View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3880_high_5 (Length: 351)

Name: NF3880_high_5
Description: NF3880
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3880_high_5
NF3880_high_5
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (16-351)||(37823912-37824247)
chr5 (16-351)||(37696738-37697073)
chr5 (16-320)||(37711672-37711976)
chr5 (16-320)||(37400686-37400990)
chr5 (16-320)||(37594372-37594676)
chr5 (16-324)||(37639916-37640224)
chr5 (16-351)||(37533117-37533452)
chr5 (16-320)||(37392700-37393004)
chr5 (16-320)||(37702716-37703020)
chr5 (16-320)||(37435755-37436059)
chr5 (19-343)||(37413067-37413391)
chr5 (56-324)||(37382183-37382451)
chr5 (59-343)||(37428757-37429041)
chr5 (16-75)||(37400620-37400679)
chr5 (16-75)||(37697080-37697139)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-320)||(16842684-16842988)
chr4 (56-324)||(24217588-24217856)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-271)||(14553207-14553462)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 37824247 - 37823912
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824247 gttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacgaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 37824148  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  |  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||| |||||||||||    
T  37824147 cttaccgagttaattttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaaattccctcgttctttcacaca 37824048  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37824047 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttttttcattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaa 37823948  T
Q  316 attcctagcgcaactaccaaatctgcaatcattaga 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823947 attcctagcgcaactaccaaatctgcaatcattaga 37823912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 37697073 - 37696738
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37697073 gttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttgcatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaac 37696974  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  |  | |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  37696973 cttaccgagttatatttgtcatcaaccaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactatggcatctcgttctttcacaca 37696874  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||| | ||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  37696873 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagaattatctaatgctaatattaatagttttcctaa 37696774  T
Q  316 attcctagcgcaactaccaaatctgcaatcattaga 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37696773 attcctagcgcaactaccaaatctgcaatcgttaga 37696738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 37711976 - 37711672
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711976 gttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 37711877  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37711876 cttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgttctttcacaca 37711777  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||  ||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37711776 atacttttctttctatcaacattgatagcagtattgactccatcatacccaaccttttttcattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaa 37711677  T
Q  316 attcc 320  Q
    |||||    
T  37711676 attcc 37711672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 37400686 - 37400990
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37400686 gttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttgcttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaat 37400785  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |    
T  37400786 cttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatctttcccata 37400885  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37400886 atagttttctttctatcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaacctttttttattagatttatcctctgctaatattaatagttttcctaa 37400985  T
Q  316 attcc 320  Q
    |||||    
T  37400986 attcc 37400990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 37594676 - 37594372
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594676 gttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacagcctacatggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 37594577  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  37594576 ctatcttacttaactttgtcatcaaccaacttgagtggtgttgtcgattttcaccaattttcaaaattaaacaaactagaatatctccatctttcacaca 37594477  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||  ||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  37594476 atagttttctttctatcaactttgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagttttatcttattctaatattaatagttttcctaa 37594377  T
Q  316 attcc 320  Q
    |||||    
T  37594376 attcc 37594372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 37640224 - 37639916
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640224 gttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttgtatctctttaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 37640125  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  || |||||||| || |    
T  37640124 cttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaagttcccttgatctttcccata 37640025  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  37640024 atagttttctttctatcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgaatcattatatttatcttctgctaatattaaaagttttcccaa 37639925  T
Q  316 attcctagc 324  Q
    |||||||||    
T  37639924 attcctagc 37639916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 16 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 37533452 - 37533117
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533452 gttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 37533353  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  |  |||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  || |||||||| || |    
T  37533352 cttaccgacttatatttgtcatccacaaacttaagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaggttcccttgatctttcccata 37533253  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||| ||||||| ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||  | | ||| | ||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  37533252 atagttttctttctatcaacattaatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttagaattatctaatgctaatattaatagttttcctaa 37533153  T
Q  316 attcctagcgcaactaccaaatctgcaatcattaga 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37533152 attcctagcgcaactaccaaatctgcaatcgttaga 37533117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 37392700 - 37393004
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    |||||||| || ||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37392700 gttcattgatgagttttcaacttattctttgcaatctttgtatctctcaaataacaacctacatggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaat 37392799  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  |  |||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  37392800 cttaccaacttagatttgtcttcaacaaacttaagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacagactatggtatctctatctttcacaca 37392899  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||  ||  ||| ||||||| |  || ||||||||||||||||||||    
T  37392900 atggttttctttctatcaacattgatagcagtgttgacaccatcttacctaaccttttttcattagatttatcatatgccaatattaatagttttcctaa 37392999  T
Q  316 attcc 320  Q
    |||||    
T  37393000 attcc 37393004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 37703020 - 37702716
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  37703020 gttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttggatctctctagtaacaacctacatggtcattttccaaattcaatatatgaactccaaaat 37702921  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  |  |||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |  |||  |||||||||||    
