View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF3890_low_11 (Length: 506)
Name: NF3890_low_11
Description: NF3890
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF3890_low_11 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 263148 - 262679
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatatatataacataaagagaagtct |
112 |
Q |
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| T |
263148 |
aatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatata----acataaaaagaagtct |
263053 |
T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
263052 |
aactctagagagtattaaacaacttacaacagcaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacc-attctatgagctcatgaacatagtt |
262954 |
T |
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| Q |
213 |
ggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatggtgtcaacattacaacaacaaaa |
312 |
Q |
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| T |
262953 |
ggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatgttgtcaacattacaacaacaaaa |
262854 |
T |
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| Q |
313 |
aattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattgatatt |
412 |
Q |
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| T |
262853 |
aattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattgatatt |
262754 |
T |
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| Q |
413 |
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487 |
Q |
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| T |
262753 |
agattttatttccagtttagattcatgaaaatgtggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatga |
262679 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 487
Target Start/End: Original strand, 652773 - 653242
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatatatataacataaagagaagtct |
112 |
Q |
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| T |
652773 |
aatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatata----acataaaaagaagtct |
652868 |
T |
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| Q |
113 |
aactctagagagtattaaacaacttacaacaacaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacccattctatgagctcatgaacatagtt |
212 |
Q |
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| T |
652869 |
aactctagagagtattaaacaacttacaacagcaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacc-attctatgagctcatgaacatagtt |
652967 |
T |
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| Q |
213 |
ggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatggtgtcaacattacaacaacaaaa |
312 |
Q |
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| T |
652968 |
ggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatgttgtcaacattacaacaacaaaa |
653067 |
T |
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| Q |
313 |
aattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattgatatt |
412 |
Q |
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| T |
653068 |
aattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattgatatt |
653167 |
T |
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| Q |
413 |
agattttatttccagtttagattcatgaaaatgaggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatga |
487 |
Q |
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| T |
653168 |
agattttatttccagtttagattcatgaaaatgtggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatga |
653242 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 487
Target Start/End: Original strand, 838508 - 838977
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatatatataacataaagagaagtct |
112 |
Q |
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| T |
838508 |
aatatggctaactagacttaacctaaagttgttttctacggtgtctgtattatatacacatgagtatgatccaacatata----acataaaaagaagtct |
838603 |
T |
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| Q |
113 |
aactctagagagtattaaacaacttacaacaacaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacccattctatgagctcatgaacatagtt |
212 |
Q |
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| T |
838604 |
aactctagagagtattaaacaacttacaacagcaatatcaggaaccttggtcttttctaggtgacttcgatacc-attctatgagctcatgaacatagtt |
838702 |
T |
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| Q |
213 |
ggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatggtgtcaacattacaacaacaaaa |
312 |
Q |
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| T |
838703 |
ggcctaactctaataatttagtgtgccttcaaacaatatgtgaaacctacactttgtcaaatggtataaattaaatgttgtcaacattacaacaacaaaa |
838802 |
T |
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| Q |
313 |
aattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattgatatt |
412 |
Q |
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| T |
838803 |
aattagacatcgatttttcttaacaatctcatgttccacccttaccaaaaccagatatgaccactatccaatcatcttagaacttcaaattattgatatt |
838902 |
T |
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| Q |
413 |
agattttatttccagtttagattcatgaaaatgaggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatga |
487 |
Q |
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| T |
838903 |
agattttatttccagtttagattcatgaaaatgtggttattgcatgttaattgtagaagagtgattagaagatga |
838977 |
T |
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