View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3892_high_43 (Length: 366)

Name: NF3892_high_43
Description: NF3892
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3892_high_43
NF3892_high_43
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (16-366)||(8975494-8975844)
chr4 (16-363)||(8972205-8972552)
chr4 (16-363)||(9027249-9027596)
chr4 (20-366)||(8952405-8952751)
chr4 (16-363)||(9002267-9002614)
chr4 (25-365)||(8905602-8905942)
chr4 (25-365)||(8916446-8916786)
chr4 (20-364)||(8930281-8930625)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (25-365)||(20075639-20075979)
chr5 (19-365)||(9401285-9401631)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (171-241)||(3621252-3621322)
chr7 (171-241)||(3631649-3631719)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (171-241)||(14366-14436)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 16 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 8975844 - 8975494
Alignment:
Q  16 cttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannn 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||       
T  8975844 cttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaatcaacatgccctgaaattc 8975745  T
Q  116 nnnngatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctct 215  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8975744 ttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctct 8975645  T
Q  216 ccaaatatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8975644 ccaaatatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattg 8975545  T
Q  316 tttttcaacacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctggt 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8975544 tttttcaacacttctttggcaatttcagctgaacaaacaacaatagctggt 8975494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 363
Target Start/End: Original strand, 8972205 - 8972552
Alignment:
Q  16 cttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannn 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||       
T  8972205 cttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagagaaatcaacacctcactcaaatttgtaacacttgaagaatcaacatgccctgaaattt 8972304  T
Q  116 nnnngatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctct 215  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  8972305 ttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatggaggaataatgtgatacacgtttggcactaaaaatatgaacaacacaaatttttcttatttctct 8972404  T
Q  216 ccaaatatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattg 315  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||    
T  8972405 ccaaaaatcactatattgagaaaataccatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatataggtctattagaaaaaacattaccattg 8972504  T
Q  316 tttttcaacacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagct 363  Q
    | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8972505 tctttcaatacttcttttgcaatttcagctgaagaaacaacaatagct 8972552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 9027596 - 9027249
Alignment:
Q  16 cttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannn 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  9027596 cttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaattt 9027497  T
Q  116 nnnngatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctct 215  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  | ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  9027496 ttttgatcattttcttcacctcaaactttcttatagatgaataatgtgatacacgtttggaactaagaatatgaacaacacaaatttttcttatttctct 9027397  T
Q  216 ccaaatatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattg 315  Q
    ||||| |||| ||||| | ||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  9027396 ccaaaaatcagtgtattgtgaaaatataatttccgacccgttataagtcaatttttgttgagcatataatctaggtctatcagaaaacaaatggtcattg 9027297  T
Q  316 tttttcaacacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagct 363  Q
     ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9027296 gttttcaatacttcttttgcaatttcagctgaagaaacaacaatagct 9027249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 8952751 - 8952405
Alignment:
Q  20 tcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannnnnnn 119  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||           
T  8952751 tcccaaaagcaattctacaaattatagtacttgagagtgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaatcagcatgccctgaaattttttc 8952652  T
Q  120 gatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| | ||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  8952651 gatcattttcttcacctcaaatattcttatagaagaatagtacgatacacgtttggagctaaaaatatgaataacacaaatttttcttatttctctccaa 8952552  T
Q  220 atatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattgtttt 319  Q
    | |||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||| | | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8952551 aaatcaccatatggagcaaaaacaatttctgacccattataacacaatatgttttgaccatatgatataggtctattagaaaacacatgatcattgtttt 8952452  T
Q  320 tcaacacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctggt 366  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8952451 tgaatacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctggt 8952405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 16 - 363
Target Start/End: Original strand, 9002267 - 9002614
Alignment:
Q  16 cttctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannn 115  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       
T  9002267 cttctcccaaaaacaatcctgcaaattatcgtacttgaaagagatatcaatatctcactcatatttgaaacacttgaagaactaacatgccctgaaattt 9002366  T
Q  116 nnnngatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctct 215  Q
         |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||    
T  9002367 tttttatcattttcttcacctcaaaatttcttatagaagaataatatgacacacgtatggaactaaatatatgaataacacaaatttttcttatttctct 9002466  T
Q  216 ccaaatatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattg 315  Q
    ||||| |||| ||||| | ||||| |  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||    
T  9002467 ccaaaaatcagtgtattgtgaaaaaaagatttctgacccattataagacaacttttgttgaccatataatataggtctattagaaaacaattggtcattg 9002566  T
Q  316 tttttcaacacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagct 363  Q
     ||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9002567 gttttcaatacttcttttgcaatttcggcagaagaaacaacaatagct 9002614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 25 - 365
Target Start/End: Original strand, 8905602 - 8905942
Alignment:
Q  25 aaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannnnnnngatca 124  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    ||||        ||||    
T  8905602 aaagcaatcctacaaattattgtactagagagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacatttgaagaagtagcatgattagaaatattttttatca 8905701  T
