View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3907_low_6 (Length: 238)

Name: NF3907_low_6
Description: NF3907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3907_low_6
NF3907_low_6
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-215)||(37703313-37703527)
chr5 (1-215)||(37712269-37712483)
chr5 (1-221)||(37640517-37640737)
chr5 (1-215)||(37824540-37824754)
chr5 (1-215)||(37533745-37533959)
chr5 (1-221)||(37697432-37697652)
chr5 (1-215)||(37400113-37400327)
chr5 (1-221)||(37436352-37436572)
chr5 (1-221)||(37392253-37392473)
chr5 (1-215)||(37594969-37595183)
chr5 (45-221)||(37412571-37412747)
chr5 (100-221)||(37381630-37381751)
chr5 (101-212)||(37429486-37429597)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-202)||(16842190-16842391)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (86-221)||(14553768-14553903)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 37703313 - 37703527
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37703313 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 37703412  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37703413 tgttagttgggtgagattccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatgtgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 37703512  T
Q  201 taaggaatttcacct 215  Q
    |||||||||||||||    
T  37703513 taaggaatttcacct 37703527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 37712269 - 37712483
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  37712269 taaagttattatatgcaagataacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattcaatgaaaggtccaaatg 37712368  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712369 tgttagttgggtgagattccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 37712468  T
Q  201 taaggaatttcacct 215  Q
    |||||||||||||||    
T  37712469 taaggaatttcacct 37712483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 37640517 - 37640737
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640517 taaagttattaaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccattaagtttattaaatgaaaggtccaaata 37640616  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640617 tgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 37640716  T
Q  201 taaggaatttcacctaagaaa 221  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  37640717 taaggaatttcacctgagaaa 37640737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 37824540 - 37824754
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||    
T  37824540 taaagttattctctgcaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagcttattttgtgaaaggtccaaata 37824639  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824640 tgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaacaatcccatcaaaattgcaatatgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 37824739  T
Q  201 taaggaatttcacct 215  Q
    |||||||||||||||    
T  37824740 taaggaatttcacct 37824754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 37533745 - 37533959
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    ||||||||||  || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  37533745 taaagttattcaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatgtgaaagatccaaata 37533844  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533845 tgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatcaaaattgcagaatgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 37533944  T
Q  201 taaggaatttcacct 215  Q
    |||||||||||||||    
T  37533945 taaggaatttcacct 37533959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 37697432 - 37697652
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  37697432 taaagttattatttgcaagattacaatcaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaaata 37697531  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37697532 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatggaa 37697631  T
Q  201 taaggaatttcacctaagaaa 221  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  37697632 taaggaatttcacctgagaaa 37697652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 37400327 - 37400113
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400327 taaagttattaaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 37400228  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||   ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  37400227 tgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaccgtgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattggcctatggaa 37400128  T
Q  201 taaggaatttcacct 215  Q
    || ||||||||||||    
T  37400127 tagggaatttcacct 37400113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 37436352 - 37436572
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||| ||||| ||||  | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||    
T  37436352 taaagttattatatccaaggtcacaataaatgaggtgtgaggggtttgaaagtaatggtgaaatctcactgttaagtttatttcttgaaaggtccaaata 37436451  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37436452 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaacctaaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 37436551  T
Q  201 taaggaatttcacctaagaaa 221  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  37436552 taaggaatttcacctgagaaa 37436572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37392473 - 37392253
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||     
T  37392473 taaagtaattatatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggttcaaaaataatggtgagatctcaccgttaagtttattttgtgaaaggtccaaatg 37392374  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||     
T  37392373 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatatgaaaggactaattgagtaagatacttcaaatggcctatagat 37392274  T
Q  201 taaggaatttcacctaagaaa 221  Q
    |  |||||||||||| |||||    
T  37392273 ttgggaatttcacctgagaaa 37392253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 37594969 - 37595183
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    |||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||   ||||||    
T  37594969 taaagttattatctgtaagatcataatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgtcaagcttattatatgaaagactcaaata 37595068  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   |||||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37595069 tgttagttgggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaatggcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatggaa 37595168  T
Q  201 taaggaatttcacct 215  Q
    |||||||||||||||    
T  37595169 taaggaatttcacct 37595183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37412747 - 37412571
Alignment:
Q  45 tttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccat 144  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  ||||    
T  37412747 tttgaaagtaatgatgggatttcaccgttaagtttgttaaatgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccataaagattgaggaatcaatccat 37412648  T
Q  145 caaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctaagaaa 221  Q
      ||||  ||   |  |||   ||| ||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37412647 gcaaatcacatgctttaagcgataactggttgagagacttcaactgacctatggaataaggaatttcacctgagaaa 37412571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 100 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37381751 - 37381630
Alignment:
Q  100 atgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatgga 199  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||| |||||||||||   |  |||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  37381751 atgtgagttgagtgaggttccccaaagatggaggaatcaacccgtcaaaattgcacatttcaaggtctaattgagttagagacttcaactggcctatgga 37381652  T
Q  200 ataaggaatttcacctaagaaa 221  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  37381651 ataaggaatttcacctgagaaa 37381630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 101 - 212
Target Start/End: Original strand, 37429486 - 37429597
Alignment:
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||  ||||| || | ||||||| |||| || |||||| ||||||| |  |||||||||    
T  37429486 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaagaacagcatagaaattacagtttgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaa 37429585  T
Q  201 taaggaatttca 212  Q
    || |||||||||    
T  37429586 tagggaatttca 37429597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16842391 - 16842190
Alignment:
Q  1 taaagttattatatgcaagattacaatgaatgaagtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaata 100  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  16842391 taaagttattaaatacaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaaata 16842292  T
Q  101 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16842291 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaaaatgaaaggactaaatgagtaagagactttaattgacctatggaa 16842192  T
Q  201 ta 202  Q
    ||    
T  16842191 ta 16842190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Original strand, 14553768 - 14553903
Alignment:
Q  86 tgaaaggtccaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttc 185  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  14553768 tgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttc 14553867  T
Q  186 aattgacctatggaataaggaatttcacctaagaaa 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14553868 aattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaa 14553903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University