View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF3912_low_5 (Length: 319)

Name: NF3912_low_5
Description: NF3912
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF3912_low_5
NF3912_low_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-309)||(7055597-7055905)
chr4 (1-309)||(14463418-14463726)
chr4 (239-309)||(19847339-19847409)
chr4 (239-309)||(19848187-19848257)
chr4 (242-309)||(19848725-19848792)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-309)||(8211042-8211350)
chr8 (1-264)||(9289327-9289590)
chr8 (243-309)||(9289255-9289321)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-309)||(51423470-51423777)
chr3 (1-309)||(11685104-11685378)
chr3 (153-259)||(12840780-12840886)
chr3 (206-309)||(32060094-32060197)
chr3 (155-221)||(32060211-32060277)
[»] scaffold0442 (1 HSPs)
scaffold0442 (1-309)||(13387-13694)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-309)||(38979223-38979534)
[»] scaffold0167 (1 HSPs)
scaffold0167 (48-309)||(20220-20479)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 7055597 - 7055905
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
7055597 tcaaaattctgcagagtttaattaatggaaaaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctctattctccttcaattgtttgtctctcttaggaaaa 7055696  T
101 attgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 200  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7055697 attgtggaaccgcataaaactgctcaattctaagtgggtttgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 7055796  T
201 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgttt 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
7055797 tacatcaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatctaatcaaataatgatctcatgtatgatataaatttagatacctatgttt 7055896  T
301 gcaatgatg 309  Q
    |||||||||    
7055897 gcaatgatg 7055905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 14463418 - 14463726
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 100  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
14463418 tcaaaattctgcatagtttaattaatggaaaaaaattcaaacaaattataaaaacttctaatctctattctccttcaattgtttgtctctcttaggaaaa 14463517  T
101 attgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 200  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14463518 attgtggaaccgcataaaactgctcaattctaagtgggtttgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 14463617  T
201 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
14463618 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagacagataatgatctaatcaaataatgatctcatggatgatataaatttagatacctatgttt 14463717  T
301 gcaatgatg 309  Q
    |||||||||    
14463718 gcaatgatg 14463726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 239 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 19847409 - 19847339
Alignment:
239 atagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgtttgcaatgatg 309  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
19847409 atagataatgatctaatcaaataatgatctcatgtatgatataaatttcgatacctttgtttgcaatgatg 19847339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 239 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 19848257 - 19848187
Alignment:
239 atagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgtttgcaatgatg 309  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
19848257 atagataatgatctaatcagataataatctcatgtatgatataaatttcgatacctttgtttgcaatgatg 19848187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 19848792 - 19848725
Alignment:
242 gataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgtttgcaatgatg 309  Q
    ||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
19848792 gataatgatctaattaaataataatctcatgtatgatataaatttcgatacatttgtttgcaatgatg 19848725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 8211350 - 8211042
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8211350 tcaaaattctgcagagtttaattaatggaaaaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 8211251  T
101 attgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 200  Q
    ||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8211250 attatggaaccacataaaactgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatgacattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 8211151  T
201 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgttt 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||    
8211150 tacatcaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatccaatcaaataatgaactcgtctgtgatataaatttagatacctttattt 8211051  T
301 gcaatgatg 309  Q
    |||||||||    
8211050 gcaatgatg 8211042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 9289590 - 9289327
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9289590 tcaaaattctgcagagtttaattaatggaaaaaaattcaaacaaattataaaaacttctaaccttgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 9289491  T
101 attgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 200  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9289490 attgtggaaccgcataaaactgctcaattctaagtgggattgatttatgaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 9289391  T
201 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatg 264  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
9289390 tacatcaaaacaatgctttggatttatatatgctacagatagataatgatctaatcaaataatg 9289327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 243 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 9289321 - 9289255
Alignment:
243 ataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgtttgcaatgatg 309  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
9289321 ataatgatctaatcaaataatggtctcatctatgatataaatttagatacctttgtttgcaatgatg 9289255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 51423777 - 51423470
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 100  Q
    |||||||||| |||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
51423777 tcaaaattctacagagtttaattaataga-aaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctggatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 51423679  T
101 attgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 200  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
51423678 attgtggaaccgcataaaactgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaataacattttagtttatagtaaaatgggaagtaaaataggt 51423579  T
201 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgttt 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
51423578 tacatcaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatggataatgatctaatcaaataatgatctcctctatgatataaatttagatacctttgttt 51423479  T
301 gcaatgatg 309  Q
    |||||||||    
51423478 gcaatgatg 51423470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 11685378 - 11685104
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11685378 tcaaaattctgcagagtctaattaatggaaaaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 11685279  T
101 attgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 200  Q
    |||||||||| ||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11685278 attgtggaaccgcat------------------gtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 11685197  T
201 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgttt 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11685196 tacatcaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataa----------------tgatctcatctatgatataaatttagatacctttgttt 11685113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 153 - 259
Target Start/End: Original strand, 12840780 - 12840886
Alignment:
153 agcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggttacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgattt 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
12840780 agcaacaatggcattttagcttacggtaaaatgggaagtaaaataggttacatcaaaacaatgatttgggtttatatatgctacagatagataatgatct 12840879  T
253 aatcaaa 259  Q
    |||||||    
12840880 aatcaaa 12840886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 206 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 32060197 - 32060094
Alignment:
206 aaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgtttgcaat 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||     
32060197 aaaaacaatgctttgggtttatatatgctacaaatagataatgatccaatcaaataatgatctcatgtatgatataaatttagatacttttgtttgcaag 32060098  T
306 gatg 309  Q
    ||||    
32060097 gatg 32060094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 155 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 32060277 - 32060211
Alignment:
155 caacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggttacataaaaacaatgctttgg 221  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
32060277 caacaatgacattttagtttacgataaaatgggaagtaaaataggttacatcaaaacaatgctttgg 32060211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: scaffold0442
Description:

