 - 30713238
Alignment:
| Q |
2 |
aatgaatcgatcatgaaagtggaatgcccgaaatagggaaaagccaaatcaaatgtggggcgcaatgtacacccatcaacacacactgacacacataaca |
101 |
Q |
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| T |
30712786 |
aatgtatcgatcatgaaagtggaatgcccgaaatagggaaaagccaaatcaaatgtggggcgcaatatacacccatcaacacacaccgacacacatacca |
30712885 |
T |
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| Q |
102 |
tccacaagaatagcttaaaacgatattcatcgcaggatttcgtaggcaacgatgtttggctagtagaaatacaagctccgcctataaatattcattgtaa |
201 |
Q |
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| T |
30712886 |
tccacaagaatagcttaaaacgatattcatcgcaagatttcgtaggcaacgatgtttggctagtag-aatacaagctctgcctataaatattcattgtaa |
30712984 |
T |
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| Q |
202 |
acatcattttacacatatacaatcaaatcgataatttttctctcaatttannnnnnnctttatgctttacaaatcgatagatatagtttcttccttaatt |
301 |
Q |
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| T |
30712985 |
acatcatttttcacatacacaatcaaatcaataatttttctctcaatttatttttttctttatgctttacaaatcgatagatatagtttcttcc----tt |
30713080 |
T |
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| Q |
302 |
agcgtaattgtttgaagataaatgaatcatagatgagagttattagttgaatcatcgactaacttttaagtttgataatagagtaaattatgaattttgt |
401 |
Q |
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| T |
30713081 |
agcgttattgtttgaagaaaaatgaatcatagatgagagttattagttgaatcatcgactaacttttaagtttgataatagagtaaattattaattttgt |
30713180 |
T |
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| Q |
402 |
tcttggaattataatcgttgatcatttttgtttctgaaatttgcgagataacaaaagc |
459 |
Q |
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| T |
30713181 |
tcttgaaattataatcgttgatcatttttgtttctgaaatttgcgagataacaaaagc |
30713238 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 459
Target Start/End: Original strand, 30720563 - 30721015
Alignment:
| Q |
2 |
aatgaatcgatcatgaaagtggaatgcccgaaatagggaaaagccaaatcaaatgtggggcgcaatgtacacccatcaacacacactgacacacataaca |
101 |
Q |
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| T |
30720563 |
aatgtatcgatcatgaaagtggaatgcccgaaatagggaaaagccaaatcaaatgtggggcgcaatatacacccatcaacacacaccgacacacatacca |
30720662 |
T |
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| Q |
102 |
tccacaagaatagcttaaaacgatattcatcgcaggatttcgtaggcaacgatgtttggctagtagaaatacaagctccgcctataaatattcattgtaa |
201 |
Q |
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| T |
30720663 |
tccacaagaatagcttaaaacgatattcatcgcaagatttcgtaggcaacgatgtttggctagtag-aatacaagctctgcctataaatattcattgtaa |
30720761 |
T |
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| Q |
202 |
acatcattttacacatatacaatcaaatcgataatttttctctcaatttannnnnnnctttatgctttacaaatcgatagatatagtttcttccttaatt |
301 |
Q |
| |
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| T |
30720762 |
acatcatttttcacatacacaatcaaatcaataatttttctctcaatttatttttttctttatgctttacaaatcgatagatatagtttcttcc----tt |
30720857 |
T |
|
| Q |
302 |
agcgtaattgtttgaagataaatgaatcatagatgagagttattagttgaatcatcgactaacttttaagtttgataatagagtaaattatgaattttgt |
401 |
Q |
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| T |
30720858 |
agcgttattgtttgaagaaaaatgaatcatagatgagagttattagttgaatcatcgactaacttttaagtttgataatagagtaaattattaattttgt |
30720957 |
T |
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| Q |
402 |
tcttggaattataatcgttgatcatttttgtttctgaaatttgcgagataacaaaagc |
459 |
Q |
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| T |
30720958 |
tcttgaaattataatcgttgatcatttttgtttctgaaatttgcgagataacaaaagc |
30721015 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Original strand, 30730061 - 30730501
Alignment:
| Q |
10 |
gatcatgaaagtggaatgcccgaaatagggaaaagccaaatcaaatgtggggcgcaatgtacacccatcaacacacactgacacacataacatccacaag |
109 |
Q |
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| T |
30730061 |
gatcatgaaagttgaatgcccaacacatgagaaagccaaattaaatgtgtggcgtcacgtacatccatcaacagacaccgacacacataccatctgtaag |
30730160 |
T |
|
| Q |
110 |
aatagcttaaaacgatattcatcgcaggatttcgtaggcaacgatgtttggctagtagaaatacaagctccgcctataaatattcattgtaaacatcatt |
209 |
Q |
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| T |
30730161 |
aatagcttaaaacgacattcatggcaagattttgtc----acgatgtttggccagtagaa-tacaagctt------taagtatccattgtaaacatcact |
30730249 |
T |
|
| Q |
210 |
ttacacatatacaatcaa----atcgataatttttctctcaatttannnnnnnctttatgctttacaaatcgatagatatagtttcttccttaattagcg |
305 |
Q |
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| T |
30730250 |
ttacacatacacaatcaatcaaattgataatttttctctcaatttatttttatatttatgctttacaaatcgatggatatagtttctttctta----gcg |
30730345 |
T |
|
| Q |
306 |
taattgtttgaagataaa--tgaatcatagatgagagttattagttgaatcatcgactaacttttaagtttgataatagagtaaattatgaattttgttc |
403 |
Q |
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| T |
30730346 |
taatcgtttgaagaaaaaaatgaatcatacatgagagttattagttgaatcatcgaatgacttttaagtttgacaatagagtaaattatgaattttgttc |
30730445 |
T |
|
| Q |
404 |
ttggaattataatcgttgatcatttttgtttctgaaatttgcgagataacaaaagc |
459 |
Q |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
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| T |
30730446 |
ttggaattataatggttgatcatttttgtttctaaaatttgcgagataacaaaagc |
30730501 |
T |
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