T  37702920 cttaccaacttagatttgtcgtcaacaaacttgagtggtgtcgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactaaattccctcattctttcacaca 37702821  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||| |||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  37702820 atagttttatttctatcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagatttctcgtctgctaatattaatagttttcctaa 37702721  T
Q  316 attcc 320  Q
    |||||    
T  37702720 attcc 37702716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 37436059 - 37435755
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37436059 gttcattggtgagttttcaacatattcttttcaatctttgactctctcaaataacaacctagaaggtcatttttcaaattcaatatttcaactccaaaat 37435960  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  || | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||      ||| ||||||| ||||    
T  37435959 cttactgaattagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaacttaaaaatctaattctcctcaatctttcgcaca 37435860  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37435859 atagttttctttctatcaacactaatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgagatgttagatttatcttctgctaatattaatagttttcctaa 37435760  T
Q  316 attcc 320  Q
    |||||    
T  37435759 attcc 37435755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Original strand, 37413067 - 37413391
Alignment:
Q  19 cattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatcta 118  Q
    |||||| | ||||||||| ||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||     
T  37413067 cattggagagttctcaacttattcgttgcaaaaattgcttctctctaataacaagttacatggtcattttccaaattcaatatttaaattccaaaatctt 37413166  T
Q  119 tcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacacaata 218  Q
     ||||||||  ||||||||||||||||||||  || | |||||| ||||| ||||||||||| ||  | ||||||   |  || |||||||| | ||| |    
T  37413167 acttacttaggtttgtcatcaacaaacttgaacggcgatgtggactttcatcaattttcaaattttgaaaaactaactttccttgatctttcccgcaaca 37413266  T
Q  219 cttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaaatt 318  Q
     ||||||| || |||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||| | |  ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||    
T  37413267 attttctttctgtcaacattggtagcagtgttgactccatctcacccaaccttgaatcattatatttatcttctagtaatattaatagttttcctaattt 37413366  T
Q  319 cctagcgcaactaccaaatctgcaa 343  Q
    | | || ||||| | ||||||||||    
T  37413367 cttcgcacaacttcaaaatctgcaa 37413391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 324
Target Start/End: Original strand, 37382183 - 37382451
Alignment:
Q  56 tttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtg 155  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | || | |||||||| | | |||||   ||||||||||| |||||||||||||    
T  37382183 tttctctctaataacaacataaaaggtgattttccaaattcaatatataaattacaaaatctttttgacttaggattgtcatcaaccaacttgagtggtg 37382282  T
Q  156 ttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacacaatacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactc 255  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |  || || ||||  |  || |||||||| ||||||| ||| ||| ||||||| | ||| ||||| | ||||||    
T  37382283 ttgtggactttcaccaattttcaaattgtaagaagctatttttccttgatctttcccacaatagtttgctttctatcaatattgaaagcagagttgactc 37382382  T
Q  256 catcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaaattcctagc 324  Q
    ||||||||||||||||      ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  37382383 catcttacccaaccttgggatattatatttatcttctagtaatattagtagttttcctaaattcttagc 37382451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 59 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 37429041 - 37428757
Alignment:
Q  59 ctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttg 158  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  37429041 ctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtcatcaaccaacttgagaggtgtag 37428942  T
Q  159 tggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacacaatacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccat 258  Q
    | || ||| || | ||||| || || ||   |||    |  ||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||  ||| || | |  |||||||||    
T  37428941 tagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaactttgacagtaatattgactccat 37428842  T
Q  259 cttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaaattcctagcgcaactaccaaatctgcaa 343  Q
    || ||| | |||||||   ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||| |||| | | |||||| |||||||    
T  37428841 ctcacctagccttaatgcattatatttatcttctacaaatattaatagttttccaaaattcttagctcgaataccaagtctgcaa 37428757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 75
Target Start/End: Original strand, 37400620 - 37400679
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacct 75  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  37400620 gttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37400679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 37697139 - 37697080
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacct 75  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  37697139 gttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37697080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 16842684 - 16842988
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16842684 gttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaactccaaaat 16842783  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  |   | ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16842784 cttaccgccctagatttatcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactagggtatctcgatctttcacaca 16842883  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaa 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||  ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  16842884 atacttttctttctatcaacactgatagcattgctgactccatcttacccaaccttttttcattagatttatcttatgctaatattaatagttttcctaa 16842983  T
Q  316 attcc 320  Q
    |||||    
T  16842984 attcc 16842988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 56 - 324
Target Start/End: Original strand, 24217588 - 24217856
Alignment:
Q  56 tttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaatctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtg 155  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||| ||||| |||||||||||| | | || ||||||||  ||  |||||  ||||||||||  |||||||||||||    
T  24217588 tttctgtctaataacaatctgcaaggtgatttttcaaattcaatatataagcttcaaaatcttgctgccttaagcttgtcatcaaacaacttgagtggtg 24217687  T
Q  156 ttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacacaatacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactc 255  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || |  |||||||  |  || ||||||||  |||||| | || || |||| |||  || |||| | |||||||     
T  24217688 ttgtggactttcaccaattttcaaattttagaaaactattttcccttgatctttcctacaataatcttatttctattaacgttggtagcggcgctgacta 24217787  T
Q  256 catcttacccaaccttaattatttatatttatcttcagctaatattaatagttttcctaaattcctagc 324  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||||||||   |||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  24217788 catcttacccaaccttgatgatttatctttatcttcttgtaatgttaatggttttcctaaattcttagc 24217856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 14553462 - 14553207
Alignment:
Q  16 gttcattggtgtgttctcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaactccaaaat 115  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14553462 gttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaactccaaaat 14553363  T
Q  116 ctatcttacttaactttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgatctttcacaca 215  Q
    ||  |  |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |  ||||||||||||||||    
T  14553362 cttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactaaattccctcgatctttcacaca 14553263  T
Q  216 atacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaacctt 271  Q
    ||| |||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14553262 atagttttatttctatcaacattgatagcagtgctaactccatcttacccaacctt 14553207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University