Target: scaffold0442; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 13387 - 13694
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaattcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
13387 tcaaaattctgcagagtttaattaatgga-aaaaattaaaacaaattataaaaactcctaacctctattctccttgaattgtttgtctctcttaggaaaa 13485  T
101 attgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggt 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
13486 attgtggaactgcataaaactgctcaattctaattgggtttgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaatatgt 13585  T
201 tacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgttt 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
13586 tacatcaaaacaatgctttgggtttatatatgctaaagatagataatgatctaatcaaataatgatctcatgtatgatataaatttagatacatttgttt 13685  T
301 gcaatgatg 309  Q
    |||||||||    
13686 gcaatgatg 13694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 38979534 - 38979223
Alignment:
1 tcaaaattctgcagagtctaattgatggataaaaat---tcaaacaaattataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttggga 97  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||    
38979534 tcaaaattctgcagagtttaattaatgaaaaaaaaaatatcaaacaaattataaaaacttctaacctctattctccttcaattgtttgtctctcttagga 38979435  T
98 aaaattgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaata 197  Q
    |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38979434 aaaactgtggaaccgcataaaactgctcaattctaagtgggtttgatttattaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaata 38979335  T
198 ggttacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataatgatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttg 297  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
38979334 ggttacatcaaaacaatgctttgggtttatatatgttatagatagataattatctaatcaaataatgatctcatgtatgatataaatttagatacctatg 38979235  T
298 tttgcaatgatg 309  Q
    | | ||||||||    
38979234 tctacaatgatg 38979223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0167 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0167
Description:

Target: scaffold0167; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 48 - 309
Target Start/End: Original strand, 20220 - 20479
Alignment:
48 ataaaaacttctaacctcgatgctccttcaattgtttgtctctcttgggaaaaattgtggaactgcataaaaccgctcaattctaagtgggattgattta 147  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
20220 ataaaaacttctaacctctattctcattcaattgtttgtctct--taggaaaaattgtggaaccgcataaaactgctcaattctaagtggatttgattta 20317  T
148 ttaatagcaacaatggcattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggttacataaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagatagataat 247  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
20318 ttaatagcaacaatgacattttagtttacggtaaaatgggaagtaaaataggttacatcaaaacaatgctttgggtttatatatgctacagattgataat 20417  T
248 gatttaatcaaataatgatctcatctatgatataaatttagatacctttgtttgcaatgatg 309  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20418 gatctaatcaaataatgatctcatgtatgatataaatttagatacctttgtttgcaatgatg 20479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University