View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3892_high_2 (Length: 748)

Name: NF3892_high_2
Description: NF3892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3892_high_2
NF3892_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-748)||(9496868-9497613)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 748
Target Start/End: Original strand, 9496868 - 9497613
Alignment:
Q  1 cctactagatacatatatgttggtgttcattgtgggtgtttaattatacagccggatgttaccttacctttgcaacctcccgagttacggagctgttctg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9496868 cctactagatacatatatgttggtgttcattgtgggtgtttaattatacagccggatgttaccttacctctgcaacctcccgagttacggagctgttctg 9496967  T
Q  101 caacaagtgcatctttatcttccatgcacggaatgctccatgatgagattgactctttctgtaaacaggtataggtatagagtatattttgtaggtgatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9496968 caacaagtgcatctttatcttccatgcacggaatgctccatgatgagattgactctttctgtaaacaggtataggtatagagtatattttgtgggtgatg 9497067  T
Q  201 ttactaacacacacttgcacttacagttgcatgcctctcgcatagtcttttgcaagccagttgaaaaccctctgttccattgtaacttattcctgaacga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9497068 ttactaacacacacttgcacttacagttgcatgcctctcgcatagtcttttgcaagccagttgaaaaccctctgttcccttgtaacttattcctgaacga 9497167  T
Q  301 tcccagctttggacattcgttaatatctttatccttgtttgaagttacttctattagaatttttattgtacatgcagaggctttgtctttcttaatattg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9497168 tcccagctttggacattcgttaatatctttatccttgtttgaagttactcctattagaatttttattgaacatgcagaggctttgtctttcttaatattg 9497267  T
Q  401 tcacctgaaaacgaagcattctaatattacttataattattatggaatccaaggttgcggcagaaaacctggcaaggaagccttacattaattgggctgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9497268 tcacctgaaaacgaagcattctaatattacttataattattatggaatccaaggttgcggcagaaaacctggcaaggaagccttacattaattgggctgt 9497367  T
Q  501 caagagagttacccgatctctgcaggtgctatggcccagatctaggacaaccatatttggttccaatgccactgggatggctcttccaacaagtgatgtc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9497368 caagagagttacccgatctctgcaggttctatggcccagatctaggacaaacatatttggttccaatgccactgggatggctcttccaacaagtgatgtc 9497467  T
Q  601 gaccttgtggtttctctcccaccagtgaggaacctggtaaagtttttgtttggtctcgtgttttttggtagaccatcacctggttggattaacctttatt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9497468 gaccttgtggtttctctcccaccagtgaggaacctggtaaagtttttgtttggtctcgtgtttttcggtagaccatcacctggttggattaacc-ttatt 9497566  T
Q  701 ttcttttaacaacaacaacaaactaagccttatgtttcttttaaattt 748  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9497567 ttcttttaacaacaacaac-aactaagccttatgtttcttttaaattt 9497613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University