Q  125 ttttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaaatatc 224  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||| ||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  8905702 tttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttcgcgctaaatatatgaataacacaaatttttcttatatctctccaaaaatc 8905801  T
Q  225 actgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattgtttttcaac 324  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  8905802 actatattgagaaaatacaatttctgacccattataagataatctttgctgaccatataacataggtctattagaaaacacatgatcattatttttaaat 8905901  T
Q  325 acttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctgg 365  Q
    |  ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  8905902 atctctttggcaattttatctgaagaaacaacaattgctgg 8905942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 25 - 365
Target Start/End: Original strand, 8916446 - 8916786
Alignment:
Q  25 aaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannnnnnngatca 124  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    ||||        ||||    
T  8916446 aaagcaatcctacaaattattgtactagagagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagcatgattagaaatattttttatca 8916545  T
Q  125 ttttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaaatatc 224  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||| ||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  8916546 tttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttcgcgctaaatatatgaataacacaaatttttcttatatctctccaaaaatc 8916645  T
Q  225 actgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattgtttttcaac 324  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  8916646 actatattgagaaaatacaatttctgacccattataagataatctttgctgaccatataacataggtctattagaaaacacatgatcattatttttaaat 8916745  T
Q  325 acttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctgg 365  Q
    |  ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  8916746 atctctttggcaattttatctgaagaaacaacaattgctgg 8916786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 364
Target Start/End: Original strand, 8930281 - 8930625
Alignment:
Q  20 tcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannnnnnn 119  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||    ||||           
T  8930281 tcccaaaagcaatcctacaaatcattgtactatatagagaagtcaatatctcactcaaatttgtaacatttgaagaagcagcatgattagaaatattttt 8930380  T
Q  120 gatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaa 219  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||||| ||| | |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  8930381 tatcatttgcttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttggcgctaaatatatgaataacacaaagttttcttatctctctccaa 8930480  T
Q  220 atatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattgtttt 319  Q
    | |||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  8930481 aaatcactatattgagaaaatgcaatgtctgacccattataagataatttttgctggccatataacacaggtctattagaaaacacttgatcattatttt 8930580  T
Q  320 tcaacacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctg 364  Q
    | || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8930581 taaatatttctttcgcaatttcagccgaagaaacaacaatagctg 8930625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 136; Significance: 7e-71; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 25 - 365
Target Start/End: Original strand, 20075639 - 20075979
Alignment:
Q  25 aaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannnnnnngatca 124  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || || ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||    ||||        ||||    
T  20075639 aaagcaatcctacaaattattgtactggaaagagaagttaatatctcactcaaatttgtaacaattgaagaagcagcttgattagaaatattttttatca 20075738  T
Q  125 ttttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaaatatc 224  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||| ||| | |||| ||| ||||||||| |||||||||| |||    
T  20075739 tttgtttcacctcaaactttcttatagaagaataatatgacacacgcttagcgctaaatatatgaataacacaaaattttcttatatctctccaaaaatc 20075838  T
Q  225 actgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattgtttttcaac 324  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  20075839 actatattgagaaaatacaatttctgacccattataagataatctttgctggccatataacataggtctattagaaaacacatgatcattatttttaaat 20075938  T
Q  325 acttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctgg 365  Q
    |  ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  20075939 atctctttggcaattttatctgaagaaacaacaattgctgg 20075979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 365
Target Start/End: Original strand, 9401285 - 9401631
Alignment:
Q  19 ctcccaaaagcaatcctacaaattatagtacttgatagcgaaatcaataactcactcaaatttgtaacacttgaagaactagcatgccctgaaannnnnn 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| || |||     ||||          
T  9401285 ctcccaaaagcaaccctacaaattattttacttgagagagaaattaataattcactcaaatttgtaacaactgaagaagtaacattgttagaaatttttt 9401384  T
Q  119 ngatcattttcttcacctcaaactttcttatagaggaataatatgatacacgtttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctcca 218  Q
     ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||| ||| | |  | ||||||||||||  ||||||||    
T  9401385 tgatcatttctttcacctcaaactttcttatagaggaataagatgacacacgcttgacactaaatatatgaatattacaaatttttcttaaatctctcca 9401484  T
Q  219 aatatcactgtatggagaaaatacaatttctgacccattataagataatttttgttgaccatataatttaggtctattagaaaacacatgatcattgttt 318  Q
    |  |||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  9401485 aggatcactatattgagaaaatgcaatttctgatccattataagataatttttgttggccatataggataggtctattacaaaacacatgatcattgtct 9401584  T
Q  319 ttcaacacttctttggcaatttcagctgaagaaacaacaatagctgg 365  Q
    || || | |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9401585 ttaaatatttctttggcaattttagctgaagaaacaacaattgctgg 9401631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 241
Target Start/End: Original strand, 3621252 - 3621322
Alignment:
Q  171 tttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaaatatcactgtatggagaaaata 241  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||    
T  3621252 tttggagctaaagaaatggacaacacaaatttttcttatctctctccaacaatcattgtatggtgaaaata 3621322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 241
Target Start/End: Original strand, 3631649 - 3631719
Alignment:
Q  171 tttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaaatatcactgtatggagaaaata 241  Q
    |||||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||    
T  3631649 tttggagctaaagaaatggacaatacaaatttttcttatctctctccaatgatcattgtatggtgaaaata 3631719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 14436 - 14366
Alignment:
Q  171 tttggaactaaataaatgcacaacagaaatttttcttatttctctccaaatatcactgtatggagaaaata 241  Q
    |||||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| |||||||    
T  14436 tttggagctaaagaaatggacaatacaaatttttcttatctctctccaatgatcattgtatggtgaaaata 14366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University