View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3898_low_1 (Length: 1473)

Name: NF3898_low_1
Description: NF3898
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3898_low_1
NF3898_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-1462)||(30832756-30834209)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1462
Target Start/End: Complemental strand, 30834209 - 30832756
Alignment:
Q  16 aacaaaacattccttcttctaagctttgacgtgtctcaattaatctgacaagtttagctcgtggcaatgtttggattaagaagctgaatcactgcaattg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30834209 aacaaaacattccttcttctaagctttgacgtgtctcaattaatctgacaagtttagctcgtggcaatgtttggattaagaagctgaatcactgcaattg 30834110  T
Q  116 gtttgaaaacgattcctaggctactttgttacaccacatgtccttccccatgcaaacctcatcctcttcacatttcagacttcaaaccgacatgtcccta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30834109 gtttgaaaacgattcctaggctactttgttacaccacatgtccttccccatgcaaacctcatcctcttcacatttcagacttcaaaccgacatgttccta 30834010  T
Q  216 ttttgttcttttaaactcacagttcaacttctttttcaccaatagtagagaacagtgtatcattgattgttttcaaacgtgagataacaaaacaaaaaca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30834009 ttttgttcttttaaactcacagttcaacttctttttcaccaatagtagagaacagtgtatgattgattgttttcaaacgtgagataacaaaacaaaaaca 30833910  T
Q  316 atggcatctgaacaaatgtttcgcggaggagtataccatgagactgagacgtttttggaggtaagagaggttcatatccagaaacatggaaaaaaccttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30833909 atggcatctgaacaaatgtttcgcggaggagtataccatgagactgagacgtttttggaggtaagagaggttcatatccagaaacatggaaaaaaccttg 30833810  T
Q  416 acaaaaactttgctgctg---tgaatgatattaaggaatcaaataaagataaaggagggggtgatactgataacaaaaaacagcatattggagagctaca 512  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30833809 acaaaaactttgctgctgctgtgaatgatattaaggaatcaaataaagataaaggagggggtgatactgataacaaaaaacagcatattggagagccaca 30833710  T
Q  513 ctctggtagatacaacgaggctgaagaagctaaaggtgttggaggttatgtgaacaagtttgaaataaaaggcgtggtagaagctgctgctaaaggattg 612  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30833709 ctctggtagatacaacgagtctgaagaagctaaaggtgttggaggttatttgaacaagtttgaaataaaaggcgtggtagaagctgctgctaaaggattg 30833610  T
Q  613 agggacagagaggagaaagaaacaccaattgaccataaaagatgtcataaggcaatggatgataccaatgcaaatgcccaagaaagagtaaaacaagaag 712  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30833609 agggacagagaggagaaagaaacaacaatggaccataatagatgtcagaaggcaatggatgataccaatgcaaatgcccaagaaagagtaaaacaagaag 30833510  T
Q  713 caaggaacaaggaggaggaatcagaggccaaaagagcttcacaaaataaggtttttatttctatatgtaaatcaatgcctcatctagatatctatctttc 812  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30833509 caaggaacaatgaggaggaatcagaggccaaaagagtttcacaaaataaggtttttatttctatatgtaaatcaatgcctcatctagatatctatctttc 30833410  T
Q  813 tcttttatatacatacattgattcattgaaagctctatgcnnnnnnnataaccatccttatcaacatttatttgaaaatagtacctgccttaagtgaatt 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  30833409 tcttttatatacatacattgattcattgaaagctctatgctttttttataaccatccttatcaacatttatatgaaaatagtacctgaattaagtgaatt 30833310  T
Q  913 aa----cttggatattatgtatcctgaaacttgatatgcatgcaaaatgtgtagtcattttattgtagaatctaaagaacctttggtgtaaaattgtaac 1008  Q
    ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30833309 aattaacttggatattatgtatcctgaaacttgatatgcatgcaaaatgtgtagtcattttattgtagaatctaaagaacctttggtgtaaaattctaac 30833210  T
Q  1009 tcttagaaatttggcaattgcaattaggaatataaggaggggccatcagaaaaaactaccaccaaaagctttgaagagacacaagggcaggaccatgaag 1108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30833209 tcttagaaatttggcaattgcaattaggaatataaggaggggccatcagaaaaaactgccaccaaaagctttgaagagacacaagggcaggaccatgaag 30833110  T
Q  1109 gaattgagaaatctagtgttgttcgtccacttccacagatggctaatgaaagcaacactgtggaaagctttcagggagttcaagagagagacaaagcaaa 1208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30833109 gaattgagaaatctagtgttgttcgtccacttccacagatggctaatgaaagcaacactgtggaaagctttcagggagttcaagagagagacaaagcaaa 30833010  T
Q  1209 aaagcaaggtgtgattggggaaactaaaatccaacatgcagaaaagatgaacaaaactgatgaaagtttacaaagtcaagagggaggaaaaagaaacaaa 1308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30833009 aaagcaaggtgtgattggggaaactaaaatccaacatgcagaaaagatgaacaaaactgatgaaagtttacaaagtcaagagggaggaaaaagaaacaaa 30832910  T
Q  1309 gtgtatgctacttatgcagacgctgtgaaagccaatgattccacaaagagtatacaagaacaagagctaaatgaaaacatagctgaaaaaagctttgaag 1408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30832909 gtgtatgctacttatgcagacgctgtgaaagccaatgattccacaaagagtatacaagaacaagagctaaatgaaaacatagctgaaaaaagctttgaag 30832810  T
Q  1409 gaaataatgaacaacctcaagatggtgttgtgaagatggagaaggttactgatg 1462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30832809 gaaataatgaacaacctcaagatggtgttgtgaagatggagaaggttactgatg 30832756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University