View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3892-Insertion-21 (Length: 1012)

Name: NF3892-Insertion-21
Description: NF3892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3892-Insertion-21
NF3892-Insertion-21
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-1006)||(4058673-4059685)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1006
Target Start/End: Complemental strand, 4059685 - 4058673
Alignment:
Q  7 aaatatttgatttacaccnnnnnnntgtgccacgtatttttgtgatacaatctgtttgtaacaagtgttttcccttctcttcaatttcccgtgaaaacta 106  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4059685 aaatatttgatttacaccaataaaatgtgccacgtatttttgtgatacaatctgtttgtaataaatgttttcccttctcttcaatttcgcgtgaaaacta 4059586  T
Q  107 gtagaataattttgtatgattttgacattcttctttgagagtcaagttcttcacatacatatgagagaaggataatttgcatgtgggagctaatacaaca 206  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4059585 gtagaataatattgtatgattttgacattcttctttgagagtcaagttcatcacatagatatgagagaaggataatttgcatttgggagctaatacaaca 4059486  T
Q  207 aaaa-ggtttttaagtcacgtcgcatgtgagcttgtgaggattcacacgtgtgagccaaatctatnnnnnnnnnc-gtgttttgtgtcgcatcataaata 304  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||          | ||||||||||||||||||||||||    
T  4059485 aaaatggtttttaagtcacgtcgcatgtaagcttgtgagggttcacacgtgtgagccaaatctaaaaaaaaaaaccgtgttttgtgtcgcatcataaata 4059386  T
Q  305 gacagtgaaatggtgagtagaacaataggaatgtctaaattcccacttttgcatcatataggaatggatgcgttcgggcatcgagggattcaattgtttc 404  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||   ||    
T  4059385 gacggtgaaatggtgagtagaacaataggaatgtctaaattcccacttttgcatcatataggaacgggcgggttcgggcatcgagggattcaatt---tc 4059289  T
Q  405 atccggacccccttgtgtgaaccctgtctaaaccgtaactgtgtttgttggacccgtggacctgttttaaactgacaatttctcttttttcagtccgggt 504  Q
    ||| |||||| | ||||| || ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4059288 atctggacccgcctgtgtaaatcctatctaaaccgtaaacgtgtttgttggacccgtggacctgttttaaactgacaatttctctttttttagtccgggt 4059189  T
Q  505 tgggcggattttctcgggttgtaggttttttgtccacccttactcatgcttaccaattgcttaagctcgatttagtga----aattaatggattaactct 600  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  4059188 tgggcagattttctcgggttgtaggttttt-gtccacccttactcttgcttaccaattgcttaagctcgatttagtgagtgaaattaatggattaactct 4059090  T
Q  601 tttatcggggaaaatagtagcaaaatgagttagaaacatatacactgtttgattttaagttatattatatggtcataactgccgtgttatgtattgattg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4059089 tttatcggggaaaatagtagcaaaatgagttagaaacatatacactgtttgattttaagttatattatatggtcataactgccgtgttatgtattgattg 4058990  T
Q  701 aatttcatgttgatatatcatataa---ctttcatacttgactatattgtgcttaagtgaaatatttgttgtttgcttcttaagtgaaatgattgacata 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4058989 aatttcatgttgatatatcatataataactttcatacttgactatattgtgcttaagtgaaatatttgttgtttgcttcttaagtgaaatgattgacata 4058890  T
Q  798 gtatgatatatgaatcattgctatgtacttttaattgaatatttgaaatattcttaatgtgaatttttgcaaatttgttatgcgatggtgataaaattgt 897  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4058889 gtatgatatatgaatcatttctatgtacttttaattgaatatttgaaatattcttaatgtgaatttttgcaaatttgttatgtgatggtgataaaattgt 4058790  T
Q  898 gaaatgtgttatgcatacgtgaactatgaaaaa-tgttgtaatgtgcaaaaatta-tggattgtgaataaacc--acacctgt--atgataatag-taca 990  Q
    |||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||| ||||    
T  4058789 gaaatgcgttatgaatacgtgaacaatgaaaaagtgttgtaatgtgcaaaaaaaattggattgtgaataaacccaacacctgttaatgataatagttaca 4058690  T
Q  991 tg-atgagtgacttata 1006  Q
    || ||||||||||||||    
T  4058689 tgaatgagtgacttata 4058673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University